ここで低酸素の条件の下で内因性の核蛋白質間蛋白質蛋白質の相互作用を研究する co 免疫沈降プロトコルについて述べる。このメソッドは、転写因子と低酸素で転写共役因子との相互作用のデモンストレーションに適しています。
ここで低酸素の条件の下で内因性の核蛋白質間蛋白質蛋白質の相互作用を研究する co 免疫沈降プロトコルについて述べる。このメソッドは、転写因子と低酸素で転写共役因子との相互作用のデモンストレーションに適しています。
低酸素レベル (低酸素) は、さまざまな低酸素誘導因子 1 (HIF 1) マスターの調整装置として複雑な適応応答をトリガーします。HIF 1 ヘテロ二量体酸素によって調節される α サブユニット (HIF-1 α) から成り、血管新生を含む多様なプロセスに関与する遺伝子を調節する β サブユニット (HIF 1 β) として知られている芳香族炭化水素受容体核移行因子 (ARNT) されて、赤芽球および解糖系。HIF 1 相互作用するタンパク質の同定は、低酸素シグナル伝達経路を理解する鍵です。HIF-1 α の安定性の規則、ほか低酸素症はまた HIF-1 α ARNT など多くの転写因子の核内移行をトリガーします。特に、このようなタンパク質-タンパク質相互作用 (Ppi) を研究するために使用する現在の方法のほとんどは、タンパク質レベルは人為的に蛋白過剰発現を増加させるシステムに基づいています。多くの蛋白の過剰発現は、時空の成果物から生じる非生理的結果に します。ここで変更された co-免疫沈降を記述プロトコルの内因性の核蛋白質を使用して低酸素血症の治療の後、HIF-1 α と ARNT の相互作用を表示する概念の証拠として。このプロトコルでは低酸素細胞が低酸素の条件の下で収穫された、ダルベッコの (DPBS) Phosphate-Buffered 生理食塩水洗浄バッファーも感受タンパク質分解やタンパク質複合体を軽減するために使用する前にあらかじめ釣合い再酸素化中に解離します。さらに、核の一部分を集中、内因性の核蛋白質の安定化と蛋白過剰発現時にしばしば見られる誤った結果を避けるために抽出した後。このプロトコルは、転写因子と低酸素の条件の下で転写共役因子と内因性とネイティブ相互作用を実証する使用できます。
低酸素は、細胞や体の組織に十分な酸素が供給されてときに発生します。幹細胞の分化、炎症やがん1,2など様々 な生理学的および病理学的プロセスの重要な役割を果たします。低酸素症誘引可能な要因 (HIFs) は、酸素によって調節される α サブユニットと恒常発現 β サブユニットとして知られている ARNT3から成るヘテロとして機能します。HIF α サブユニット (HIF-1 α、HIF 2α、HIF 3 α) と 3 つの HIF β サブユニット (ARNT/HIF-1 β、ARNT2、ARNT3) の 3 つのアイソ フォームは、日付に確認されています。HIF 2α、HIF 3 α、ARNT2 および ARNT3 はより表現パターン4を制限されているに対し、HIF-1 α と ARNT は表現普遍的。HIF 1 タンパク質複合体は、低酸素応答のキーのレギュレータです。低酸素の条件の下で HIF-1 α 化が安定、核に移行し、ARNT5とされています。その後、この複合体は低酸素応答要素 (HREs) として知られている特定のヌクレオチドに結合し、血管新生、赤血球、解糖系の6を含む多様なプロセスに関与する標的遺伝子の発現を調節します。この「標準」の応答に加えて低酸素シグナル伝達経路も知られているクロストークにシグナル伝達経路のノッチと核因子 κ B (NF-κ B) など複数の細胞応答と7,8,9。
小説 HIF 1 相互作用するタンパク質の同定は、低酸素シグナル伝達経路の理解にとって重要です。ARNT は、酸素濃度に鈍感と恒常発現と対照をなして HIF-1 α タンパク質レベルは細胞の酸素濃度によって堅く調整されます。常 (21% 酸素)、HIF-1 α タンパク質は急速に劣化した10,11。常に HIF-1 α の短い半減期は、HIF 1 α 相互作用するタンパク質の同定のためだけでなく、細胞抽出液からの蛋白質を検出するための特定の技術的な課題を提示します。さらに、HIF 1 複合体のそれらを含むいくつかの転写因子は、低酸素条件12,13,14下核に若し。PPI の研究のための現在の方法のほとんどは、非生理的な発現タンパク質を使用して実行されます。このような蛋白の過剰発現は、リソースの過負荷、化学量論的不均衡、無差別相互作用および経路変調15,16を含む複数のメカニズムを通して異なる携帯電話の不具合が発生する報告されています。PPI の研究面で蛋白過剰発現は偽肯定的、またはも偽陰性、タンパク質の特性と発現タンパク質の機能によって結果につながることができます。したがって、PPI の研究の現在の方法は、低酸素条件下での生理関連 PPIs を明らかにするために変更する必要。我々 は以前、HIF 1 と Ets ファミリー転写因子Hes1プロモーターの低酸素17レスポンスに貢献する低酸素の P19 細胞における GA 結合タンパク質 (GABP) との間の相互作用を実証しました。ここでは、低酸素条件下で内因性の核蛋白質間 PPIs を勉強する co 免疫沈降プロトコルについて述べる。HIF-1 α と ARNT の相互作用は、コンセプトの証明として表示されます。このプロトコルは転写因子と低酸素の条件の下で転写共役因子間の相互作用を示す適して、HIF 1 相互作用するタンパク質の同定に限定されません。
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人間の萌芽期の腎臓 293A を使用して、このプロトコル セクション (HEK293A) セル s ナンヤン工科大学、シンガポールの人間研究倫理委員会のガイドラインに従います。
1 HEK293A 細胞における低酸素誘導
2. 全細胞と核の抽出
注: このプロトコルで使用されるバッファーについては表 1を参照してください。
3. 蛋白質の表現および HIF-1 α の細胞内局在性の検出による低酸素症治療の評価
4. 免疫沈降、免疫沈降されたタンパク質の検出
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式低酸素細胞の応答を評価するためにレベルと HIF 1 複雑な次低酸素治療のコンポーネントの内局在を検討しました。4 h の低酸素の条件の下で培養の HEK293A セルまたはコントロールとして常に続けた。全細胞 HIF-1 α と ARNT のタンパク質レベルを調べたまたは西部のしみによって核/細胞質を抽出します。予想される、合計 HIF-1 α のレベル合計のセル lysates の ARNT レベルが大幅に対し、低酸素状態で誘導されるとして変更 (図 1 a)。さらに、低酸素状態における核蓄積は HIF-1 α と HEK293A 細胞 (図 1 b)、ARNT ARNT の細胞質発現テスト セル行19のいくつかの検出されなかったが過去の報告と一致しているのです。
次に、HIF-1...
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HIF 1 複合体細胞酸素恒常性のマスター調節因子は、低酸素に異なる細胞適応応答に関与する遺伝子の茄多を調節する.新規 HIF 1 相互作用するタンパク質の同定は、低酸素シグナル伝達機構を理解するために重要です。一般的に Co 免疫沈降実験 PPIs 研究細胞シグナル伝達経路の線引きされます。しかし、蛋白過剰発現はまだ広く使用されて、これは実験の成果物につながる可能性があります。さらに、HIF-1 α は非常に不安定な蛋白質および再酸素化の11の間に急速に劣化になります。さらに、低酸素血症は、HIF 1 コンポーネントほとんどの哺乳類細胞での核内移行をトリガーします。したがって、従来の co を免疫沈降プロトコルは低酸素症の処置に続く生理関連の HIF 1 相互作用の蛋白質を識別するため最適化しなければなりません。ここでは、低酸素症で HIF-1 α と ARNT の間の対話を示すために使用される変更された co を免疫沈降プロトコルについて述べる。
再酸素化に HIF-1 α の劣化を避けるためには、低酸素細胞は低酸素環境に平衡は事...
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著者は利益相反を宣言しません。
我々 は低酸素ワークステーション用准教授罪ティオン ・ オングを感謝します。この作品は、次によって支えられた: シンガポールの教育省、南洋工科大学創業助成金 M4230003 (P.O.B.) に内科のビジネススクール、MOE2015-T2-2-087 (ワイ ・ エイ) に萌え 1T1-02/04 スウェーデン研究評議会、家族 - スウェーデンペーションアー財団、ノボ ノルディスク財団、スティヒティング af Jochnick 財団、スウェーデン糖尿病協会、スカンジア保険会社、糖尿病の研究、健康財団、バース ・ フォン ・ Kantzow、カロリンスカ研究所、アリス バレンベリー財団し ERC ERC 2013 AdG 338936-Betalmage、クヌートの糖尿病戦略研究プログラムです。
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| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| <強>材質 | |||
| 1.0 M Tris-HCl緩衝液、pH 7.4 | 1st BASE | 1415 | |
| Protein A/G Sepharose beads | Abcam | ab193262 | |
| Natural Mouse IgG protein | Abcam | ab198772 | |
| EDTA | Bio-Rad | 1610729 | |
| 2x Laemmli Sample Buffer | Bio-Rad | 1610737 | |
| 2-Mercaptoethanol | Bio-Rad | 1610710 | |
| Nitrocelluloseメンブレン | バイオ・ラッド | 1620112 | |
| ブロッティンググレードブロッカー | バイオ・ラッド | 1706404 | ウェスタンブロッティングアプリケーション用無脂粉ミルク |
| 10x Tris Buffered Saline (TBS) | バイオ・ラッド | 1706435 | |
| 10% Tween 20 | Bio-Rad | 1610781 | |
| 10x Tris/Glycine/SDS | Bio-Rad | 1610732 | |
| 10x Tris/Glycine Buffer | バイオ・ラッド | 1610771 | |
| Precision Plus Protein Dual Color Standards | バイオ・ラッド | 1610374 | |
| 抗ウサギ IgG、HRP 結合抗体 | 細胞シグナル伝達 | 7074 | |
| 抗マウス IgG、HRP 結合抗体 | 細胞シグナル伝達 | 7076 | |
| SignalFire ECL 試薬 | 細胞シグナル伝達 | 6883 | |
| ダルベッコリン酸緩衝生理食塩水 | コーニング | 21-030-CV | |
| フェニルメチルスルホニルフッ化物 (PMSF) | メルクミリポア | 52332 | |
| ARNT/HIF-1 β抗体 | Novus Biologicals | NB100-124 | 濃度:1.4 mg / mL |
| HIF-1 アルファ抗体 | Novus Biologicals | NB100-479 | 濃度:1.0 mg/mL |
| YY1 抗体 | Novus Biologicals | NBP1-46218 | 濃度:0.2 mg/mL |
| Qproteome 核タンパク質キット | Qiagen | 37582 | 溶解緩衝液 NL および抽出緩衝液 NX1 はキットで提供されます |
| GAPDH 抗体 | Santa Cruz | sc-47724 | 濃度:0.2 mg/mL |
| グリセロール(≥99%) | シグマ | G5516 | |
| 塩化カリウム | グマ | P9541 | |
| パバッファー | シグマ | R0278 | |
| 塩化ナトリウム(NaCl) | シグマ | 71376NP-40 | |
| シグマ | 127087-87-0 | ||
| ダルベッコ'修正されたイーグル」培地(DMEM、4.5 g / Lグルコース) | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 11995065 | |
| ジチオスレイトール(DTT) | サーモフィッシャーサイエンティフィック | R0861 | |
| シ胎児血清 | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 10270106 | |
| HEK293A細胞株 | サーモフィッシャーサイエンティフィック | R70507 | |
| メタノール | サーモフィッシャーサイエンティフィ | 67-56-1 | |
| ペニシリン-ストレプトマイシン | サーモフィッシャーサイエンティフィ | 15140122 | |
| ピアスプロテアーゼ阻害剤錠剤 | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 88660 | |
| ピアス BCA プロテインアッセイキット | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 23225 | |
| QSP ゲルローディングのヒント | サーモフィッシャーサイエンティフィック | QSP#010-R204-Q-PK | 1-200 uL |
| 機器/装置 | |||
| 厚ブロットフィルターペーパー、プレカット、7.5 x 10 cm | Bio-Rad | 1703932 | |
| Mini-PROTEAN ミニプレキャストゲル用テトラ垂直電気泳動セル、ミニトランスブロット付き モジュールとPowerPacベーシック電源 | Bio-Rad | 1658034 | |
| 4–15% Mini-PROTEAN TGX プレキャストプロテインゲル | Bio-Rad | 4561083 | |
| ChemiDoc XRS+ System | Bio-Rad | 1708265 | |
| I-Glove | |||
| Synergy HTX Multi-Mode Microplate Reader | BioTek | BTS1LFTA | |
| Costar 5mL Stripette Serological Pipets | Corning | 4487 | |
| Costar 10mL Stripette Serological Pipets | Corning | 4488 | |
| Costar 25mL Stripette Serological Pipets | Corning | 4251 | |
| Corning 96-Well Clear Bottom Black Polystyrene Microplates | Corning | 3631 | |
| 15mL HighクラリティPP円錐形遠心分離管コー | ニング352095 | ||
| スモールセルスクレーパー | コーニング | 3010 | |
| ギルソン Pipetman L 4ピペットキット | Gilson | F167370 | P2、P20、P200、P1000および付属品 |
| 1.5mLポリプロピレン微量遠心チューブ | Greiner Bio-One | ||
| PIPETBOY acu 2 ピペッター | インテグラ バイオサイエンス | 155 000 | |
| Justrite 可燃性液体収納キャビネット | Justrite Manufacturing Co. | 896000 | |
| ボルテックスミキサー | Labnet | S0200 | |
| CO2 インキュベーター | NuAire | NU-5820 | |
| オービタルシェーカー | スチュアート | SSL1 | |
| チューブローテーター SB3 | スチュアート | SB3 | |
| MicroCL 21R マイクロ遠心分離機 | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 75002470 | |
| ソーバル ST 16 遠心分離 | 機 サーモフィッシャーサイエンティフィ | 75004240 | |
| 組織培養ディッシュ (100 mm) | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 150350 | |
| Slide-A-Lyzer MINI 透析装置 | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 69580 | 10K MWCO、0.1 |
| mL フロートブイ、0.1 mL Slide-A-Lyzer 用 MINI 透析装置 | サーモフィッシャーサイエンティフィ | 69588 | |
| LSE デジタルドライバスヒーター | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 1168H25 | |
| サーモサイエンティフィック 1300 シリーズ A2 クラス II、タイプ A2 バイオセーフティキャビネット | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 13-261-308 | |
| ソフトウェア | |||
| Image Lab ソフトウェア | バイオ・ラッド | 1709691 |
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