サンプル採取を含むすべての手順は、研究所のIRBガイドラインに従って実行されています。
1. スナップチップの製作と保管
- シングルトランスファー方式(図1a)
- 400 μg/mL 抗体と 20% グリセロールをリン酸緩衝生理食塩水 (PBS) に含有する cAb 溶液を、相対湿度 60% (各スポットあたり 1.2 nL)、中心間間隔 800 μm のニトロセルロース (または官能基ガラス) アッセイスライド上にスポットします。スライドが一方の角に従ってスポッターデッキに固定されていることを確認してください(ここでは、左下隅が使用されました)。
- Spotted Assayスライドを室温で1時間、相対湿度60%でインキュベー
トします。
- アッセイスライド上に16個のコンパートメントを備えたスライドモジュールガスケットをクランプして、16個のウェルに分割します。0.1% Tween-20(PBST)を含むPBSを80 μLを各ウェルに加え、シェーカーで450 rpmで5分間振とうして、スライドを3回すすぎます。
- 各ウェルに80 μLのブロッキング溶液を加え、450 rpmで1時間振とうします。
- ガスケットを取り外し、アッセイスライドを窒素の流れで乾燥させます。
- トランスファースライドをスポッターデッキに固定し、スライドの左下隅をスポッターデッキの左下隅に押し付けます。インクジェットは、捕捉抗体(cAbs)と同じレイアウトで一連のアライメントマーク(ポリスチレンマイクロビーズの溶液)を見つけます。
- アライメントマークを乾かします。トランスファースライドを裏返してスポッターデッキに戻し、左下隅に固定します。
- 20 μg/mL 抗体、20% グリセロール、および 1% ウシ血清アルブミン(BSA)を含む検出抗体(dAb)スポッティング溶液を調製します。
- スポッターのカメラを使用して、位置合わせマークの写真を撮ります。この画像を基準としてスポッティングプログラムに実装し、インクジェットスポッターの画像認識システムに左上のマークを識別させます。その座標を dAb 配列の最初のスポットとして使用します。液滴あたり8nLをスポットし、中心間間隔は800μmです。
- ダブルトランスファー方式(図1b)
- インクジェットスポッターデッキの左下隅に転写スライド1を置きます。400 μg/mL 抗体、20% グリセロール、および 1% BSA 含有 PBS を含む cAbs 溶液を、相対湿度 60% (各スポットあたり 0.4 nL、直径 ~ 200 μm) のインクジェットマイクロアレイスポッターでスライド上にスポットします。中心間間隔は400μmです。
- スナップ装置(図2)を使用して、ニトロセルロースコーティングされた(または官能化ガラス)アッセイスライドで転写スライドをスナップし、cAb液滴をアッセイスライドに移します。
- スナップ装置の側面にある6つのボタンすべてを90度回して、すべてのプランジャーを引っ張って開いた位置にロックします。トランスファースライドをレセプタクルのスライドホルダーに挿入し、クリップされた角を固定ポゴピンに向けてください。最初の3つのボタンのセットを回して、金色のポゴピンでプランジャーを解放し、スライドが位置合わせピンに押し付けられていることを確認します。
- ニトロセルロースコーティングされたスライドをスナップ装置に逆さまに挿入し、4つのポゴピンに座らせます。3つのボタンの2番目のセットを回して、銀色のピンでプランジャーを解放し、スライドが位置合わせピンに押し付けられていることを確認します。
- 正確な位置決めのために、位置合わせピラーと穴を使用してトップシェルをスライドホルダーに置き、スナップ装置を閉じます。
- 閉じたスナップ装置をケージに挿入し、クロージャータブを完全に押し下げて、適切な圧力をかけながらマイクロアレイを対面させます。1分間閉じたままにします。
- スライドを分離します。アッセイスライドを室温で1時間、相対湿度60%でインキュベートします。ステップ1.1.3〜1.1.5で説明されているように、アッセイスライドを洗浄、ブロック、および乾燥します。
- インクジェットスポッターデッキに別の転写スライドを置き、左下隅を押します。50 または 100 μg/mL の抗体(表 1 を参照)、20% グリセロール、および 1% BSA を PBS 中に含有したスポット dAb 溶液。各スポットが 0.8 nL で、スポット間の中心間間隔が 400 μm であることを確認してください。
- アッセイとトランスファースライドを保管します。アッセイスライドとトランスファースライドの両方を乾燥剤が入った密閉バッグに密封し、-20°Cの冷凍庫に入れます。
2. スナップチップを用いたマルチプレックスイムノアッセイ
- アッセイスライドを冷凍庫から取り出します。スライドが室温になるまで、バッグを30分間密封したままにします。
- 0.05% Tween-20 を含む PBS でタンパク質をスパイクすることにより、7 ポイント連続希釈サンプル溶液を調製します。
手記:ここでは、5倍の希釈係数が使用されます。各タンパク質の開始濃度を表1に示します。
- 適宜、試料溶液を調製してください。例えば、ヒト血清をPBSTバッファーで4倍に希釈します。
- 16コンパートメントガスケットをアッセイスライドにクランプします。
- ピペッティングにより、8ウェルの1カラムに7種類のタンパク質希釈溶液とタンパク質を含まないPBST緩衝液を充填します。同じスライド上の他の8つのウェルのサンプル溶液をピペットで披露します。
注:各ウェルに80μLの溶液を収めることができます。必要に応じて、より多くのスライドを使用して追加のサンプルを測定できます。
- サンプルを450rpmのシェーカーで室温で1時間、または4°Cで一晩インキュベートします。スライドをPBSTで450rpmで3回、毎回5分間洗浄します。ガスケットを取り外し、窒素ガスの流れの下でスライドを乾燥させます。
- dAbsを使用したトランスファースライドを冷凍庫から取り出します。バッグを室温で30分間密封しておきます。次に、60%の湿度安定化ビーズが入った密閉チャンバー(空のチップボックスなど)でスライドを20分間インキュベートし、水分補給します。
- スナップ装置(図2)を使用して、転写スライドをアッセイスライドにスナップし、dAb液滴を転写します。スナップ装置の操作については、セクション1.2.2を参照してください。
- スライドを分離します。アッセイスライドを60%湿度安定化ビーズを含む密閉チャンバー内で1時間インキュベートします。アッセイスライドを16コンパートメントガスケットでクランプし、PBSTを使用して450rpmでスライドを450rpmで4回、毎回5分間すすぎます。
- PBS中の2.5 μg/mLストレプトアビジンフルオロフォアを含む溶液80 μLを各ウェルにピペットで移します。シェーカーで450rpmで20分間インキュベートします。
- スライドをPBSTで3回、シェーカーで蒸留水で1回450rpmですすいでください。ガスケットを取り外し、窒素ガスを使用してスライドを乾燥させます。
3. スライドスキャンとデータ解析
- 635 nmレーザーを使用して、蛍光マイクロアレイスキャナーでアッセイスライドをスキャンします。
- 分析ソフトウェア(array-pro analyzerなど)を使用して、各スポットの正味強度を抽出します。
- 統計ソフトウェアを使用して各タンパク質の検出限界(LOD)を計算し、サンプル中のタンパク質濃度を決定します。
手記:LOD は、標準曲線の Y 切片に 3 つの独立したアッセイの標準偏差の 3 倍増加したものとして定義されます。
>表1. 50プレックスアッセイのバッファー中のタンパク質濃度とLOD。CA 15-3 の LOD は U/ml (*) です。
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| タンパク質名 | 開始濃度(ng/ml) | LOD(pg/ml) | タンパク質名 | 開始濃度(ng/ml) | LOD(pg/ml) |
| ANG2 | 500 | 1.3 × 104 | IL-6b | 1 | 2.1 × 102 |
| BDNFの | 500 | 1.0 × 102 | IL-5 | 50 | 77 |
| CA 15-3* | 1 | 4.9 × 103 | IL-4 | 1000 | 1.5 × 104 |
| CEAの | 1000 | 5.4 × 103 | IL-2 | 50 | 76 |
| CXCL10/IP-10 | 50 | 1.7 × 102 | LEPの | 200 | 4.0 × 102 |
| CRPの | 200 | 44 | ミグ | 500 | 11 × 102 |
| 英語 | 1000 | 6.2 × 102 | CCL3/MIP-1α | 50 | 3.3 |
| EGFの | 50 | 1.8 × 102 | CCL4/MIP-1β | 50 | 12 |
| EGFR | 200 | 1.9 × 102 | MMP-3 | 500 | 1.0 × 102 |
| FAS-L | 500 | 4.5 × 102 | M-CSFの | 500 | 8.2 × 103 |
| FGFの | 500 | 1.0 × 103 | MMP-9 | 200 | 3.1 × 102 |
| G-CSFの | 500 | 39 | CCL2/MCP-1 | 50 | 55 |
| GM-CSFの | 50 | 3.8 | NCAM-1 | 500 | 1.7 × 103 |
| グロα | 50 | 3.0 × 102 | β-NGFの | 200 | 1.4 × 103 |
| HER2 | 500 | 3.5 × 103 | NT-3 | 200 | 5.8 × 102 |
| PDGF-BBシリーズ | 200 | 73 | OPNの | 500 | 1.9 × 103 |
| IL-1β | 500 | 7.9 × 102 | RBP4 | 200 | 1.2 ×102 |
| IL-1ラ | 200 | 1.1 × 103 | SPARC | 1000 | 4.6 ×104 |
| IL-15 | 50 | 8.2 × 102 | TNF-α | 50 | 4.4 |
| IL-12 | 1 | 30 | TNF-RI | 50 | 1.3 × 102 |
| IL-11 | 500 | 1.2 × 103 | TNF-RIIの | 50 | 12 |
| IL-10 | 500 | 6.1 ×102 | FAS/TNFRSF6 | 200 | 2.8 ×102 |
| IL-8 | 50 | 6.6 | uPA | 200 | 24 |
| IL-7 | 2.5 | 26 | uPAR(CD87) | 200 | 76 |
| IL-6a | 1000 | 84 | ベグフ | 200 | 6.7 × 102 |