のトランスクリプトーム解析<em&gt; C</em&gt;。<em&gt;エレガンス</emギャラクシープロジェクトのタキシードスイートを通じて&gt; RNAシーケンスデータ

サマリー

ギャラクシーとDAVIDバイオインフォマティクストレーニングなしの研究者が分析し、RNA-配列データを解釈できるようにする一般的なツールとして浮上しています。私たちは、 線虫の研究者は、アクセスをRNA-配列実験を行い、銀河を使用してデータセットを処理し、DAVIDを用いた遺伝子リストから意味のある生体情報を取得するためのプロトコルを記述します。

要約

次世代シーケンシング（NGS）技術は、生物学的な調査の性質に革命をもたらしてきました。これらのうち、RNAシークエンシング（RNA-配列）は、遺伝子発現分析およびトランスクリプトームマッピングのための強力なツールとして浮上しています。しかし、RNA-配列データセットを処理することは、高度な計算の専門知識を必要とし、生物学の研究者のための固有の課題を提起します。このボトルネックは、バイオインフォマティクスのスキルを持たないユーザは、RNA-配列データを分析することを可能にするオープンアクセスギャラクシープロジェクト、および注釈用のデータベース、可視化、および統合されたディスカバリー（DAVID）、助け遺伝子オントロジー（GO）用語分析スイートによって軽減されました大規模なデータセットからの生物学的意味を導き出します。しかし、初めてのユーザーとバイオインフォマティクスアマチュア、これらのプラットフォームでの自己学習や習熟のための時間がかかり、困難なことができます。私たちは、 線虫の研究者は、ワームのRNAを単離するのに役立ちます簡単なワークフローを記述し、RNA-配列実験を行いますそして、ギャラクシーとDAVIDのプラットフォームを使用してデータを分析します。このプロトコルは、濃縮のためにスクリーニングすることができる遺伝子のリストを生成するために、各ステップでのパラメータをユーザに案内する、生NGSデータ、品質管理チェック、位置合わせ、及び示差遺伝子発現分析にアクセスするための様々なギャラクシーモジュールを使用するための段階的な指示を提供しますDAVIDを用いた遺伝子クラスまたは生物学的プロセス。全体的に、我々はこの記事が初めてRNA-配列の実験と同様に少数のサンプルを実行している頻繁にユーザーを行っC.エレガンスの研究者に情報を提供することを期待しています。

概要

ヒトゲノムの最初のシーケンシング、フレッド・サンガーのジデオキシヌクレオチド配列決定法を用いて行っ、10年かかった、と推定米国$ 3 ¹⁰億^、2を要し^ました 。しかし、創業以来十年余りで、次世代シーケンシング（NGS）技術は、それが可能2週間以内とUS $ 1,000ヒトゲノム全体を配列決定することになりました。ゲノム配列決定プロジェクトが急速に当たり前になりつつあり、コストの大幅な削減に伴い、信じられないほど効率的にシーケンシング・データ収集の増え続ける速度を許可する新しいNGS機器は、想像を絶する方法で、現代生物学に革命を起こしています。また、これらの開発は、このようなRNA配列決定（RNA-SEQ）、ゲノムワイドなエピジェネティック修飾の研究、DNA-タンパク質相互作用を介して遺伝子発現解析などの多くの他の分野における進歩を亜鉛めっきしており、ヒト宿主における微生物多様性をスクリーニングします。 RNA-SeのNGSベース特に、qはそれが可能精度と感度との包括的トランスクリプトームを識別し、マッピングするために作られており、および発現プロファイリングのための選択の方法として、マイクロアレイ技術を交換しました。マイクロアレイ技術が広く用いられているが、そのようなクロスハイブリダイゼーションを確実に測定することができる発現変化の制限された範囲として、既存の既知のゲノ....

プロトコル

1. RNA単離

1. 予防策
   1. 存在する任意のRNアーゼを除去するために市販のRNaseスプレーを使用して全体の作業表面、器具及びピペットを拭います。
   2. 定期的にプロトコルの異なる段階中に新鮮なものでそれらを変更し、すべての回で手袋を着用してください。
   3. 唯一のフィルターチップを使用し、RNAの分解を避けるために、可能な限り氷の上にすべてのサンプルを保ちます。
      注：NGSプラットフォームから最適なデータを得るためには、高品質のRNAを開始することが重要です。 RNA単離および調製方法は、サンプルの起源に依存して配列決定し、研究者の好みの方法を変えます。いくつかの市販のキットは、この目的のために使用することができ、またはRNAはまた、RNA抽出の標準的なフェノール - クロロホルム法を用いて単離することができます。いずれかの方法では、上記の予防措置は、汚染とOBTを最小限にするためにプロセス全体に従うべきですAIN原始RNAサンプル。
2. 収穫ワーム
   1. 、株あたり1,000〜1,500、年齢をマッチさせたC.エレガンスの成虫を得るために、次亜塩素酸塩漂白処理²³によりワームの人口を同期します。
   2. 30秒間テーブルトップ遠心機で325×gでM9緩衝液とスピンを....

結果

C.エレガンスでは、生殖細胞系列幹細胞（GSCs）の除去は、寿命を延長する、ストレスの回復力を高め、体脂肪^24、28が上昇^します 。レーザアブレーションによって、又はそのようなGLP-1などの変異によってもたらさGSCsの損失、のいずれかが、転写のネットワーク^29を因子の活性化を介して寿命延長を引き起こします。一つのそのような因子、TCER-1は、ヒト転写伸長およびスプライシング因子、TCERG1 ³⁰のワームのホモログをコードします。以下の代表的な結果は、RNA配列は、その発現が我々の最近発表された研究³¹における生殖系列損失以下TCER-1 / TCERG1によって調節される遺伝子を同定するために使用された方.......

ディスカッション

現代生物学の銀河シーケンシング・プラットフォームの意義

ギャラクシープロジェクトは、高速かつ効率的な方法で、高スループット配列決定データを処理し、分析するためのバイオインフォマティクストレーニングなし生物学者を助けることに尽力となっています。一度、この一般的に利用可能なプラットフォームは、単純で信頼性が高く、簡単なプロセスNGSデータを分析するために、複雑なバイオインフォマティクスのアルゴリズムを実行してきた、超人的課題を検討しました。別にバイオインフォマティクスツールの広い範囲をホスティングしているから、ギャラクシーのための成功の鍵はまた、直感的かつシームレスに複雑な配列解析のさまざまな側面を一緒にひもそのユーザーインターフェースのシンプルさです。これらの機能により、銀河のパイプラインは、 線虫の研究者を含め、生物学者の間で幅広い用途を取得しています。 RNA-配列の解析パイプラインをユーザーに習熟することに加えて、ギャラクシーも把握することが基本的な生物学者のための基礎を築くことができますデータ解析の概念とは関係のツールを理解しています。この知見は、おそらくさらに、「.......

材料

この記事で使用された材料の一覧

名前	会社	カタログ番号	コメント
RNaseスプレー	フィッシャーサイエンティフィック	21-402-178
トリゾール	アンビオン	15596026
ソニケーター	ソニックスビブラセル	VCX130
遠心分離機	エッペンドルフ	5415C
クロロホルム	シグマアルドリッチ	288306
2-プロパノール	フィッシャーサイエンティフィック	A416P-4
エタノール	デコンラボ	2705HC
RNaseフリー水	フィッシャーサイエンティフィック	BP561-1
バイオアナライザー	Agilent	G2940CA
Mac/PC