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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
このプロトコル説明排水綿棒の使用し、アエロモナス サルモニシダ、マイコバクテリウム属やなどの病原体を検出する歩哨の唯一の使用と比較して発見の増加につながるゼブラフィッシュにおける汚泥分析Pseudocapillaria キリ。検疫でユスラウメ卵を監視するシステムも提案する.
健康監視システムを開発し、動脈分布アエロモナス サルモニシダ、マイコバクテリウム属Pseudocapillaria のキリなどの病原体に可能性があるために、ゼブラフィッシュ研究施設で使用動物の福祉と研究を損ないます。魚は通常分析事後微生物を検出します。歩哨の使用は監視の感度を改善するために、サンプリングする動物の数を減らすために推奨される方法です。循環システムからプレろ過センチネル タンクの設定を説明します。水の汚染を防ぐために、魚の人口を表す手法を開発を年齢、性別、および系統の慎重に選択。動物の最小数を使用するために環境を選別する技術は詳細も。腹部、結核菌 haemophilum、など、いくつかの流行の病原性抗酸菌種の検出を改善する表面排水綿棒にポリメラーゼの連鎖反応 (PCR) を使用します。結核菌 chelonae。別の環境法下部貯蔵タンクやユスラウメの卵を探すために排水の汚泥処理で構成されます。これは水中に繁殖デバイス輸入動物の保有物タンクに沈む検疫で適用することができます安価で高速な手法です。最後に、汚泥サンプルに PCR は適用は、 A. サルモニシダは油溜めの底と表面で検出します。一般に、これらの特定の病原体に適用されるこれらの環境スクリーニング技術は、プレろ過歩哨のテストと比較して感度の向上につながっています。
研究と動物福祉1,2を保護するために病原体の存在は、動物施設内で監視されます。ゼブラフィッシュ、状態監視の3,4,5,6,7,8,9,10,11 の場合しばしば分析動物死後病理、細菌文化、または分子法に依存しています。植民地動物だけをテストは、魚や低有病の病原体を検出する必要がある関連費用の数のために推奨される方法ではありません。したがって、汚染物質の高い負荷に動物の小さなグループを公開するをお勧めします。これらの魚は、プレろ過歩哨と呼ばれます。この露出ヶ月続く、それは動物介護のワークロードおよび/またはいくつかの特化したエンジニア リング ソリューションの増加を伴います。別の挑戦は、肥沃な動物は維持されるが、これは死体にルーチン試金と互換性がない検疫でインポートされた行のスクリーニングです。
我々 はここでスクリーニング水生システムの環境で (A. サルモニシダ マイコバクテリウム属とユスラウメ) 特定のゼブラフィッシュの病原体を検出するいくつかの方法について説明します。目的は、稼働状態の監視に使用される魚の数を減らすし、売り上げ高、コスト、および検出の感度を最適化します。このようなメソッドの動物の使用に代わるとスクリーニングの輸入検疫にいくつかのテクニックを適用できます。たとえば、Mocho9は (歩哨を含む)、ゼブラフィッシュではなく排水綿棒で PCR を行いより多くの病原性抗酸菌種を識別することができる、これは少ないサンプル数で得られました。浮選と顕微鏡を用いた槽汚泥をスクリーニングしてより感度とユスラウメ卵が検出された、同調査は、PCR および病理組織学的に魚をテストするのではなく。
表 1は、sentinel プログラム3,4,5,6,7,8,9,10 のさまざまな特性をまとめたものゼブラフィッシュ施設数で使用されます。プレろ過歩哨最初植民地魚タンクを通して回覧されている水を受け取るに対し、後ろ過歩哨は植民地魚と同じ方法で水を受け取る。たとえば、プレろ過歩哨は、排水の水を継続的に受けたのプロセス循環システムを設定できます。これは、1 つの部屋に多くの独立したシステムがある場合、オプションをできない場合があります。この場合、プレろ過歩哨の 1 つのタンクは、部屋全体を画面に使用できます。歩哨は、循環システムの静的なタンクとのみプレろ過水すなわち部屋内のすべてのシステムからの排水水使用して彼らの水を定期的に変更します。この手法は環境のスクリーニングの有効性との比較の基準として以下に示すです。提案のセットアップは、pH または窒素汚染の減少のような水質問題を制御する設計されています。
細菌環境スクリーニングの概念は、細菌はバイオ フィルムなどに水表面で排水の壁にある、下部タンクの汚泥検出仮説に依存します。サンプに思われる理想的なサンプリング ポイント循環養殖システム (水、糞便、飼料、および他の有機材料) は廃棄物収集からすべてタンク プレろ過から。油溜めの表面は容易に到達可能な多くの場合、拭き取りは高速で、(たとえば手袋) からサンプルのクロス汚染を避けるため無菌実行できます。コンセプトは、ゼブラフィッシュ システム9,12流行病原性抗酸菌属を識別するために使用されます。テクニックは後述し、もゼブラフィッシュ排水表面綿棒と汚泥のA. サルモニシダの検出を報告しています。
寄生虫卵の環境スクリーニング、マレーらによって検出に基づく13浮選法は、寄生虫の糞便14寄生虫卵の顕微鏡的スクリーニング定期的に使用されます。Mocho9および魚ビオトープの他の種を検出する手法が使えるサンプリング プロセスに代わるものを提案します。感染したD. 学合格ユスラウメ彼らの糞便の卵と汚泥で、タンクの底に残る寄生虫卵。そこの密度が水より大きい収集できます。卵の密度があまりにも環境のサンプルを処理する使用されます。遠心分離と最初の浮上は、重い物質から水と光の破片を分離します。2 回目の遠心分離は、管の表面に出現する寄生虫卵を許可する飽和砂糖溶液 (ユスラウメ卵の密度よりも大きい密度) に依存します。
タンクの底からユスラウメバイオ フィルム中の細菌のスクリーニングは、最初の遠心分離後に得られた底質汚泥試料のすべてのこれらの病原体のための PCR を実行することによって結合できます。これは、サンプリング時間を最適化します。メソッドを以下に示します。また、検疫のコンテキストでこれらのテクニックを使用する提案します。生きている保たれる必要が輸入のアダルト ゼブラフィッシュを画面に繁殖デバイスが検疫タンクに挿入されます。1 週間後糞便および繁殖デバイスで他の廃棄物を収集し、顕微鏡または PCR によって上映します。手法を以下に、いくつかのユスラウメの卵がこのコンテキストで顕微鏡検査によって検出されました。
1 プレろ過の暴露についての循環システムの番兵します。
2. 排水綿棒
3. タンクの下部にユスラウメ卵の検出
4. 汚泥堆積物の PCR
魚試料と比較して流行のミコバクテリウム属を識別するために油溜め綿棒の利点は、図 4の結果によってサポートされます。テスト 115 魚のM. chelonae , M. haemophilum検出されたサンプルの 3% と 5% でそれぞれ.その他の病原性抗酸菌種は確認されませんでした。同じシステムから 49 排水綿棒は、5 種の抗酸菌の存在を明らかにしました。M. chelonaeとM. 合併した非定型が検出されたことより頻繁 PCR による魚のサンプルよりも表面の油溜め綿棒で仮説とオッズ比が計算されます。これは 11 の各オッズ比の統計的に有意な (95 %ci: 29 に 4;p < 0.0001) と 306 (95 %ci: 18 に 5208;p = 0.0001)。結果は、表面排水綿棒テクニックがミコバクテリウム属のゼブラフィッシュ飼育施設の画面に歩哨の唯一の使用の貴重な代替であることを示す環境試料はまた使用されたA. サルモニシダの画面に。これらの細菌は、魚、汚泥や表面のサンプル (図 4) で検出されました。これはまた魚ビオトープを選別する提案手法の能力をサポートしています。
ユスラウメの卵を検出する汚泥分析に関する Mocho9卵が同じシステムから分析された汚泥の 93% で検出されたに対し PCR と病理組織学による魚肉の 27% で寄生虫が検出。ここでは、テクニックは、検疫審査を再現する挑戦されました。この中で、輸入動物サンプリングできず、バイオ セキュリティ管理に役立ちます、タイムリーに自分の健康状態を評価します。ユスラウメの肯定的な施設から不明な状態の魚がデバイスを繁殖 8 タンクに設定された: 16 魚/13 L タンク、7 遺伝子組換えと混在性別、野生型の 1 ラインの最大歳 4-24 ヶ月。汚泥は、デバイスから 1 週間後に収穫され、顕微鏡による分析します。ユスラウメの卵は、7 (88%) のサンプルで見られました。最後に、寄生虫の PCR 検出された排水綿棒と汚泥堆積物に試験的。4 のうち 6 汚泥試料 PCR 陽性と結果はすべて陰性であり表面の綿棒。汚泥スクリーニングがタンクの底に落ちる卵の能力に依存しているために、これは驚くべきことではありません。これはユスラウメの侵入のためD. 学水族館とメソッドがインポートされた動物のスクリーニングのために適応することができます画面に汚泥分析手法を使えることを示しています。

図 1: 循環システムからプレろ過センチネル タンクします。8 L タンクは水とバイオ メディア システムの油溜めから画面をいっぱいに。2 つの白いセラミック バイオ メディア ビーズ (写真) の真ん中にタンクの下部に座る。12 魚は性別、ひずみ、年齢に従って選択され、センチネル タンクに追加されます。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。

図 2: 顕微鏡による汚泥の分析中に検出されたユスラウメ卵。使用倍率は、400 X だった。矢印は、バイポーラ プラグを示します。スケールバー = 50 μ m.この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。

図 3: 分析のための汚泥を収集するために魚の保有物タンクに沈んでデバイスを育種します。画像の目的のためのベンチにこのタンクを設定します。それは循環システムのそれ以外の場合に設定されます。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。

図 4: 魚、マイコバクテリウム属、 A. サルモニシダ、および PCR によるユスラウメの同定率表面排水綿棒と排水汚泥。割合は、各病原体種の肯定的な結果の数をテストされたサンプル数で除算によって取得されます。肯定的な結果の割合として魚、サーフェス、または汚泥サンプルの種類によって与えられるあり細菌の名前後示されます。ミコバクテリウム属菌の同定のため PCR によってテストされた 115 魚と 49 の表面排水綿棒データは、この研究の延長だから Mocho の9結果でコンパイルされます。魚がプロトコルのセクション 1 に従って主にプレろ過歩哨です。まれに、歩哨が利用できなかった場合の逃亡者と旧植民地魚 (> 18 ヶ月) サンプリングされました。ミコバクテリウム属のすべてのテストされたシステムは、魚、油溜め綿棒でテストされました。M. chelonaeとM. 合併した非定型が検出されたことより頻繁 PCR による魚のサンプルよりも表面の油溜め綿棒で仮説とオッズ比が計算されます。これは 11 の各オッズ比の統計的に有意な (95 %ci: 29 に 4;p < 0.0001) と 306 (95 %ci: 18 に 5208;p = 0.0001)。結核菌 marinumPCR のすべてのサンプルに対する否定的だった、従ってこれらの施設から欠席とみなされる、分析に含まれません。6 排水汚泥、14 の表面排水綿棒 12 魚がA. サルモニシダの存在を PCR で調べた。6 油溜めは、汚泥表面にユスラウメの存在を調べた。PCR のポリメラーゼ連鎖反応を =。CI = 信頼区間。* と * *; 統計的有意性を示すその他の比較は、統計的に有意でした。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。

ビデオ 1: スキャンの卵ユスラウメ顕微鏡と。スライドは、3.1 の手順で説明するように、汚泥分析から取得されます。フィールドは、ユスラウメの卵を検出するスキャンされます。構造が認識されるより高い解像度で識別を確認するために拡大されます。してくださいここをクリックしてこのビデオを表示します。(右クリックしてダウンロード)
| 著者 | 露出の開始時年齢します。 | 露出の長さ | サンプリング時代 | プリ/ポスト ろ過 |
性別 | 系統 |
| バートンら3 | 4 ヶ月 | 6 ヶ月 | 10 ヶ月 | プレろ過 | N/A | N/A |
| ボルヘスら4 | 6 ヶ月 | 6 ヶ月 | 12 ヶ月 | プレろ過 | N/A | AB 野生型 |
| コリモアら5 | できるだけ若い | 3 ヶ月 | < 6 ヶ月 | プレろ過 | N/A | N/A |
| ガイスラーら6 | 4 ヶ月 | 4 ヶ月 | 8 ヶ月 | プレとポスト ろ過 |
N/A | AB 野生型 |
| 劉ら7 | 3 ヶ月 | 1-6 ヶ月 | 4-9 ヶ月 | プレとポスト ろ過 |
N/A | 野生型 |
| Martinsら8 | 3 ヶ月 | 3 ヶ月 | 6 ヶ月 | プレろ過 | N/A | 野生型 |
| Mocho9 | < 6 ヶ月 6-12 ヶ月 > 18 ヶ月 |
4 ヶ月 | 7-24 ヶ月 | プレろ過 | 1 女性と 1 男性 各年齢グループ |
AB 野生型 |
| マレーら10 | 3-4 ヶ月 | 3ヶ月、6 ヶ月、1 年 | 7、10、および 16 ヶ月 |
プレとポスト ろ過 |
N/A | AB 野生型 |
表 1: ゼブラフィッシュ施設でセンチネル設定の比較。センチネル魚は、自分の年齢、性別、ひずみによると選択可能性があります。一定期間内に、公開され、前または後のろ過システムの水を受けます。2016 ゼブラフィッシュ ジャーナル3,4,5,6,7,8,9,の健康特集からコンパイル データ10。
著者が明らかに何もありません。
このプロトコル説明排水綿棒の使用し、アエロモナス サルモニシダ、マイコバクテリウム属やなどの病原体を検出する歩哨の唯一の使用と比較して発見の増加につながるゼブラフィッシュにおける汚泥分析Pseudocapillaria キリ。検疫でユスラウメ卵を監視するシステムも提案する.
著者は、彼らの技術的なヘルプと重要な入力をフランシス Crick 研究所の BRF 水泳チームに感謝したいと思います。この作品は、そのコアは癌研究イギリス (FC001999)、英国の医学研究評議会 (FC001999) および Wellcome の信頼 (FC001999) から資金を受け取るフランシス Crick 研究所によって支えられました。
| アクアセド 250 mL | Vetark | 2-フェノキシエタノール | |
| チューブド滅菌ドライスワブ チップ | mwe | MW100 | サンプ表面 |
| BD Plastipak 使い捨てシリンジ 50mL エキセントリック | Becton Dickinson | 300866 | 彼らは実際には 60 ml |
| 遠心分離チューブ 15 mL コーニング | コーニング | 430766 | |
| Centaur 2卓上型遠心分離機、4 x 200 mL Swing–アウトローター(非密封) | 三洋電 | 機MSB020。CX1.5 | |
| カバー ガラス 22 mm x22 mm | Menzel-Glaser | MNJ-350-020H | |
| プレーン スワブ 滅菌プラスチック アプリケーター レーヨン チップ付きホワイト キャップ | Sterilin Ltd サーモフィッシャーサイエンティフィック | F155CA | スラッジからのスワブ沈殿物 |
| 50 mL 自立型遠心分離チューブ CentriStar キャップ | コーニング | 430921 | |
| インタンク産卵トレイセット | MBK Installations Ltd |