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抗体の特異性プロファイリングのためのペプチドマイクロアレイ技術

July 8th, 2025

In This Article

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

出典:Cornett, E. M., et al. Analysis of Histone Antibody Specificity with Peptide Microarrays. J. Vis. Exp. (2017).

このビデオでは、ペプチドマイクロアレイ技術を適用して、ヒストンペプチド上の翻訳後修飾(PTM)を認識する抗体の特異性をプロファイリングする技術を示しています。既知のPTMの組み合わせを持つ固定化された蛍光色素標識ヒストンペプチドを含むマイクロアレイスライドを、標的PTM特異的抗体で処理します。このプロセスは、標的に対する抗体の特異性と、非標的PTMとの潜在的な交差反応性を特定するのに役立ちます。

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. 配列スライドとソースプレートのレイアウトの設計

  1. ArrayNinjaインターフェースの「スライドレイアウトの計画」見出しの下で、使用しているマイクロアレイプリンターに対応するリンクをクリックします
    手記：ArrayNinjaは、一般的に使用される2つのマイクロアレイプリンターのロボットの動きを模倣するようにプログラムされています(表1を参照)。他のアレイとの互換性は、ご要望に応じて構成できます。
  2. [Load plate] ダイアログボックス内をクリックし、「empty」と入力して [Enter] をクリックします。ArrayNinja デザインモジュールのスクリーンショットについては、図 1 を参照してください。
  3. スポット径を275 μm、スポット間隔を375 μmに調整します。残りの設定(Plate Blocks/plate row、Total plate Rows、replicates、features in y、Super Arrays、SuperA fudge;図1参照)を調整して、マイクロアレイスライド上の特徴の表示方法をカスタマイズします。
    手記：スポット径は、マイクロアレイピンのサイズによって決まります。これらの設定が調整される....

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Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

figure-results-1
図1:ArrayNinjaデザインモジュール。 ArrayNinja デザイン モジュールのスクリーン ショットは点線で示されています。コントロールパネル(上部)には、マイクロアレイプリンターで変更できるすべてのパラメーターが表示されます。これらのパラメータを調整すると、スライドレイアウトの漫画画像(左下)がリアルタイムで更新されます。レイアウトを設定した後、ユーザーは個々のスポットにマウスを合わせて、一意のフィーチャ識別子を入力できます。ArrayNinjaは、このユーザー入力から、指定されたマイクロアレイスライドレイアウトを作成するために必要なソースプレート(右下)の各フィーチャの位置のマップを構築します。

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Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
利益相反は宣言されていません。

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
印刷バッファアレイイットPPBの
BSAのオムニピュア2390
ストレプトアビジンコーティングガラス顕微鏡スライドグライナーバイオワン439003から25
ポリプロピレン384ウェルプレートグライナーバイオワン784201
ビオチン-フルオレセインシグマ53608
マイクロアレイプリンターに連絡するオーション2470Aushon 2470 マイクロアレイプリンター
マイクロアレイプリンターに連絡する遺伝子マシンオムニグリッド100OmniGridマイクロアレイプリンター
PBSのインビトゲン14190
ブロッキングバッファアレイイットSBBの
疎水性ワックスペンベクターラボH-4000ImmEdge疎水性バリアPAPペン
シリコンガスケットグレースバイオラボ622511
ハイブリダイゼーション容器サーモサイエンティフィック267061または同様の船舶
蛍光色素標識二次抗体ライフテクノロジーA-21244Alexa Fluor 647(ウサギ防止)
蛍光色素標識二次抗体ライフテクノロジーA-21235Alexa Fluor 647(アンチマウス)
ワックスインプリンターアレイイットMSI48
Tween-20 (トゥイーン 20オムニピュア9490
マイクロアレイスキャナーイノプシスイノスキャン1100ALまたは同等のマイクロアレイスキャナー
EipTitan ヒストンペプチドマイクロアレイエピサイファー112001
AbSurance Pro ヒストンペプチドマイクロアレイミリポア16668
MODified ヒストンペプチドアレイアクティブモチーフ13001
ヒストンコードペプチドマイクロアレイJPTのHis_MA_01
蝋ロイヤルオークガルフワックスワックスインプリンター用
加湿マイクロアレイスライドハイブリダイゼーションチャンバーVWRの97000-284
ハイスループット顕微鏡スライド洗浄チャンバーアレイイットHTWの
顕微鏡スライド遠心分離機VWRの93000から204
抗体 1アブカム8898
抗体 2ミリポア07-473
ビオチン化ヒストンペプチドエピサイファー2001年12月ペプチドの例。さまざまな修飾を付与した類似のペプチドは、いくつかの市販の供給源から入手可能です。
イメージマジックhttps://www.imagemagick.org/script/index.php
アレイニンジャhttps://rothbartlab.vai.org/tools/
名 名 の ) 名 名

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Peptide MicroarrayAntibody SpecificityHistone PeptidesPost Translational ModificationsFluorescence DetectionMicroarray ScannerHybridization BufferSecondary AntibodiesBlocking BufferWax Imprinter

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