エピジェネティックなメカニズムは、神経膠腫で頻繁に変更されます。クロマチン免疫沈降は、クロマチン構造と遺伝子の転写を調節するヒストンの修正の変更から発生する神経膠腫の遺伝子変異の結果を研究に使用できます。このプロトコルはマウスの脳腫瘍細胞のネイティブのクロマチン免疫沈降をについて説明します。
エピジェネティックなメカニズムは、神経膠腫で頻繁に変更されます。クロマチン免疫沈降は、クロマチン構造と遺伝子の転写を調節するヒストンの修正の変更から発生する神経膠腫の遺伝子変異の結果を研究に使用できます。このプロトコルはマウスの脳腫瘍細胞のネイティブのクロマチン免疫沈降をについて説明します。
エピジェネティック修飾は、開発と神経膠腫の進行に関与する可能性があります。メチル化とプロモーターのアセチル化の腫瘍のサプレッサー遺伝子の規定する領域で変更できる遺伝子発現の変化につながるし、脳腫瘍の病因に重要な役割を果たします。ネイティブのクロマチン免疫沈降 (チップ) は、変更または DNA と密接に他の蛋白質の検出を可能にする一般的な手法です。ネイティブのチップで、架橋のチップとは対照的細胞は DNA にタンパク質を共有リンクするホルムアルデヒドと扱われない。これは、時々 架橋のみ一過性 DNA と対話し、遺伝子調節の機能的意義を持っていないタンパク質を定めることができるので有利です。さらに、抗体は固定されていないペプチドに対する一般に します。したがって、抗体の特異性はネイティブのチップに増加します。ただし、ネイティブ チップのみ適用されるヒストンや DNA にしっかりと結合する他の蛋白質を研究する心に留めて重要です。このプロトコルはマウスの脳腫瘍細胞のネイティブのクロマチン免疫沈降をについて説明します。
エピジェネティックなイベントは頻繁に神経膠腫、腫瘍発症の重要な役割を果たす可能性が高い。確かに、小児の悪性グリオーマの変異遺伝子ヒストン H3.3 と H3.1 頻繁に発生する1。突然変異のヒストンの修正に影響を与える主要なエピジェネティックな影響2,の3を持っている.大人のスペクトルに思春期、イソクエン酸脱水素酵素遺伝子 1/2 (IDH1/2)、α KG 依存ヒストンと DNA ・ デ ・ methylasaes、阻害する突然変異の再発突然変異と ATRX DAXX など他のクロマチンの規制当局における遺伝的変化発生する4. したがって、クロマチン構造と規制ヒストン修飾、ターンでは、腫瘍細胞のトランスクリプトームの劇的な影響を与えるのエピジェネティックな調節物質に影響を与える突然変異の変更の研究に非常に重要です。
クロマチン免疫沈降 (チップ) はゲノム5,6、7のエピジェネティックな修飾の影響を評価するために使用する強力なツールです。ネイティブ ・ チップ、クロマチンはミクロコッカスヌクレアーゼ (MNase)、興味の蛋白質に対する抗体を用いた免疫沈降したと消化され、沈澱クロマチン複合6からの DNA の精製し。細胞は、この手法はしっかりと DNA6と相互作用するタンパク質の研究に適用プロシージャの間に固定されていません。架橋の不在エイズ抗体の特定性の抗体が固定されていないペプチッドまたは蛋白質の7に対して通常発生しますので。さらに、架橋ステップがないのでこれは非固有およびない規制7、8にある一時的な蛋白質 DNA の相互作用の修正の可能性を低減します。チップは、特定のゲノム領域でのヒストンの修正の濃縮を識別するために使用できます。ここで、神経膠腫のマウス ・ モデルを設計から遺伝的生成細胞 (NS) でネイティブ チップを実行するためのプロトコルは詳細します。
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ここで説明するすべての方法は、制度的動物ケアおよび使用委員会 (IACUC) ミシガン大学によって承認されています。
1. 脳腫瘍 NS と培養条件の世代。
2. ネイティブ チップ
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腫瘍脳腫瘍脳腫瘍細胞が肯定的な Katushka から生成された NS の概略は、図 1で示されます。図 2は、全体のチップ技術の概略図です。図 3番組脳腫瘍 NS からクロマチンの代表の結果は、12 分、モノ、ジ及びトリ ヌクレオソームの大半を降伏の MNase と消化されます。チップ、qPCR チップで実行することがあります、DNA を入力サンプル。図 4は、グリセルアルデヒド-3-リン酸脱水素酵素 (Gapdh) の qPCR から代表的なチップ qPCR データを示しています。Gapdh は H3K4me3、アクティブな転写に関連付けられている変更と濃縮されてハウスキーピング遺伝子です。Gapdh H3k4me3 と濃縮されてない抑圧されたクロマチン領域に関連付けられている変更である H3K27me3 がつきを示した。
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ここで提示されたプロトコルが遺伝子組み換え脳腫瘍由来 NS でネイティブ チップを実行するユーザーを有効にします。チップを架橋と対照をなしてこのプロトコルは DNA6密接に関連付ける蛋白質の研究のために限られました。使用されているセルの数は、必要に応じて変更することができます、プロトコルをスケール アップすることができます。IP あたり 1 X 10 の6セルを使いました、しかし、ネイティブ チップ、またとしてはほとんど 4 × 104セル5で実行できます。このプロトコルでは qPCR; を介して DNA チップを分析しかし、このプロトコルは、ゲノム全体のレベルで蛋白質 DNA の相互作用を研究する次世代シーケンシングとも組み合わせることが。我々 は、腫瘍細胞のゲノムの特定の領域内でのヒストンの修正の沈着に神経膠腫の遺伝子の効果を分析するのに正常にこのチップ プロトコルを使用しています。
ネイティブ チップを実行するときにいくつかの重要なステッ...
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著者が明らかに何もありません。
この作品は、M.G.C.; に R21 NS091555 R01 NS074387 ・ ストローク (NIH/NINDS) 助成金 R37-NS094804 国立健康/国立研究所の神経疾患に支えられNIH/NINDS 付与 R01 NS076991、R01-NS082311、および R01 NS096756 P.R.L.;NIH/NINDS R01-EB022563;脳神経科リアの幸せな心と M.G.C. にチャドが財団と P.R.L. RNA バイオ グラント F046166 M.G.C. F.M.M. にはサポートによって、F31 NIH/NINDS-F31NS103500 です。R.I.Z. V。NIH でサポートされて/助成金 5T34GM007821 37 の日の出。
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| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| Agilent 2100 バイオアナライザー | Agilent | G2946-90004 | バイオアナライザー |
| AccuSpin Micro 17R、冷蔵 | フィッシャーサイエンティフィック | 13-100-676 | |
| C57BL/6 | タコニック | B6-f | C57BL/6 マウス |
| 塩化カルシウム | アルドリッチ | 22350-6 | バッファー試薬 |
| D-ルシフェリン、カリウム塩 | ゴールドバイオ | ラックK-1g | |
| DiaMag1.5 磁気ラック | 磁気ビーズ洗浄用 | ダイアゲノード | B04000003 |
| DiaMag ローテーター EU | ダイアゲノード | B05000001 | ローテーター |
| DMEM/F-12 | Gibco | 11330-057 | NSC 成分 |
| ダイナビーズ プロテイン A | サーモフィッシャーサイエンティフィック プロテイン A サーモフィッシャーサイエンティフィック | 10001D | プロテイン A マグネ |
| ダイナビーズ プロテイン G | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 10003D | タンパク質G磁気ビーズ |
| EGF | ペプロテック | AF-100-15 | 準備20 μ0.1% BSAおよび分注中のg / mLストック。 |
| エチレンジアミン四酢酸 (EDTA) | シグマ | E-4884 | 緩衝液試薬 |
| エチレングリコール-ビス(&β;-アミノエチルエーテル)-N,N,N',N'-四酢酸) (EGTA) | シグマ | E-4378 | 緩衝液 |
| Fast SYBR グリーンマスターミックス | Applied Biosystems | 4385612 | qPCR 試薬 |
| ウシ胎児血清 | ギブコ | 細胞 | 凍結用 |
| FGF | PeproTech | 100-18b | 20 μ0.1% BSAおよび分注中のg / mLストック。 |
| 剖のための | 鉗子 | ファインサイエンスツール | 11008-13 |
| セロール、MBグレード | EMD-ミリポア | 356352 | |
| H3K4me3 | Abcam | Ab8580 | |
| H3K27me3 | ポア | 07-449 | |
| HBSS | Gibco | 14175-103 | バランスの取れた塩溶液 |
| Fluriso | VETone | 501017 | 吸入麻酔薬 |
| Ivis Spectrum | Perkin-Elmer | 124262 | in vivo光学イメージングシステム |
| Hyqtase | HyClon | SV3003001 | 細胞剥離培地 |
| 塩化リチウム | Sigma | L8895 | 緩衝試薬 |
| 低結合性マイクロチューブ | Corning Costar | CLS3207 | 低タンパク質結合性マイクロ遠心チューブ |
| マイクロ遠心チューブ | フィッシャー | 21-402-903 | レギュラー マイクロ遠心チューブ |
| Micrococcal Nuclease | サーモフィッシャーサイエンティフィック、Affymetrix | 70196Y | 各バッチは異なる場合があります。実験と分注に十分な量を購入してください。 |
| N2 | Gibco | 17502-048 | NSC 成分 |
| 正常ウサギ IgG | ミリポア | 12-372 | |
| ノルモシン | Invivogen | NOL-36-063 | 抗菌剤、0.1 mg/mL で使用。 |
| NP-40 (Igepal CA-630) | Sigma | 18896-50ML | 緩衝試薬 |
| Kimble Kontes Pellet Pestle | Fisher Scientific | K749515-0000 | |
| Protease Inhibitor Cocktail | Sigma-Aldrich | P8340 | aliquot and store at -20 °C. |
| プロチナーゼK | Sigma-Aldrich | P2308 | 、10 mg/mLの水溶液を調製し、-20°Cで分注して保存します。 |
| QIAquick PCR精製キット | Qiagen | 28104 | DNA精製キット |
| 腫瘍の解剖用 | メス | ファインサイエンスツール | 10007-16 |
| 塩化ナトリウム | VWR | 0241-5KG | 緩衝試薬 |
| デオキシコール酸ナトリウム | Sigma-Aldrich | D670-25G | 緩衝液 |
| ドデシル硫酸ナトリウム(SDS) | Sigma | L-4390 | 緩衝剤 |
| トリスベース | サーモフィッシャーサイエンティフィック | Bp152-1 | 緩衝剤 |
| トリトンX-100 | サーモフィッシャーサイエンティフィック | BP 151-500 | ポリエチレングリコールオクチルフェニルエーテル |
| スタンダードミニ遠心分離 | フィッシャーブランド | 12-006-901 | スタンダードミニ遠心分離機 |
| SZX16顕微鏡 | オリンパス | SZX16 | 蛍光解剖顕微鏡 |
| ViiA 7 リアルタイム PCR システム、高速 96 ウェルブロック | Applied Biosystems | 4453535 | |
| Nanodrop One | Thermo-Fisher Scientific | ND-ONEC-W |
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