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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
このプロトコルは、孵化前に卵のケース(oothecae)を表面殺菌することによって、グノトビオティックアメリカゴキブリ(ペリプラネタアメリカーナ)を確立し、維持するために使用されます。これらのグノトバイオティクス昆虫は、垂直に伝染した ブラタバクテリウム 内介生物を含むが、無菌の根性を有する。
グノトビオティック動物は、マイクロバイオームの構造と機能に関するコントロールの研究のための強力なツールです。ここで提示は、グノトビオティックアメリカゴキブリの確立と維持のためのプロトコルです (ペリプラネタアメリカーナ).このアプローチには、継続的な品質管理のための組み込みの無菌検査が含まれます。グノトビオティック昆虫は、垂直に透過した内膜バイオエント(Blattabacterium)をまだ含むゴキブリとして定義されていますが、通常は表面とその消化管に存在する他の微生物が欠いています。このプロトコルでは、卵の場合(オテカエ)は、(無菌)ストックコロニーから除去され、表面滅菌される。いったん採取して滅菌すると、オーテカイは、孵化するか、汚染のために除去されるまで、脳心注入(BHI)寒天で約4〜6週間、30°Cでインキュベートされます。孵化したニンフはBHIの床、無菌水および無菌ラットの食糧を含んでいるアーレンマイヤーフラスコに移される。ニンフが所定の条件でBHIで増殖できない微生物を収容していないことを確認するために、追加の品質管理措置は、非endosymbiotic微生物をテストするために制限断片長ポリモーフィズム(RFLP)を使用します。このアプローチを使用して生成されたグノトビオティックニンフは、単純または複雑な微生物群集で接種し、腸内微生物叢研究のツールとして使用することができます。
グノトビオティック動物は、マイクロバイオーム研究1、2、3のための非常に貴重なツールであることが証明されています。無菌および定義された植物相動物は、宿主免疫応答、腸上皮成熟、および宿主代謝1、4、5、6、7を含む宿主微生物相互作用の解明を可能にした。単純化されたコミュニティを接種したグノトビオティック動物はまた、腸内の微生物と微生物の相互作用、特に交差摂食および拮抗関係を解明する際に、8、9、10、11をより完全に理解するのを助けた。哺乳類の腸内微生物叢における研究のための現在の好ましいモデルシステムは、マウスモデルである。このシステムは、上記の発見において不可欠でしたが、重要な欠点は、関連するコストです。特別な装置と高度な訓練を受けた技術者は、グノトバイオティクス施設を設立し、維持する必要があります。これは、動物動物の動物維持のあらゆる側面に与えられなければならない特別な注意と組み合わせて、動物動物を標準的な動物モデル12よりも10〜20倍の費用がかかるグノトビオティック動物を引き起こす。高コストのため, 多くの研究者は、グノトビオティックマウスモデルを買う余裕がないかもしれません.さらに、マウスモデルは、人間の健康に翻訳することを探している研究のための最も広く受け入れられている選択肢かもしれないが、人間とマウスの間の多くの生理学的および形態学的な違いがあります 13.明らかに、腸内微生物叢の多くの側面に関する増え続ける質問に答えるのに十分な特異なモデルはありません。
昆虫モデルは、哺乳類の種と比較してメンテナンスコストが低いため、安価な代替品です。さまざまな昆虫種の広範な無菌およびグノトビオティック研究は、複数の一般的に使用されるモデルの開発につながっている。蚊とショウジョウバエは、世界的な疾患と遺伝的な難病への関連性のために生殖不能な仕事のための一般的なモデルである14,15.もう一つの新興モデルシステムは、ミツバチ(アピス・メリベラ)の、受粉と社会性研究におけるその重要性を考えると16である。しかし、これらの一般的に使用される昆虫の多くは、哺乳類の腸内群17に見られる分類学的複雑さを欠き、より高次の相互作用をモデル化する能力を制限している。アメリカのゴキブリの腸内に見られる微生物の多様性の総量は哺乳類に似ているだけでなく、ゴキブリの腸内に存在する微生物の多くは、哺乳類およびヒトの腸内微生物叢に一般的に見られる家族およびフィラに属する。ゴキブリの後腸はまた、哺乳類の大腸に機能的に類似しており、栄養分19,20の抽出を補助する細菌を密集した発酵室である。最後に、ゴキブリの雑食性は、食事の専門家では不可能であろう食事療法の多様性を可能にします。
アメリカのゴキブリは、高等生物の腸内微生物群集を理解するための有用なモデルシステムであり得るが、ゴキブリの害虫としての地位は、このシステムを害虫駆除21に関連する。腸内のコミュニティのゴキブリの健康と生理学への影響に関する基本的な知識を活用することは、害虫管理のための新しい技術の開発に支援します。
この方法の目的は、グノトビオティックアメリカゴキブリ(ペリプラネタアメリカーナ)の確立と維持の包括的な説明を概説することですが、このプロトコルは、任意の排卵ゴキブリのニンフを生成するために使用することができます。成熟したオテカエの効率的で非侵襲的な収集のための方法と、昆虫22、23、24のグノトバイオティクス状態を監視する非破壊技術が含まれる。グノトビオゴキブリを達成し維持する以前の方法は、oothecaコレクション23、24、25、26、27を記述しているが、ootheca成熟度は、種固有の手がかり(Blattellaゲルマニカ22、24、25)の観点から解釈されるか、または明示的に記述されていない27、28であり、システムに不慣れな人にとっては実装が困難である。ここで説明する方法は自然に落とされたウーテカエを使用するため、卵を早期に除去する誤差は存在しない。このプロトコルには、培養依存的な品質管理方法と文化依存性の両方の方法が含まれ、培養に依存する方法は、昆虫を犠牲にする必要はありません。最後に、この方法は、複数のグノトビオティックゴキブリ研究からの情報をまとめ、Gnotobioticゴキブリを達成し維持するために必要なすべての情報を含む包括的なプロトコルを作成します。
1. 材料の準備
2. オテカエのコレクション
3. オテカエの洗浄
4. オテカエの殺菌とインキュベーション
5. グノトビオティックニンフのメンテナンス
6. 無菌の品質管理
7. ニンフガルの成長の無菌追跡
ストックタンクは図 1に示すように設定されています。「妊娠した」女性は、 図2に示すように、後腹部に付着したオテカによって識別される。BHI寒天上のオテカのインキュベーションは、非破壊的な方法でグノトビオティック品質管理を可能にする。場合によっては、殺菌が失敗し、 図3Bのようにウーテカの周りに成長が現れます。これらのウーテカエは削除し、廃棄する必要があります。我々の手では、殺菌に対して10%の平均故障率が認められた(n=51)。oothecaeハッチは、 図3Aに示すように、培地上で増殖せずに滅菌後平均34日をハッチする。滅菌された非汚染オテカの典型的なハッチ率は41%(n = 46)で、1oothecaあたり平均11ニンフを観察しました。 図4のように、より大きなニンフはホイルで覆われたBHIフラスコに移されます。ホイルは汚染を防ぎ、ニンフは成長する余地がある。均質化されたニンフからの16S rDNAのRFLPは、グノトビオティックの状態を確認するために使用される。グノトビオティックニンフは、 図5に示すように、非無菌のニンフよりも遅い速度で成長することが観察されている。 図6 は、正常にグノトバイオティクス昆虫だけでなく、標準(非無菌)ニンフからの結果を示しています。
この試験は、陽性の培養結果がない場合の汚染をまだ特定していないが、このステップは、酸素感受性または潔癖性微生物の汚染を排除するための重要な実験中に日常的に行われている。標準的/無菌昆虫と比較して、生殖神経ゴキブリでは成長が遅く見られた。

図1:ゴキブリのストックカルチャーのセットアップ
段ボールチューブは、タンクの端に積み重ねられています。食料と水はタンクの前部近くにあります。綿布カバーと弾性バンドは、視認性のために取り外されました。 この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図2:"妊娠"アメリカゴキブリ。
矢印はオテカを示しています。 この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図3:BHIスラント上で正常にグノトビオティックニンフが孵化し、滅菌に失敗した画像。
このプロトコルに記載されているように、オーテカエを殺菌し、インキュベートした。(A)BHI傾斜の微生物の増殖の欠如は、昆虫が、培養可能な生物を含まないことを示す。(B) コロニー形成をもたらすスラント上のオテカエは、汚染されたものとして廃棄されるべきである。 この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図4:グノトビオティック飼育装置。
昆虫は、汚染を防ぐためにホイル蓋で覆われた無菌フラスコに保管されます。二次容器(緑色の蓋)は、2%の漂白剤とそれに続く70%エタノールで殺菌される。二次コンテナ内の空気の流れは制限されません。 この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図5:生殖腺生物と非生殖腺の体長を比較した代表的な成長率データ。 昆虫の両方のグループは、オートクレーブげっ歯類の食事を与えられました.グノトビオティック昆虫(ここでは:n=105)は、記載されているようにBHI上に保持される。無菌昆虫(ここではn = 50)は、水のための小さな皿とオートクレーブウッドチップ寝具付きのフラスコに住んでいます。無菌ニンフは平均0.059 mm/日で成長し、グノトビオティックニンフは0.028 mm/day(p < 0.0001)で成長します。 この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図6:品質管理のためのRFLP結果の代表的なゲル画像。
全16S遺伝子アンプリコンをRsaIで消化した。PCR用のDNAを、1x PBSで均質化したニンフから抽出した。「Gニンフ」レーンはグノトビオティックニンフに対応し、「conv nymph」レーンは従来の非生殖管に対応します。仮想制限ダイジェストに基づいて、endosymbiont(Blattabacterium)は、163 bpと148 bpの間のバンドのスミアを有するサイズ402 bp、206 bp、および163 bpのバンドを有することが期待される。グノトビオティック昆虫は 、ブラタバクテリウム バンディングパターンのみを示す必要があります。混合細菌群集は、様々なサイズのバンドのスミアを有することが期待され、ここでは「他の細菌16S断片」とラベル付けされる。 この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。
著者らは開示する利益相反を持っていません。
このプロトコルは、孵化前に卵のケース(oothecae)を表面殺菌することによって、グノトビオティックアメリカゴキブリ(ペリプラネタアメリカーナ)を確立し、維持するために使用されます。これらのグノトバイオティクス昆虫は、垂直に伝染した ブラタバクテリウム 内介生物を含むが、無菌の根性を有する。
本書は、国立衛生研究所の国立総合医学研究所が、受賞番号R35GM133789の下で支援を受けました。内容は著者の責任であり、必ずしも国立衛生研究所の公式見解を表すものではありません。著者らは、生殖不能率、ハッチ率、及び生殖神経ゴキブリの増殖率を追跡したジョゼイ・ダイアーを認めさせたい。
| 2X マスターミックス | ニューイングランド バイオラボ | M0482 | OneTaq MasterMix |
| オートクレーブ可能なラットチャウ | Zeigler | NIH-31 モディファイドオート | |
| バクテリアDNA抽出キット | オメガバイオテック | D-3350 | E.Z.N.A. バクテリアDNAキット;リゾチーム、ガラスビーズ、プロテイナーゼK、バッファー(プロテイナーゼK、結合、洗浄、溶出)、DNAカラム、2mLコレクションチューブ |
| 結合バッファー | を含むオメガバイオテック | の細菌DNA抽出キット(「HBC」バッファー)に含まれる | オメガバイオテックPD099 | 脳
| 心臓注入(BHI)ブロス | 研究製品インターナショナル | B11000 | |
| デリケートタスクワイプキ | ムワイプ | JS-KCC-34155-PK | キムワイプ |
| DNA精製キット | オメガバイオテック | D6492 | E.Z.N.A. Cycle Pureキット;D6493も使用できます。緩衝液(精製、洗浄、溶出)溶 |
| 出緩衝液 | オメガBiotek | PDR048 | オメガBiotekの細菌DNA抽出キットに含まれる |
| ガラスビーズ オ | メガバイオテックの細菌DNA抽出キットに含まれる | オメガバイオテック | n / a |
| ハイブリダイゼーションオーブン | UVP | 95-0330-01 | 溶出バッファーの予熱にはハイブリダイゼーションオーブンを使用しますが、ウォーターバスもおそらく中古 |
| 層流生物学的安全キャビネット | NuAire, Inc. | NU-425-400 | プロトコルは、これを簡潔な |
| リゾチーム | オメガBio-Tek | n / a | オメガBiotekの細菌DNA抽出キット |
| に含まれる過酢酸ストック溶液(32%) | Sigma-Aldrich | 269336 | |
| ワセリンワセ | リン | n / a | |
| プロテイナーゼKバッファ | オメガBio-Tek | PD061 | のための「層流フード」として参照しますOmega Biotekの細菌DNA抽出キット(「TLバッファー」)精製 |
| バッファー | に含まれるOmega Bio-Tek | PDR042 | Omega BiotekのCyclePureキットに含まれる(「CP」バッファー) |
| RsaI | New England BioLabs | R0167 | CutSmart(消化)バッファー |
| を含む 二次容器 | n/a | n/a | 蓋付きのプラスチック容器(Kritter Keeperなど)は、これにはうまく機能します(長さ25cmx幅15cmx高さ22cm)。それはBHIの傾斜および試験管の |
| 分光光度計 | に合うように十分に大きいべきであるThermoFisher | ND-2000 | カタログ情報はNanoDrop2000 |
| 熱シェーカー | Eppendorf | EP5386000028 | Thermomixer R |
| Tris-EDTA | フィ | ッシャーBP1338-1 | 10 nmのトリス、1 mM EDTA、pH 8 |
| 洗浄緩衝液 | Omega Bio-Tek | PDR044 | のためであるOmega Biotekの細菌DNA抽出キット(「DNA洗浄」バッファー)に含まれる |
| 木材チップ寝具 | P.J.マーフィーフォレストプロダクツ | サニチップス |