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Research Article
Adrianna Kolberg1, Christiane Wenzel1, Thorsten Hugel1,3, Markus Gallei2, Bizan N. Balzer1,3
1Institute of Physical Chemistry,Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, 2Chair in Polymer Chemistry,Saarland University, 3Cluster of Excellence livMatS at FIT - Freiburg Center for Interactive Materials and Bioinspired Technologies,University of Freiburg
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
原子間力顕微鏡(AFM)片持ち体先端へのプローブ分子の共有結合は、その物理的性質を調査する上で不可欠な技術である。これにより、AFMベースの単一分子力分光法を介して、高い再現性を持つ伸縮力、脱着力、ポリマーの長さを決定することができます。
原子間力顕微鏡(AFM)ベースの単一分子力分光法は、単一のポリマーと表面の相互作用を調べるための理想的なツールです。真の単一分子実験では、1つと同じ単一分子を持つ何百もの力拡張痕跡が得られるので、プローブ分子の共有結合が不可欠です。多くの痕跡は、単一の分子だけがプローブされていることを証明するために必要です。さらに、単一のプローブ分子とAFMカンチレバーチップとの間の望ましくない相互作用、ならびにAFMカンチレバー先端と下層表面との間の望ましくない相互作用を防ぐために、パッシベーションは極めて重要である。ここで示す機能化プロトコルは信頼性が高く、さまざまなポリマーに容易に適用することができます。特徴的な単一分子事象(すなわち、伸張および高原)は、力延長トレースで検出される。これらの事象から、伸縮力、脱着力、脱着長などの物理的パラメータが得られる。これは、単一分子レベルでの刺激応答系の正確な調査にとって特に重要です。例示的なシステムとしてポリ(エチレングリコール)(PEG)、ポリ(N-イソプロピルアクリルアミド)(PNiPAM)およびポリスチレン(PS)は、SiOx(PEGおよびPNiPAM用)および水性環境における疎水性自己集合単層表面(PS用)から伸張および脱離される。
1980年代1の発明以来、原子間力顕微鏡(AFM)は、サブナノメートル空間分解能、サブピコニュートン力分解能、および様々な溶媒および温度条件2、3、4、5、6、7で測定する可能性を特徴とする自然科学において最も重要なイメージング技術の1つとなっている。,3,4,5,6,7
イメージング,8,9とは別に、AFM は単一分子力分光法 (SMFS) を行い、単一のポリマーと表面の接着相互作用、単一ポリマーの物理的性質、およびタンパク質の展開機構7,,10,,11,12,,13,,14,,15,,16.通常のSMFS実験では、機能性のあるカンチレバー先端が表面に接触し、AFM片持ち角先端のフィシソルブでポリマーがこの表面に接触するようにします。表面からAFM片持ち先端を引き込み、AFM片持ち面のたわみの変化が力伸長曲線4に至る力に変換される。伸縮力、脱着力および脱離長などの物理的パラメータは、引っ張り速度、表面のドウェル時間、表面へのくぼみ深さ、温度、溶媒17、18,18および固体基質、ポリマーフィルムまたは支持脂質二重層19、20、21、2220,のような異19なる表面などの異なるパラメータに依存するように決定することができる。21,22さらに、ポリマーは異なる空間方向でプローブすることができ、このようにポリマー23、24、25、2624,25の摩擦特性を調べた。23
このような研究には、調査したポリマーをAFM片持ち体先端に共有結合することが不可欠である。したがって、AFMカンチレバー先端に結合した1種と同じポリマーを有する単一分子事象の高,収率は、AFM片持ち27、28、ナノフィッシング実験30、31、32,31の場合のようなAFM片持ち3227、28、28可変付着点29または異なるポリマー(異なる輪郭長を有する)の較正による結果の偏りを防ぐ。また、他のポリマーとの相互作用、ならびに平均化効果は、広く18、28を28防止することができる。AFM片持ち先端へのポリマーの共有結合については、異なる種類の化学修飾が適用され、その多くはハーマンソン33によって本にまとめられる。アミンおよびチオールベースのリンク反応ならびにクリック化学は、AFMカンチレバー先端機能化34、35、36、37、38、39、40、41、42,35,36,37,38,39,40,41において最も一般的に使用される方法を42表す。Beckeら40は、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド(EDC)/NHS化学を使用して、AFMカンチレバーチップにタンパク質を結合する方法を示しています。しかし、前記の機能グループは、クロスリンクする傾向があり、機能43、44,44の損失を招く。また、カルボディイミドは、溶液43において加水分解を速くする傾向を示す。マレミドおよびチオール基は、一般的により安定であり、架橋反応を示さない。提示されたプロトコルは、参照35,,39で提供されている以前に公開されたプロトコルの最適化です。
ここでは、輪郭長や疎水性などの特性に関係なく、多数の異なるポリマーに容易に調整することができる信頼性の高い官能化プロトコルが提示される。3つの異なるポリマーが例として選ばれました:親水性ポリエチレングリコール(PEG)およびポリ(N-イソプロピルアクリルアミド)(PNiPAM)、ならびに高モルマス疎水性ポリスチレン(PS)。適切なリンカー分子を有する共有結合能力を提供するために、3つのポリマーを機能末基としてテレキレートチオール部分を特徴とするポリマーを選択した。リンカー分子自体は、典型的には、2つの活性部位を有する短いPEGポリマーであり、一方の端にシラン基、もう一方の端にマレイミド基である。前者は、AFM片持ち弁当先端と後者に対して、官能化された高モルマスポリマーのチオール基との結合反応に対する共有結合を可能にする。さらに、不活性PEGリンカー分子は、プローブポリマーとAFMカンチレバー先端とAFMカンチレバー先端と下層表面との間の望ましくない相互作用を防止するパッシベーション層として機能する。
注: 図1を参照して、概略図の概要を確認してください。
1. 試薬のセットアップ
注:このプロトコルに使用されるポリマーは、マレイミドポリエチレングリコールトリエトキシシラン(シラン-PEGマル、 5 kDa、チオールポリエチレングリコールチオール(HS-PEG-SH、35 kDa)、チオール終了ポリ(N-イソプロピルアクリルアミド)(PNiPAM-SH、637 kDa)およびチオール終了ポリスチレン(PS-SH、1.3 mDa)
2. 機器のセットアップ
注:ステンレス鋼またはガラス製のピンセットやビーカーを使用してください。反転ピンセットを使用して安全なグリップ(例えば、低いばね定数を有するR3 SA)を使用します。
3. チップ機能化
注:すべてのステップは、有機蒸気の吸入を避けるためにヒュームフードで行われるべきです。さらに、手袋、実験室のコートおよび目の保護は要求される。汚染を避けるために、すべてのステップにニトリル手袋またはラテックス手袋を使用してください。トルエンを使用する場合は、溶剤耐性手袋を着用してください。特に指定がない限り、すべてのステップはRTで行われます。
4. 表面の準備
5. データ取得
注:ここに示すすべての測定は温度変化のための暖房および冷却のサンプル段階を使用してCypher ES AFMと超純水で行われた。一般的に、液体で測定する機能を提供するすべてのAfMを使用することができます。
6. データ評価
注:データ評価のために、Igor Proに基づくカスタム作成ソフトウェアを使用して、次の手順を実行しました。
以下の例は、ポリマーPEG、PNiPAMおよびPSの単一分子伸縮および脱離の結果を示す。すべてのAFM片持ちの先端は、上記のプロトコルで機能していた。PEGおよびPNiPAMは、温度変動を伴うSiOxで測定した。PEGおよびPNiPAMの結果として生じる温度依存性延伸曲線の詳細については、コルバーグら18異なる力延長モチーフが一定の力の高原である(例えば、水中44,27,39,5127,のメチル終結アルカンチオールの自己組み立て単層からPSを脱離する場合)を参照してください。39,51
例1:水中のペグとPNiPAMのストレッチ
水中の温度依存性の延伸挙動は、一方の端でAFM片持ち先端に共有結合し、もう一方の端でSiOx表面にフィジセル化した単一のPNiPAMおよびPEGポリマーを使用して測定した。キャリブレーションおよびクリーンコントロール実験(力延長曲線の2%未満は単一分子事象を示す)の後、各AFM片持ち体について少なくとも2つの力マップが記録された。温度依存実験は、各温度で少なくとも1つの力マップを記録することによって行った。わずか数のストレッチイベントしか出現しなかったとき、それぞれのAFM片持ち体は廃棄され、次のAFM片持ちは(通常、MLCT-Bio-DCのC、B、DおよびEの順序で)取られた。PEGの例示的なデータについては、500の測定された力延長曲線のうち95(19%)で単一のストレッチイベントが観察された。PNiPAMの場合、600本の力伸延曲線のうち252本が伸縮パターン(42%)を示した。力延長曲線の比較を改善するために、すべての温度に対して単一のマスターカーブが生成されました。この目的のために、立体構造変動および溶媒効果が無視できる500pN以上に延伸事象を有する曲線のみが52を選択した。最終的に考慮したストレッチの数は、278 Kで3、PEGで318 Kで7、PEGで4、278 Kで4、PNiPAM18の場合は318 Kで3でした。
マスターカーブを生成する手順を図 3に示します。選択した力延長曲線Figure 3(図3A)は、長さL0(500 pNの力での延長)に再スケールされます。接着ピークは、表面とAFM片持ち線先端との間の非特異的接着の大きなばらつきを示すが、ポリマーの伸張挙動には影響しない。再スケールされた力延長曲線をマージした後、図3Cに示すように、二公称スムージングによって平均化されます。このため、ガウスフィルタは、平滑化パラメータ2053に等しいレベルで、パスカルの三角形から導出された正規化係数を使用してデータを畳み込みます。最後に、図3Dに示すように、すべての温度に対してマスターカーブが得られます。拡大すると、力延長動作に対する温度の影響が最も顕著になる範囲が表示されます。
PEG (A) と PNiPAM (B) の温度挙動の比較は図 4にあります。PEGについては、温度上昇に伴う延伸力の低下が認められた。温度を278から318Kに上げると、100pNでの再スケール延長の約5%の増加が観察された。PNiPAMの場合、逆の温度依存シフトが明らかになる可能性があります。温度が278から328Kに増加した場合、100pNでの再スケーリング延長の約1%の減少が観察された、加えて、任意の与えられた力の値の曲線の下の面積を決定することによって、力延長マスター曲線から伸縮自由エネルギーを得ることができる。これは、分子動力学(MD)シミュレーション18の助けを借りて、伸びる自由エネルギーのエネルギーを抽出するために使用することができます。
例2:水中のSAM表面からのPSの脱離
水中のSAM表面からのPSの脱離は、脱着力と長さを決定し、それによって疎水性相互作用を定量化するために使用することができる。較正後、少なくとも2つのフォースマップを、表面の2つの異なるスポットで記録した。ポリマー付着が成功すると、力伸長曲線は一定の力のプラタスを示し、特徴として、図5AAおよび図5Cを参照してください。プローブ結合のダイナミクスがAFM片持ち先端の引き上げ速度(準平衡)よりもはるかに速い場合には、高原様脱離が観察される。高原状の力伸力曲線の脱着力は、力伸力トレース54を統合することにより、接着自由エネルギーを直接提供する。それらは、静電、分散および疎水性相互作用、ならびに液体環境における表面上の単一ポリマーの摩擦特性を決定するために使用されてきた42、4、23、51、54、55。,23,51,54,55,
一定の力の各高原は、分離力と脱着長を決定するためにシグモアダル曲線を取り付け、その後ヒストグラムでプロットした。ヒストグラムにはガウスが取り付けられ、最大値と標準偏差が抽出されました。より良い概観図を得るため、図 5Bおよび 図5Dに示すように、脱離力と長さの値は散布図にまとめて表示されています。
水中のSAM上のポリスチレンの場合、決定された脱離力は、以前に得られた値19,23,23に対応する。脱離長がポリマー輪郭長51と相関するように、脱離長分布は、その官能末端基を介してAFM片持ち先端に対するそれぞれのポリマーの共有結合の証拠として使用することができる。したがって、脱着の長さは指紋として機能します。
AFM片持ち板先端に付着した複数のポリマーについて、力伸力曲線56において、高原(離散段階)のカスケードが観察され得る。各高原は、異なる延長でのポリマーの脱離を表す。図5Cおよび図5Dで行われた実験は、AFM片持ち先端に同時に結合した2つのポリマーの典型的なケースを示した。最終的な破裂に適合させることで、脱着長の双値分布を見つけることができ、脱離力は狭い分布を示した。この場合、より小さい脱離長は、図5Cに示すように、単一の高原として、または長い高原上の追加の高原として、力伸長曲線の90%に見つけることができる。より高い脱離長は、得られた力延長曲線の37%で発見された。したがって、脱離長分布は、AFMカンチレバー先端に付着した異なるポリマーの数を決定するために使用することができる。一般に、脱離長値の狭い分布は、1つと同一の単一ポリマーが得られた力延長曲線でプローブされたことを示す良好な指標である。同時に、それぞれの力延長の重ね合わせを用いて、1つのポリマーと同一のポリマーが測定されたかどうかを決定することができる。
単一のPSポリマーの共有結合を証明した後、このPSポリマーを用いたさらなる実験は、様々な基質(固体表面ならびにポリマーフィルム)、溶媒条件、温度、引っ張り速度またはドウェル時間を行うことができる。

図1:先端機能化プロセスの概略図。AFMカンチレバー先端の化学修飾を含む(1)血漿活性化後(2)のライアナイゼーション/PEGylationおよび(3)ポリマー付着。さらに、使用されるポリマーの詳細な化学構造、すなわちPEG、PNiPAMおよびPSが示される。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図2:力延長曲線の干渉の除去(A) 伸張に沿って、単一分子伸張イベントを持たない、内弦波力信号アーティファクトを示す力延長曲線を見つける。(B) 正弦波人工物から補正する単一分子事象を持つ力延長曲線を選択します。(C) 曲線の弦波アーティファクトが本当に一致しているかどうかを制御するために、曲線を重ね合わせる。(D) 力延長曲線(A)を(B)から差し引くことにより、直線基線を持つ力延長曲線が得られる。接着ピークはさらなる分析には使用できませんが、力延長曲線は、単一分子事象の領域ではるかに正確な力値につながるアーティファクトに対して補正されるようになりました(ここでは、+0.2μmの拡張)。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図3:298KにおけるPEGの力延長曲線からのマスター曲線の決定。(A)298 Kの実験データ、7つの力延長曲線を用いた。500 pN(B)の力で長さL0に再Bスケーリングした後、力延長曲線をマージし、マスターカーブを得る二公称スムージングによって平均化することができます(C)。再スケールされたカーブはドットとして指定され、マスターカーブは実線で表示されます。最後に、得られた異なる温度のマスターカーブを比較することができる(D)。ズームインは、力延長動作に対する温度の影響が最も顕著である範囲を示します。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図4:PNiPAMとPEGの温度依存のマスター曲線の比較。PEGの場合、温度を上昇させると100pN(中力範囲)で再スケールされた延長の増加が観察Aされ(A)、PNiPAMの場合は逆の温度依存シフトが明らかにされる(B)。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図5:水中のSAM上のPSの力延長曲線の解析(A) 例示的な力延長曲線 (青) と高原のシグモイドフィット (紫).また、矢印は、高原の決定力(赤)と長さ(緑)を示します。シグモイド適合によって得られた脱着力と脱離長の値は散布図に表示され、結果のヒストグラムはガウスが合う。(B)決定された平均脱離力及び脱離長値は、(112±6)pN及び(659±7)nmであり、ここで、力伸長曲線の93%がこのような単一のプラトー事象を示す。(C)AFM片持ち線先端に付着した2つのポリマーに対する例示的な力延長曲線(青色)を同時に行う。Cここで、脱離力は平均力値(117±5)pNの単一性分布を示し、一方、(656±9)nmおよび(1050±16)nmの平均長さ値に至る脱離長に対してバイモーダル分布を見つけることができる。(D)サンプリングされた力伸張曲線の 90% は、単一のプラトー事象のみを示します。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。
著者らは、競合する金銭的利益はないと宣言している。
原子間力顕微鏡(AFM)片持ち体先端へのプローブ分子の共有結合は、その物理的性質を調査する上で不可欠な技術である。これにより、AFMベースの単一分子力分光法を介して、高い再現性を持つ伸縮力、脱着力、ポリマーの長さを決定することができます。
B.N.B.とT.H.は、ドイツのエクセレンス戦略の下でドイツ・フォルシュングスゲマイインシャフト(DFG、ドイツ研究財団)による資金援助を認める - EXC-2193/1 - 390951807, ゲフェルデルト・ドゥルヒ・ダイ・ドイチェ・フォルシュングスゲマイーンシャフト(DFG)イム・ラーメン・デア・エクゼレンツスタテギー・デ・ブンデスド・ウント・デア・レンダー - EXC-2193/1 - 390951807、およびHU 997/1-13を付与(プロジェクト#420798410)。M.G.は、ヘッセン州高等教育・研究・芸術省によるLOEWEプロジェクトiNAPOの枠組みの中で部分的な支援を認めています。フラウンホーファー応用固体物理学研究所のヴォルフガング・ブロンナー博士とアグネス・ズカウスカイト博士に、高品質の金被覆シリコンウエハースの寄付に感謝します。
| 1-ドデカンチオール(≥98%) | Sigma-Aldrich、米国 | 417364-500ML | に使用 |
| SAMアンモニア溶液(30%) | Roth、ドイツ | CP17.2Cypher | |
| ES | アサイラムリサーチ、オックスフォードインスツルメンツの会社、USA-AFM | ||
| エタノール(≥99.9%) | Roth、ドイツ | PO76.1 | 溶剤 |
| 金コーティング シリコンウェーハ | フラウンホーファー応用固体物理学研究所 IAF、ドイツ | - | SAM |
| High Resolution Replicating Compound | Microset Products Ltd、英国 | 101RF | ボンディング剤 |
| 過酸化水素溶液 | Sigma-Aldrich、米国 | H1009 | |
| Igor Pro | のクリーニングに使用Wavemetrics, | USA-Software | environment |
| Tetra-30-LF-PC | Diener Electronic, | Germany-Plasma | chamber |
| Maleimide-polyethylene glycol-triethoxysilane | Creative PEG works, USA | PHB-1923 | Linker polymer |
| MLCT-Bio-DC | Bruker, USA | MLCT-Bio-DC | AFM cantilever |
| Prime CZ-Si wafer, n-type (Phosphor) TTV < 10 < 10;m | MicroChemicals, Germany | WSA40600250 P1314SNN1 | Silicon wafer |
| Purelab Chorus 1, 18.2 MΩ cm | Elga LabWater, Germany | 10034-540 | Ultrapure water source |
| R3 SA | Vomm GmbH, Germany | 5803 Blank | Tweezers |
| Thiol terminated poly(N-isopropylacrylamide) | Gallei Group, Saarland University, | Germany-PNiPAM プローブポリマー | |
| チオール末端ポリスチレン | ポリマーソース、カナダ | P40722-SSH | PSプローブポリマー |
| チオールポリエチレングリコールチオールクリエイティブ | PEGワークス、米国 | PSB-615 | PEGプローブポリマー |
| トルエン(99.99%) | フィッシャーケミカル | ズT324-500 | 溶剤 |