本プロトコルは、遺伝子カセットノックインおよびフロックスマウスを効率的に作製するためのCRISPR-Cas9およびドナーDNAの接合子マイクロインジェクションを記載する。
方法論記事
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本プロトコルは、遺伝子カセットノックインおよびフロックスマウスを効率的に作製するためのCRISPR-Cas9およびドナーDNAの接合子マイクロインジェクションを記載する。
CRISPR-Cas技術は、遺伝子改変マウスの迅速かつ容易な生成を可能にしました。具体的には、マウスおよび点変異マウスは、CRISPR因子(および一本鎖オリゴDNAドナー)を接合子にエレクトロポレーションすることによって容易に作製される。対照的に、遺伝子カセット(>1 kb)ノックインマウスおよびフロックスマウスは、主にCRISPR因子および二本鎖DNAドナーの接合子へのマイクロインジェクションによって生成されます。ゲノム編集技術は、遺伝子改変マウス作製の柔軟性も高めています。多くの有益な近交系マウス系統において標的ゲノム領域に意図した変異を導入することが可能になった。私たちのチームは、日本を含むいくつかの国からの要求を受けて、CRISPR-Cas9の接合子マイクロインジェクションによって200を超える遺伝子カセットノックインマウス株と110を超えるフロックスマウス株を製造してきました。これらのゲノム編集の一部は、BALB / c、C3H / HeJ、およびC57BL / 6N近交系株を使用しましたが、ほとんどはC57BL / 6Jを使用しました。エレクトロポレーション法とは異なり、様々な近交系マウスにおける接合子マイクロインジェクションによるゲノム編集はそれほど容易ではありません。ただし、単一の近交系の遺伝的背景での遺伝子カセットノックインマウスとフロックスマウスは、遺伝子ヒト化マウス、蛍光レポーター、および条件付きノックアウトマウスモデルと同じくらい重要です。したがって、この記事では、遺伝子カセットノックインおよびフロックスマウスを生成するためのC57BL / 6JマウスにおけるCRISPR因子および二本鎖DNAドナーの接合子マイクロインジェクションのプロトコルを提示します。この記事は、細胞質注入ではなく核注射にのみ焦点を当てています。接合子マイクロインジェクションに加えて、生産プロセスのタイムラインと、過排卵誘導や胚移植などの周辺技術を概説します。
目的の外因性遺伝子を標的遺伝子座に導入したノックインマウスは、遺伝子ヒト化マウス、蛍光レポーターマウス、およびCreドライバーマウスとして多くのin vivo研究で広く使用されています1,2。マウス接合子のゲノム編集によってノックイン変異が誘導される場合、ドナーDNAとして一本鎖DNA(一本鎖オリゴDNAドナー、ssODN)または二本鎖DNA(dsDNA)が使用されます2,3。ssODNは主に、200 bp4未満の比較的短い遺伝子断片をノックインするために使用されます。長いssODN(lsODN)5,6を使用して1 kb DNAより長いフラグメントをノックインすることは可能ですが、その調製には時間がかかります。dsDNAドナーを使用すると、手間のかかるドナーDNA調製なしで遺伝子カセット(>1 kb)ノックインマウスを生成できます7。
ssODNを使用する主な利点は、エレクトロポレーション8がノックインマウスを生成できることです。ただし、dsDNAドナーは、接合子マイクロインジェクションによって核に直接導入する必要があります。各loxP配列を標的遺伝子の上流と下流にノックインするフロックスマウスを作成するには、2つの部位で同時にノックインする必要があります。マウス接合子のゲノム編集によってフロックスマウスを生成するには、それぞれが単一のloxPサイトを持つ2つの独立したssODNを使用するか、フロックス配列を持つ単一のdsDNA(またはlsDNA)を使用するかの2つの方法があります。前者は非常に非効率的です9,10,11。dsDNAドナーを用いたゲノム編集は、環境が接合子マイクロインジェクションを助長する場合、遺伝子カセットノックインマウスおよびフロックスマウスを作製するための最も簡単なアプローチです。
最初に、Cas9 mRNAとsgRNAの混合物、またはsgRNAとCas9をコードするDNAベクターが、マウス接合体のゲノム編集に使用されます12,13。高品質で安定したCas9タンパク質が低コストで入手できるようになったため、マウス接合子14へのcrRNA-tracrRNA-Cas9リボ核タンパク質(RNP)の導入が一般的になっています。近年、ノックインが最も起こりやすい細胞周期期において、マウス接合体の両前核にcrRNA-tracrRNA-Cas9 RNPとドナーDNAを導入することにより、高効率でノックインマウスが作製されている15。そこで、本プロトコールは、この方法によって様々なタイプのノックインマウスを作製する技術を記載する。
実験用マウス16には多くの有用な近交系がある。近交系の背景内の遺伝子組み換えは、表現型に対する遺伝的背景の影響を無視することができます。この記事では、最も一般的に使用されている近交系マウス系統であるC57BL / 6J17の接合子に遺伝子カセットノックインおよびフロックス変異を誘導する方法について説明します。さらに、遺伝子改変マウスの作製のタイムラインと、過排卵の誘導や胚移植を含む周辺技術についても説明します。
すべての動物実験は、筑波大学動物実験規程及び文部科学省所管の学術研究機関における動物実験等の適正な実施に関する基本指針に基づき、筑波大学機関動物実験委員会の承認を得て人道的に実施されたこと。 日本の文化・スポーツ・科学技術.10〜25週齢の男女のC57BL/6Jマウスを接合子ドナーとして使用した。ICRマウス(10週齢)をレシピエントマウスとして用いた。マウスは市販の供給源から入手した( 材料表参照)。
1. 無細胞系におけるcrRNA切断活性の確認
2. 接合子マイクロインジェクションのためのcrRNA、tracrRNA、Cas9タンパク質、およびドナーDNAの混合物の調製
3. 自然交配によるマウス接合体の入手
4.マイクロインジェクションニードルの調製
5.接合子マイクロインジェクション
6.卵管への胚移植
7.動物の回復
このプロトコルを用いた遺伝子カセットノックインおよびフロックスマウスの産生結果を表 1 および 表2に示す。各ゲノム編集マウス系統は現在、独立した未発表のプロジェクトで使用されているため、標的遺伝子は述べられていません。代わりに、標的染色体領域が記載された。
ジェノタイピング分析は、以前に報告された方法18を使用して実行されました。このジェノタイピング法では、意図しない染色体部位にドナーDNAが挿入されたマウスは、所望のゲノム編集が誘導されても陽性個体としてカウントされない。したがって、ゲノム編集自体の効率ではなく、実際の目的に真に有用な創始マウスの生産効率が示されました。
13匹の独立した遺伝子カセットノックインマウスの生産効率の中央値は20.8%であり、最大39.5%、最小7.9%でした(表1)。この効率は十分に実用的であると考えられた。致死的な胚性遺伝子は、遺伝子カセットノックイン中に標的にされませんでした。この非致死性遺伝子標的条件下での出生率の中央値は34.0%(最大43.3%、最小15.9%)でした。これは遺伝子操作なしの胚移植における出生率に匹敵することから、導入されたゲノム編集要素の毒性や接合子マイクロインジェクションの物理的損傷が胚発生に影響を与える可能性は低いと考えた。
10匹の独立したフロックスマウスの生産効率の中央値は7.7%であり、最大20.7%、最小2.1%でした(表2)。いくつかの標的遺伝子の機能は不明であったが、出生率の中央値は30.2%であり、最大43.8%、最小17.3%であった。この速度は遺伝子カセットノックインマウスと同等であり、マイクロインジェクション操作がフロックスマウスの胚発生に与える影響はごくわずかであることが示唆されました。

図1:接合子マイクロインジェクションのタイムライン。 白と暗い色は、それぞれ明るいサイクルと暗いサイクルを示します。マウスは、14時間の明/ 10時間の暗サイクルで維持されました。PMSG:妊娠中の牝馬の血清ゴナドトロピン;hCG: ヒト絨毛性ゴナドトロピン この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図2:培養皿の調製 。 (a)注射前の接合子用の培養皿。M16培地(それぞれ20〜25μL)を2滴、35mmのプラスチックペトリ皿に入れます。(B)注射後の接合子用の培養皿。M10を10滴(各滴につき20〜35μL)を35mmのプラスチックペトリ皿に入れます。滴を鉱油(3mL)で覆う。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
| 標的染色体領域 | の数 | ノックイン挿入長さ (kb) | 相同性アームの長さ (kb) | ||||||
| 胚 | 新生児 | 検査(離乳) | ノックインw/O rTG | rTGc | |||||
| 注入 | 転送 | 5フィートアーム | 3フィートアーム | ||||||
| 2qE2 | 349 | 331 | 114人(34.4%)a | 114 | 9 (7.9%) | 5 (4.4%) | 1.0 | 1.0 | 1.0 |
| 2qE2 | 231 | 215 | 78 (36.3%) | 74 | 15 (20.3%) | 23人(31.1%) | 2.2 | 1.0 | 1.1 |
| 5qG2 | 288 | 262 | 90人(34.4%)a | 81 | 19 (23.5%) | 18人(22.2%) | 1.6 | 2.0 | 2.0 |
| 6qB1 | 278 | 259 | 58人(22.4%)a | 46 | 11 (23.9%) | 11人 (23.9%) | 4.2 | 1.2 | 1.0 |
| 6qE3 [ROSA26] | 295 | 277 | 97人(35.0%)a | 23 | 2 (8.7%) | 4 (17.4%) | 6.5 | 1.1 | 3.0 |
| 6qE3 [ROSA26] | 246 | 219 | 87人(39.7%)a | 83 | 22 (26.5%) | 18人 (21.7%) | 5.8 | 1.1 | 3.0 |
| 7qF5 | 279 | 268 | 116人(43.3%)a | 114 | 45 (39.5%) | 44人(38.6%) | 1.4 | 3.1 | 1.0 |
| 11qB4 | 405 | 353 | 56人(15.9%)a | 47 | 8 (17.0%) | 12人 (25.5%) | 1.7 | 1.0 | 0.8 |
| 11qD | 310 | 294 | 100人(34.4%)a | 98 | 15 (15.3%) | 76人(77.6%) | 1.0 | 1.8 | 2.4 |
| 12qE | 368 | 320 | 86人(26.9%)a | 84 | 12 (14.3%) | 19人(22.6%) | 3.4 | 1.1 | 1.3 |
| 12qF1 | 315 | 265 | 76人(28.7%)a | 72 | 17 (23.6%) | 28人(38.9%) | 1.0 | 1.1 | 1.1 |
| 14qE5 | 256 | 215 | 48人(22.3%)a | 48 | 11 (22.9%) | 21人(43.8%) | 3.1 | 1.0 | 0.9 |
| 14qE5 | 287 | 285 | 85人(29.8%)A | 72 | 15 (20.8%) | 19人(26.4%) | 2.6 | 1.0 | 0.9 |
表1:マイクロインジェクションによるノックインマウス作製。 この表は、ドナーDNAの(W / O)ランダム統合(rTG)なしで意図したノックイン対立遺伝子を運ぶマウスの出生率と産生効率を示しています。すべてのプロジェクトで意図したノックイン対立遺伝子を持つマウスを得ることができました。a:新生児数/移植胚数;b:ノックイン対立遺伝子を運ぶマウスの数/検査されたマウスの数;C:意図した対立遺伝子があるかどうかは定かではありません。d:rTG対立遺伝子担持マウスの数/検査マウスの数;rTG:ドナーベクターのランダム積分。W / O:なし。
| 標的染色体領域 | の数 | フロックスの長さ (KB) | 相同性アームの長さ (kb) | |||||
| 胚 | 新生児 | 検査(離乳) | フロックス w/o rTG | |||||
| 注入 | 転送 | 5フィートアーム | 3フィートアーム | |||||
| 3qC | 325 | 313 | 93人(29.7%)a | 87 | 9 (10.3%) | 1.3 | 1.2 | 1.1 |
| 4qB1 | 210 | 200 | 36人(18.0%)a | 29 | 6 (20.7%) | 1.6 | 1.2 | 0.9 |
| 4qC4 | 272 | 256 | 112人(43.8%)a | 100 | 5 (5.0%) | 2.4 | 1.0 | 1.4 |
| 5qF | 143 | 137 | 40人(29.2%)a | 40 | 6 (15.0%) | 1.8 | 1.0 | 1.1 |
| 5qF | 255 | 227 | 80人(35.2%)a | 76 | 2 (2.6%) | 1.3 | 1.1 | 0.9 |
| 9qE3.1 | 289 | 261 | 80 (30.7%)a | 77 | 9 (11.7%) | 1.2 | 1.2 | 1.2 |
| 10qB3 | 284 | 269 | 88人(32.7%)a | 78 | 3 (3.8%) | 1.3 | 1.1 | 0.9 |
| 10qC1 | 243 | 231 | 40 (17.3%)a | 38 | 4 (10.5%) | 2.1 | 1.0 | 1.3 |
| 14qE5 | 390 | 372 | 139人(37.4%)a | 135 | 5 (3.7%) | 1.1 | 0.8 | 0.9 |
| 17qA3.3 | 383 | 374 | 99人(26.5%)a | 95 | 2 (2.1%) | 2.1 | 0.6 | 0.8 |
表2:マイクロインジェクションによるフロックスマウスの作製。 この表は、ドナーDNAの(W / O)ランダム統合(rTG)なしで意図したフロックス対立遺伝子を運ぶマウスの出生率と産生効率を示しています。すべてのプロジェクトで意図したフロックス対立遺伝子を持つマウスを得ることができました。a:新生児数/移植胚数;B:FLOX対立遺伝子担持マウス数/検査マウス数。rTG:またはドナーベクターのランダムな統合;W / O:なし。
本研究では、自然交配から得られた新鮮な(凍結融解していない)C57BL/6Jマウス接合子をゲノム編集マウスの作製に使用しました。ノックインが最も起こりやすい細胞周期期に、これらの接合体の両前核にcrRNA-tracrRNA-Cas9とドナーDNA(RNPD)を注入することにより、高い出生率と十分なゲノム編集効率で遺伝子カセットノックインマウスとフロックスマウスを作製しました。本研究は、SPRINT-CRISPR法15の拡張性を強化し、C57BL/6Jの遺伝的背景においても十分なノックイン効率を確保し、フロックスマウスの作製に適用することができる。
エレクトロポレーションは、実験装置の低コストと技術の習得の容易さのために、ゲノム編集マウスを作製するための高度に一般化された方法です8。さらに、卵管に存在する着床前胚を用いてゲノム編集を行うi-GONAD法19は、レシピエントマウスを必要としない。これらの方法に比べ、本手法は、実験環境をハードウェアとソフトウェアの両面で準備・維持する際にコストと時間がかかる。しかし、実験設備を設置すれば、市販のCRISPRエレメント(crRNA、tracrRNA、Cas9タンパク質)と、ドナーDNAとして使用される単純で少量の環状プラスミドベクターのみで、複雑な遺伝子カセットノックインマウスやフロックスマウスを作製することができます。これは、多くの複雑なゲノム編集マウス株を、時間のかかる(または比較的高価な)lsODN5、6またはアデノ随伴ウイルスベクター20を調製することなく作製することができることを意味する。
元のSPRINT-CRISPR法15とは異なり、新鮮な(凍結融解)接合子が使用されました。自然交配によって新鮮な接合子を得る場合、 体外 受精または凍結融解中に発生する可能性のある技術的エラーは無視できます。また、胚操作プロセスは、現在のアプローチに従って約半日で完了することができます(図1)。一方、本手法には、多数の雄マウスを必要とすること、受精時期の制御が緩いこと、マイクロインジェクション用の接合子の数を完全に予測する能力が限られていることなどがある。元のSPRINT-CRISPR法と比較して、この方法は出生率が高い可能性があります(表1)。しかし、実験の指揮者、標的遺伝子、遺伝的背景、胚確認のタイミングの違いから、出生率の点では本手法の方が優れているとは言えない。
表1に示すように、ほとんどの遺伝子カセットノックインプロジェクトにおいて多数のマウスがランダム組込み対立遺伝子を有していた。ランダム統合は、内因性遺伝子の意図しない破壊および導入遺伝子の異所性発現につながる可能性があるため、排除する必要があります。将来の課題は、十分なノックイン効率を維持しながら、ランダムな積分イベントの数を減らす実験条件を見つけることです。
DNA二本鎖切断をもたらすゲノム編集エフェクターを用いたほとんどすべてのマウス接合子ゲノム編集は、オンターゲット部位に意図しない突然変異を誘発する可能性が高い9,21。これらの意図しないオンターゲット変異の結果は、次世代のマウスが明確な証拠を提示するために管理できる状況にないため、ここでは説明しません。意図しないオンターゲット突然変異誘発によって引き起こされる混乱の懸念を排除する最良の方法は、創始者を交配するのではなく、創始者と野生型マウスを交配することによって次世代のマウスを得ることである。原則として、この交配から生じるN1マウスは、対立遺伝子の片側の野生型(WT)であるため、意図したノックイン(KI)対立遺伝子が検出された場合、それらはWT / KIヘテロ接合型です。したがって、オンターゲット突然変異誘発は、比較的速いライフサイクルを持ち、多産な動物である実験用マウスでは重大な問題ではありません。しかし、この技術を比較的大型の哺乳類に適用する場合は、さらなる改善が必要です。
この技術は、C57BL/6J以外の近交系系統で遺伝子カセットノックインマウスを作製できることが確認されているが、十分な数のプロジェクトが確保されておらず、データは非常に多様である。このため、この情報は本研究には含まれていません。マウスの遺伝学と疾患モデル研究を進めるためには、このテーマに関するさらなる研究が必要であると考えられています。
著者らは、競合する利益はないと宣言しています。
本研究は、文部科学省の基盤研究(B)(19H03142:SMへ)、科学研究(A)(20H00444:FSへ)、科学研究(A)(21H04838:SMへ)、および新学術領域研究「先端動物モデル支援プラットフォーム」(16H06276:ST)の支援を受けて行われました。資金提供者は、研究デザイン、データ収集と分析、出版の決定、または原稿の準備において何の役割も果たしていませんでした。森良一氏には、ゲノム編集設計に関する有益な議論をしていただき、感謝しています。
| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| アチパメゾール塩酸塩 | ZENOAQ | オート | |
| クリップ | BD | 427631 | |
| オートクリップ アプライヤー | BD | 427630 | |
| ブトルファノール | 明治精華製薬 | - | |
| 6J マウス | ジャクソン研究所 日本 | - | 生後10週齢以上 |
| キャリブレーション済み ピペット 100μl | Drummond Scientific Company | 2-000-100 | 受精卵および胚移植を収集 |
| Cas9 | サーモフィッシャーサイエンティフィック | A36499 | |
| Cas9 ヌクレアーゼ反応バッファー | NEB | B7203 | |
| CellTram 4r オイル | エッペンドルフ | 5196000030 | |
| CRISPOR | http://crispor.tefor.net/ | ウェブツール ゲノム編集実験用CRISPR-Cas9 system | |
| crRNA | IDT-Gel | ||
| /PCR Extraction Kit | FastGene | FG-91302 | |
| hCG | ASKA Animal | ||
| Merck Sigma-Aldrich | H3884 | ||
| ICR mice | Jackson Laboratory Japan-older | than 10 weeks old, weight 28 G or more | |
| 倒立顕微鏡 | Leica | ||
| KOnezumi | https://www.md.tsukuba.ac.jp/LabAnimalResCNT/KOanimals/konezumi.html | ノックアウトマウスを生成するための遺伝子破壊戦略を自動化するためのWebアプリケーション | |
| M16 medium | Merck Sigma-Aldrich | M7292 | |
| M2 medium | Merck Sigma-Aldrich | M7167 | |
| Medetomidine | ZENOAQ | - | |
| マイクロシャー | 夏目製作所 | MB-54-1 | |
| マイクロフォージ | 成重 | MF-900 | 保持ピペットの火磨きとマイクロインジェクション針の曲げ用 |
| マイクロマニピュレーターユニット | 成重 | ||
| マイクロピペットプーラー | Sutter Instrument | P-1000 | プログラマブルピペットプーラー |
| ミダゾラム | 丸石製薬 | - | |
| MILLEX-GV 0.22 & マイクロ;mフィルター | メルク ミリポア | SLGV033R | |
| 鉱物油 | ナカライ | 26114-75 | 受精卵培養・注射室用 |
| ペトリ皿(35mm・未処理) | いわき | 1000-035 | 受精卵培養用 |
| ピエゾマイクロマニピュレーター | プライムテック | PMM-150 | |
| プラスミドミニキット | FastGene | FG-90502 | ミニプレップスピンカラムキット |
| PMMオペレーションリキッド | PRIME TECH | KIT-A | マイクロインジェクション用オペレーションリキッド |
| PMSG | ASKA アニマルヘルス | - | |
| ポリビニルピロリドン | メルクシグマ-アルドリッチ | P5288 | |
| RNase | QIAGEN | 19101 | |
| RNase Free Water | Accessory Reagents | ||
| Serrefine clamp | 夏目製作所 | C-18 | |
| ドデシル硫酸ナトリウム | SIGMA | 151-21-3 | |
| 糸付き縫合針 | 夏目製作所 | C11-60B2 | |
| 薄肉ホウケイ酸ガラス フィラメント無 | インジェクション針・保持ピペット | ッター器具 | B100-75-10 |
| tracrRNA | IDT | - |