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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
土壌サンプルから最近堆積し、不完全に分解された植物材料を除去すると、土壌有機炭素測定に対する一時的な季節投入の影響を軽減します。静電帯状表面への引力は、大量の粒子状有機物を素早く除去するために使用することができる。
有機炭素土壌の推定は、未分解植物材料の除去を含む土壌処理方法に依存する。土壌から根と植物材料を不十分に分離すると、炭素測定が非常に変化する可能性があります。植物材料を除去する方法は、多くの場合、最大の、最も目に見える植物材料に限定されています。本稿では、静電引力を利用して土壌サンプルから植物材料を除去する方法を説明します。乾燥した土壌の近くを通過する静電気帯電表面は、少量の鉱物と凝集した土壌と共に、分解されていない植物粒子と部分的に分解された植物粒子の両方を自然に引き付けます。土壌サンプルは、平らな表面または土壌ふるいの薄い層に広がる。プラスチックまたはガラスのペトリ皿は、ポリスチレンフォームまたはナイロンまたは綿布でこすることによって静電に帯電される。荷を受け皿は土の上に繰り返し渡される。その後、皿はきれいに磨き、充電されます。土壌を再拡散し、手順を繰り返し、最終的に微粒子の収量が減少します。このプロセスは、土壌サンプルの約1〜5%を除去し、有機炭素の約2〜3倍の割合を除去する。他の粒子除去方法と同様に、エンドポイントは任意であり、すべての自由な微粒子が除去されるわけではない。このプロセスは約5分かかり、密度浮揚法のように化学的プロセスを必要としません。静電引力は、一貫して平均C濃度およびC:N比よりも高い材料を除去し、材料の多くは顕微鏡下で植物または動物材料として視覚的に識別することができる。
土壌有機炭素(SOC)の正確な推定値は、農業管理や環境に起因する変化を評価する上で重要です。粒子状有機物(POM)は、土壌の生態および物理学において重要な機能を有するが、しばしば短命であり、季節、水分条件、気圧、サンプル採取技術、最近の土壌管理、植生ライフサイクル、および他を含むいくつかの要因に基づいて変化する。これらの時間的に不安定な供給源は、安定した真に隔離された土壌有機炭素2における長期的な傾向の推定値を混乱させることができる。
明確に定義され、共通で重要であるにもかかわらず、POMは土壌から容易に分離されることも、定量的に測定することも容易ではありません。粒子状有機物は、液体中に浮かぶように測定された(軽い分率、典型的には1.4-2.2gcm-3)、またはサイズ(例えば、53-250 μmまたは>250μm >)で分離することができるものとして、または2つの3、4、5の組み合わせである。サイズベースの技術と密度ベースの技術の両方がPOM測定4の定量的および化学的結果に影響を与える可能性があります。日常的な方法を使用してサイズ分画された土壌の慎重な目視検査は、多くの場合、画面を通過した葉や茎の根や断片のような長く狭い構造を明らかにします。これらの構造を手で除去するだけで総SOC2,6の測定値を大幅に低減することが示されているが、この方法はオペレータの勤勉さと視力の影響を受ける。緻密な液体7での浮揚時の軽率として土壌試料からPOM分離は全てのPOMを捕捉するものではなく、浮遊過程での過度の揺れは、実際に試料8から回収される光分率の量を減少させることができる。浮揚は多くのステップを必要とし、化学的特性を変更したり、4の目的である可能性のある成分を溶解して除去することができる化学的溶液に土壌を公開します。
POMを除去するための代替方法は、緻密な水溶液の使用を回避または増強するために使用されてきた。Kirkby, ら 6 2 つの浮揚手順を使用して軽い分率除去をドライふるい/ウィンノウ法9と比較した。ウィンノイングは、重い分数から軽い部分を穏やかに持ち上げるために、土壌の薄い層を横切って空気の光の流を渡すことによって行われました。ドライシービング/ウィニングは、C、N、P、およびS含有量に関する2つの浮遊方法と同様に行われた。しかし、著者らは、ドライシービング/ウィノミングが「ややクリーンな」土壌6を生み出したことを示唆している。POMはまた、静電引力10、11を用いて土壌から分離されており、土壌上に静電帯状の表面を通過させることにより有機粒子が単離される。静電引力法は、コース有機粒子と呼ばれるPOMを、乾燥した、ふるいに入った(>0.315mm)土壌から、サイズ及び密度分別の他の方法と同等の統計的再現性を有する土壌から正常に回収した。
ここでは、静電アトラクションを使用して、可視から顕微鏡に至るまでのサイズのPOMを取り除く方法を示します。他の報告された方法とは異なり、微細な土壌の静電的魅力はまた、目に見えて残りの土壌のような鉱物と凝集土壌の小さな部分を除去します。これまでの結果を考えると、POM以外の土壌の小さな部分の除去は下流の分析に実質的な影響を及ぼさないと考えるのが妥当です。しかし、土壌サンプル全体の大部分が静電気的に除去されている場合は、特定の土壌に対してこの仮定を検証する必要があります。ここで提供される方法と例は、半乾燥環境からのシルトロームローム土壌に対して行われた。
この方法は、すべての土壌タイプに適しているわけではありませんが、手動でまたは気流によって除去するには小さすぎる粒子状有機物を除去する上で迅速かつ効率的であるという利点があります。プロセスの速度は、疲労を軽減し、一貫性を確保し、より大きなレプリケーションを促すうえで重要です。さらに、非常に小さな微粒子を除去する能力は、小さな粒子サイズではなく大きい土壌に対する偏見を避ける上で重要です。
1. 土壌の準備
2. 静電気表面を充電する
3. 粒子状有機物を除去する
4. 静電気表面を洗浄する
5. 粒子の収率が低下するまで繰り返す
ここで示した結果は、太平洋北西部の農業現場からのシルトローム土壌の分析に基づいています(表1)。土壌を0〜20cmまたは0〜30cmの深さまで採取し、40°Cで乾燥し、2mmふるいを通過し、ナイロン布で仕込まれたポリスチレン表面を用いて処理した。
試料から静電気的に除去される土の量は様々であった。土壌質量全体の約1%〜6%を除去した(表2)。全ての場合において、試料Cの除去総割合は、除去された土量よりも大きかった。また、静電除去土壌分率のC濃度とC:N比は、常に残りの土壌よりも大きかった。これらの因子は、この方法が不完全に分解された有機物の量を減少させたことを示している。
周囲の条件と、帯電面を生成するために使用される材料の組み合わせが結果に影響を与えた(表3)。静電除去法は、表面電荷が低いため、より湿度の高いラボ環境での効果が低くなると予想されます。静電気プロセスでは、すべての材料をできるだけ乾燥させる必要があります。ナイロンは、リンチレンペトリ皿と一緒に使用すると、最大の静電電荷12を製造する必要があるため、静電帯に適した材料です。あるいは、いくつかのタイプのポリスチレンフォームはガラスと組み合わせてうまく機能します。ガラス皿とポリスチレンフォームの組み合わせは、ガラス(皿)/綿またはポリスチレン(皿)/ナイロンの組み合わせよりも多くの土壌とCを除去しました。
表面充電に使用される材料に関係なく、静電処理は、土壌からCのより大きな割合を除去し、ガラス/フォームとの差は有意であったが、鉗子/ウィンノイング法と比較して低いC:N比でサンプルを製造した。比較的、浮遊は、残りのサンプルの最も低いC:N比および除去された分率の最大C:Nによって指摘されるように、サンプルから濃縮された粒子Cを除去する静電処理よりも効果的であった。
静電処理は、皿表面に引き付けられる微粒子の量の減少のために土壌のより大きな割合を除去し始めるにもかかわらず、何度も繰り返すことができます。処理エンドポイントの効果を調べるには、一連の3つの静電サンプルを同じ土壌サンプルから次々に集めて調べた(表4)。最初の治療はCの最大量を収集し、次の2つの治療は少なく収集されたが、両方とも残りの土壌と比較してCで非常に濃縮された。C:N比は、POMに対する土壌のより大きな割合を示す除去された分率で減少し、各連続ステップで除去した。
ポリスチレンペトリ皿を用いてES手順を行う場合、ポリスチレン皿表面の傷が見え、プラスチック皿からのCが土壌サンプルを汚染する可能性を示唆した。ES処理を洗浄に行った場合、ポリスチレン皿を用いたCフリーサンドは、同じES画分に対して4回の処理を繰り返してもES画分中に検出可能なCはなかった(データは示さなかった)。
最後に、53μmのスクリーンを通過した微細シルトサイズ分画から静電に除去できる粒子状物質の量を5つのシルトローム土壌で試験した(表5)。静電除去された分率は、粒子状有機物の濃縮をほとんど示さ示した。顕微鏡検査では、POMがこれらの土壌の<53 μmの割合(図1)に存在することを明らかにしますが、非常に少量です。微細な土壌分率(すなわち、<53 μm)が非常に少ないPOMを含む場合、その分画は静電処理の前に除去され、処理される土壌の量を減らすことができます。53 μmのような非常に細かいふるいの上に土壌をふるいにかける。ふるいの上部から土壌を取り除き、静電気処理のためにトレイに置くか、単にサンプルを広げるためのトレイとしてふるいを使用します。微分分(ふるいを通過した土壌)を、化学分析前に静電処理土壌に戻します。
| 土 | 土壌タイプ | 管理 | コレクションの深さ | 平均降水量 (mm) | 場所 |
| ザスナ | ザツナシルトローム(細かいシルティ、混合、メシックなセリックアルギアルボル) | 小麦/休耕 | 0~30cm | 450 | プルマン、ワシントン州 |
| リッツビル-R | リッツビルシルトローム(粗シルティ、混合、超活性、メシックカルシディックハプロキセロール) | 小麦/休耕 | 0~30cm | 301 | リッツビル(ワシントン州) |
| リッツビル-E | リッツビルシルトローム(粗シルティ、混合、超活性、メシックカルシディックハプロキセロール) | 小麦/休耕 | 0~30cm | 290 | エコー、または |
| ワラ ワラ-M | ワラワラシルトローム(粗シルティ、混合、超活性、メシックタイピックハプロクセロール) | 小麦/休耕 | 0~30cm | 282 | モロ、OR |
| NT-AW | ワラワラシルトローム(粗シルティ、混合、超活性、メシックタイピックハプロクセロール) | 年間無耕作の冬の小麦 | 0~20cm | 420 | ペンドルトン、OR |
表1:試験した土壌。 粒子状有機物除去のための静電プロセスを比較するために使用されるサンプルのリスト。
| 土壌 | 担当者 | 端数 | 合計の割合 | C | N | C:N | 推定POM C:N | |
| 質量 | C | g kg-1 | ||||||
| ザスナ | 10 | 削除 | 0.01 (0.00) | 0.05 (0.01) | 54.02 (4.33) | 2.85 (0.15) | 18.68 (0.62) | 24.39 (0.55) |
| 剰余 | 14.52 (0.15) | 1.25 (0.01) | 11.58 (0.11) | |||||
| リッツビル-R | 5 | 削除 | 0.02 (0.01) | 0.08 (0.03) | 36.24 (3.29) | 2.61 (0.21) | 13.83 (0.16) | 16.01 (0.15) |
| 剰余 | 9.61 (0.24) | 0.95 (0.01) | 10.10 (0.18) | |||||
| リッツビル-E | 8 | 削除 | 0.02 (0.00) | 0.07 (0.01) | 36.73 (3.10) | 2.65 (0.24) | 13.89 (0.17) | 15.94 (0.32) |
| 剰余 | 7.31 (0.10) | 0.78 (0.01) | 9.40 (0.07) | |||||
| ワラ ワラ-M | 5 | 削除 | 0.02 (0.00) | 0.04 (0.00) | 15.88 (0.55) | 1.17 (0.04) | 13.54 (0.21) | 17.37 (0.91) |
| 剰余 | 7.86 (0.05) | 0.71 (0.01) | 11.15 (0.20) | |||||
| NT-AW | 6 | 削除 | 0.06 (0.01) | 0.18 (0.02) | 63.20 (9.25) | 3.81 (0.47) | 16.32 (0.50) | 19.75 (0.49) |
| 剰余 | 15.7 (0.31) | 1.40 (0.03) | 11.21 (0.09) |
表2:代表的な除去率 静電除去された分率中の土量(除去)及び残りの土分率は、サンプル質量全体の割合として、また全サンプルCの割合として微粒子(残余)で減少した。また、C、N、C:Nの濃度も与えられます。推定POM C:Nは、剰余の濃度を超える除去された分率の計算されたC:Nを与えます。かっこ内の数字は平均の標準誤差です。分散分析は、CとC:N(p>0.0001未満のF)の両方で、除去が余りよりも大きいことを示した。反復は、値ごとのサンプルの反復の数を示します。静電分離は、細分(<53μm)をふるいにかける後、ナイロン布で満たされたポリスチレン皿で行った。
| 方法† | 端数 | 削除された合計の割合 | C | N | C:N | |
| 質量 | C | g kg-1 | ||||
| ESポリスチレン/ナイロン | 削除 | 0.03 (0.01) | 0.08 (0.01) | 31.34 (4.21) | 1.95 (0.15) | 15.99 (1.07) |
| 剰余 | 14.07 (0.35) ab | 1.23 (0.02) ab | 11.40 (0.18) ab | |||
| ESガラス/コットン | 削除 | 0.04 (0.01) | 0.10 (0.01) | 28.20 (2.32) | 1.87 (0.13) | 15.08 (0.49) |
| 剰余 | 14.12 (0.32) ab | 1.23 (0.02) ab | 11.47 (0.12) ab | |||
| ESガラス/フォーム | 削除 | 0.08 (0.02) | 0.13 (0.03) | 24.59 (2.85) | 1.74 (0.11) | 14.10 (1.11) |
| 剰余 | 13.95 (0.20) bc | 1.20 (0.01) bc | 11.60 (0.15) ab | |||
| ESガラス/フォーム、湿気 | 削除 | 0.05 (0.01) | 0.12 (0.02) | 31.34 (4.58) | 2.03 (0.2) | 15.40 (0.75) |
| 剰余 | 13.96 (0.36) bc | 1.23 (0.03) ab | 11.30 (0.13) b | |||
| 鉗子/ウィンナウ | 削除 | 0.03 (0.01) | 0.05 (0.01) | 25.84 (2.61) | 1.61 (0.09) | 16.10 (1.40) |
| 剰余 | 14.86 (0.57) a | 1.25 (0.04) a | 11.90 (0.42) a | |||
| 浮揚、 1.7グラムのcm3 | 削除 | 0.01 (0.00) | 0.10 (0.01) | 141.28 (15.63) | 7.63 (0.62) | 18.50 (0.58) |
| 剰余 | 13.19 (0.58) c | 1.18 (0.02) c | 11.10 (0.50) b | |||
| 全体の土壌 | 14.50 (0.52) ab | 1.25 (0.02) a | 11.60 (0.44) ab | |||
| esの組み合わせ†、次に充電面が続く皿の組成として注目される。泡はポリスチレンである。 |
表3:テクニックの比較 静電誘引(ES)を用いた硫黄土壌からの粒子状有機物の除去、鉗子と空気(鉗子/winnow)を用いた可視粒子の手動除去、および1.7gcm-3でヨウ化ナトリウム溶液の浮揚。静電引力は、ナイロン布、または綿布またはポリスチレンフォームで満たされたガラス表面で満たされたポリスチレン皿で行われました。ガラス/フォームも加湿条件下で試験した。微粒子の手動除去は、薄く広がった土壌の表面に空気を穏やかに吹き付けて横に移動させ、鉗子で目に見える残留物を除去することによって行われた。データは 6 回の反復の平均です。共通の文字の後に続く手段は、有意性の5%レベルでTukeyテストに従って有意に異なっていません。
| 端数 | 合計の割合 | C | N | S | C:N | 推定POM C:N | |
| 質量 | C | g kg-1 | |||||
| 1回の 治療 | 0.01 (0.00) | 0.04 (0.01) | 48.70 (6.67) | 2.93 (0.41) | 0.27 (0.03) | 16.6 (0.96) a | 21.0 (1.88) |
| 2回目の治療 | 0.01 (0.00) | 0.03 (0.01) | 32.07 (3.56) | 2.30 (0.28) | 0.23 (0.03) | 14.1 (0.63) ab | 18.4 (1.89) |
| 3回目の 治療 | 0.01 (0.00) | 0.03 (0.01) | 32.48 (4.68) | 2.45 (0.40) | 0.25 (0.04) | 13.4 (0.46) bc | 16.7 (1.29) |
| 剰余 | 0.60 (0.04) | 0.60 (0.04) | 12.02 (1.46) | 1.11 (0.11) | 0.14 (0.02) | 10.8 (0.29) | |
| < 53 μm の分画 | 0.37 (0.04) | 0.03 (0.03) | 9.51 (1.13) | 0.96 (0.08) | 0.11 (0.02) | 9.7 (0.45) |
表 4: エンドポイントの調査 粒子状有機物を除去する3つの連続した静電処理の結果。ザツナ土壌からの3つのサンプルとリッツビルR、リッツビルE、ワラワラM土壌からそれぞれ1つの平均。53 μmの篩を通過する土壌分率は静電気処理前に除去され、別々に分析された。データは、括弧内に標準誤差を持つ6つの分析の平均です。C:N列のP=0.06の生成された分散の分析は、p<0.05での連続した治療間の有意な差を示す。
| 土壌 | 端数 | 質量の割合 | C | N | C:N | C:N の違い |
| g kg-1 | ||||||
| リッツビル-R | 削除 | 0.02 | 6.88 | 0.80 | 8.57 | 0.06 |
| 剰余 | 6.79 | 0.80 | 8.51 | |||
| リッツビル-E | 削除 | 0.02 | 6.27 | 0.70 | 8.96 | 0.87 |
| 剰余 | 6.11 | 0.76 | 8.09 | |||
| ザスナ | 削除 | 0.01 | 12.57 | 1.22 | 10.27 | -0.45 |
| 剰余 | 12.04 | 1.12 | 10.72 | |||
| ワラ ワラ-M | 削除 | 0.02 | 7.33 | 0.75 | 9.75 | 0.20 |
| 剰余 | 8.01 | 0.84 | 9.56 | |||
| NT-AW | 削除 | 0.01 | 13.13 | 1.25 | 10.47 | -0.12 |
| 剰余 | 13.77 | 1.30 | 10.58 |
表5:微細な土壌分率中の粒子状有機物。 小麦の切り出しシステムから5つの土壌サンプルの微細分率(<53 μm)の静電微粒子除去試験。C および C:N では、削除済みと残余の分散の分析は有意ではありませんでした。C:N の差は、削除された分数では一貫して大きくならなかった。

図1:粒子状有機物の視覚的同定NT-AW土壌の顕微鏡画像(A)全体の土壌、(B)は、帯電ポリスチレン表面の分画、(C)<53μmの土壌分率、および<53μm分の土壌の水スラリーの表面に浮いた(D)材料を除去した。画像は50倍または100倍の倍率で撮影されました。複数の異なるフォーカルポイントで収集された画像は、スタックフォーカス機能プラグイン(https://imagej.nih.gov/ij/plugins/stack-focuser.html)を使用してImageJソフトウェア13で組み合わされました。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。
著者らは開示するものは何もない。
土壌サンプルから最近堆積し、不完全に分解された植物材料を除去すると、土壌有機炭素測定に対する一時的な季節投入の影響を軽減します。静電帯状表面への引力は、大量の粒子状有機物を素早く除去するために使用することができる。
この作業は、USDA-ARSベースの資金調達によってのみ支援されました。著者たちは、ミカイラ・ケリー、キャロライン・J・メレ、アレックス・ラッシャー、エミ・クララー、キャサリン・ソンの技術的な助けを非常に高く評価しています。
| ブラシ、キャメルヘア | |||
| レ、ガラスまたはプラスチック | |||
| ポリスチレンフォーム、綿またはナイロン布 | |||
| 土壌 | |||
| ふる | い |