ここでは、ラベルフリー表面強化ラマン分光法(SERS)を用いて個々の小さな細胞外小胞(sEV)を解析するプロトコルを提示し、低侵襲疾患の診断と治療的投与手段としてのsEVの評価を可能にします。
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方法論記事
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ここでは、ラベルフリー表面強化ラマン分光法(SERS)を用いて個々の小さな細胞外小胞(sEV)を解析するプロトコルを提示し、低侵襲疾患の診断と治療的投与手段としてのsEVの評価を可能にします。
本プロトコルは、表面強化ラマン分光法(SERS)と機械学習(ML)を統合し、診断および治療用途のために個々の小さな細胞外小胞(sEV)を検出し分子プロファイリングする包括的なラベルフリープラットフォームを示しています。この方法は、サイズ排除クロマトグラフィーまたは超遠心分離のいずれかを用いたsEV分離から始まります。分離された小胞は、単一小胞感度を持つ設計されたプラズモニック金ナノピラミッド2Dアレイ基板上で解析されます。内在的なラマン生化学指紋を活用することで、外部ラベルなしで高特異度検出を可能にします。スペクトル取得後、データは前処理され、訓練済みの機械学習アルゴリズム(例:LDA、SVC)を用いて疾患状態を分類し、組織、血漿、唾液のsEVを用いて、それぞれ90.1%、70.9%、60.7%の分類精度で胃がんと健康な対照群を成功裏に区別します。さらに、その治療応用は、グラフェン被覆基板を内部標準として用いることで、単一sEVにおけるドキソルビシン負荷を定量化することで示されています。このアプローチにより、早期疾患検出や単一小胞レベルでの薬物負荷効率の理解に不可欠な集団の異質性を捉えるハイスループット解析が可能になります。
細胞外小胞(sEV)は、通常直径30〜200 nmで、細胞から自然に生物体液に分泌され、起源を示すタンパク質、脂質、核酸を運びます。唾液、尿、その他の体液に存在する非侵襲的バイオマーカーとして4、特に腫瘍学において早期疾患診断、予後、治療的モニタリングに期待を寄せています5,6,7。しかし、その臨床翻訳は、複雑な生物学的行列における高い異質性と低い存在比により妨げられています。こうした課題を克服するために、このプロトコルは表面強化ラマン分光法(SERS)を活用しています。これはプラズモニック基板9,10,11を介してラマン散乱を最大10、10〜10、11倍に増幅できる強力な解析手法です。SERSは個々のsEVの分子「指紋」スペクトルを数秒以内に取得し、長時間のアッセイ時間を避けつつ超高感度の単一小胞分析を可能にします。
本手法はラベルフリーベースのSERを相乗的に組み合わせ、個々のsEV12、13、14、15、16の迅速かつ超高感度な特性評価を実現しています。ラベルフリーSERSは内在的な生化学的シグネチャーを捉え、LDAやSVCなどの機械学習モデルと組み合わせることで、健康細胞と病変細胞から得られたsEVを高い特異度で識別できることが示されています13。当プラットフォームの再現性と定量的能力をさらに高めるため、当社の手法はグラフェン被覆ラマン基板16と完全に互換性があります。単層グラフェンは化学的に均一な表面を提供し、プラズモニックホットスポットを安定化させ分子吸着力を高めます17,18。さらに重要なのは、単層グラフェンがSERS信号の「組み込み」ゲージとして機能し、検出された分子の定量能力を可能にすることです。ラマンレーザービームの直径(~1μm)は通常のsEVより大きいにもかかわらず、我々のプラットフォームは物理的および統計的メカニズムの独自の相互作用により効果的な単一小胞分解能を実現しています。準周期的な金ナノピラミッド基板は、100 nm未満の非常に局所的なプラズモニック「ホットスポット」を生成し、ラマン信号を超線形的に増幅します12。その結果、ビーム内の最も強いホットスポットに最も近いsEVからの信号がスペクトルを支配します。さらに、SEMイメージングによりsEVは十分間隔(>μm間隔)であることが確認され、スペクトルの重なりが最小化されています。また、ラマン強度マップは個々の小胞のサイズに一致する信号局在を示しています。これらの特徴により、収集された各スペクトルは主に単一のsEVに対応し、統計的に堅牢でラベルのない単一小胞解析が可能になります。ウェスタンブロット、質量分析、通常のラマン散乱など、大量のサンプルを必要とし単一小胞20を分解できない従来の手法と比べて、当社の単一小胞SERSプラットフォームは優れた感度、スループット、分子分解能を提供します。このワークフローは、低侵襲で高解像度の診断ツールを開発したい研究者や、個別化された治療試験におけるsEVの異質性や薬剤負荷効率の探求を目指す研究者に適しています。本プロトコルでは、当社のSERSプラットフォームが単一のsEVを利用して、特にがん分野での病害検出や治療応用、例えば小胞分離、プラズモニック基質準備、ラマン取得、機械学習を用いたデータ解析の全ワークフローを可能にしていることを示しています。
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人体標本の採取はヘルシンキ宣言に従って行われ、UCLAの機関審査委員会(IRB)によって承認されました。すべてのドナーは研究参加前に書面によるインフォームドコンセントを提供しました。
注:本研究では、商業ベンダーから購入した4つの細胞株、AGS(CRL-1739)、A549(CCL-185)、NCI-N87(CRL-5822)、Hs 738.St/Int(CRL-7869)が使用されました。これらの細胞株は、ベンダーの指示と試薬に従って培養・継皮されました。調整された培地は-20°Cで収集・保存され、その後処理されました。韓国のサムスン医療センターでは、ドナーが自主的に組織、血漿、唾液の標本を提供しました。胃がん組織は外科的切除時に採取され、非がん対照群からは内視鏡で生検を採取しました。血漿は標準的な臨床プロトコルに従いEDTAチューブ内で採取されました。各被験者から約5mLの未刺激の全唾液を採取し、2,600 × gで4°Cで15分間遠心分離しました。 細胞外RNAを保存するため、上清液には20 U/mLのSUPERase-In RNase阻害剤が補足されました。すべての標本はさらに加工されるまで-80°Cで保管されました。sEVは、確立されたプロトコルに従い、条件付けされた培地および臨床標本から分離されました。
1. sEVの分離と特性評価
2. SERSプラズモニック基板製造 12,18,19
3. グラフェンからプラズモニック基質への転移
4. SERSサンプル調製およびスペクトル取得
5. データ前処理
6. 機械学習を用いたスペクトル解析
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単一小胞SERSプロトコルの成功裏の実装により、個々のsEVから異なるラマンスペクトルが得られ、下流の診断分類や治療薬の負荷管理が可能になります。 図1 は、ここで報告したプロトコルを用いた胃がんの診断試験と、薬剤負荷型sEVsモニタリングアプリケーションのワークフローを示しています。

図1:研究のフローチャート。 (A) 胃がんの単一小胞SERS診断のワークフロー。臨床小胞は単離されプラズモニック基質上に沈着し、個別にラマンスキャンされ、多変量機械学習を用いて疾患識別およびサブ...
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このプロトコルの重要な側面は基質の準備とsEV精製です。ラベルフリーSERSの性能は、均一で高コンフォーマルなプラズモニック基板の生成に強く依存し、強い強化「ホットスポット」を備えています。同様に、サイズ排除クロマトグラフィー による 高純度のsEV分離は、信頼性が高く再現可能なSERSスペクトルを作成するために不可欠です。タンパク質集合体やリポタンパク質のような不純物は、小胞信号を弱めるだけでなく、スペクトルノイズを導入して下流の機械学習分類を混乱させることがあります。
当プラットフォームの大きな利点は、検証済みの単一小胞分解能であり、これはsEVの異質性という課題を克服する上で重要な要素です。レーザースポットは単一の小胞より大きいものの、金ナノピラミッド形状による超線形信号増幅により、プラズモニックホットスポットに最も近いsEVが信号を支配します。これに加え基質上の低胞密度により、各スペクトルは個々のsEVの分子スナップショットを表しています。この能力により、ウェスタンブロットや質量分析などの...
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著者たちは、本研究に関して利益相反は一切ないと宣言しています。
この研究は、国立衛生研究所(NIH)国立トランスレーショナルサイエンス推進センター(助成番号4UH3TR002978-03および1U18TR003778-01)およびカリフォルニア再生医学研究所(CIRM)からの助成金(助成金番号TRAN1-14649)によって支援されました。
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| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| 1倍PBS | サーモフィッシャー・サイエンティフィック | J61196。AP | |
| 300メッシュ銅グリッド | 電子顕微鏡科学 | EMS200-Cu | |
| 4%パラホルムアルデヒド溶液 | シグマ・オルドリッチ | 1004960700 | |
| 4&プライム;Si wafers | MSEサプライズ | WA0810 | (100) oriented |
| A549細胞株 | ATCC | CCL-185 | |
| AGS細胞株 | ATCC | CRL-1739 | |
| 遠心分離ローター F-35-6-30、5430 | エッペンドルフ | <ストロング>22654306<ストロング> | |
| CHAマーク40 | CHAマーク40 | https://chaindustries.com/mark-40-system/ | 電子ビーム蒸発 |
| Crエッチャント溶液 | シグマ・オルドリッチ | 651826-500ML | |
| ドキソルビシン D-4000 | LCラボラトリーズ | D-4000_3g | |
| ExoView R100システムおよびExoViewヒトテトラスパニンキット | ナノビュー・バイオサイエンス | https://www.nowmedicalstudios. com/portfolio/nanoview- biosciences-3d-product-illustrations | |
| FeCl3溶液 | シグマ・オルドリッチ | 451649 | |
| HFソリューション | シグマ・オルドリッチ | 695068-500ML | |
| Hs 738.St/Int 細胞株 | ATCC | CRL-7869 | |
| 共焦点ラマン顕微鏡を借りて | レニショー | https://www.renishaw.com/en/ invia-confocal-raman-microscope --6260?srsltid=AfmBOoqbZlyW qv2KDdcXV0UZnp8tdLNgYZ0 GbZvGOWI6z1OKi48rg5-b | |
| KOHソリューション | シグマ・オルドリッチ | 417661 | |
| MaxQ 4000ベンチトップインキュベーティング/冷蔵シェーカー | サーモ・サイエンティフィック | SHKA4000(4320) | |
| MCO-19AICインキュベーター | 三洋 | 8380-30-0035 | |
| ミレックス-GPフィルター | ミリポーアシグマ | SLGPM33RS | 0.22 & micro;m |
| NanoSEM 230顕微鏡 | FEI | SEM-FEI-014 | |
| ナノサイト NS300 | マルバーン・パナリティカル | https://www.malvernpanalytical .com/en/support/product-support /nanosight-range/nanosight-ns300 | |
| NCI-N87細胞株 | ATCC | CRL-5822 | |
| オプティマ TLX 超遠心分離機 | ベックマン・カウルター | 8043-30-1197 | |
| オックスフォード・プラズマラボ 80プラス | オックスフォード・プラズマラボ | https://plasma.oxinst.com/ 製品/RIE/プラズマプロ-800-RIEです | |
| ポリスチレン球 | アルファ・アーサール | <ストロング>AA42711AB<ストロング> | 500 nm |
| qEVoriginal/35nm | アイゾン | ICO-35 | |
| 単層グラフェン | MSEサプライズ | ME0408 | |
| T-75フラスコ | VWR | 156800 | |
| TF20 高解像度電磁波 | FEI | https://eicn.cnsi.ucla.edu/project/fei-tf20-tem/ | |
| ウラニル酢酸塩溶液 | 電子顕微鏡科学 | 22400-1 |
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