スルーエリスロマイシンの異種合成 E大腸菌の以下のような実験の手順が含まれます。各ステップは、使用しての治療自然な製品の生産に意欲、可能性、そして課題の文脈で説明する E大腸菌の代理ホストとして。
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スルーエリスロマイシンの異種合成 E大腸菌の以下のような実験の手順が含まれます。各ステップは、使用しての治療自然な製品の生産に意欲、可能性、そして課題の文脈で説明する E大腸菌の代理ホストとして。
複雑な天然物の異種生産は現在の限界と今後の可能性に対処するために設計のアプローチである。それは治療的価値を有しているが、十分に生産または製造の改良型の恩恵を受けることはできませんこれらの化合物のために特に有用である。 2)異種の再構成、3)製品分析1)遺伝的伝達:関与の実験手順は、次の3つのコンポーネントに分割できます。各実験コンポーネントは課題を満たすとこの新興アプローチに関連する機会を予想する継続的な最適化の下にあります。
異種合成は、貴重な天然物の責任遺伝子配列の同定から始まる。異種宿主に、このシーケンスを転送は、製品の形成に関与する生合成経路の複雑さによって複雑になる。抗生物質のエリスロマイシンが良い例です。二十の遺伝子()> 50キロバイト、総額は最終的な生合成に必要とされています。さらに、これらの遺伝子の3つのサイズがmegasynthases、マルチドメイン酵素それぞれ〜300kDaのをエンコードします。この遺伝物質を設計し、 大腸菌に転送する必要があります再構成された生合成のための大腸菌 。 PCR産物の分離、オペロンの構築、マルチcystronicプラスミド、および電気変換の使用は、エリスロマイシンの大腸菌への遺伝的クラスタを転送することで説明される大腸菌 。
一度転送、 大腸菌大腸菌細胞は、最終的な生合成をサポートする必要があります。このプロセスは 、Eとの間の実質的な違いは与えられた挑戦している大腸菌や複雑な天然物の形成に関与する最も元ホスト。セルは、生合成をサポートし、協調的に活性な酵素を生成するために転送遺伝クラスタを表現するために必要な基質を提供する必要があります。エリスロマイシンA、Eの場合には大腸菌細胞は、2つの前駆体(PRを提供するように設計しなければなりませんでしたopionyl-CoAと(2S) - メチルマロニルCoA)生合成に必要。また、遺伝子配列の変更、プラスミドのコピー数、シャペロニン共発現、翻訳後修飾酵素、およびプロセス温度も最終エリスロマイシン形成できるようにする必要がありました。
最後に、成功した生産が評価されなければならない。エリスロマイシンのケースでは、我々は2つの方法を紹介します。第一は、液体クロマトグラフィー - 質量分析(LC-MS)が生産を確認し、定量化することである。エリスロマイシンの生物活性はまた、抗生物質活性を枯草菌に対してテストされているバイオアッセイを使用することによって確認される。エリスロマイシン確立アセスメントアッセイEから生合成大腸菌や生産を改善したり、多様化する将来のエンジニアリング作業のために、このアプローチを使用して、新しい複雑な天然化合物の生産のための段階を設定します。
エリスロマイシンは、グラム陽性土壌細菌サッカerythraeaによって生成されるポリケチド抗生物質であり、現在の生産量は徐々に伝統的な変異誘発およびスクリーニングプロトコルの十年を通じて、より最近でプロセスの最適化スキーム〜1-6〜10グラム/ Lに向上しました。変異誘発およびスクリーニング戦略は培養及び/の難しさの結果として、または遺伝的にネイティブの本番ホストを操作し、容易に入手できるので、抗生物質活性や選択を支援するための改善された成長の表現型の抗生物質の天然製品開発では一般的である。エリスロマイシンA、Sの場合にはerythraea生産と新規な誘導体の生合成の急速な進歩を妨げ、したがって、遅い成長プロファイルとより直接的な遺伝子操作技術の欠如( 大腸菌などの生物に比較して)によって制限されます。生産性の問題を認識し、diversificatiの鍵を開けたエリスロマイシンAのような化合物を用いた可能性について、研究コミュニティは異種合成( 図1)7のアイデアを追求し始めた。これらの努力は、エリスロマイシン遺伝子クラスター8月11日のために利用可能な配列情報と一致した。それを配列決定し、複雑な天然物の遺伝子クラスターの数が大幅にエンコードされた薬効がある可能性にアクセスするための異種合成における継続的な努力のための原動力を提供し、12から16を拡大したことを強調すべきである。そのためには、異種の再構成は、新しいホストが特定の生合成経路のニーズを満たすことが必要です。E.大腸菌は、技術的な利便性、製品開発のための分子生物学的技術、代謝およびプロセスエンジニアリング戦略のワイドスパンセットを提供します。しかし、ネイティブの本番ホスト、 大腸菌と比較した場合、 大腸菌は、複雑な天然物の生産の同じレベルを示していない。したがって、Eかどうかは不明であった。大腸菌は、複雑な天然物の生合成のための実行可能な異種オプションとして役立つかもしれません。しかし、それは、 大腸菌と仮定した異種合成を達成することができれば、理想的な大腸菌宿主生物であろう。
念頭に置いてこのゴールで、初期の取り組みは、6 -デオキシエリスロノリドB(6dEB)Eを通じてポリケチドアグリコンの製造を開始大腸菌 。ただし、ネイティブE.大腸菌の代謝はプロピオニルCoAのかなりのレベルを提供し、(2S) -メチルマロニルCoAの前駆体は6dEB生合成をサポートするために必要なことができなかったり、新しいホスト·翻訳後エリスロノリドBシンターゼ(DEBS)酵素を変更する可能性があります。これらの問題を解決するには、ネイティブおよび異種酵素から成る代謝経路を大腸菌に組み込まれていたこの経路を完了するためにエンジニアリング時に、SFP遺伝子が目の中に入れた、外生的に供給されたプロピオン酸プロピオニル-CoAとその後(2S) -メチルマロニルCoAに細胞内で変換されたことなどの大腸菌Eの電子染色体BAP1と呼ばれる新しい株を産生する大腸菌 BL21(DE3)。 SFP酵素はDEBS酵素17,18に4'-phosphopantetheine補因子を結合できるトランスフェラーゼphosphopantetheinylです。 3 DEBS遺伝子(それぞれ〜10キロバイト)を、誘導T7プロモーターを含む2つの別々に選択可能な発現ベクター上に置かれた。誘導後の温度(22℃)のキー調整した後、DEBS遺伝子が協調6dEB 19を生成することが可能なアクティブ状態でBAP1内で発現させた。
フルエリスロマイシンの追求が生合成その後スポラmegalomiceaから類似遺伝子クラスターまたはSからの遺伝子から構成されるハイブリッド経路の使用を開始しましたerythraea、S. fradiae、およびS.それぞれ中間エリスロマイシンCと6 -デオキシエリスロマイシンD、20から22を生産venezuelae。最近では、私たちのグループはerythromを生産することによって、これらの努力を拡張しましたE.を通じてycin A(エリスロマイシンの最も臨床的に意義のある形) 大腸菌 。前作とは対照的に、我々の戦略は、協調的に20元Sを表明ポリケチド生合成、デオキシ糖の生合成および添付ファイルは、追加仕立て、自己抵抗( 図2)のために必要erythraea遺伝子 。合計では、26(ネイティブおよび異種)遺伝子を大腸菌を許可するように設計された4 mg / Lで23,24のエリスロマイシンを産生する大腸菌 。この結果は、 大腸菌を用いて複雑なポリケチド天然物の完全な生産を確立大腸菌やレバレッジ、この新しい制作オプションをするか、新しいものを追求するための基礎として役立つ。
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下のテキストは、エリスロマイシン抗生物質に特異的であるが、手順は、異種合成の候補として他の天然物に一般的に適用できるように設計されています。
1。エリスロマイシン遺伝クラスタ転送
2、E.大腸菌の生合成再構成
3。製品分析
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このアプローチの望ましい結果は、 大腸菌から完全に生理活性天然物の生産である異種宿主大腸菌 。これは最高の生産量( 図6)と( 図7)は、最終的な活性を確認するために使用される抗菌性バイオアッセイを確認し、定量化するために使用したLC-MSの結果によって表されます。異種合成の全体的なスキームでは、この結果は、成功を定義します。一度達成し、研究活動は、最適化(両方の携帯電話およびプロセススケールで)と分子工学に向ける。最終目標は、プロセスへの合理的な修正が高まったり広げ活性スペクトルの可能性と、元の化合物の変異体を産生するために行うことができることそのような異種システム上の元の化合物および制御のための経済的な生産プロセスを含む。
所望の化合物を生成するために失敗すると、その後数々のコンティンジェンシー·プラントンをトリガ成功した生合成を禁止されているアプローチのどの部分を評価するO。これらのトラブルシューティングメカニズムの多くは、上記のプロシージャ内に建てられています。我々の経験...
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異種合成における重要なステッププロセス内の3つの手続きの各時点で発生している:1)遺伝的伝達、2)生合成の再構成、3)製品分析。いずれかの段階で問題は異種合成の確立を究極の目的を脱線させるでしょう。これは絶対に成功した解析を可能にするために必要とされているので、おそらくプロセスの最も困難な側面は、再構成された生合成を確立しています。しかし、再構成は、最終的な生合成を担う遺伝物質の慎重なデザインと転送に依存しています。同様に、設立され、高感度な分析方法(LC-MSのように)そうでなければ生産の不足として解釈されることがあり、小さな力価レベルを検出することができます。それは異種合成が困難になり、このような状況の集大成です。
エリスロマイシン例に関しては、PCRにより単離さ確認遺伝子配列が個別にEXPについて試験した事前の協調発現および天然産物の形成のための遺伝子を統合へression。製品分析における最初の試みの間に、中間体化合物は、最初シャペロニン(GroEL / ESが)必要な遺伝子クラスターと共発現させたときにのみ確認された。生合成の最後のステップ(eryK)の...
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特別な利害関係は宣言されません。
著者らは、異種の生合成に特化プロジェクトを支援するための資金のためのNIH(AI074224とGM085323)とNSF(0712019および0924699)に感謝。
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| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| 試薬の名称 | 会社 | カタログ番号 | コメント(オプション) |
| PCR装置 | エッペンドルフ | Mastercycler個人 | |
| ジメチルスルホキシド(DMSO) | フィッシャー | BP231 | |
| エレクトロポ | BioRad社 | Micropulser | |
| IPTG | フィッシャー | BP1620 | |
| プロピオン酸ナトリウム | シグマ | P1880 | |
| L-アラビノース | シグマ | A3256 | |
| 冷蔵シェーカー | サーモサイエンティフィック | MAXQ 4000 | |
| フュージ | Eppendorf | 遠心分離機5415D | |
| pGro7 | タカラ | シャペロンプラスミドセット(3340) | |
| pET21、pET28、PCDF-デュエット-1 | EMDケミカルズ | 69742から3、69864、71340 | |
| LC-MS | アプライドバイオシステムズ | 3200 Q-トラップ | |
| 酢酸エチル | シグマ | 270989 | |
| メタノール | シグマ | 322415 | |
| 真空遠心分離機 | エッペンドルフ | コンセントレータ5301 | |
| ロータリーエバポレーター | ビュッヒ | R-200 |
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