方法論記事

全血からの生存率の高いヒト末梢血単核細胞の単離と凍結保存:初心者向けガイド

DOI：

10.3791/66794

⸱

2024年10月25日

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Division of Cardiology, Department of Medicine, University of California San Diego, 2Department of Medical Biochemistry, Amsterdam Immunity and Infection: Inflammatory diseases; Amsterdam Cardiovascular Sciences: Atherosclerosis and Ischemic Syndrome, Amsterdam UMC location University of Amsterdam, 3Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, 4Division of Clinical Immunology & Rheumatology, Department of Medicine, Heersink School of Medicine, University of Alabama at Birmingham, 5Comprehensive Arthritis, Musculoskeletal, Bone and Autoimmunity Center, Heersink School of Medicine, University of Alabama at Birmingham, 6Department of Medicine, University of California San Diego

この記事について

サマリー

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

このプロトコールは、末梢血単核細胞の収集、保存、融解のためのアクセス可能なガイドを提供し、フローサイトメトリーやRNAシーケンシングなどのダウンストリーム分析やワークフローに適しています。プラズマとバフィーコートのコレクションも実演されます。

要約

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

末梢血単核細胞(PBMC)は、免疫系とその疾患や病原体に対する応答に関する生物医学研究で一般的に使用されています。この詳細なプロトコルでは、フローサイトメトリーやRNAシーケンシングなどのダウンストリームアプリケーションに適した全血細胞から高品質で生存率の高いPBMCを分離、凍結保存、解凍するための機器、消耗品、および手順について説明します。全血からの血漿およびバフィーコートをPBMCと並行して同時に処理するためのプロトコルについても説明します。密度勾配遠心分離法を利用してPBMCを単離するこのわかりやすいステップバイステップのプロトコルには、消耗品、機器、および調製手順のチェックリストが付属しています。このプロトコルは、実験室技術の経験がある個人に適しており、臨床検査室または研究検査室で実施できます。高品質の細胞生存率とRNAシーケンシングは、このプロトコルを使用した実験室の経験がないオペレーターによって収集されたPBMCから得られました。

概要

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

このプロトコルは、全血から末梢血単核細胞(PBMC)を単離するためのアクセス可能な方法とワークフローを示しています。このプロトコルは、特に初心者の研究技術者、学生、臨床検査スタッフを対象としており、実験室技術の事前トレーニングを前提とせずにPBMCの収集と凍結保存を促進することを目的としています。

このプロトコルは、遠心分離を利用して全血の成分を密度で分離します。全血は、密度の小さい順にリストされた4つの主要な成分で構成されています:赤血球/赤血球(体積の~45%)、白血球(体積の<1%)、血小板(体積の<1%)、および血漿(体積の~55%)1,2,3,4,5,6。白血球は、その核の特性に基づいて、丸型または多核型の2つのカテゴリーに細分化できます6。PBMCは、丸い核を持つ白血球として定義され、リンパ球(T細胞、B細胞、NK細胞)、樹状細胞、および単球6の細胞タイプで構成されています。多核白血球には、好中球、好塩基球、好酸球6の細胞タイプからなる顆粒球が含まれます。多核白血球はPBMCよりも密度が高い6。全血の各成分の密度を表1に詳述します。

このプロトコルでは、全血を密度勾配遠心分離チューブに収集します。これらのチューブには、密度が 1.077 g/mL の密度グラジエント培地があらかじめ充填されています。遠心分離後、多核白血球および赤血球を含むより密度の高い細胞は、密度勾配培地によってPBMCおよび血小板から分離されます(図1A)6,7。次に、PBMCと血小板画分を収集、洗浄、遠心分離して血小板を除去します。得られた精製PBMCは、-80°Cまたは液体窒素で収集および保存されます。凍結保存されたPBMCは、生存可能な解凍を行い、ダウンストリーム分析で直接使用することも、特定の構成細胞タイプを単離するために追加処理することもできます。

このプロトコルは、生存率の高いPBMCからの高品質RNAシーケンシングに最適化されています。この記事では、PBMCを外来診療所の患者から分離し、凍結保存しました。その後、単球をFACSによってPBMCから単離し、RNAシーケンシングを介して分析しました。しかし、このプロトコルは、細胞培養、遺伝子編集、ex-vivo機能研究、シングルセル分析、フローサイトメトリーによる表現型決定、または飛行時間によるサイトメトリー、DNA/RNAまたはタンパク質の単離、免疫組織化学のスライドなど、他の実験ニーズに広く適応させることができます8,9,10,11,12,13,14,15、16、17、18。

密度勾配遠心分離チューブからのPBMC収集に加えて、このプロトコルでは、EDTAチューブを使用した遠心分離による血漿およびバフィーコートの収集方法を確認します。遠心分離後、全血は血漿、赤血球、および白血球を含むバフィーコートと呼ばれる薄い界面層に分離されます(図1B)6。バフィーコートは、DNA抽出およびその後のゲノム解析に一般的に使用される19,20。血漿層は全血の無細胞成分を含み、バイオマーカーアッセイ21,22に使用することができる。

プロトコル

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

この研究プロトコルは、UCSDおよびKUMCのHuman Protections Programによって承認され、ヘルシンキ宣言に準拠しています。すべての個人は、参加と採血についてインフォームドコンセントを提供しました。

1. PBMCの作製・凍結保存

  1. 採血の1日前に、 表2 に記載されている材料と試薬のチェックリストを印刷し、それに応じて準備してラベルを付けます。
    注:このプロトコルは、6つの密度勾配遠心分離チューブの収集用に設計されました。各チューブからは約1,200万個のPBMCが得られ、そのうち約50%と20%がそれぞれ生きたリンパ球と単球になります。実験的なニーズに合わせて拡張できます。なお、細胞の絶対数は、患者様や治療条件によって大きく異なる場合があります。
  2. 標準的な瀉血術を使用して、6本の密度勾配遠心分離チューブと1本のEDTAチューブに全血を、約6mLの容量になるまで集めます。
    注:複数の患者または治療条件からのサンプルが必要な場合、収集されたチューブは最大4時間保存され、その後同時に処理される場合があります。
  3. 回収後、すべてのチューブを1,800 x g で室温で20分間遠心分離します。
    注:遠心分離機の操作方法のデモンストレーションについては、 補足ビデオ1 を参照してください。
  4. 遠心分離後、密度勾配遠心分離チューブを慎重に開きます。トランスファーピペットを使用して、血漿を含む半透明の黄色の層を除去および廃棄します。密度勾配培地の真上にある細胞のかすんだ層を乱さないでください。PBMCを捨てるのではなく、余分な血漿を残すという注意を怠りません。すべてのチューブで繰り返します。
    注:密度勾配培地を含むチューブを遠心分離した後、血漿とPBMCは密度勾配培地より上になります。赤血球と顆粒球は底に落ち着きます。視覚化については、 図 1A を参照してください。
  5. 新しいトランスファーピペットを使用して、各チューブ内の細胞と残留血漿を含む残りの容量を、密度勾配培地の上で緩やかに数倍上下にピペットします。
  6. 再懸濁後、再懸濁したチューブの内容物をラベル付きの50mLコニカルチューブにピペットで移します。すべてのチューブに対して繰り返します。
  7. 溶液1(RPMI培地)を50 mLチューブに50 mLラインに達するまで注ぎます。
  8. 必要に応じて、患者または治療状態ごとに手順1.4から1.7を繰り返します。
    注意: 異なるファイルが混ざっていないことを確認し、汚染を避けるために新しいトランスファーピペットを使用してください。
  9. 50 mLチューブを300 x g で室温で10分間遠心分離します。
    注:セクション2で詳述されている血漿およびバフィー収集プロトコルは、この期間中に完了する可能性があります。
  10. できるだけ多くの上清を捨てます。必要に応じてタップして、残留液滴を取り除きます。
    注:遠心分離後、ペレットにはPBMCが含まれ、上清には血小板と残留血漿が含まれます。
  11. 溶液2(RPMI培地+12.5%ヒト血清アルブミン+1μMフラボピリドール)の15mLチューブをPBMCペレットが入った50mLコニカルチューブに注ぎます。チューブを静かに反転させて、細胞ペレットを再懸濁します。
  12. トランスファーピペットを使用して、溶液3(RPMI培地+11.25%ヒト血清アルブミン+1μMフラボピリドール+10%DMSO)15mLを吸引します。50mLチューブに滴下します。
    注:溶液3には、室温で細胞に有毒なDMSOが含まれています。解決策 3 は、すぐに処理する準備ができるまで追加しないでください。
  13. チューブを3回静かに反転させて混ぜます。
  14. マルチディスペンスピペットを使用して、事前に標識および冷却した各クライオバイアルに1 mLのPBMCを充填します。
    注:マルチディスペンスピペットの操作方法のデモンストレーションについては、 補足ビデオ2 を参照してください。
  15. 冷凍バイアルを事前に冷却した冷凍容器に入れます。次に、容器を-80°Cの冷凍庫に移します。
  16. 必要に応じて、各患者または治療条件について手順1.9から1.13を繰り返します。
  17. クライオバイアルを冷凍容器内に最低12時間保管してから、-80°Cのラベル付き保存ボックスに移します。
    注:あるいは、凍結したクライオバイアルを液体窒素(<-135°C)に移して長期保存します。

2. EDTAチューブからのプラズマおよびバフィーコートの加工

  1. 1,800 x g で室温で10分間遠心分離します。
    注:遠心分離後、最上層は血漿で構成され、下層は赤血球を含み、界面はバフィーコートになります。視覚化については、 図 1B を参照してください。
  2. 新しいトランスファーピペットを使用して、バフィーコート層を乱さずにできるだけ多くのプラズマを吸い上げます。次に、0.5 mLのアリコートを標識済みクライオバイアルに分注します。バフィーコート層を吸引し、適切に標識されたクライオバイアルに移します。
    注:一部の血漿および赤血球は、バフィーコートコレクションを汚染する可能性があります。
  3. 必要に応じて、患者または治療状態ごとに手順2.2を繰り返します。
  4. 回収後、クライオバイアルを-80°Cの冷凍庫に保管します。
    注:または、液体窒素(<-135°C)で長期保存してください。

3.PBMCの解凍

  1. 解凍の1日前に、 表3 に記載されている材料と試薬のチェックリストを印刷し、それに応じて準備してラベルを貼ってください。
    注:このプロトコルは、1 mLのPBMCを含む1 1.5 mLチューブ1本の解凍用に設計されました。各チューブからは約 200 万個の PBMC が得られ、そのうち約 50% と 20% がそれぞれ生きたリンパ球と単球になります。実験的なニーズに合わせて拡張できます。なお、細胞の絶対数は、患者様や治療条件によって大きく異なる場合があります。
  2. 凍結したPBMCをドライアイスを使用して貯蔵庫から移し、37°Cのインキュベーターで4分間、または最後の氷晶が解凍される直前に解凍します。
    注:必要に応じて、セクション4で詳述されているように、細胞カウントおよび生存率測定のためにアリコートを採取することができる。
  3. 解凍後、各クライオバイアルに1 mLのSolution 4(PBS + 2 mM EDTA)を加えます。次に、PBMCチューブを解凍するごとに10 mLの溶液4が入った標識済みの50 mLチューブに内容物を注ぎます。タップして残留液滴を取り除きます。
  4. 空の50mLチューブにセルストレーナーを置き、セルストレーナーに細胞懸濁液を注ぎます。
    注意: 必要に応じて、軽くたたいて表面張力を壊します。
  5. 歪んだ細胞を含む各チューブを400 x g で室温で7分間遠心分離します。
  6. 遠心分離後、DMSOを含む上清を注ぎます。必要に応じてタップして、残留液滴を取り除きます。
  7. 細胞ペレットを、下流の実験ニーズに適した目的の培地(細胞培養培地、フローサイトメトリー抗体カクテルなど)に再懸濁します。

4. 細胞のカウントと生存率

  1. ステップ3.2で凍結PBMCを解凍した直後に、20μLの細胞を1.5mLのチューブにピペットで移します。等量の0.4%トリパンブルー溶液を加え、ピペットで3〜4回静かに上下させて混合します。
  2. 自動セルカウンターを使用して、メーカーのプロトコルに従って細胞をカウントし、生存率を評価します。希釈係数 2 が考慮されていることを確認します。
    注:他の場所で述べられているように、血球計算盤は、細胞数および生存率を評価するための代替方法として使用され得る23。

結果

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

PBMCの収集と凍結保存に続いて、56のユニークなサンプルからの解凍したPBMC、単球、およびリンパ球の生存率を、製造元の指示に従って表4にリストされている試薬を使用してフローサイトメトリーによって評価しました(図2A-F)。PBMC、単球、およびリンパ球の平均±SD生存率は、それぞれ94 ± 4.0%、98 ± 1.1%、および93 ± 5.6%でした(図2G)。トリパンブルー排除による生存率の測定により、平均生存率は88 ± 7.5%、細胞数は2.3 x 106 ± 1.9 x 106でした。フローサイトメトリー解析では、生単球が全PBMCの17±5.9%、リンパ球が53±13.0%で構成されていることも示されました。

続いて、59のユニークなサンプルから解凍したPBMCから単球をフローサイトメトリーで選別し、他の場所で説明したように、ライブラリ調製およびRNAシーケンシングのために提出した24。平均 ± SD 総配列数は 18.0 ± 1,630 万で、リードアラインメントは 93 ± 6.3%、GC 含量は 49.6 ± 1.4% でした(図 3A-B)。56 個のユニークなサンプルのサブセットで、SD ±一意にマッピングされたリードの割合は 88 ± 3.6% の平均が見つかりました。これらのパラメータは、このプロトコルを使用して、あらゆるレベルのラボトレーニングを受けたオペレーターが、高品質のRNAシーケンシングを含むダウンストリームアプリケーションに適した非常に生存性の高いPBMCを取得できることを示しています。

コンポーネント密度引用
プラズマ1.022 g/mL から 1.026 g/mL1
血小板<1.061 g/mL から >1.070 g/mL2
PBMC<1.077 g/mL6
低密度好中球*<1.077 g/mL3
顆粒球(好中球*、好塩基球、好酸球)>1.077 g/mL6
赤血球1.11 g/mL4

表1:全血の成分は、密度の減少順にリストされています。

Reagant/材料量(CPTチューブ6本、EDTAチューブ1本あたり)先端コーションステートメント
CPTチューブ6患者またはサンプルのIDに従ってラベルを付けます。
EDTAチューブ1患者またはサンプルのIDに従ってラベルを付けます。
50 mLコニカルチューブ2患者またはサンプルのIDに加えて、PBMC用に1本、老廃物用に1本のチューブをラベル付けします。
クライオバイアル39PBMCのラベル30、EDTAプラズマのラベル8、バフィーコートのラベル1。すべてのクライオバイアルを使用できるわけではありません。
フロスティ氏2中間点までイソプロパノールを充填し、-20°Cで一晩予冷します。イソプロパノールは可燃性の刺激物です。火花や炎に近づけないでください。吸入を避け、手袋をはめて取り扱い、注意してください。
フラボピリドール100 μL の 1000X ストック1000Xフラボピリドールストックを調製するには、5 mgのフラボピリドールを1.14 mLのDMSOに10 mMの濃度で懸濁します。200μLを個々の容器に分注し、凍結します。使用するには、個々のアリコートを解凍し、DNase/RNaseフリー蒸留水で1:10に希釈してから、1000X溶液として使用します。フラボピリドールは刺激物です。手袋をはめてお手入れしてください。
ソリューション 150ミリリットルRPMIミディアム。
50 mLの原液を作るには、50 mLのRPMI Mediumを使用します。
ソリューション 215ミリリットルRPMI培地+ 12.5%ヒト血清アルブミン+ 1μMフラボピリドール。
50 mLのストック溶液を調製するには、25 mL RPMI培地 + 25 mLヒト血清アルブミン + 50 μL 1000X Flavopiridolを使用します。		フラボピリドールは刺激物です。手袋をはめてお手入れしてください。
ソリューション 315ミリリットルRPMI培地+ 11.25%ヒト血清アルブミン+ 1μMフラボピリドール+ 10%DMSO。
50 mLの原液を調製するには、22.5 mL RPMI培地 + 22.5 mL HSA + 5 mL DMSO + 50 μL 1000X Flavopiridolを使用します。		フラボピリドールは刺激性があり、DMSOは有毒であり、皮膚から容易に吸収されます。手袋をはめてお手入れしてください。

表2:PBMCの収集と凍結保存のために準備および標識するための試薬と材料のチェックリスト。

Reagant/材料量(冷凍PBMC1アリコートあたり)先端コーションステートメント
ソリューション 410ミリリットルPBS + 2 mM EDTA

50 mLの原液を調製するには、5 mL 10X PBS + 200 μL 0.5M EDTA + 44.8 mL DNase/RNaseフリー蒸留水を使用します
50 mLコニカルチューブ3患者またはサンプルのIDに加えて、プレストレインPBMC用に1本、ポストストレインPBMC用に1本、廃棄物用に1本のチューブをラベル付けします。染色済みPBMC用にラベルが貼られたチューブに、凍結PBMC1 mLあたり4 mLの溶液9 mLを満たします
1.5mLチューブ1細胞計数用;患者IDまたはサンプルIDのラベル
0.4%トリパンブルー溶液20μL細胞計数用;前日に1.5mLチューブに事前に追加することができます。トリパンブルーは発がん性物質です。手袋をはめてお手入れしてください。

表3:PBMCの解凍とカウントのために準備および標識するための試薬と材料のチェックリスト。

試薬・材料量(100万セルあたり)
ライブデッドステイン5 μL
ヒューマントラスト FcX5 μL
CD3抗体5 μL
CD19 抗体5 μL
CD56 抗体5 μL
CD66b 抗体5 μL
HLA-DR 抗体5 μL
CD14 抗体5 μL
CD16 抗体2.5 μL
RNAシンユニット : 100

表4:フローサイトメトリーによるPBMCからの単球の単離のための試薬の表。

密度勾配遠心分離図における血液成分の分離。プラズマ、PBMC、バフィーコート層。
図1:密度勾配遠心分離法またはEDTAチューブでの遠心分離によって分離された全血成分。 (A)密度勾配遠心チューブで全血を遠心分離すると、密度勾配培地より上の血漿、血小板、およびPBMCが分離され、密度勾配培地より下に多核細胞および赤血球が分離されます。(B)EDTAチューブで全血を遠心分離すると、最上層の血漿、最下層の赤血球、および界面のバフィーコートが分離されます。Biorender.com で作成。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

フローサイトメトリー散布図;PBMC、単球、リンパ球;生存率分析、細胞型グラフ。
図2:融解した凍結保存されたPBMCの生存率は、生/死フロー染色とフローサイトメトリーによって評価されました。 (A)アスタリスク*で示される破片は、前方散乱ゲートおよび側方散乱ゲートによってPBMCから除外されます。(B)全PBMCの代表的な生/死分析 (C)汎単球は、次のFITC標識表面抗原に対してHLA-DR陽性および陰性としてゲートされます:CD3、CD19、CD56、およびCD66b。(E)次のFITC標識表面抗原によってゲーティングされたリンパ球:CD3、CD19、CD56、およびCD 66b。(G)56サンプルから定量化された各細胞タイプの生存率。この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

FastQCデータ分析グラフ。100万配列対アライメント可能なGCコンテンツ分布
図3:凍結保存されたPBMCから選別した単球のRNAシーケンシング品質 56のユニークなサンプルをシーケンシングし、平均±SD 18.0±1,630万の総シーケンスを生成しました。(A)アラインメントは高く、配列の92.5%±6.3%がリファレンスゲノムと一致していました。(B)これらの配列のGC含量は49.6±1.4%であった。FastQC25で作成。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

補足ビデオ1:遠心分離機の使用方法のデモンストレーション このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。

補足ビデオ2:マルチディスペンサーピペットの操作方法のデモンストレーション。このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。

ディスカッション

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

PBMCの収集と凍結保存のためのこのプロトコルは、事前の研究室でのトレーニングの有無にかかわらず、個人によって成功裏に実施されています。私たちのアプリケーションでは、保存されたPBMCから精製された生存率の高い単球のFACSおよびRNAシーケンシングにより、高品質のシーケンシングが得られました。

このプロトコルの大きな強みは、そのアクセシビリティです。プロトコルで提示される技術は、固体密度勾配媒体で事前にパックされたチューブを利用します。その結果、全血を直接チューブに採取し、すぐに処理してPBMCを分離することができます。必要な既製の溶液と特殊な機器の数は比較的少なく、試薬を調製できる研究室と、サンプルを収集して処理する臨床研究室との間の協力が容易になります。文書化されたプロトコルとビデオプロトコルは、あらゆるレベルのトレーニングのオペレーターを対象としています。

このプロトコルは、新鮮な全血を利用してPBMCを単離するため、比較的高い期待収率と>90%の純度を持っていますが、>98%26,27という非常に高い純度を必要とするアプリケーションには適していない可能性があります。さらに、密度勾配遠心分離チューブは、特に多数のサンプルを収集する必要がある場合、入手に費用がかかる可能性があります。

PBMC収集の代替方法には、液体密度勾配媒体の使用または免疫磁気枯渇28,29が含まれる。簡単に言うと、前者は、ヘパリン処理された全血の下に既製の密度勾配培地を重ね、続いて遠心分離を行うことです。後者は、磁気タグ付き抗体を利用して非PBMCを標識し、非PBMCは磁気カラムに保持され、標識されていないPBMCは影響を受けずに通過します。

提示されたプロトコルと比較して、液体密度勾配媒体の使用は、密度勾配遠心分離管がないため、より安価であり、はるかに少ない材料を必要とします。PBMC単離は、標準的な50mLチューブ8で行うことができます。ただし、この手法はより精巧で、処理時間が長くなり、ユーザーエラーのリスクが高くなる可能性があります。ヘパリンは、過希釈を避けるために正確に添加する必要があり、密度勾配培地は、良好なPBMC分離を確保するために正しい量で慎重に層状にする必要があります26。

提示されたプロトコルと比較して、免疫磁気枯渇の使用は、より高い収率および純度を提供し、遠心分離の欠如による取り扱いの減少、より速い処理時間、およびはるかに少ない材料30,31,32を必要とする。ただし、主な欠点は、この方法が、特に大規模に説明されている3つの方法の中で最もコストがかかることです。

このプロトコルは堅牢ですが、特定の重要な手順には追加の注意が必要な場合があります。プロトコール全体を通して、特に複数の患者や症状を同時に扱う場合は、サンプルが混合されず、適切にラベル付けされたチューブに入れられるようにしてください。ステップ 1.4 では、PBMC が廃棄されていないことを確認します。過剰な血漿はPBMCの濃度を低下させるだけであり、サンプルの生存率と品質を維持する上で重要性は低くなります。これとは別に、収集されたPBMCに沈殿物が存在することは、密度勾配媒体の断片が取り除かれたことを示唆しています。この問題を防ぐために、ステップ1.5でより穏やかにピペットを動かします。ステップ1.10および3.6では、遠心分離した細胞ペレットが廃棄されていないことを確認します。ステップ1.12と3.3では、溶液3には室温33の細胞に毒性のあるDMSOが含まれているため、迅速な作業が重要です。また、PBMCは-80°Cでの保存よりも液体窒素での保存が推奨されることに注意することも重要です。 -80°Cでの長期保存は、細胞生存率の低下と遺伝子発現の変化と関連しています34,35。

このプロトコルは、実験的なニーズに応じて適応させることができます。溶液2および3へのRNAポリメラーゼおよびmRNA合成の阻害剤であるフラボピリドールの添加は、RNAシーケンシング36による取り扱いおよびストレス誘発アーチファクトを防止することを意図している。ただし、PBMCを利用した機能的または ex vivo 研究が必要な場合は、フラボピリドールを省略できます。.

EDTAチューブから採取された血漿は、キレート剤であるEDTAで汚染されます。その結果、EDTA血漿は、凝固またはカルシウムイオン37,38を含むアッセイには適していません。必要に応じて、遠心分離後の密度勾配培地チューブ内のプラズマ層をステップ1.4で収集できます。これらのチューブには、抗凝固剤としてヘパリンナトリウムが含まれており、ヘパリナーゼ39を添加することで除去できます。特に、ヘパリンは逆転写酵素およびPCR増幅を阻害し、ヘパリン遮断剤を添加しないと、採取した血漿をPCR実験に不適当にする40。

EDTAチューブから回収されたバフィーコートは、DMSOまたはフラボピリドールを含む溶液には保存されません。DMSOは、氷の結晶形成と細胞死を減少させるのに重要である41。フラボピリドールは、RNA合成の阻害に重要である36。したがって、バフィーコートは ex vivo およびトランスクリプトーム分析には適していません。所望であれば、細胞生存率を最大化し、RNA合成を阻害するために、採取したバフィーコートを用いてステップ1.6〜1.15を行うことができる。

このプロトコルはRNAシーケンシング用に設計されましたが、このプロトコルを使用して収集および凍結保存されたPBMCの追加の潜在的なアプリケーションには、細胞培養、遺伝子編集、ex-vivo機能研究、シングルセル分析、フローサイトメトリーによる表現型または飛行時間によるサイトメトリー、DNA/RNAまたはタンパク質の単離、免疫組織化学のスライドなどがあります。

開示事項

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

著者らは、開示すべき関連する金銭的または非金銭的な利害関係を持っていません。

謝辞

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ボランティアで同意してくださった患者様、時間をお過ごしいただき、血液サンプルの提供にご協力いただいたことに感謝いたします。また、カンザス大学医療センターのPatrick Moriarty博士、Julie-Ann Dutton博士、Mark McClellen氏には、協力してこのプロトコルを遠隔地で実施してくださったことに感謝いたします。CYは、NIHの助成金1K08HL150271から研究支援を受けています。

材料

この記事で使用された材料の一覧
名前会社カタログ番号コメント
1000 &マイクロ;L ヒントギルソンF174501PBMC/プラズマ/バフィー コート コレクション
15 mL チューブBiopioneeerCNT-15を保持するには ソリューション 2/3
PBMC/プラズマ/バフィー コート コレクション
2 mL クライオバイアルサイエンティフィック3012の患者/治療条件ごとに 2 つ必要ですPBMC/Plasma/Buffy Coat Collection 20 & micro の患者/治療条件ごとに約 40 個のクライオバイアルが必要です
。L TipsGilsonF174201For use in cell counting; amount is depends depending of cell counting used. 1 mL of unpooled frozen PBMCs to be defrosted
50 mL Conical TubeCEM Corporation50-187-7683needed per patient/treatment condition for PBMC/Plasma/Buffy Coat Collection
3 needed per 1 mL of unpooled frozen PBMCs to be defrosted
CD14 AntibodyBiolegend325621
CD16バイオレジェンド360723
CD19バイオレジェンド363007
CD3抗体バイオレジェンド300405
CD56バイオレジェンド318303
CD66b抗体バイオレジェンド305103
細胞ストレーナーBiopioneeerDGN258367解凍するには、プールされていない凍結PBMCの1mLあたり1本必要
CPT単核細胞調製チューブBDバイオサイエンス362753PBMC/Plasma/Buffy Coat Collection
クライオフリーザーボックスサザンラボウェアSB2CC-8181本のチューブを収納
PBMC/Plasma/Buffy Coat Collection
クライオチューブラックフィッシャーブランド05-669-45オバイアルを最大50個まで保持
DMSOInvitrogen15575020PBMC/Plasma/Buffy Coat Collection
DNase/RNase-Free Distilled WaterInvitrogen10977015患者/治療条件ごとに約2 mLが必要 PBMC/Plasma/Buffy Coat Collection
解凍
する冷凍PBMCの1 mLあたり約9 mLが必要EDTAチューブBDバイオサイエンス366643PBMC/血漿/バフィーコートコレクション
フラボピリドールシグマ・アルドリッチF3055-5MG
HLA-DR抗体バイオレジェンド307609
ヒト血清アルブミンジェミニバイオ800-120PBMC/プラズマ/バフィーコートコレクションの患者または治療条件ごとに約25mLが必要
Human Trustain FcXBiolegend422301
IsopropanolSigma-AldrichW292912-1KG-KMr. Frosty
で使用する ラベルプリンターPhomemoM110-WH
Live-Dead StainBiolegend423105
Mr. FrostyThermo Scientific5100-0001最大18本のチューブを保持します.
2 Mr. Frostys PBMC/Plasma/Buffy Coat Collection
Multidispense PipetteBrandtech 705110
Multidispense Pipette TipsBrandtech705744PBMC/Plasma/Buffy Coat Collection
P1000 PipetteGilsonF144059M
の患者/治療条件ごとに必要な約3つのヒントP20 ピペットギルソンF144056M細胞計数に使用します。必要な量は、使用する細胞計数方法によって異なります。
プリンターラベルPhomemoPM-M110-3020PBMC/Plasma/Buffy Coat Collection
解凍するには、プールされていない凍結PBMCsの1 mLあたり約5枚のラベルが必要
RNase-Free EDTA (0.5 M)InvitrogenAM9260G約40 & micro;解凍するには、冷凍PBMCの1 mLあたりに必要なL
RNase-Free PBS(10X)、InvitrogenAM9625する冷凍PBMCの1 mLあたり約1 mLが必要、
RNasinPromegaN2111
RPMICorning10-040-CVPBMC/Plasma/Buffy Coat Collection、Transfer Pipettes、Fisherbrandの患者または治療条件ごとに約80mLが必要
13-711-7MPBMC/血漿/バフィーコートコレクションチューブホルダーの患者/治療条件ごとに約5個必要
エンディコット・シーモア14-781-15最大80本のCPT/EDTAチューブを保持
グローブ 2 抗体抗体抗体 クライ、 解凍

参考文献

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