このコンテンツを表示するには、JoVEへの購読が必要です。 または、無料トライアルをお申し込みください。

方法論記事

合成とオリゴ ペプチドの質量分析

10.2K 回視聴

⸱

DOI:

10.3791/56652

⸱

2018年2月21日

 ,  ,  , 
1Department of Chemistry, University of the Pacific

この記事について

サマリー

プロトコルは質量分析法によるオリゴ ペプチドの配列解析に続いての手動合成についてください。

要約

ペプチドは、N-アルキル グリシン ユニットで構成されるシーケンス制御ペプチド模倣オリゴマーです。多くの潜在的なアプリケーション間で、ペプチドは、分子情報ストレージの種類としての考えられてきました。質量分析は、配列ペプチドの選択の方法を考えられています。ペプチドは、繰り返し 2 段階反応サイクルを用いた固相化学経由で合成できます。タンデム質量分析 (MS/MS) 技術を用いたペプチドの順序を分析する手動でオリゴ ペプチドを合成する方法をご紹介します。サンプル peptoid は、n-(2-アミノエチル) グリシン (ナエ) N 末端と同様に n-(2-methyloxyethyl) グリシン (Nme) と n-(2-フェニルエチル) グリシン (Npe) を交互に構成される nonamer です。Peptoid のシーケンス式は Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2Ac がアセチル基であります。合成は、市販の固相反応容器で行われます。スケート リンクのアミド樹脂は C 末端にアミド基をもつ peptoid を生成する固体のサポートとして使用されます。結果の peptoid 製品は、エレクトロ スプレー イオン化ソースに結合トリプル四重極質量分析計を用いたシーケンス解析を受けます。MS/MS 測定は、充電 peptoid の解離から生じるフラグメント イオンのスペクトルを生成します。フラグメント イオン質量電荷比 (m/z) の値を基に並べ替えられます。フラグメント イオンの m/z 値は peptoid 断片化のスキームに従って理論的に予測されたフラグメント イオンの名目の固まりと比較されます。分析は、充電 peptoid のフラグメント パターンを生成します。断片化パターン中立的な peptoid のモノマー シーケンスに相関しています。この点で、質量分析は、ペプチドのシーケンス情報を読み出します。

概要

ペプチドは、ペプチドの構造を模したバックボーン構造を持つシーケンス制御された高分子のクラスです。ペプチド合成できる多様なアミンから高度可変プロパティ1,2を展示するペプチドを可能にします。ペプチドは、生物物理学的研究、治療薬として考えられている、タンパク質3,4,5,6配位子として設計されて分子モデルとして使用されています。ペプチドは、防汚と抗体ミメティック材料、抗菌薬、酵素阻害剤7,8,9などの生理活性物質の多様性に開発されています。高い順序と可変自然とペプチドも考えられたの分子情報ストレージ10の種類として。シーケンスとペプチドの構造を特徴付けるため効率的な分析法の開発のためのこれらの多様なアプリケーション呼び出しの発見。タンデム質量分析を用いた手法は、ペプチド11,12,13を含む、シーケンス制御された高分子のシーケンスのプロパティを分析するための選択の方法として約束を示しています。 14,15。しかし、体系的な研究から生じる peptoid イオン断片化パターンを関連付ける質量分析研究、ペプチドの構造情報が非常に限られました。

ペプチドは、固相メソッドを使用して容易に合成することができます。よく発達したメソッドには、2 段階モノマー添加サイクル16,17のイテレーションが含まれます。またサイクルごとに樹脂連結アミンはハロ酸 (通常ブロモ酢酸、BMA)、によってアセチル化し、第一次アミンの置換反応が続きます。標準化学研究所16,18,19、で優秀な利回りとペプチドを手動で合成できる自動合成プロトコルは、peptoid 合成の日常的に適用されているが20。

当研究室は、手動 peptoid 合成法を採用したあり、既存のメソッドで使用される装置を簡略化します。ペプチド ・ MS/MS テクニック21,22,23を使用して一連の分裂パターンは学んだこともあります。衝突誘起解離 (CID)21,23にさらされるまたは電子捕獲解離 (ECD)22実験時、ペプチドが特徴的な分裂を生成することが分かった。この記事では、標準的な化学実験室でのオリゴ ペプチドの合成方法、トリプル四重極の質量分析計を用いた CID 実験を実行する方法およびスペクトル データを分析する方法を示しています。合成して特徴付けられる peptoid は、N 末端アセチル化、C 末端アミド化、Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2と nonamer です。Peptoid の構造を図 1に示します。

アクセスが制限されています。このコンテンツを表示するにはログインするか、トライアルを開始してください。

プロトコル

1. Peptoid の合成

注: 合成樹脂の樹脂を膨潤・保護グループを削除するアクティブにするから始まります。樹脂モノマー添加サイクルの繰り返しで上に peptoid チェーンの成長が続きます。樹脂と結合した最初の単量体は、C 末端残基です。Peptoid は N 末端から C 末端細長い。目的の peptoid シーケンスを達成すると、樹脂はオフ切断、peptoid 製品を精製します。

  1. 試薬の調製
    注: 液体の試薬、マイクロ ピペットを使用して測定したで、固体試薬分析用天秤を用いています。
    1. ミックス 6.2 mL の n、N'-diisopropylcarbodiimide (DIC) と n, n-ジメチルホルムアミド (DMF) DIC/DMF 溶液の 0.8 M を準備する 43.8 mL。
    2. 0.8 M BMA/DMF 溶液を調製する DMF の 50.0 mL に BMA の 5.56 g を溶解します。
    3. 2 mL ピペリジン (Pip) の 20% DMF Pip/ソリューションを達成するために DMF の 8 mL を混ぜます。
    4. 1.9 mL Npe の 1.0 を達成するために DMF の 13.1 mL に溶解 M Npe/DMF。
    5. 13.7 mL 1.0 を達成するために DMF に Nme の 1.3 mL を溶かす M Nme/DMF。
    6. 0.32 mL ナエの 1.0 を達成するために DMF の 2 mL に溶解 M ナエ/DMF。
      注意: 合成に使用される化学物質のほとんどは、危険です。トリフルオロ酢酸 (TFA) や DIC、Pip、BMA は、皮膚、目、呼吸器に有害な。DMF、ジクロロ メタン (DCM) は、発がん性を疑われています。ヒューム フードすべての反応を実行して、適切な個人用保護具を使用する必要があります。合成で使用されるすべての化学物質の化学物質等安全データシート (MSDS) をご確認ください。
  2. 樹脂活性化
    1. 84 mg 場アミド樹脂 (樹脂、0.047 ミリ モル 0.56 ミリ モル/g の読み込み) を測定し、10 mL のポリプロピレンの固相反応容器に追加。プランジャーを容器に挿入します。
    2. 反応容器に DMF の 2 mL を加えて圧力キャップと容器のキャップします。シェーカーに容器を置き、キャップを取り外し、反応容器のプランジャーを押すことによって廃棄物コンテナーに約 12 度と 385 振動/分 30 分排水ソリューションのための動きの角度で常温で容器を揺り動かしなさい。
    3. 容器に 20 %pip/DMF 溶液 2 mL を加えて、容器のキャップします。2 分、シェーカーの扇動し、ドレインの廃棄物コンテナーにソリューション。
    4. 20 %pip/DMF 溶液 2 mL を加える容器、キャップ、容器とキャップ 12 分削除の室温でそれを扇動し、廃棄容器への解決策をドレインします。
    5. DMF、キャップ、容器の 1 つの mL を追加することによって樹脂を洗い、キャップをはずし、プランジャーを押すことにより、ソリューションをドレイン 1 分の容器を攪拌します。4 追加回 DMF と樹脂を洗浄します。
  3. モノマーを添加し、N 末端のアセチル化
    注: 各モノマー添加サイクルは、2 つの反作用のステップ、bromoacetylation、変位を伴います。
    1. Nme 樹脂フォーム最初のモノマー添加サイクルを実行します。
    2. Bromoacetylation 反応を実行します。0.8 M BMA/DMF 溶液の 1 mL のビーカーに 0.8 M DIC/DMF 溶液 1 mL を混ぜます。樹脂を含む反応容器に混合物を転送し、容器のキャップします。シェーカーに容器を置くとキャップ 20 分削除の室温でそれを扇動し、廃棄物コンテナーにソリューションをドレインします。
    3. DMF の 1 mL を追加する、容器のキャップ、1 分攪拌、プランジャーを押すことにより、ソリューションを排水によって樹脂を洗浄します。DCM の 1 つの mL を追加し、1 分の容器を撹拌排水ソリューション樹脂を洗浄します。もう一度、DCM の樹脂を洗浄し、DMF で 2 回洗ってください。
    4. 置換反応を行います。1.0 M Nme/DMF 溶液の 1 mL を追加し、容器のキャップ、キャップ 60 分削除のため室温で容器を扇動、プランジャーを押すことにより、ソリューションをドレインします。
    5. 1 mL DMF を追加し、1 分の容器を攪拌、プランジャーを押すことにより、ソリューションを排水樹脂を洗浄します。1 ml の DCM、1 分攪拌を描画し、排水ソリューションにより樹脂を洗浄します。DMF で 2 回洗浄後もう一度、DCM を洗います。
    6. 1.3.2 に 1.3.5 Nae-(Npe-Nme)4を形成するための手順からモノマー添加サイクルを繰り返す-樹脂。置換反応 (1.3.4) の手順を繰り返し、peptoid 順序に従って特定アミン溶液を使用します。
      注: peptoid チェーンが伸長する C 末端から N 末端に樹脂にバインドされている C 末端残基を持つ。
    7. Ac-Nae-(Npe-Nme)4を形成する N 末端アセチル化を実行-樹脂。
    8. ミックス 92年 μ L の酢酸無水、43.5 μ N、N diisopropylethylamine (DIPEA)、ビーカーに DMF の 2 mL、約 2 mL のアセチル化をカクテルを作る。
    9. 樹脂を含む容器に 2 mL のアセチル化のカクテルを追加、キャップ、容器および 60 分のキャップをはずし、プランジャーを押すことにより、ソリューションをドレインの室温でそれを扇動します。
    10. DMF の 1 mL を追加し、1 分の容器を攪拌、プランジャーを押すことにより、ソリューションを排水樹脂を洗浄します。DCM の 1 つの mL を追加し、1 分の容器を撹拌排水ソリューション樹脂を洗浄します。DCM、一度より多くの樹脂、さらに 2 回 DMF で洗浄洗浄を繰り返します。
    11. DCM の 1 mL を追加し、1 分の容器を攪拌、プランジャーを押すことにより、ソリューションを排水樹脂を洗浄します。DCM で 2 回洗浄を繰り返します。キャップをはずし、10 分間反応容器内空気乾燥させる樹脂。
  4. 胸の谷間と浄化
    1. TFA、triisopropylsilane (ヒント) を 100 μ l 添加 HPLC グレード H2O ビーカーに 100 μ L の胸の谷間の 4 mL のカクテルを作るための 3.8 mL を混ぜます。
    2. 4 mL の新鮮な作った胸の谷間カクテル樹脂を含む容器に追加、容器、キャップ、2 時間室温で攪拌します。
    3. キャップをはずし、50 mL ポリプロピレン製遠心管に濾液ソリューションを収集します。容器に TFA の 1 mL を追加、キャップ、および 1 分同じ遠心管に収集濾液ソリューションを扇動します。
    4. 粘性解は左が約 1 mL まで窒素ガスのストリームで優しく吹いて TFA を蒸発させます。
    5. 残りの溶液にジエチル エーテル 15 mL を追加、遠心分離機管のキャップ、一夜にして 2 時間-20 ° C のフリーザーでそれを孵化させなさい。原油の peptoid は、白色固体として析出します。
    6. 遠心分離機管のキャップ 10 分削除 4,427 × g で遠心分離機を用いた固体のペレットし、ソリッドを失うことがなく慎重にビーカーにジエチル エーテルをデカントします。
      注意: ジエチル エーテルは可燃性の有機溶剤です。ジエチル エーテルの安全なの遠心分離機を使用してください。
    7. 洗浄は遠心分離機に冷たいジエチル エーテル 10 mL を加えることによって固体管、固体を含むチューブをキャップと遠心分離機で配置すること。10 分間遠心遠心分離機からチューブし、ソリッドを失うことがなく慎重にビーカーにジエチル エーテルをデカント削除 4,427 × g で遠心分離を行います。
    8. 固体を乾燥するには、窒素ガスのストリームでやさしく吹いて。
    9. HPLC グレード H2O 乾燥した固体を溶解するための 10 mL を追加します。ソリューションを孔径 0.45 μ m のナイロン シリンジ フィルターを通過し、前加重 50 mL ポリプロピレン製遠心管に濾液を収集します。
    10. シェル固定ソリューションを配置し、液体窒素で満たされた 12 オンス、ダブル スタック拡張ポリスチレン カップに 1/3 peptoid ソリューションを含む遠心管を回転します。固体 peptoid を生成するため冷凍ソリューション一晩を凍結乾燥します。
    11. HPLC グレード H2O の mL の 10 に固体 peptoid を溶解して凍結 1 つより多くの時間を繰り返し、液体窒素で凍結し、一晩を lyophilizing をシェルします。結果として得られる peptoid は、質量分析法による配列解析のために十分に純粋です。

2. MS 測定と解析

注: MS/MS 実験はエレクトロ スプレー イオン化 (ESI) ソースに結合トリプル四重極質量分析計で実施です。データ コレクションは、楽器を伴うデータ集録ソフトウェアを使用して制御されます。一般的な手順が含まれています 1) フル スキャン質量分析実験を行うと実験 2) MS/MS シドを実行する質量スペクトルを記録、MS/MS スペクトルを記録し、3) 理論 MS/MS スペクトル データを比較します。フラグメント化スキームは、peptoid の構造的特徴に基づく予測します。

  1. 試料溶液の調製
    1. 3-5 mL のガラス瓶で 1.0 2.0 mg 固体 peptoid を重量を量る。溶解、peptoid に 1 mL 混合溶剤のアセトニ トリルと水 (ACN/H2O、1:1、v/v) を追加します。これは約 10-3 M の濃度でストック サンプル ソリューションを提供します。
    2. 1.5 mL 遠心チューブに 20 μ L の原液を転送し、ACN/H2O 約 10-5 M の希釈試料溶液を生成するための 1 mL 混合溶媒を追加します。
    3. 3 分別 1.5 mL 遠心にソリューションのトップの部分の約 700 μ L を転送の 4,427 × g で遠心分離を実行することによって希釈試料溶液の任意の可能な不溶性粒子 peptoid MS の実用的なソリューションを作るにチューブを削除約 10-5 M の濃度。
    4. 質量分析法による測定では, 観測信号強度に基づく MS 作業溶液の濃度を調整します。
    5. 0.20 μ m シリンジ フィルターを試料溶液を通過し、濾液を収集 peptoid MS 約 10-5 の実用的なソリューションを作るに 1.5 mL 遠心チューブには希釈試料溶液の任意の可能な不溶性の粒子を除去する方法M。
  2. 質量スペクトルを記録
    1. エレクトロ スプレー イオン化 (ESI) 源によって ACN/H2O (1:1、v/v) の混合溶媒を実行し、標準的な肯定的なイオンの計測器、質量電荷比 (m/z) 100-1500 の範囲と完全なスキャン質量分析モードを設定します。
      メモ:
      典型的な動作パラメーター:
      ESI 針電圧 5 kV
      キャピラリー電圧 40 V
      乾燥ガス (窒素ガス) の温度は、200 ° C
    2. 500 μ L または 1 mL の注射器に peptoid MS 作業ソリューション (約 10-5 M) の約 300 μ L を追加し、キャピラリー ポリエーテル エーテル ケトン (ピーク) チューブを用いた ESI 入口に注射器を接続します。シリンジ ポンプに注射器を置き、ESI 入口に試料溶液を注入する 10 μ L/分の流量を設定します。
    3. ESI プロセスをアクティブに ESI 針電圧をオンにし、検出器の電源を入れます。プロフィール モードで 100-1,500 の m/z 範囲表示を設定します。プロファイル ウィンドウに示すように質量スペクトル プロフィールを表示します。M/z 1,265 (m/z 1,264.6 のとして表示) でピークは peptoid イオンまたはプロトン化 peptoid に対応します。
    4. 2 分の MS スペクトルを記録します。「メソッド ウィンドウ」で「実行時間」として 2 分を使用記録ウィンドウを開き、適切なファイル名を入力、スペクトルを記録します。
      注: 結果の質量スペクトルは図 3に示すです。
    5. M/z 1,265 のピークの強度を最適化します。1,150 1,350 m/z 範囲を設定し、プロフィール ウィンドウに表示される mV でピーク強度を表示しながら毛細血管の電圧を調整します。たとえば、増加するキャピラリー電圧 50 V をまたはより高いピーク強度の変化を見ると。最適なピーク強度は 150-200 mV。
      注: キャピラリー電圧を調整すると、特定イオンの豊かさが大きく変わる。キャピラリー電圧を増加 peptoid イオンの強度を高めることができます。しかし、高キャピラリー電圧がイオン源の peptoid イオンの解離を引き起こすも、観測強度を減少します。M/z 1,265, ピークの強度を高めることができるガスを乾燥の温度を調整するキャピラリー電圧を調整するよりも効果的です。M/z 1,265 でピークが最適な強度が到達しない場合は、サンプルの濃度 (または二重 MS 作業溶液の濃度など) を調整します。
    6. 楽器を MS/MS モードに切り替えます。M/z 1,265 前駆イオンを設定し、MS/質量質量 100 1,400 の m/z の範囲。「メソッド ウィンドウ」で「第 1 四半期最初のミサ」として m/z 1,265 を使用し、、「第 1 四半期最後のミサ」を空白のままにします。「Q3 最後質量」として「第 3 四半期最初のミサ」、m/z 1,400 m/z 100 を使用
      注: MS/MS モード、前駆イオンと peptoid イオンを分離する質量フィルターとして最初の四重極ユニット (Q1) 機能で第 2 四重極ユニット (Q2) は衝突セルと 3 つ目の四重極ユニット (Q3) 機能質量分析器として。
    7. 1.5 mtorr 圧 40 eV で衝突エネルギーと衝突ガス (アルゴン、この場合) セットします。
    8. プロファイル ウィンドウに表示質量スペクトル プロフィールを表示します。M/z 1,265 のピークは peptoid イオンに対応し、m/z 値の低いピークは peptoid イオンからフラグメントを表します。
    9. 断片化スペクトルの表示を最適化するために衝突エネルギーを調整します。45 eV に衝突エネルギーを増やすなど、スペクトルの変化を表示します。
      注: 一般的に、衝突エネルギーを増加強化フラグメント イオンの豊富なし peptoid イオンの豊かさを減らします。衝突ガス圧力を増加させると、フラグメント イオンの豊かさをまた高めます。
      注意: 2 mTorr を超えて衝突ガス圧を増やさないでください。
    10. 2 分の MS/MS スペクトルを記録します。「メソッド ウィンドウ」で「実行時間」として 2 分を使用記録ウィンドウを開き、適切なファイル名を入力、スペクトルを記録します。
    11. 1-2 回の記録を繰り返します。
  3. Peptoid シーケンス解析
    注: CID の条件の下で一連の B イオンと呼ばれる N 末端フラグメントと Y イオンと呼ばれる C 末端フラグメントのシリーズを生成する peptoid バックボーンに沿ってアミド結合でフラグメントは peptoid イオン
    1. 左側と右側に、C 末端に N 末端を置くことによってアセチル化 peptoid の化学構造を描画し、フラグメント化スキームを図 2 aに示すように、生成する各アミド結合で破線を描画します。電荷キャリアを示す破線の円内でプロトンを描画します。構造体の左側から開始して、B1B2B8として N 末端フラグメントを示す破線にラベルを配置します。右側から始まって、Y1Y2Y8として C 末端フラグメントを示す破線にラベルを配置します。
      注: 化学ソフトウェアの描画は、peptoid 構造を描画する使用できます。
    2. 左から 4番目のアミド結合での断片化を想像して、N 末端フラグメントと図 2 bに示すように、適切な正式な料金と C 末端フラグメントの構造を描きます。N 末端フラグメントで B4のラベルを配置し、C 末端フラグメントの Y5のラベルを配置します。580 の値を生成するための構造の要素の公称質量を合計することによって B4の m/z 値を計算し、N 末端フラグメントで 580 m/z を配置します。Y5 m/z 値を計算し、C 末端フラグメントの 685 m/z を配置します。
    3. すべて 8 B イオンおよびすべての 8 Y イオンの m/z 値を計算し、表 1に示すように、テーブルでは、それらを組み立てます。
      注: フラグメントの m/z 値は描画ソフトウェア化学を使用して計算できます。
    4. 楽器を伴うデータ レビュー ソフトウェアを使用して peptoid の記録の MS/MS スペクトルを開きます。「イオンのラベルを表示する」にラベル設定とラベルしきい値を 3% に設定します。これはピークのラベルの付いた m/z 値の MS/MS スペクトルを生成します。
    5. MS/MS スペクトル データを csv ファイル形式のテキスト ファイルとして書式設定し、データ処理ソフトウェアを使用してスペクトルを再構築をエクスポートします。ピークの m/z 値を配置します。結果の MS/MS スペクトルを図 4に示します。
      メモ: いくつかの質量分析計は、MS/MS スペクトルを生成するデータ処理ソフトウェアが装備されています。この場合、MS/MS スペクトル データをエクスポートする必要はありません。
    6. 表示、対応する B と Y-イオンを識別するために表 1に示されるように MS/MS スペクトル m/z 値を割り当てます。B4m/z 580 でピークを識別するたとえば、-イオンと 685 m/z が Y5として識別されて-イオン。図 4に示すように、スペクトルに対応する B と Y 記号のピークのラベルを付けます。

アクセスが制限されています。このコンテンツを表示するにはログインするか、トライアルを開始してください。

結果

N 末端アセチル化、Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2と 9 mer の peptoid の構造を図 1に示します。Peptoid は、固相によるガラスフリットのポリプロピレン製反応容器に手動で合成されました。スケート リンク アミド樹脂 (0.047 ミリ モル、0.56 ミリ モル/g の読み込みに 84 mg) は、化の C 末端と peptoid を生成する固体のサポートとして使用されます。Peptoid チェーンは、モノマーを添加の複数のサイクルによって構築されます。各モノマー添加サイクルには、2 つの反応の手順、bromoacetylation、変位が含まれます。0.8 M BMA ソリューションと 0.8 M DIC ソリューションを追加することによって、bromoacetylation を実現し、反応は 20 分。1.0 M アミン水溶液をアセチル化製品に追加することで変位を達成し、無水酢酸の 92 μ L、DIPEA、43.5 μ、DMF の ...

アクセスが制限されています。このコンテンツを表示するにはログインするか、トライアルを開始してください。

ディスカッション

提示プロトコルを使用して nonamer peptoid、Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2は合成されています。合成装置には、注射器のようなポリプロピレン固相反応容器と機械的シェーカーが含まれます。反応容器は商業的に低コストです。機械的シェーカーは、化学実験室で一般的な装置です。注射器のような反応容器を使って、ソリューションは引き込まれるしプランジャーを手動で移動することによって容器からプッシュできます。この技術により単量体、1 つの単一の反作用の容器で発生する追加と樹脂の胸の谷間反応、胸の谷間の別容器に樹脂連結中間製品を転送する手順が不要に。この手法は、反応容器からソリューションを削除する真空抽出装置の必要性もなくなります。真空抽出、他研究者19,20によって実証されている手動 peptoid 合成に使用されます。反応ステップ間樹脂を徹底的に洗浄は高純度の製品を得ることが重要です。潜在的な問題の 1 つは、モノマー添加のいくつかのサイクル後反応容器で釉薬の目詰まりです...

アクセスが制限されています。このコンテンツを表示するにはログインするか、トライアルを開始してください。

開示事項

著者が明らかに何もありません。

謝辞

著者は、peptoid 合成における技術支援のため氏マイケル ・ コノリーと博士ロナルド Zuckermann (の分子鋳造、ローレンス ・ バークレー国立研究所) を感謝したいです。我々 は、全米科学財団 (チェ ・ 1301505) からの支援を認めます。パシフィック大学で化学質量分析施設ですべての質量分析実験を行った。

アクセスが制限されています。このコンテンツを表示するにはログインするか、トライアルを開始してください。

材料

この記事で使用された材料の一覧
名前会社カタログ番号コメント
ESI三重四重極質量分析計、Varian 320Lアジレント・テクノロジーズ社質量分析計はVarian, Inc.から取得されました。
Varian MS ワークステーション バージョン 6.9.2、データ取得およびデータレビューソフトウェアヴァリアン社このソフトウェアはVarian 320Lパッケージの一部です
バレル・サイエンティフィック・リストアクションシェーカー、モデル75 DDフィッシャー・サイエンティフィック・インターナショナル社14-400-126
ヘルムル遠心分離機、モデルZ 206 Aハームレ・ラボテクニク GmbH
固体相反応容器、10 mLトルヴィクSF-1000
反応容器用の圧力キャップトルヴィクPC-SF
シリンジフィルター、孔径0.2 & mu;mフィッシャー・サイエンティフィック社03-391-3B
シリンジフィルター、孔径0.45 & mu;mフィッシャー・サイエンティフィック社03-391-3A
ポリプロピレン遠心分離機の牽引装置、50 mLVWRインターナショナル合同会社。490001-626
ポリプロピレン遠心分離機の牽引装置、15 mLVWRインターナショナル合同会社。490001-620
ChemBioDraw Ultra バージョン 12.0ケンブリッジソフト・コーポレーションケンブリッジソフトは現在、パーキンエルマー社の一部となっています。
発泡スチロールカップ、12オンスコモン・スーパーマーケット
リンクアミド樹脂ケム・インペックス・インターナショナル社10619
ピペリジンケム・インペックス・インターナショナル社02351非常に有害です
N、N'-ジイソプロピルカルボジイミドケム・インペックス・インターナショナル社00110非常に有害です
臭酢酸ケム・インペックス・インターナショナル社26843非常に有害です
2-フェニルエチルアミンVWRインターナショナル合同会社。EM8.07334.0250
2-メチオキシエチルアミンシグマ・オルドリッチ社 LLC。241067
N-ボック-エチレンジアミンVWRインターナショナル合同会社。AAAL19947-06
酢酸無水物シグマ・オルドリッチ社 LLC。252845
N、N-ジメチルホルムアミドVWRインターナショナル合同会社。BDH1117-4LG使用前のさらなる蒸留
N、N-ジイソプロピルチルアミンケム・インペックス・インターナショナル社00141
トリイソプロピルシランケム・インペックス・インターナショナル社01966
トリフルオロ酢酸ケム・インペックス・インターナショナル社00289非常に有害です
ミリポーアMILLI-Q学術水浄化システムミリポア・コーポレーションZMQP60001HPLCグレードの水を生成するために
HPLCグレードの水ミリポア製 MILLI-Q®学術水浄化システム
メタノールファームコ・アーパー339USP/NFHPLCグレード
アセトニトリルフィッシャー・サイエンティフィック・インターナショナル社A998-4HPLCグレード
ジエチルエーテルVWRインターナショナル合同会社。BDH1121-19L使用前のさらなる蒸留
ジクロロメタンVWRインターナショナル合同会社。BDH1113-19L使用前のさらなる蒸留
窒素ガスフレズノ酸素/バーンズサプライNIT 50-C-F超高純度、99.9995%
アルゴンガスフレズノ酸素/バーンズサプライARG 50-C-F超高純度、99.9995%

参考文献

  1. Sun, J., Zuckermann, R. N. Peptoid Polymers: A Highly Designable Bioinspired Material. ACS Nano. 7 (6), 4715-4732 (2013).
  2. Fowler, S. A., Blackwell, H. E. Structure-function relationships in peptoids: Recent advances toward deciphering the structural requirements for biological function. Org. Biomol. Chem. 7 (8), 1508-1524 (2009).
  3. Chongsiriwatana, N. P., Patch, J. A., Czyzewski, A. M., Dohm, M. T., Ivankin, A., Gidalevitz, D., Zuckermann, R. N., Barron, A. E. Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105 (8), 2794-2799 (2008).
  4. Kruijtzer, J. A., Nijenhuis, W. A., Wanders, N., Gispen, W. H., Liskamp, R. M., Adan, R. A. Peptoid-Peptide Hybrids as Potent Novel Melanocortin Receptor. J. Med. Chem. 48 (13), 4224-4230 (2005).
  5. Liu, B., Alluri, P. G., Yu, P., Kodadek, T. A Potent Transactivation Domain Mimic with Activity in Living Cells. J. Am. Chem. Soc. 127 (23), 8254-8255 (2005).
  6. Patch, J. A., Barron, A. E. Helical Peptoid Mimics of Magainin-2 Amide. J. Am. Chem. Soc. 125 (40), 12092-12093 (2003).
  7. Ham, H. O., Park, S. H., Kurutz, J. W., Szleifer, I. G., Messersmith, P. B. Antifouling Glycocalyx-Mimetic Peptoids. J. Am. Chem. Soc. 135 (35), 13015-13022 (2013).
  8. Olivier, G. K., Cho, A., Sanii, B., Connolly, M. D., Tran, H., Zuckermann, R. N. Antibody-Mimetic Peptoid Nanosheets for Molecular Recognition. ACS Nano. 7 (10), 9276-9286 (2013).
  9. Olsen, C. A., Ziegler, H. L., Nielsen, H. M., Frimodt-Moeller, N., Jaroszewski, J. W., Franzyk, H. Antimicrobial, Hemolytic, and Cytotoxic Activities of β-Peptoid-Peptide Hybrid Oligomers: Improved Properties Compared to Natural AMPs. ChemBioChem. 11 (10), 1356-1360 (2010).
  10. Lutz, J. -F., Ouchi, M., Liu, D. R., Sawamoto, M. Sequence-Controlled Polymers. Science. 341 (6146), Washington, DC. 628(2013).
  11. Altuntas, E., Schubert, U. S. "Polymeromics": Mass spectrometry based strategies in polymer science toward complete sequencing approaches: A review. Anal. Chim. Acta. 808, 56-69 (2014).
  12. Paulick, M. G., Hart, K. M., Brinner, K. M., Tjandra, M., Charych, D. H., Zuckermann, R. N. Cleavable Hydrophilic Linker for One-Bead-One-Compound Sequencing of Oligomer Libraries by Tandem Mass Spectrometry. J. Comb. Chem. 8 (3), 417-426 (2006).
  13. Thakkar, A., Cohen, A. S., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N., Pei, D. High-Throughput Sequencing of Peptoids and Peptide-Peptoid Hybrids by Partial Edman Degradation and Mass Spectrometry. J. Comb. Chem. 11 (2), 294-302 (2009).
  14. Sarma, B. K., Kodadek, T. Submonomer Synthesis of A Hybrid Peptoid-Azapeptoid Library. ACS Comb Sci. 14 (10), 558-564 (2012).
  15. Li, X., Guo, L., Casiano-Maldonado, M., Zhang, D., Wesdemiotis, C. Top-Down Multidimensional Mass Spectrometry Methods for Synthetic Polymer Analysis. Macromolecules. 44 (12), 4555-4564 (2011).
  16. Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries. Methods Enzymol. 267, 437-447 (1996).
  17. Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis. J. Am. Chem. Soc. 114 (26), 10646-10647 (1992).
  18. Utku, Y., Rohatgi, A., Yoo, B., Kirshenbaum, K., Zuckermann, R. N., Pohl, N. L. Rapid Multistep Synthesis of a Bioactive Peptidomimetic Oligomer for the Undergraduate Laboratory. J. Chem. Educ. 87 (6), 637-639 (2010).
  19. Tran, H., Gael, S. L., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. Solid-phase submonomer synthesis of peptoid Polymers and their self-assembly into highly-ordered nanosheets. J. Visualized Exp. (57), e3373(2011).
  20. Bolt, H. L., Cobb, S. L., Denny, P. W. An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity. J Vis Exp. (117), (2016).
  21. Morishetti, K. K., Russell, S. C., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. Tandem mass spectrometry studies of protonated and alkali metalated peptoids: Enhanced sequence coverage by metal cation addition. Int. J. Mass Spectrom. 308 (1), 98-108 (2011).
  22. Bogdanov, B., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. Electron Capture Dissociation Studies of the Fragmentation Patterns of Doubly Protonated and Mixed Protonated-Sodiated Peptoids. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 25 (7), 1202-1216 (2014).
  23. Ren, J., Tian, Y., Hossain, E., Connolly, M. D. Fragmentation Patterns and Mechanisms of Singly and Doubly Protonated Peptoids Studied by Collision Induced Dissociation. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 27 (4), 646-661 (2016).

アクセスが制限されています。このコンテンツを表示するにはログインするか、トライアルを開始してください。

再版と許可

さらに記事を探す

ペプトイド合成固相化学タンデム質量分析エレクトロスプレーイオン化フラグメンテーションパターン解析オリゴペプトイド配列決定Rink Amide Resinアセチル化カクテル切断カクテル
合成とオリゴ ペプチドの質量分析
お問い合わせ
図書館に推薦する

プライバシー

利用規約

ポリシー

著作権 © 2026 MyJoVE Corporation. 無断転載を禁じます。