病原性細菌からの熱分解ベースのゲノムDNA抽出

要約

出典: Gulla, S. ほか。 魚類病原性細菌 Yersinia ruckeri の多遺伝子座可変数タンデムリピート解析(多重PCRおよび毛細管電気泳動による解析)。 J. Vis. Exp. (2019年)。

このプロトコルは、超純水に単離されたコロニーを懸浮させ、熱を加えて細胞を溶解することで Yersinia ruckeri からゲノムDNAを抽出します。遠心分離によりDNA含有上清液を細胞残骸から分離し、PCRベースの遺伝子型解析や疫学解析に適したテンプレートDNAが得られます。

プロトコル

1. 細菌によるゲノムDNAの培養と抽出

1. 適切な寒天タイプ(著者らは5%の牛血寒天を使用)で純種酵母をまき、22°Cで1〜2日間、または15°Cで3〜4日間培養します。
2. 各寒天プレートから、接種ループ付きの代表的なコロニーを選び、50μLの超純化水を含む1.5mL遠心分離機チューブに移します。100°Cの加熱ブロックで7分間抱卵し、短時間渦巻きします。
3. 16,000 x g で3分間遠心分離し、ピペットを使って上清液を空の1.5 mL遠心分離機チューブに慎重に移します。次のステップに進み、上清液をテンプレートDNAとして使用するか、その間-20°Cで保存してください。

材料

この記事で使用された材料の一覧

名前	会社	カタログ番号	コメント
22°C/15°C インキュベーター	望む通りです。	NA
遠心分離機	望む通りです。	NA
エッペンドルフ・セーフロックチューブ、1.5 mL	エッペンドルフ	30120086	DNA抽出時に使われる遠心分離機チューブ。
フリーザー	望む通りです。	NA
加熱ブロック	望む通りです。	NA
ミリQ水	NA	NA	PCRおよび毛細管電気泳動の際に使用される精製水。標準的なレシピ;社内で制作されました。
エルシニア・ルッケリの純粋な栽培	NA	NA	例えば、クライオ保存や新鮮なものなどです。
ボルテクサー	望む通りです。	NA