ここでは 、DEPDC5 遺伝子の一過性阻害に起因するてんかんのゼブラフィッシュモデルの開発および特性評価のためのプロトコルを提示する。
方法論記事
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ここでは 、DEPDC5 遺伝子の一過性阻害に起因するてんかんのゼブラフィッシュモデルの開発および特性評価のためのプロトコルを提示する。
てんかんは最も一般的な神経疾患の1つであり、世界中で推定5,000万人に影響を与えています。最近の遺伝子研究の進歩は、てんかんの様々な形態に関与する遺伝子の広いスペクトルを発見し、この障害の異種性の性質を強調している。適切な動物モデルは、てんかんに関与する遺伝子変異によって引き起こされる病理学的メカニズムを調査し、特殊な標的療法を開発するために不可欠です。近年、ゼブラフィッシュは、遺伝子操作とペンチレンテトラゾール(PTZ)などの既知のてんかん原性薬物への暴露の両方を使用して、新しい抗てんかん治療薬を同定する、てんかんをモデル化するための貴重な脊椎動物生物として出現しています。mTORレギュレータ DEPDC5 の有害突然変異は、様々な形態の焦点てんかんと関連しており、ゼブラフィッシュオルソローグのノックダウンは、自発的な発作様エピソードに関連する多動性を引き起こすだけでなく、電解活動の強化および特徴的なターンホイールの水泳を引き起こす。ここでは 、DEPDC5 機能低下モデルの生成に関与する方法を説明し、受精後28時間および48時間(hpf)での運動活動を評価するためのプロトコルと、ゼブラフィッシュ光学テクタムにおけるフィールド活性を記録する方法を示す。経時の神経活動に対するてんかん原性薬物PTZの効果の図も提供される。
開発初期段階では、その小さなサイズ、排卵性の発達および透明性のために、ゼブラフィッシュは、心血管、癌または神経疾患1、2のように多様なヒト疾患をモデル化するための貴重な脊椎動物生物として出現した。ゼブラフィッシュは、臓器アーキテクチャと遺伝コードの高い保存を含む脊椎動物の利点と、より単純なモデル生物の小さなサイズと遺伝子操作の容易さを兼ね備えており、基礎的な研究と翻訳アプリケーションの両方を促進します。特に、細胞プロセスの挙動および蛍光マーカーのハイスループット自動スクリーニングに対するアメント性は、てんかん研究にとって特に魅力的なモデルとなっています。これは、てんかん3、4、5の化学的誘導および/または遺伝的モデルを特徴とする出版物の数の過去10年間の高い増加によって実証されている、と、さらに最近では、これらのモデル6、7、8の化学スクリーンから得られる有望な治療薬の報告。
DEPDC5は、GATOR1複合体のメンバーであり、mTORシグナル伝達9の負の調節因子である。DEPDC5遺伝子の変異は、2013年に常染色体優勢性焦点てんかん10,11に罹患したプロバンドにおいて初めて発見され、その後、てんかん症状および焦点皮質異形成症12に関連する多くの臨床状態で報告されている。報告された突然変異の大部分は、遺伝子12の機能喪失を引き起こすと予測されており、これはナンセンス媒介mRNA崩壊12、13によって標的とされる多数のDEPDC5変異転写物について正式に実証された。一致して、アンチセンスモルフォリノオリゴヌクレオチド(AMO)を使用したゼブラフィッシュの遺伝子オルソローグのノックダウンは、多動、ターンホイールのような水泳、自発的な発作および強化された神経活動14、16、17、18を含む、この生物のてんかんモデルに共通する多くの特徴をもたらす。興味深いことに、mTORシグナル伝達の阻害剤であるラパマイシンによる治療は、このモデル18の行動特徴を逆転させ、DEPDC5機能喪失がmTOR経路9,19の不調整によりてんかんを引き起こす可能性があるという仮説を支持している。
モルフォリノ修飾を担うアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いた生体内での遺伝子発現の一過性ノックダウンは、si/shRNAベースの技術と同等に、特定の遺伝子の役割を研究するための非常に貴重なツールであった。最近、AMOベースの戦略はまた、201620年にデュシェンヌ筋萎縮症の治療のためのFDA承認を受けた最初のAMO療法で、臨床応用を発見しました。ゼブラフィッシュでは、急性AMOベース遺伝子ノックダウンの表現型が常に構成的ノックアウトモデル21と相関するとは限らないが、これは少なくともいくつかの例では、構成的な遺伝子組換えによって生み出される補償機構に起因する可能性がある22。しかし、AMO誘発表現型の特異性の問題は、この技術23を用いた研究において熱心に取り組まなければならないという論争の余地のない懸念である。AMOベースのノックダウン表現型の特異性を確保するためには、いくつかのキーコントロールが必要です。これらには、遺伝子ノックダウンに有効なAMOの最も低い用量の選択を可能にする用量応答曲線が含まれ、過剰な遺伝物質の導入による全体的な毒性を回避する。また、ゲノム内の特定の領域を標的としない ミスマッチ AMOの使用は、適切な用量を確立し、特定の表現型を同定する際にも必要である。スプライス遮断AMOのような同じ遺伝子の異なる領域を標的とする第2のAMOは、その表現型が標的遺伝子のノックダウンによるものであることを確認する必要がある。遺伝子のcDNAを用いたノックダウン表現型の救出は、ヒトオルソローグまたはAMOでは標的とできないゼブラフィッシュ遺伝子のコドン修飾バージョンのいずれかで、表現型特異性を支持する強い議論を提供する。機能喪失突然変異(早期停止コドンの導入など)を含む同じcDNAを伴う救助の欠如は、この方向のさらなる証拠である。
ここでは、ゼブラフィッシュDEPDC5機能低下モデルを生成する方法と、受精後28時間および48時間での行動式定型法(hpf)を生成する方法を提示する。28 hpfでは、DEPDC5機能喪失は、絨毛膜内の胚の強化された巻きおよびけいれん運動によって証明されるように、全体的な多動性を引き起こす。この段階で自動動き検出システムを使用して、胚あたりの全体的な活動を定量化することができます。48 hpfでは、ゼブラフィッシュはタッチに応じてステレオタイプのエスケープスイミングを示しています。DEPDC5のダウンレギュレート発現を有するゼブラフィッシュにおいて、泳ぐ軌道はコントロールよりも著しく激しく、この生物3,4における他の報告されたてんかんモデルと同様に、パターンのような「コルクスクリュー」または「ターンホイール」を呈する魚。電気生理学的記録は、受精後4〜6日の間にゼブラフィッシュ幼虫の視体で得られ、DEPDC5ノックダウン動物における神経活動のベースライン増加を示した。このモデルの利点は、異なる時点でいくつかの表現型の特徴を提示し、開発中の薬物療法の有効性を監視および評価するのに役立つことです。
実験手順は、国家および制度倫理委員会によって承認されました。
ゼブラフィッシュ胚における DEPDC5 遺伝子の一過性ノックダウン
2. 行動分析
3. 電気生理学的解析
図1 は、2つの遺伝的状態の場合の4-6 dpfゼブラフィッシュ幼虫の細胞外野記録の代表的な電圧トレースを示しています:ミスマッチコントロールと DEPDC5 ノックダウン。記録のベースライン期間では 、DEPDC5 ノックダウンは自発的なイベントの発生が高いことを示し、ミスマッチコントロールは非常に少ない変動を表示します。これらの活動パターンは、我々が以前に報告したように DEPDC5の機能の喪失による神経活動の有意な増加を代表する、18.PTZアプリケーションの後、ミスマッチ制御と DEPDC5 ノックダウンの両方が、脱分極イベントの増加を示します。PTZアプリケーション(10〜60分)後の最初の期間には、ミスマッチコントロールと DEPDC5 ノックダウンの両方で毎分0.8イベントの割合が観察され、イベントの大半は高振幅(>1 mV)です。後者の応答期間(PTZ適用後60分~120分)の間、分極解除率は1分あたり約1イベントに増加し、イベントの大半は振幅が低い(≤1 mV)。

図1:ゼブラフィッシュ幼虫脳におけるフィールド記録の痕跡 例(A)ミスマッチコントロール幼虫とDEPDC5ノックダウンのための180分記録の概要。まず、自発的なベースライン活動が記録され、次にPTZが浴中に適用された(赤い棒)。(B) ミスマッチ制御とDEPDC5ノックダウンのための脱分極イベントのペリ刺激時間ヒストグラム。イベントは高振幅(>1 mV - 青)と低振幅(≤1 mV - 黒)に分類されました。(C-E)記録の異なる期間のトレース例: (C) 自発的活動, (D) PTZ適用後の最初の期間における高振幅イベント、 (E) PTZ適用後の後期の低振幅イベント。これらの図を取得するスクリプト ファイルは 、補足ファイルとして提供されることに注意してください。 この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。
補足ファイル: ステップ 3.4 のスクリプト ファイル。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。
てんかんは複雑な神経疾患であり、遺伝的シーケンシング技術25、26、27の出現で解明され始めている広範囲の病因を特徴とする。多目的な動物モデルは、遺伝的に結合したてんかんの病理学的メカニズムに関する洞察と、この状態の明確な形態の標的療法の両方を生み出す効率的な翻訳戦略に不可欠である。ゼブラフィッシュモデルは、てんかんの主要な特徴を再現し、抗てんかん薬スクリーニング5、28のための信頼性の高い読み出しを提供するのに非常に効果的です。これらのモデル28において遺伝子組み換えゼブラフィッシュ15、29、30、31および神経生理学的解析において自然発作が検出され、てんかん様行動32,33の神経基盤を確認している。小型ゼブラフィッシュの幼虫は、潜在的な治療法の迅速な検出を可能にする自発的な水泳などの単純な行動の自動検出を使用して、96ウェル形式の化学スクリーンに適しています。
ここで提示された DEPDC5 ノックダウンモデルは、開発中の遺伝子発現を遮断するためにゼブラフィッシュ胚にAMOを注入することによって得られる。このモデルは、幼虫の発達のさまざまな時点で、化学的または遺伝的スクリーニングプロトコルの間に治療効率の指標として使用することができるいくつかのキーストーン表現型の特徴を提示する。AMO媒介遺伝子ノックダウンは、特に目的の遺伝子の発現を標的とするため、化学的に誘発された発作モデルよりも利点を示す強力な技術であり、遺伝子変異によって引き起こされる根本的な病原性メカニズムの同定を可能にする。それにもかかわらず、薬物スクリーニングのための強力なツールである化学誘導物質は、研究中の遺伝子変異に常に関連しないかもしれない複数の細胞経路を介して作用することができる。AMO注入は、実験者によって習得されたとき、それ自体が簡単なテクニックですが、それはまた、いくつかの制限を提示します。注射は、1つの細胞段階の胚で行われなければなりません;私たちの手の中で、後の段階での注射は表現型の変動性を大幅に増加させた。これは、注射に利用可能な時間を制限します;したがって、時間シーケンスで注入用の卵を生成する戦略が有用である。15~20分間隔で開く4-5のクロスを日常的に使用し、次のクラッチを取得する前に1つのクラッチを注入できるようにします。さらに、開発の最初の日にステレオタイプの行動が急速に進化するので、異なる実験の間の同時に表現型を評価するために注意する必要があります。過剰な量を注入することによる一般的な毒性は特定の表現型を隠すので、AMOの量と濃度も慎重に制御する必要があります。導入で提示されるさまざまなコントロールは、適切な注射用量と対応する表現型を決定するために不可欠です。
幼虫ゼブラフィッシュ脳のフィールド記録は、世界的な神経活動34に対する異なる脳障害に関与する遺伝子変異の有害な影響を調べるための有用なツールである。これらの実験条件下で見られる脱分極事象は、異なるてんかん条件15,35における薬物の電気生理学的効果を評価するための確立された方法である。しかし、これらの効果の評価は、主に定量的ではなく定性的に行われ、分析のアクターとして主観的な観察者を持っています。ここでは、脱分極率、振幅、持続時間を客観的に定量化し、時間の経過や異なる遺伝的または薬理的介入でこれらのパラメータの進捗状況を評価できる自動検出戦略を開発します。
ここで示した代表的な結果は、4-6 dpfゼブラフィッシュのミスマッチ制御と比較して DEPDC5 ノックダウン遺伝モデルの予想されるフィールド活性を示し、PTZの適用前後にてんかんのような電解活動を導入した。以前は 、DEPDC5 ノックダウン条件18の基底活動の有意な増加を示した。ここでは、この2つの条件のPTZに対する反応が、比較的低い周波数、高振幅の偏光事象の期間から始まり、より高い周波数、低振幅の偏光イベントの期間を継続して、時間内に同様の軌道を有することを示す。フィールド記録イベントは低速ダイナミクスを持つ(関心のある周波数は0.005-0.2 s-1の範囲にある)ため、ローパスフィルタとハイパスフィルタの両方がこのプロトコルで使用され、対象となるイベントを分離します。低周波ノイズを除去した後、単純なしきい値を使用して脱分極イベントの検出を行います。信号の統計は脱分極イベントの存在によって大きな影響を受けるため、この閾値を決定するために全信号の標準偏差を使用することはできませんでした。データセット間の標準偏差の値の変動性は、観測された記録ノイズレベルよりも大きかった。そこで、トレースの目視検査の後、異なるレベルの脱分極活性によって誘導されるバイアスを回避するために、0.3mVの閾値の固定値を用いた。
本プロトコルは、運動行動およびニューロンフィールド活性を評価するための標準化された簡単な方法を提供し、細胞外電流クランプ電圧記録を介して、光学テクタムにおける脱分極事象の自動検出と相まって、ゼブラフィッシュモデルにおけるてんかん様表現型を特徴付ける。
著者らは開示するものは何もない。
神経生理学実験を行ったICM電気生理学プラットフォームのスタッフに感謝申し上げられる。また、アンカ・マリアンの技術的な助けに感謝します。SC はトランポリングラント #21488 によってサポートされました。EKはAFMグラント#18469とERC統合グラント(ALS-ネットワーク)によってサポートされました。HCは、フォンダシオンの博士号賞によって支えられ、ラ・レシェルシュ・メディカル(PLP20141031462)とARSLAを注ぎます。ADとRMの場合、この研究はルーマニア国家科学研究イノベーション局(CNCS-UEFISCDI)(プロジェクト番号PN-III-P4-ID-PCE-2016-0010)からの3つの助成金によって支えられました。 PN-III-P2-2.1-PED-2016-0007およびCOFUND-NEURON-NMDAR-PSY、欧州連合のホライゾン2020研究・イノベーションプログラムによる助成金 - 助成金契約番号668863-SyBil-AA、および国立科学財団は、米国政府が資金を提供するNSF-IOS-1656830を付与しました。
| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| アガロース | シグマ-アルドリッチ、フランス | A9539 | |
| 水族館の塩 | インスタントオーシャン、ブラックスバーグ、バージニア | SS15-10 | |
| ホウケイ酸ガラス、フィラメント付き | Sutter Instruments | BF100-50-10 | OD: 1.5mm、ID: 0.5 mm |
| CaCl2 | Sigma-Aldrich, France | C1016 | |
| Depdc5-atg antisense morpholino | GeneTools, OR, USA | N/A | sequence 5'- TGCCTTCATGGTGACCGTCATTTTA -3' |
| Depdc5-mis アンチセンスモルフォリノ | GeneTools, OR, USA | N/A | sequence 5'- TGCgTTgATcGTGACCcTgATTTTA -3' |
| Depdc5-splice antisense morpholino | GeneTools, OR, USA | N/A | sequence 5'- ACATTCCTGTTTCACCATAGATGAT -3' |
| デジタイザー | Molecular Devices, CA, USA | Digidata 1550 | |
| Fast Green Dye | Sigma-Aldrich, France | F7258 | Stock solution of 0.2 |
| %Glass-bottom petri dish | Ibidi, Germany | 81218 | |
| Glucose | Sigma-Aldrich, France | 68270 | |
| Grasshopper 2 camera | FLIR, BC, Canada | GRAS-03K2M-C | formerly Point Grey研究 |
| HEPES | Sigma-Aldrich, France | H3375 | |
| Human wild-type DEPDC5 cDNA | Dharmacon, France | NM_001242897.1 | アクセッション: BC144291 Clone ID 905 |
| ImageJ software | NIH, USA | N/A | |
| KCl | Sigma-Aldrich, France | P9333 | |
| Matlabソフトウェア | MathWorks, MA, USA | N/A | |
| MgCl2 | Sigma-Aldrich, France | M2670 | |
| NaCl | Sigma-Aldrich, France | S7653 | |
| NaOH | Sigma-Aldrich、フランス | 71687 | |
| 化パンクロニウム | Alomone Labs | P-130 | 水溶液60mMのストック溶液 |
| Parafilm | Sigma-Aldrich, France | P7793 | |
| Patch clamp amplifier | Molecular Devices, CA, USA | MultiClamp 700B | コンピュータ制御パッチクランプアンプ |
| pClamp10 取得ソフトウェア | Molecular Devices | N/A | |
| Pentylenetetrazol (PTZ) | Sigma-Aldrich, France | P6500 | ストック溶液 300 mM (記録溶液溶解) |
| ピペットプーラー | 成重 | PC-10 | |
| ニューマチックピコポンプ | WPI, France | PV 820 | |
| Sylgard 184 kit | Sigma-Aldrich Intl. | ||
| トランスファープラスチックピペット | Sigma-Aldrich, France | Z350605 | |
| Zebralab | Viewpoint, France | N/A |