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Research Article
Anthony J. Yosick1,2, Bei Liu2,3, Victor Z. Zhang1,2, Ming Yan1,2, Hani A. Awad1,2,4
1Department of Biomedical Engineering,University of Rochester, 2Center for Musculoskeletal Research, Department of Orthopaedics,University of Rochester Medical Center, 3Department of Translational Biomedical Science,University of Rochester Medical Center, 4Department of Orthopaedics,University of Rochester Medical Center
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
縦断的な in vivo ラット放射状欠損モデルにおけるユーザー定義の関心領域(ROI)を解析する方法を紹介します。この方法により、以前はマイクロコンピューター断層撮影(μCT)スキャン視野、標本の向き、および足場のベースライン存在のばらつきによって制限されていた異なる足場間の比較分析が可能になります。
骨量のマイクロコンピューター断層撮影(μCT)画像解析は、縦断的な in vivo 研究における骨再生の可能性と結果を調査するために必要な定量的ツールです。骨セグメンテーションの確立された方法は、骨全体のμCTセグメンテーションと複雑な解剖学的構造のアライメントのための視覚化ソフトウェアを利用しています。これらのセグメンテーションプロトコルは、セグメンテーション、アライメント、および解析のための堅牢で高精度な方法を提供しますが、ユーザー定義の関心領域(ROI)解析の能力には制限があります。これらの方法を拡張したプロトコルを提示して、臨界サイズの骨欠損を取り巻くユーザー定義のROI骨量分析を可能にします。欠陥を取り巻くユーザー定義のROIは、 in vivo の縦断的研究のために経時的に分析できます。ここでは、ポリカプロラクトン(PCL)コントロール足場をそれぞれ移植した3つのユニークなラット標本のμCT画像を調査します。モデルは、0 週間から 6 週間の時点で 3 人のユーザー(経験豊富な 2 人、初心者 1 人)によって分析され、縦断的研究全体でクリティカルサイズの欠陥を取り巻く ROI を測定する能力を示します。
クリティカルサイズの骨欠損は、整形外科治療管理において重大な臨床的課題をもたらします。ASTM F2721によると、臨界サイズの欠陥は、対象骨の直径1.5〜2倍の長さの欠陥として特徴付けられます1。これらの欠陥の修復は、伝統的に、手続き費用、二次手術の関連リスク、および必要な骨移植量によって制限された自家移植および同種移植の使用を通じて行われてきました2。現在の骨再生技術は、機械的特性、生体適合性、生物活性、血管新生能、および分解プロファイル3,4,5を最適化することにより、骨伝導性と骨誘導性の両方の効果を生み出すように設計された同種および異種性の足場の使用に焦点を当てています。バイオマテリアルは、バイオセラミックスやバイオポリマーから金属などの複合材料まで幅広く研究されています6。これらの生体材料のバリエーションは、骨再生の足場としての可能性を調べるために、in vitroとin vivoの両方で試験されています。
μCTは、げっ歯類モデル7,8,9の骨の形態、構造、微細構造を評価するための非侵襲的で高精度なイメージングのゴールドスタンダードです。このイメージングモダリティは、骨折治癒モデル10における骨再生の縦断的、生体内進行を評価するために記載されている。μCTスキャン9からの皮質骨および海綿骨の定量化を標準化するための方法が開発されました。半自動セグメンテーションワークフローは、複雑な解剖学的構造を持つ全骨セグメンテーションのための市販の視覚化ソフトウェアを利用して開発されました11。これらの方法により、さまざまな経験レベルのユーザーが、標準化された再現性のある結果を生成するための、シンプルで親しみやすい方法が可能になります。ただし、これらの方法では、ユーザー定義のROIを調査する能力は依然として限られています。
ここでは、可視化ソフトウェアを使用して、縦断的な in vivo ラットモデルの臨界サイズの骨欠損を取り巻くユーザー定義のROI骨量分析を可能にするために、現在の方法を拡張したプロトコルを紹介します。縦断的研究の数週間間で一貫したアライメントとROI選択方法を確立することは、堅牢なプロトコルの開発に不可欠でした。初期時点は、ソリッドモデルの一貫した向きを確保するために、後続の週のアライメントのベースラインとして使用されます。このアライメントにより、重ね合わせたソリッドモデルから対応するμCT画像スライスを選択し、臨界サイズの欠陥を包含することができます。一貫したROIは、スライスの位置だけでなく、領域内のスライス数の比較によっても検証されます。ベースラインモデルから選択したROIは、その後の数週間で再現できるため、比較可能な定量的分析が可能になります。
この研究の縦方向の μCT 画像は、ポリカプロラクトン (PCL) ベースの足場で治療された成体雌チャールズ リバー SASCO-SD ラットの 3 mm の重篤な橈骨欠損から 0 週目と 6 週目に収集されました。すべての動物の使用は、ロチェスター大学の動物資源委員会(UCAR)によって承認されたプロトコルに従って行われました。μCT画像収集は、Scanco Medical VivaCT 40を使用して行いました。
注:このプロトコルの主要なステップは、μCT画像のセグメンテーション、アライメント、ROIの選択とクロッピング、および分析と視覚化に分かれています(図1)。μCT画像セグメンテーションのプロトコルは、Kenney et al. (2022)11から採用されています。

図 1: 概要ワークフロー図。 プロトコルのステップは、主に画像のセグメンテーション、モデルのアライメント、ROIの選択、およびボリューム分析に分かれています。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
1. μCT画像セグメンテーション
2. アライメント
3. ROIの選択とクロップ
注:最初にROIクロップを完了して、クリティカルサイズのフラクチャーの周りのスライス番号を決定します。これらのスライス番号が決定されたら、必要に応じて尺骨の同じ時点でこれらを使用することができます。このプロセスでは、モデルに一度適用したトリミングを元に戻すことはできません。
4. 分析と可視化
μ3つのユニークなラットモデルのCT画像を調査し、それぞれがポリカプロラクトン(PCL)足場で処理し、肯定的な結果を示しました。時点をまたいで縦断的研究を分析するには、ROIを選択してクロップする前に、収集されたソリッドモデルを位置合わせする必要があります。この能力を数週間にわたって示すために、0週目と6週目に収集されたソリッドモデルを共通の領域を使用して位置合わせしました(図2)。

図2:週ごとのソリッドモデルのアライメント。 イメージレジストレーションウィザードを使用した、週0をベースライン方向として使用した週間の代表的なソリッドモデルのアライメント。この登録プロセスは半自動化されており、2つのモデル間にユーザー定義の共通領域(点線)を適用して、ソリッドモデルの自動位置合わせを支援します。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
画像の位置合わせが成功し、ユーザー定義の ROI が決定された後、0 週目のトリミングされたソリッド モデルが 6 週目のトリミングされたソリッド モデルから差し引かれました。これにより、ROI内の骨量が変化しました(図3)。

図3:骨の体積変化を決定するための算術演算。代表的な算術法は、2週間間の骨量を差し引くことにより、骨量の変化を決定するために使用されます。ROIの骨量の変化は、縦断的研究を通じて傾向を示すことができます。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
次に、骨量の変化を使用して、0週目のベースラインからのこれらの変化を視覚的および定量的に示しました。骨の変化のソリッドモデルを 0 週目のベースライン骨ソリッドモデルに投影して、骨量の変化を視覚的に示しました (図 4)。

図4:1人のユーザーの重大な欠損時の骨容積変化の代表的な画像。 PCLスキャフォールドのSurface Viewモデルの視覚化は、経験豊富なユーザー向けに再現されます。各ユーザーは、3つのユニークなラットモデル(PCLスキャフォールド)を解析し、それぞれで3回の試行を行いました。0 週目のボーンは灰色で表示され、0 週目と 6 週目のボーンの変化は青色で表示されます。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
さらに、0 週目から 6 週目までのこれらの骨量の変化は、各 PCL 足場について三重に定量化されました。2人の経験豊富なユーザーと1人の初心者ユーザーが分析を実行しました。各ユーザー(n = 3)は、0週目と6週目の時点でこれらのモデルを3回に分けて分析し、重篤な欠損領域におけるこれらの週間の骨量の変化を決定しました(図5)。PCL2サンプルでは、経験豊富なユーザー1と2の間で、初心者ユーザーと比較して統計的な有意性が観察されました(それぞれ0.0485と0.0235のp値)。他のすべての差は統計的に有意ではなかった。各PCLスキャフォールドについて得られたユーザー値を 表1 に示します(データは平均±SDで表されます)。各PCLスキャフォールドのユーザー平均を使用して、二元配置混合モデルと一貫性タイプ解析を使用して、クラス内相関係数(ICC)を実行しました。計算されたICCは0.997で、p値は4.45×10-05であり、優れた信頼性を示しています。

図5:代表的な骨量変化結果。 0 週目から 6 週目までの骨量の変化は、3 人のユーザーによって 3 回に取得された各 PCL 足場について計算され (n = 3 ユーザーあたりの足場あたり、エラーバーは平均 SD を示します)、二元配置 ANOVA とテューキーの多重比較検定 (nsP > 0.05、*P < 0.05) を使用して統計的有意性を分析しました。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
| PCLの2 | PCLの3 | PCLの5 | |
| 経験豊富なユーザー1 | 0.97±0.04 | 0.09±0.01 | 1.46 ± 0.00 |
| 経験豊富なユーザー2 | 0.94±0.08 | 0.09 ± 0.02 | 1.42 ± 0.01 |
| 初心者ユーザー | 1.19 ± 0.30 | 0.28±0.03 | 1.46±0.02 |
表 1: PCL グループ別のユーザー測定の概要。 各 PCL グループのユーザー結果は、平均 ± SD として示されます (n=3/ユーザーあたりスキャフォールドあたり)。
著者には、開示すべき利益相反はありません。
縦断的な in vivo ラット放射状欠損モデルにおけるユーザー定義の関心領域(ROI)を解析する方法を紹介します。この方法により、以前はマイクロコンピューター断層撮影(μCT)スキャン視野、標本の向き、および足場のベースライン存在のばらつきによって制限されていた異なる足場間の比較分析が可能になります。
現在のプロセスに関するトレーニングとこのプロセスの開発に関する議論を提供してくださったMark Kenney氏と、ロチェスター大学のBiomechanics and Multimodal Tissue Imaging CoreのLindsay Schnur氏に感謝します。この研究は、NIH/NIAMS: H.A.A. (R01AR07061, P50AR072000, P30AR069655) と V.Z.Z (T32GM007356, T32GM152318, T32AR076950) からの助成金によって支援されました。
| アミラ3D | サーモフィッシャーサイエンティフィックの一部であるFEI SAS | v2024.1 | microCT画像のセグメンテーションに用いるプログラム |
| グラフパッドプリズム | GraphPad ソフトウェア合同会社 | v10.0.3 (217) | グラフ開発に用いるプログラムです。 |
| R 統計ソフトウェア | 統計コンピューティングのための R 基盤 | v4.4.0 (2024-04-24) | ICC解析を行うために使用されるプログラム。 |
| Scanco Medical VivaCT 40 | スカンコメディカル | NA | microCT画像の収集に使用されるmicroCTスキャナー。 |