このプロトコルは、ナノ粒子上のパーソナライズされたタンパク質コロナプロファイリングのためのSDS-PAGE解析を標準化し、がん特異的シグネチャーの再現可能で拡張可能かつ低コストの検出を可能にします。膵管腺癌の早期診断を目的としており、研究および臨床の両面で複雑なプロテオム手法に代わる実用的でREASSUREDに準拠した代替手段を提供します。
方法論記事
このプロトコルは、ナノ粒子上のパーソナライズされたタンパク質コロナプロファイリングのためのSDS-PAGE解析を標準化し、がん特異的シグネチャーの再現可能で拡張可能かつ低コストの検出を可能にします。膵管腺癌の早期診断を目的としており、研究および臨床の両面で複雑なプロテオム手法に代わる実用的でREASSUREDに準拠した代替手段を提供します。
生物体液に曝露された際にナノ粒子(NP)上でパーソナライズされたタンパク質コロナ(PC)を形成することは、早期がん検出のための有望で低侵襲な戦略として浮上しています。本研究は、堅牢性、再現性、自動化を確保する最適化された、ドーデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS-PAGE)を用いたタンパク質コロナのプロファイリングの標準化プロトコルを導入します。この手法は、さまざまなナノ粒子(NP)プラットフォーム、プラズマ源、実験条件下で厳密に検証され、オペレーター依存的な変動が最小限で一貫して再現可能なプロファイルが示されました。従来のプロテオミクス技術と比較して、このアプローチは世界保健機関(WHO)のREASSURED診断基準を満たす、より迅速かつコスト効率の良い解決策を提供します。膵管腺癌(PDAC)に適用した場合、初期バイオマーカーが限られている非常に攻撃的な悪性腫瘍で、このワークフローは初期患者でも最大90%の分類精度を達成しました。この標準化されたプラットフォームは、がん検診におけるスケーラブルで臨床的に翻訳可能かつ手頃な価格の診断ツールへの大きな進展を示しています。
ナノ粒子タンパク質コロナ(NP-PC)
NPが生物体液に曝露された後に形成されるPCの特徴付けは、疾病診断および個別化医療における強力な戦略として浮上しています。この吸着タンパク質の層は、動的かつ疾患特異的な組成を持ち、NPの合成的同一性を変化させ、生物学的相互作用を駆動します。PCの組成はランダムではなく、NPの物理化学的性質と導入される生物学的環境に大きく依存します。NPの大きさ、形状、表面電荷、組成などの要因は、吸着タンパク質の親和性、速度論、構造配置に大きな影響を与えることがあります。同様に、生物体液、その発生源、複雑さ、疾患状態もコロナの最終的な構成を決定する重要な役割を果たします。
コロナの動的な性質は分析をさらに複雑にしており、その構造は時間とともに柔らかく緩く結合した外層からより安定し密に吸着された内核へと変化していきます(7,8)。この進化する構造は、競合的なタンパク質吸着イベントから生じているため、意味のある特徴づけには時間解析され標準化されたアプローチが必要です。この複雑さにもかかわらず、PCは単なる人工物ではなく、非侵襲的に全身性疾患の変化を捉える生物学的に情報を提供する層であることが広く認識されています。本論文で述べた手法の目的は、特に液体生検アプローチによる早期がん検出において、個別化されたPCの堅牢で再現性が高くアクセスしやすいプロファイリングのためにSDS-PAGEの使用を標準化することです。
パーソナライズされたPCとがん検出におけるその関連性
この方法の科学的根拠はパーソナライズされたPCの概念にあります。患者血漿とインキュベートされると、NPは個人の生理的または病理的状態を反映したタンパク質の独自の指紋を吸着します(11,12)。この概念は、膵管腺癌(PDAC)、肺がん13、髄膜腫14、多形膠芽腫15などの疾患が存在する場合にPC組成に有意な変化を示す研究によって裏付けられています。具体的には、PDACにおいて、患者血漿由来のPCは健康なドナーのものと大きく異なります。これらの違いは、最大90%の診断精度を達成する分類モデルで活用されています。したがって、PCは病気特異的シグナルのナノスケール集中体として機能します16。
最近の研究では、がん患者のPCが炎症、凝固、補体活性化、細胞外小胞輸送に関与するタンパク質が豊富であることが示されており、これらは悪性腫瘍17では調節が不安定であることが知られています。これらのタンパク質パターンは個々の患者クラス内で非常に再現性が高い一方で、異なる疾患状態間で明確に区別されるため、コロナは一般的な疾患センサーとしてだけでなく、疾患特異的な分類器としても機能しうることを示唆しています。最も致死率が高く、最も陰湿な悪性腫瘍の一つであるPDACの文脈において、私たちのグループはPC特性評価18,19,20に基づくNP対応血液検査(NEB)を先駆的に開発しました。この低侵襲アプローチは、NPが低存在量および疾患変異性血漿タンパク質を選択的に濃縮する能力を活用し、単純なベンチトップ電気泳動分離によって検出可能にします。
従来のプロテオミクス技術に対する利点
このアプローチを開発する理由は、質量分析(MS)などの従来のプロテオミクス技術の限界にあります。MSは深いプロテオームのカバーを提供するものの、高コストで時間がかかり、高スループットスクリーニングや現場診断には適していません。もう一つの重要な課題は、MSの本質的な複雑さにあり、試料準備、機器の校正、取得パラメータ、データ解析のワークフローの違いが、報告されたPC組成の実験室間で大きな違いを生み出しています。これに対し、PCのSDS-PAGE分析は、疾患に関連するプロテオミクスパターンを迅速かつコスト効率よく捉える手段を提供します。重要なのは、SDS-PAGEの表示は個々のバイオマーカーの絶対的な同定に依存しているのではなく、全体的なタンパク質プロファイルの系統的な変化の検出に依存しており、これは密度計や多変量統計学を通じて解析可能である。
既知の標的に限定され交差反応性が強い抗体ベースのアッセイとは異なり、SDS-PAGEはタンパク質の状況を偏りなく見せ、元のサンプルの完全性を保ち、LC-MS/MSなどの補完的なプラットフォームとの統合を可能にします。さらに、SDS-PAGEはサンプルの分画や除去ステップを必要としないため、低体積の生物学的サンプルの解析に特に適しており、脆弱な集団の早期診断やスクリーニングに不可欠な機能です。これらすべての理由から、このプロトコルはWHOの保証基準のいくつか(リアルタイム接続性、検体採取の容易さ、手頃な価格、センシティブ、具体的、ユーザーフレンドリー、堅牢、機器不要、納品可能)に適合しており、スケーラブルな診断のための実用的なツールとなっています。この証拠に基づき、NPは患者の血漿吸着で再現可能で疾患特異的なPCを形成し、SDS-PAGEを用いて体系的にプロファイルできると仮説が立てられました。さらに、これらの個別化されたコロナの標準化された電気泳動解析が、がん患者と健康な個人を区別し、強固で臨床的に翻訳可能な診断ツールを提供することを提案します。
ワークフローと臨床応用
SDS-PAGEベースのコロナプロファイリングプロトコルは、NPの調製と希釈血漿でのインキュベーションから、コロナ分離、ゲル電気泳動、定量密度分析まで、各ステップを体系化しています(図1)。培養時間、血漿希釈、NPタイプ25 などの主要パラメータは、最適なタンパク質捕捉とゲル画像解像度を確保するために精密に調整されています。また、サンプルのスループット、ストレージの安定性、バッチ間の一貫性といった実用的な課題にも対応しています。さらに、非破壊技術であるため、MSなどの補完的なプロテオム手法とシームレスに組み合わせて個々のタンパク質バンドの分子組成を特定することができます。ワークフローは高いオペレーター間再現性を重視し、手動および自動ピペッティングプラットフォームとの互換性も備え、異なるNP化学物質や血漿濃度に対して堅牢な対応が可能です。これらの特徴により、多様な実験室環境で適用可能となり、集中型診断ハブと分散型研究室の両方に適しています。したがって、この技術は初期診断、バイオマーカー発見、トランスレーショナルナノ医療に関わる研究者や臨床医に特に適しています。この方法は幅広い病理に適用可能であり、唾液や尿を含む血漿以外の多様な生物体液にも適応可能です。このプロトコルの柔軟性と堅牢性は、臨床検証パイプライン、大規模スクリーニング研究、ポイントオブケアプラットフォームへの統合に適している。
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このプロトコルは、さまざまなタイプのNPで形成されたPCの調製、ヒト血漿(HP)との培養、分離、分析に関する詳細かつ標準化されたワークフローを提供します。図2はプロトコル全体の図示であり、NP合成から多変量SDS-PAGE解析までの連続的な実験ステップを示しています。重要なのは、我々のグループがこの方法論を標準化しており、前述の著作18,26で示されたように、結果の再現性と信頼性が保証されていることです。試薬および使用機器は材料表に記載されています。
1. NPの調製と特性評価
2. ヒト血漿の調製
3. PCの結成

4. SDS-PAGEによるPC解析
5. タンパク質パターン解析
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PC実験の標準化における大きな課題の一つは、技術的およびオペレーター依存的な変動を最小限に抑えることです。これは本研究26で以前に強調されています。オペレーターバイアスや自動化ツールが再現性に与える影響など、実験変数の影響については、依然として未解決の課題が残っています18,28。
まず、本研究は提案されたプロトコルの堅牢性と再現性の体系的な評価を提示します。本研究の目的は二つありました。(i) 手動または自動ピペッティングシステムを用いて異なるオペレーターが取得したSDS-PAGプロファイルの一貫性を評価すること、(ii) プロトコルの多様なNP化学およびバイオ流体条件間での多様性を評価することです。
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NP型を超えた方法の多様性と再現性
ここで提示するプロトコルは、HPでのインキュベーション時に形成されたNP上で形成されたPCを分離し特徴付けるための標準化かつ再現可能なワークフローを提供します。過去および現在の研究33で示されたように、この手法はパーソナライズされたPCの生物学的および診断的に関連した特徴を捉えるSDS-PAGEベースの分子指紋の生成を可能にします。手動および自動化ワークフローにおける一貫性の観察は、PC研究における中心的な課題である技術的およびオペレーター依存の変動の最小化に対応しています。Giulimondiら26が強調するように、オペレーターバイアスやワークフローの異質性は、歴史的に標準化を妨げてきました。調査結果は、管理された条件下ではこれらの変数を効果的に緩和し、データの質を損なうことなく行えることを示しています。
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著者には開示すべき利益相反はありません。
この研究は、欧州連合・次世代EUのプロジェクト「D3 4 HEALTH-持続可能な医療のためのデジタル駆動型診断、予後予測および治療」プロジェクトから一部資金提供を受けました。PNC0000001、スポーク3 Linea tematica 2、ミッション4、コンポーネント2 カップ:B53C22006120001。この研究はまた、IG 2020-ID. 24521プロジェクトの一環としてAIRC財団のP.I.ポッツィ・ダニエラの支援も受けました。
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| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| 1.5MLプロテインLoBindチューブ | エッペンドルフ | 22431081 | |
| 10倍のトリス/グリシン/SDS | バイオラッド | 1610732 | |
| 遠心分離機 | ラボテクニク | Z 216 MK ヘルムレ | 18,620 RCFで4度、20分間使用;C |
| ケミドックイメージングシステム | バイオ・ラッド | 12003153 | ゲル画像取得に使用 |
| クロロホルム | シグマ・オルドリッチ | C2432-1L | DOTAP用の溶剤 |
| コーニング1-200およびマイクロ;L ユニバーサルフィット バルクパックドピペットチップ | コーニング | 4845 | |
| クライテリオンTGX シミフリープレキャストジェル | バイオラッド | 5678095 | |
| 蒸留水 6 x 1L | サーモフィッシャー | 15230001 | |
| DOTAP(1,2-ジオレオイル-3-トリメチルアンモニウム-プロパン) | アヴァンティ極性脂質 | 890890P-200mg | カチオン性リポソームの製剤に用いられ、クロロホルムに溶解し、蒸発、水和し、押し出されます |
| エンデューロ 300V電源 | labnet | E0303-230V | |
| GloMax ディスカバーマイクロプレートリーダー | プロメガ | GM3000 | |
| 金ナノ粒子(クエン酸塩安定化) | シグマ・オルドリッチ | 742031-25ML | ナノマテリアルとして使用され、さらなる精製なしで使用された |
| グラデーションポリアクリルアミドゲル(4–20% TGX) | バイオ・ラッド | 5678095 | SDS&ndashで使用;ページ |
| グラント・インストゥルメント サーモシェイカーHC24N(24本×1.5mLマイクロチューブ) | フィッシャー・サイエンティフィック | PHMT-PSC24N | |
| グラフェン酸化物(GO)溶液 | グラフェネア | GO-4-1000 | ナノマテリアルとして使用され、0.25 mg/mLに希釈し、超音波処理 |
| ヒトプラズマ(HP) | シグマ・オルドリッチ | P9523-5ML | ナノ粒子インキュベーションに使用 |
| ImageLabソフトウェア | バイオラッド。バージョン 6.1.0.07 | / | ゲル画像をtiffファイルとしてエクスポートするために使用 |
| Laemmliロードバッファ2倍 | バイオラッド | 1610737 | ペレットの再懸浮に使用 |
| MATLAB | MathWorks。バージョンR2022a | / | 画像処理、データ解析、プロファイル計算に使用 |
| ミニエクストルーダー | アヴァンティ極性脂質 | 610020 | リポソーム製剤に使用 |
| NuPAGEサンプル還元剤(10倍) | サーモ・サイエンティフィック | NP004 | |
| リン酸塩塩水バッファー | コーニング | 21-031cm | DOTAP-HPサンプルに使用 |
| ピアースBCAプロテインアッセイキット、1キット(1リットル) | サーモフィッシャー | 23225 | |
| ピペットチップ 0.5〜10ul クリア | アクシゲン | T-300-STK | |
| PIPETMAN L P10L、0.5-10 & micro;L、メタルエジェクター | ギルソン | FA10002M | |
| PIPETMAN P20、2-20およびマイクロ;L、メタルエジェクター | ギルソン | F144056M | |
| PIPETMAN P200、20-200およびマイクロ;L、メタルエジェクター | ギルソン | F144058M | |
| PIPETMAX 自動ピペッティングシステム | ギルソン | GSYS0021 | 自動サンプル取り扱いに使用 |
| ポリカーボネートフィルター(0.1 & micro;m) | アヴァンティ極性脂質 | 610005-1EA | リポソーム押出に使用 |
| Precision Plus Protein オールブルーのプレスティンドプロテイン標準 | バイオラッド | 1610373 | |
| Precision Plusタンパク質 染色されていない標準 nbsp; | バイオラッド | 1610363EDU | |
| ビブラセルソニックケーター VC505 | ソニックス・アンド・マテリアルズ社 | VC505 | |
| ゼータサイザー | マルバーン | ZS90 | 動的光散乱(DLS)および微小電気泳動(ME)測定に使用 |
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