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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
我々は、植物におけるモノクローナル抗体およびレポータータンパク質の一過性発現に対する導入遺伝子の調節エレメント、植物の成長および発達パラメータ、およびインキュベーション条件の影響を決定し、モデル化するのに使用することができる実験アプローチの設計を記載している。
植物は、低コスト、拡張性、安全性などのバイオ医薬品の生産のための複数の利点を提供します。一過性の発現は、短期開発と生産時間の付加的な利点を提供していますが、発現レベルは、このように適正製造基準の文脈における規制の懸念を生じさせるバッチ間で大きく異なります。我々は、バッチ間の発現の変動性に発現中に調節発現構築物の要素、植物の成長および発達パラメータ、およびインキュベーション条件、などの主要な要因の影響を決定するための実験計画法(DoE)アプローチの設計を用いる。私たちは、モデル抗HIVモノクローナル抗体(2G12)、蛍光マーカータンパク質(DsRedの)を発現する植物をテストしました。我々は、モデルの特定のプロパティを選択するための理論的根拠を議論し、その潜在的な制限を識別します。一般的なアプローチは、容易に他の問題に転送することができるため、モデルaの原理広く適用日時:知識ベースのパラメータの選択、より小さなモジュールに最初の問題を分割することにより、複雑さの低減、最適な実験の組み合わせのソフトウェア誘導セットアップと段階的なデザイン増強。そのため、方法論だけでなく、植物におけるタンパク質発現を特徴付けるためだけでなく、機械論的な説明を欠いている他の複雑なシステムの調査のために有用である。パラメータ間の相互接続性を記述した予測式は、他の複雑なシステムのための機械論的なモデルを確立するために使用することができます。
植物が成長する安価であるため、植物における生物薬剤学的タンパク質の産生が有利で あり、プラットフォームは、単により多くの植物を成長させることによってスケールアップすることができ、ヒト病原体1,2を複製することができない。 アグロバクテリウムツメファシエンスと葉の浸潤に例えば基づく一過性発現戦略DNA送達および精製された製品の納入の時点までの時間が2ヶ月未満〜3年に短縮されるため、追加の利点を提供します。一過性発現は、機能喪失型変異体を補完するか、タンパク質相互作用4-6を調査する能力についての遺伝子を試験するために、例えば 、機能分析のために使用される。しかしながら、一過性発現レベルは、トランスジェニック植物7-9における発現レベルよりも大きいバッチ間の変動を示す傾向がある。これは、バイオ医薬品製造プロセスは、一過性発現のWiに基づいて、可能性を減少させる再現性が重要な品質属性であるとリスク評価10される場合がありますので、適正製造基準(GMP)のコンテキストで承認されちゃう。このような変化も、研究者が調査する予定の相互作用をマスクすることができます。したがって、我々は、植物において一過性発現レベルに影響を与える主な要因を特定するために、高品質の定量的な予測モデルを構築するために設定してください。
1ファクターを1つずつ割り当てる(OFAT)アプローチは、多くの場合、実験11の結果( レスポンス )上の特定のパラメータ( 要因 )の影響( 効果 ) を特徴づけるために使用されている。調査( 実験 )中の個々のテスト( 実行 ) を試験している要因によって張ら潜在的な面積( 設計空間 )を介して文字列に真珠のように整列されますので、しかし、これは次善である。設計空間のカバレッジ、したがって実験から得られる情報の程度である図1A 12に示すように、低い。 図1B 13に示すように、さらに、異なる因子( 因子相互作用 )間の相互依存性が悪くモデルおよび/ または偽最適の予測をもたらす隠されたままにすることができる。
上述の欠点は、複数の因子が二つの実験14の間に変化することを意味し、実験の実行は、設計空間の全体にわたってより均一に散乱された実験計画法(DoE)アプローチの設計を使用することによって回避することができる。そこの混合物は、スクリーニングの要因( 要因計画 )に特化したデザインがあるとレスポンス( 応答曲面法、RSM S)15上の要因の影響の定量。さらに、中央のRSMは、複合デザインとして実現できるだけでなく、実行の選択のための異なる基準を適用することができ、特殊なソフトウエアを使用することによって効果的に達成することができる。例えば、いわゆるD-optimalitY基準はIV -最適性基準が設計空間15,16を通して最も低い予測分散を実現するランを選択し、一方、そのように得られたモデルの係数での誤差を最小化するために実行を選択します。我々はここで説明するRSMは、植物における一過性タンパク質発現の正確な定量を可能にするが、それは簡単にいくつかの(〜5-8)、数値の要因( 例えば 、温度、時間、濃度)、および2〜(数に関係する任意のシステムに転送することができます- 4)機械論的な説明がモデルに使用できないか、複雑すぎる合式因子( 例えばプロモーター 、色)が。
実験計画アプローチは農業科学の起源が、それは、それが信頼性のあるデータを得るために必要な実行回数を低減し、複雑なプロセスの記述的モデルを生成するのに有用である任意の状況に転送可能であるため、他の領域に広がっている。これは、順番には、「指導における実験計画の包含につながっている業界は、ヒト用医薬品(ICH)17を登録するための技術要件の調和に関する国際会議で発表さQ8(R2)の医薬品開発は「。エネルギー省は、現在の科学的研究と産業18で広く使用されているが、介護は時に注意が必要複数線形回帰モデル( ベースモデル )のための不適当な多項式の次数を選択しているため、計画、実験の実行が正しく、すべての因子の影響をモデル化するために追加の実行の必要性が生じる可能性があります。また、破損または欠落したデータが正しくないモデルと欠陥のあるを生成予測、さらには、プロトコルと議論のセクション18で説明したようにいずれのモデル構築の試みを防ぐことができます。プロトコル]セクションで、我々は最初に、RSMベースの実験のための最も重要な計画手順を設定し、エネルギー省に基づいて設計を説明しますソフトウェアのDesignExpert V8.1は。しかし、同じようなデザインは、他のソフトウェアincludiを使用して構築することができますNG JMP、Modde、およびSTATISTICA。実験手順は、データ分析·評価するための指示が続きます。

図1。 OFATとDOEの比較。A。実験(黒、赤と青の円)での時間(OFAT)にして1つの要素の逐次変化は設計空間(斜線領域)の低カバレッジを実現しています。これとは対照的に、実験(DOE)戦略(緑の円)のデザインを使用して、一度に複数の因子の変動が取材し、得られたモデル。Bをこのように精度が向上します。偏った設計空間カバレッジはOFAT実験(黒丸)も、最適な動作領域(赤)を特定し、次善の策(大きな黒丸)を予測するために失敗する可能性があることを意味し、一方、エネルギー省のstrategiES(黒い星)が好ましい条件(大きな黒い星)を識別する可能性が高くなります。
1。エネルギー省戦略の計画

表1。変動を含め、タバコの一過性タンパク質発現に影響を与える要因は、エネルギー省の間にわたる。太字の要因のみが斜体の要因に対し、「異なるプロモーター/の5'UTRを使用して一過性発現の間のDsRedの蓄積の記述モデル」の下に記載された実験のための設計に含まれていた唯一の "incubatio最適化するための設計に含まれていたn個の条件および「一過性発現を用いて、植物におけるモノクローナル抗体の産生のための収穫スキーム。

図2。エネルギー省の計画プロセス。調査中の応答に重要な影響を持つ要因は、利用可能なデータに基づいて選択される。その後、因子の属性( 例えば 、数値)、範囲とレベルが割り当てられます。以前の知識および実験は、適切なベースモデルを定義するために使用される。予測力要件は、最終的なモデルの適用/目的に基づいて定義されています。コンパイルされたデータは、その後、適切な実験計画ソフトウェアに転送することができる。
2。 DesignExpertでRSMを設定する

図3 FDSプロットの比較。 90の実行からなる。A DOEは検出可能な最小差(20μg/ ml)をし、推定の値と組み合わせて、二次ベースモデルを使用して、予測の標準誤差のためにわずか1%の不十分FDSを生成システム(8μg/ ml)を。Bの標準偏差を交配。 210ランの合計エネルギー省の増強は、設計空間全体モデルの均一な精度を示す100%FDSとフラットカーブを達成しました。
3。クローニングと発現解析カセット

図4プロモーター及び5 'UTRは、発現カセットは配列のnosは、4つの付加的な変異を生じると、このプロモーターの置換、続い35SSのCaMVプロモーターを有する4つの組み合わせ、その結果、5'UTRの段階的な交換によって作製した。変異 8異なるプロモーター/ 5'UTRの組み合わせの合計。
4。植物栽培
5。一過性のタンパク質発現
6。タンパク質定量
7。データ分析と評価
異なるプロモーターとの5'UTRを使用して一過性発現の際のDsRedの蓄積のための記述的モデル
葉の抽出物中のDsRed蛍光は、組換えタンパク質の発現レベルを示すために使用されたので、実験計画戦略の応答として使用した。我々は、関連すると考え検出可能な最小の違いは、20μg/ mlのであり、システムの推定標準偏差は、最初の実験に基づいて8μg/ mlのだった。一過性発現モデルに含まれる因子は、文献データの7,8、我々の以前の結果9に基づいて選択した。調査した範囲も、これらのデータに従って選択された( 表1)。少なくとも三つのレベルは、二次ベースモデルの計算を可能にするすべての個別の数値の要因のために選択した。 D最適選択アルゴリズムは、エネルギー省の選択のために選ばれたことのための最も正確な推定値を得るために実行されます回帰モデルの係数。最初にDesignExpertによって提案設計は90ランからなるしかしFDSは、予測( 図3A)、1%の標準誤差を達成するのに不十分であった。 210ランの合計に対する設計のD最適増加は、この問題を解決し、フラットな曲線( 図3B)が示す設計空間全体でより均一な予測精度100%のFDSとなりました。
DsRedの濃度は、すべての210の実行について決定し、データをログ10に形質転換した。モデル係数は0.100のアルファレベルの立方体のモデルからの自動後方選択によって選択された。これは、複数の相関係数( 表2)のために重要でないの欠如·オブ·フィット感と高い値との有意なモデル( 表2)となりました。すべてのモデル係数のp値<0.05であり、したがって、モデルのさらなる手動操作は必要ありませんでした。モデルが含まれている最初の二次ベースモデルに含まれていなかった3因子間の相互作用( 表2)。再評価のすべての要因を使用してFDSグラフの最終予測モデルに含まれる予測の標準誤差のためにFDSを大幅に追加の3因子間相互作用(FDS = 150)に含めることによって減少しなかったことを明らかにした。
( 図は図5 DesignExpertにおけるモデル品質診断ツールは、データ変換が有用であることが示され、残差の正規プロットは線形挙動を示し、特定のパターンが予測プロット対残差は認められなかったため、モデルには不足している要因はありませんでした。)隠された時間依存変数( 図5C)を示すために、実験の過程を通してない傾向もありませんでした。代わりに、モデル予測は、観測されたDsRed蛍光( 図5D)と非常によく一致した。私たちは、トンhereforeは、選択したモデルは8日間続くポスト浸潤のインキュベーション期間中に別のプロモーター/ 5'UTRの組み合わせによって駆動非子葉タバコの葉におけるDsRedの一過性の発現を予測するために有用であったと仮定した。また、間違った因子の選択及び形質転換( 図6)の結果を例示するためにデータ変換することなく、人工的な線形回帰モデルを選択した。明らかに、残差の正規プロットは、予想される非線形挙動( 図6A)から逸脱し、「V」字型の残差でパターンを対プロットの代わりに、ランダムな散乱( 図6B)の予測もある。さらに、ランプロット対残差が最適なモデル(対角)( 図6D)から逸脱2極値( 図6C)、予測は両方のための乏しいながら、小型で高い値を、強調しています。
CaMVの35と5'UTRの組み合わせ以前に報告された34および対応する因子が実験計画モデル( 表2)で有意であることが見出されたように、SSプロモーターのnosプロモーターとの組み合わせよりも強いDsRedの発現( 図5Aおよび5B)をもたらした。モデルは、葉の年齢が私たちのこれまでの知見19、その他7,8のそれとよく一致した若葉に高いことが示された発現レベル( 図7Bおよび7D)と有意な因子であった( 表2)と予測した。葉におけるDsRedの蓄積の進行は、直鎖状または指数関数的ではなかったが、モデルに従って後処理浸透のインキュベーションの8日の間にS字状曲線に従った。興味深いことに、DsRedの発現の対応の面での5'UTRのない固定順序はありませんでし。したがって、5'UTRの「強さ」添付プロモーターに依存していた。それは、このことはほとんどありませんプロモーターと5'UTRの相互依存関係はOFAT実験を用いて明らかにされていたであろう。予測モデルはまた、プロモーター/ 5'UTRの組み合わせ( 例えば 。のCaMV 35SS/CHSおよびNOS / CHS( 図7Aおよび7B)、CaMVの35SS/omegaおよびNOS / CHSまたはCaMVの35SS/CHSとCaMVの35SSの特定のペアを示した/ TL)は、すべての葉やインキュベーション時間> 2日間( 例えば 。のCaMV 35SS/omegaおよびNOS / CHSのための比は〜8.0であった)20間で定義された比率から30%未満だけ異なる、バランスのとれた発現レベルとなった。このようなバランスの取れた表現は、このような明確な化学量論35,36とIgAのような多量体タンパク質の発現に有用である。

図5。grapをモデル品質のhical評価。残差がラインに従っているため、内部スチューデント化残差の。正規確率プロットは正規分布を示している。B。内部的にはスチューデント化残差は、適切なデータ変換を表す予測された応答(蛍光)のすべての範囲の値をゼロ付近に散乱。℃。内部的にはスチューデント化残差は、隠された一時的な効果がないことを示し、実験の全経過中に値ゼロの周りに散乱する。D。予測と応答の実際の値はすべての点が対角(理想モデル)に近い嘘のようによく一致している。

図6。低モデル品質を示す診断。A 。B。内部的にはスチューデント化残差は、不適切なデータ変換を示す「V」字型の分布を示します。C。内部的にはスチューデント化残差は、実験の全経過中に値ゼロの周りに散乱させないが、正の値の傾向を示す。さらに、2つの極端な値を求めることができる。D。ほとんどのポイントは、対角(理想モデル)から逸脱としての応答の予測値と実際の値が悪い一致している。

図7。レスポンスがタバコの葉に一過性のDsRed発現のために表面。A 葉2 trong> NOS / CHSと、b。 CaMVの葉2 35SS/CHSと、c。葉6中のCaMV 35SS/TL と、d。葉6中のCaMV 35SS/CHS。 DsRedの濃度は、インキュベーション期間中にS字状の様式で増加した。発現レベルは若葉(CとD内などの葉6)へとCaMVの35SSプロモーター(B)と比較して、NOS(A)について比較した(AとBに例えば葉2)古い葉で低かった。 5'UTRもDsRedの発現(CHS 対例えば TL(C)(D))が、発現強度が添付プロモーターに依存していたに大きな影響を与えた。
| ソース | 二乗和 | "> DF2乗平均 | F値 | p値 | |
| モデル | 174.85 | 95 | 1.84 | 182.12 | <0.0001 |
| 葉上の位置(A) | 0.16 | 1 | 0.16 | 16.06 | 0.0001 |
| インキュベーション時間(B) | 112.46 | 1 | 112.46 | 11128.22 | <0.0001 |
| 葉の年齢(C) | 15.24 | 7 | 2.18 | 215.39 | <0.0001 |
| プロモーター(D) | 23.49 | 1 | 23.49 | 2324。29 | <0.0001 |
| 5'UTR(E) | 0.93 | 3 | 0.31 | 30.61 | <0.0001 |
| 交流 | 0.24 | 7 | 0.034 | 3.38 | 0.0026 |
| BC | 1.46 | 7 | 0.21 | 20.64 | <0.0001 |
| BD | 2.27 | 1 | 2.27 | 224.51 | <0.0001 |
| BE | 0.87 | 3 | 0.29 | 28.74 | <0.0001 |
| CD | 0.29 | 7 | 0.042 | 4.11 | 0.0005 |
| CE | 0.43 | 21 | 0.021 | 2.04 | 0.0093 |
| DE | 0.48 | 3 | 0.16 | 15.73 | <0.0001 |
| B2 | 6.34 | 1 | 6.34 | 627.29 | <0.0001 |
| BCD | 0.95 | 7 | 0.14 | 13.42 | <0.0001 |
| BCE | 0.39 | 21 | 0.019 | | 0.0230 | |
| BDE | 0.16 | 3 | 0.054 | 5.37 | 0.0017 |
| B2D | 1.49 | 1 | 1.49 | 147.93 | <0.0001 |
| 残余 | 1.15 | 114 | 0.010 | ||
| 不足·オブ·フィット | 1.08 | 104 | 0.010 | 1.45 | 0.2669 |
| 純粋なエラー | 0.072 | 10 | 7.153E-003 | ||
| 相関合計 | 176.01 | 209 | |||
| 相関係数 | 値 | ||||
| R二乗 | 0.9935 | ||||
| 調整済み決定係数 | 0.9880 | ||||
| 予測r平方 | 0.9770 |
表2。予測に含ま要因タバコの一過性のDsRed発現のためのモデルは、異なるプロモーター/ 5 'UTRの組み合わせを使用して残ります。3因子の相互作用は、太字で強調されています。
インキュベーション条件および一過性発現による植物におけるモノクローナル抗体の産生のために収穫スキームの最適化
実験計画法はまた、タバコ19におけるモノクローナルHIV中和抗体2G12およびDsRedの同時生産のためのインキュベーション温度、葉浸潤、植物、収穫年齢スキームの細菌OD600nmを最適化するために使用した。収穫方式は、6つの最上部の葉例えば 、タンパク質抽出のために使用した葉を決定した。古い=成熟蕾状期= 47日で収穫後に表示、そこで(ヤング=早期蕾ステージ= 40日で収穫播種後、異なる年齢での植物中の各タンパク質(2G12とのDsRed)を発現させるための予測モデルを確立丁)。これらの4つのモデルは、次に評価し、それぞれの要因が含ま確立されたコンセンサスモデルは、個々のモデルにおいて有意であることが見出された。次に、コンセンサスモデルがまだすべての初期データセット( 表3)の良好な表現であることが確認された。コンセンサスモデルは、両方のタンパク質のための最適なインキュベーション温度(約22°Cおよび2G12のため〜25°CのDsRedについて)および細菌OD 600nmが (〜1.0)を同定するために使用した。これらの最適条件は、すべての葉(1-8)とリーフの位置老若男女植物における(1-4)でタンパク質濃度を予測するために使用した。濃度プロファイルは、異なる葉及び植物の年齢( 図8A)から得られた標的タンパク質の絶対量を得るために、バイオマスデータ19と統合した。絶対タンパク質量は、その後、私たちはそれぞれの葉/植物時代の処理のための費用対効果分析を実施することができ、関連するダウンストリームコストと相関していた。これは、明らかにそのタンパク質は、旧植物( 図8Bおよび8C)に比べて、全体的なバイオマスにもかかわらず、短い生育期間中に高い濃度に達したため、若い植物は一過性発現のために有利で あった。また、古い植物から全ての葉を処理し、葉1〜3を廃棄し、代わりにバッチあたり植物( 図8D)の数を増やすよりも高価であることがわかった。したがって、DOE-ベースのモデルは、プロセス分析のより複雑な側面を容易にするために、実験の最終段階をマークするだけで、適切なだけでなく、他のデータとの組み合わせです。バイオ医薬品タンパク質の全体の生産プロセスをカバーする相互接続された一連のモデルは、究極の目標である可能性があります。

図8。Integrat絶対的なタンパク質収率とプロセスコストを生じるバイオマスおよびタンパク質濃度データのイオン。 。葉バイオマスおよび標的タンパク質濃度は、若い葉。B内の2G12の偏った蓄積をもたらすコリニア方式で開発していない。のDsRedと〜同量の2G12の65%〜50%低い平均バイオマス、Cにもかかわらず、古いものに比べて若い植物で発見された。これは若い植物のより高い特定のタンパク質の発現を反映している。 開発 。より少ないバイオマスが少ない温室空間を必要とする加工する必要があるため、両方のタンパク質の生産コストの低減に翻訳特異的発現の増加、より少ない消耗( 例えば 。フィルタ)、およびより小さい下流の装置。
| 40 | 47 | |||||||
| 標的タンパク質[ - ] | のDsRed | 2G12 | のDsRed | 2G12 | ||||
| モデル[ - ] | 初期 | コンセンサス | 初期 | コンセンサス | 初期 | コンセンサス | 初期 | コンセンサス | R二乗[ - ] | 0.9829 | 0.9577 | 0.9321 | 0.9099 | 0.9436 | 0.9403 | 0.8826 | 0.8782 |
| 調整済み決定係数[ - ] | 0.9711 | 0.9480 | 0.9059 | 0.8893 | 0.9362 | 0.9350 | 0.8716 | 0.8674 |
| 予測決定係数[ - ] | 0.9510 | 0.9336 | 0.8272 | 0.8587 | 0.9254 | 0.9282 | 0.8554 | 0.8516 |
表3。初期RSの相関係数の比較Mモデルとタバコ植物におけるDsRedをと2G12式の最終的なコンセンサス·モデル。
公開手数料は、部分的に原稿やその内容については責任を負いの作成に携わっに関与していなかった企業Statease社(米国)とStatcon(ドイツ)が主催した。
我々は、植物におけるモノクローナル抗体およびレポータータンパク質の一過性発現に対する導入遺伝子の調節エレメント、植物の成長および発達パラメータ、およびインキュベーション条件の影響を決定し、モデル化するのに使用することができる実験アプローチの設計を記載している。
著者らは、この研究で使用したタバコ植物を栽培するためにPPAMの植物発現ベクターとイブラヒムアルAmediを提供するための博士トーマスラーデマッヘルに感謝しています。私たちは、原稿を編集すると、彼の援助のためリチャード·M·ワイマンに感謝したいと思います。この作業は、部分的には、欧州研究評議会上級助成「未来ファーマ」、提案番号269110とフラウンホーファーZukunftsstiftung(フラウンホーファー未来財団)によって資金を供給された。
| Design-Expert(R) 8 | 株式会社Stat-Ease(スタットイーズ) | n.a.DoE | ソフトウェア |
| Tryptone | Carl Roth GmbH | 8952.2 | メディアコンポーネント |
| 酵母抽出 | 物Carl Roth GmbH | 2363.2 | メディアコンポーネント |
| 塩化ナトリウム | Carl Roth GmbH | P029.2 | メディアコンポーネント |
| Ampicillin | Carl Roth GmbH | K029.2 | 抗生物質 |
| 寒天 | Carl Roth GmbH | 5210.2 | 培地コンポーネント |
| Escherichia coli K12 DH5a | Life Technologies | 18263-012 | Microorganism |
| pPAM | GenBank | AY027531 | Cloning/expression vector; |
| NucleoSpinプラスミド | MACHEREY-NAGEL GmbH | 740588.250 | プラスミドDNA分離キット |
| NucleoSpin ゲルおよびPCRクリーンアップ | MACHEREY-NAGEL GmbH | 740609.250 | プラスミドDNA精製キット |
| NanoDrop 2000 | Thermo Scientific | n.a.Spectrophotometer | |
| NcoI | New England Biolabs Inc. | R3193L | 制限エンドヌクレアーゼ |
| EcoRI | New England Biolabs Inc. | R3101L | 制限エンドヌクレアーゼ |
| AscI | New England Biolabs Inc. | R0558L | 制限エンドヌクレアーゼ |
| NEB 4 | New England Biolabs Inc. | B7004S | 制限エンドヌクレアーゼバッファー |
| TRIS | Carl Roth GmbH | 4855.3 | メディアコンポーネント |
| 四ホウ酸二ナトリウム | Carl Roth GmbH | 4403.3 | メディアコンポーネント |
| EDTA | Carl Roth GmbH | 8040.2 | メディアコンポーネント |
| アガロース | Carl Roth GmbH | 6352.4 | メディアコンポーネント |
| ブロモフェノールブルー | Carl Roth GmbH | A512.1 | カラーインジケーター |
| キシレンシアノール | Carl Roth GmbH | A513.1 | カラーインジケーター |
| グリセロール | Carl Roth GmbH | 7530.2 | メディアコンポーネント |
| ミニサブセル GT セル | BioRad | 170-4406 | ゲル電気泳動チャンバー |
| Agrobacterium tumefaciens株 GV3101:pMP90RK | DSMZ | 12365 | 微生物 |
| エレクトロポレーター 2510 | エッペンドルフ | 4307000.658 | エレクトロポレーター |
| 牛肉抽出 | 物カール・ロス GmbH | X975.2 | メディア部品 |
| ペプトン | カール・ロス GmbH | 2365.2 | メディア部品 |
| スクロース | カール・ロス GmbH | 4621.2 | メディア部品 |
| 硫酸マグネシウム | カール・ロス GmbH | 0261.3 | メディア部品 |
| Carbenicillin | Carl Roth GmbH | 6344.2 | 抗生物質 |
| Kanamycin | Carl Roth GmbH | T832.3 | 抗生物質 |
| Rifampicin | Carl Roth GmbH | 4163.2 | 抗生物質 |
| FWD プライマー | Eurofins MWG Operon | n.a.CCT | CAG GAA GAG CAA TAC |
| REV プライマー | Eurofins MWG Operon | n.a.CCA | AAG CGA GTA CAC AAC |
| 2720サーマルサイクラー | Applied Biosystems | 4359659 | Thermocycler |
| RNAfold webserver | University of Vienna | n.a.Software | |
| Ferty 2 Mega | Kammlott | 5.220072 | Fertilizer |
| Grodan Rockwool Cubes 10 x10 cm | Grodan | n.a.Rockwool | block |
| Greenhouse | n.a.n.a.For | plant cultivation | |
| Phytotron | Ilka Zell | n.a.For | plant cultivation |
| Omnifix-F Solo | B. Braun | 6064204 | Syringe |
| Murashige and Skoog salts | Duchefa | M 0222.0010 | Media component |
| Glucose | Carl Roth GmbH | 6780.2 | Media component |
| Acetosyringone | Sigma-Aldrich | D134406-5G | Phytohormon analogon |
| BioPhotometer plus | Eppendorf | 6132 000.008 | 光度計 |
| Osram クールホワイト 36 W | Osram | 4930440 | 光源 |
| リン酸二ナトリウム | Carl Roth GmbH | 4984.3 | メディアコンポーネント |
| 遠心分離機 5415D | Eppendorf | 5424 000.410 | 遠心分離 |
| 機 Forma -86C ULT 冷凍庫 | ThermoFisher | 88400 | 冷凍庫 |
| シナジー HT | BioTek | SIAFRT | 蛍光プレートリーダー |
| Biacore T200 | GE Healthcare | n.a.SPR | デバイス |
| プロテイン | A ライフテクノロジー | ズ 10-1006 | 抗体結合タンパク質 |
| HEPES | Carl Roth GmbH | 9105.3 | メディアコンポーネント |
| Tween-20 | Carl Roth GmbH | 9127.3 | メディアコンポーネント |
| 2G12 抗体 | Polymun | AB002 | リファレンス抗体 |