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方法論記事

ネットワーク薬理学およびプロテオミクスによる三街桐マイ処方の動脈硬化対策メカニズムの探求

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DOI:

10.3791/70080

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2026年4月17日

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1Department of Cardiology, the Third Affiliated Clinical Hospital of Changchun University of Chinese Medicine, 2Department of Respiratory, The Affiliated Hospital of Changchun University of Chinese Medicine, 3The Affiliated Hospital of Changchun University of Chinese Medicine

この記事について

サマリー

本研究は、三節通マイフォーミュラがApoE-/- マウスの動脈硬化をHsd11b1媒介のグルココルチコイド代謝を調節することで弱まり、脂質異常および血管炎症を改善していることを示しています。統合的なネットワーク薬理学、プロテオミクス、分子ドッキング解析により、抗動脈硬化効果の基盤となる多成分・多標的の相乗メカニズムが明らかになります。

要約

本研究は、心血管疾患の主な原因である動脈硬化(AS)に対する三節通マイフォーミュラ(SJTMF)のメカニズムを解明することを目的としました。ApoE-- マウスモデルを用いて、SJTMFがASプラークの進行を有意に抑制することを示しました。統合されたネットワーク薬理学およびプロテオミクス戦略により、ベータシトステロール、ナリンゲニン、ルテオリン、イソルハムネチン、3ベータヒドロキシ-24-メチレン-8-ラノステン-21-オアクティシウムの5つのコアバイオアクティブ成分が同定されました。同時に、プロテオミクスでは129種類のAS関連タンパク質が差異的に発現していることが明らかになりました。分子ドッキングにより、これらの成分と主要標的 であるHsd11b1との結合相互作用が高く、結合エネルギーはすべて-5 kcal/mol未満であることが確認されました。さらに、機構的調査によりSJTMFがHsd11b1媒介のグルココルチコイド代謝を調節する可能性があることが明らかになりました。この調節は脂質異常および血管炎症の著しい緩和に寄与し、ASの発症を抑制します。本研究は、伝統中国医学の処方が Hsd11b1 標的の多成分相乗調節を通じて抗AS効果を発揮する革新的なメカニズムを初めて示し、治療介入に新たな知見を提供します。

概要

動脈硬化(AS)は全身血管に影響を与える慢性炎症性疾患であり、心血管および脳血管イベントの主な病理的基盤を構成しています。その病因は遺伝的、環境的、心理社会的、多因子的な病理学的要因間の複雑な相互作用を伴い、多段階かつ多遺伝子的な特性を示します。現在の治療戦略、特にスタチンやプロプロテイン変換酵素サブティリシン/ケキシンタイプ9(PCSK9)阻害薬などの脂質低下剤は、低密度リポタンパク質コレステロール(LDL-C)レベルを効果的に低下させますが、再発性心血管イベントを引き起こす残存炎症リスクを完全には解決していません。さらに、治療に関連する副作用(例:新規発症糖尿病、筋毒性、肝腎障害)が、脂質低下療法の長期使用および強化を制限します3,4。これらの制限は、血筋低下だけでなく心血管リスクをさらに低減するために、抗炎症療法を含む血管炎症を直接標的とする補完的なアプローチの必要性を浮き彫りにしています。

伝統中国医学(TCM)において、ASは「胸の閉塞」(熊璧)と「血管蓄積」(マイジー)のカテゴリーに分類され、その主要な病因は「痰と止まりの絡まり」(タンユウ・フジエ)と認識されています。「停滞変換水療法(ユンエン・フアシュイ)」の原理に基づき、我々の研究グループは、サルビア・ミルティオリザ(Danshen)やウィットマニア・ピグラ・ホイットマン(Shuizhi)を含む14種類のハーブからなる「三解通マイ方(SJTMF)」を開発し、痰濁を解消し、静止を消散させ、利尿促進を図っています。予備臨床試験では、SJTMFが頸動脈AS5の高齢患者における脂質プロファイルの有意な改善および動脈硬化性プラークの安定化・逆転に有効であることが示されました。実験的調査では、マクロファージの分極やオートファジー経路を調節することでASの進行を抑制する能力がさらに明らかになりました6,7。それにもかかわらず、TCMの多成分・多標的・多経路特性は、従来の還元主義的アプローチを用いて統合された調節機構を体系的に解明する上で課題を生み出しています。

SJTMFの抗動脈硬化効果を媒介する分子メカニズムを探り、課題に対処するために、本研究は統合的な学際的戦略を用いました。ホプキンス8,9によって概念化されたネットワーク薬理学は、多次元の「ハーブ成分-標的-疾患経路」ネットワークを構築するために用いられました。このアプローチにより、中医学の全体的な調節特性と整合したAS介入の主要有効成分および治療対象の予測が可能となりました。これに加えて、プロテオミクス技術は高スループットかつ高精度な定性的・定量的タンパク質解析を活用し、SJTMF介入後の動物モデルにおけるAS関連タンパク質発現プロファイルの変化を動的にモニタリングしました。これにより、主要なエフェクター分子やシグナル伝達イベントの同定が可能となり、メカニズム探求のための実験的証拠が提供されました。その後、ネットワーク薬理学で予測されるコアターゲットと主要なバイオアクティブ成分間の結合モードと結合エネルギーを評価するために高精度な分子ドッキングシミュレーションが実施され、潜在的な成分-標的相互作用の理論的基盤を提供しました11。ネットワーク薬理学的予測のみに頼る(偽陽性率が高く実験的検証が欠如)12や、プロテオミクスと分子ドッキングのみの組み合わせ(ネットワーク解析で予測されるシステムレベルの相互作用を捉えられない可能性)と比べて、この統合戦略はこれらの内在する限界に相乗的に対処します。

多次元技術を統合することで、本研究はSJTMFの主要な薬理動態的材料基盤、コアターゲットネットワーク、多経路の相乗メカニズムを体系的に明らかにすることを目指しています。これにより、TCMの近代化と革新薬の開発を推進するためのメカニズム駆動型理論的支援が提供されます。

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プロトコル

すべての動物処置は長春中国医薬大学実験動物委員会(倫理承認第2023521号)の承認を得て実施されました。研究には、特定病原体フリー(SPF)オスのC57BL/6JおよびApoE⁻/⁻ マウス(5週間齢、18-22g)が含まれていました(実験動物使用許可番号SCXK (JI) 2023-002およびSCXK (SU) 2021-0013)。試薬および計測装置に関する情報は 材料表に記載されています。

1. ネットワーク薬理学

  1. SJTMFの有効成分およびターゲットの予測
    1. サルビア・ミルティオリザ、パナックス・ノトギンセン、アルテミシア・スコパリア、ポリア・ココス、アリスマ・プランタゴ・アクアティカL、アモムム・ヴィロスム、サンタルム・アルバムL、シトラス・アウランティウム、シトラス・レティキュラータの活性成分を、口腔バイオアバリアシティ(OB)≥30%、薬物類似性(DL)0.18≥を基準にスクリーニングします。
    2. ウィ ットマニア・ピグラ・ホイットマン、 ボンビックス・バトリティカトゥス、 ペリオストラクムセミ科、カ ウリス・バンブサエ・イン・タニアム、オ フィカルシタム の薬用成分を、リピンスキーの法則を適用してスクリーニングします。以下のパラメータでmiLogP ≤ 5、nOHNH ≤ 5、nOH ≤ 10。
    3. スクリーニングされた化合物とそのSMILESコードを組み合わせて化合物標的を予測します。
      注:上記の2つのデータベースの詳細については、 資料表をご参照ください。
  2. AS関連標的の予測と「薬物成分標的」ネットワークの構築。
    1. GeneCardsデータベースを利用して、AS関連の疾患標的を標準化された疾患用語で取得できます。
    2. Venny 2.1ソフトウェアを用いて、SJTMFとASの交差する標的を特定し、ASに対するSJTMFの潜在的な治療標的として特定します。
    3. Cytoscape 3.9.1を使って「薬物・成分・ターゲット」ネットワーク図を作成してください。
      注:上記のデータベースの詳細については、 資料表をご参照ください。

2. 順応

  1. すべてのマウスはSPF施設(24°C、湿度50-60%、明暗サイクル12時間)で飼育してください。自由に食事と水を提供してください。実験の前に7日間の順応を設けてください。

3. SJTMFの準備

  1. 14本のハーブの処方を準備します。以下は以下のもので、サ ルビア・ミルティオリザ (Dan Shen)30g、 アルテミシア・スコパリア (Yin Chen)10g、 Panax notoginseng (三奇)10g、 Poria cocos( フーリン)10g、 Amomum villosum (Sha Ren)10g、 Alisma plantago-aquatica L (Ze Xie)30g、 Santalum albumL (Tan Xiang)10g、柑 橘類の皮 (Chen Pi)10g、 柑 橘 (Zhi Qiao)10g、ウィ ットマニア・ピグラ・ウィットマン (Shui Zhi)10g、 ペリオストラクムセミ (Chan Tui)10g、 ボンビックス・バトリティカトゥス (Jiang Can)10g、 Caulis Bambusae in Taeniam (Zhu Ru)10g、 Ophicalcitum (華瑞石)30g。
  2. 3×の蒸留水(抽出1.5時間)で3を蒸留水8巻でココクトします。
  3. ガーゼと100メッシュナイロンでろ過してください。
  4. ろ過液を60°C(密度:1.23-1.27)で濃縮します。70°Cの低圧下で乾燥濃縮液を充填します。
  5. 乾燥抽出物を80メッシュのふるいで粉砕します(収率:20.6%)。
    注:既に発表された報告7に基づき、マウスは3.56 g∙kg⁻¹∙1日⁻¹のSJTMF抽出物(体表面積で正規化)を受け取りました。

4. モデル設立

  1. 12週間の高脂肪食(HFD;脂肪20%、コレステロール1.25%)を用いてApoE/- マウスにASを誘導します。代謝モニタリングのために7日間隔で体重を測定してください。
  2. C57BL/6Jマウスを対照群(対照群、正常食+生理食塩水)に割り当てます。モデルに成功したマウスをランダムに4つのグループに割り当てます:モデル群、アトルバスタチン群(0.0026 mg/g アトルバスタチン)、SJTMF-L群(低用量SJTMF、3.56 g∙kg-1∙day-1)、SJTMF-H群(高用量SJTMF、7.12 g∙kg-1∙day-1)7。すべての介入は、標準化された0.4 mLのガベージを朝に4週間実施します。
    注:SJTMFのストック溶液は、確立されたプロトコル7に従って調製されました。実験的介入は9週目から開始され、朝の投与で臨床的な時間リズムが維持されました。マウスは、大動脈に明らかな動脈硬化性プラークが観察された際、Oil RedO染色で成功裏にモデル化されたと定義されました。

5. サンプル採取、大動脈採取および保存

注:4週間の胃内投与後、すべてのマウスに12時間の断食(自由に水を飲みます)。最終体重を測定し、麻酔下で頸椎脱臼を施して犠牲にします。

  1. マウス腹部を刀突まで切開します。
  2. 大動脈を大動脈根から総腸骨動脈の分岐部まで分離します。
  3. 余分な脂肪組織を取り除き、大動脈弓から約1cm遠位の大動脈を切断します。
  4. 大動脈をパラホルマルデヒドで固定するか、液体窒素で急凍してください。
    注意:血清を採取し、大動脈組織を-80°Cで保存して将来の分析に備えてください。
  5. HE染色
    1. 各セクションを連続して20分間、合計2回キレンに浸します。その後、絶対エタノールに10分間、合計2回移します。降下順にエタノール系列(95%、90%、80%、70%)を通過して、各濃度ごとに5分間、区画をハイドレートします。
    2. 0.4%ヘマトキシリンで3〜8分間順番染色し、その後0.5%エオシン溶液で1〜3分間染色します。
      注意:工程の合間には蒸留水でよくすすいでください。
    3. 脱水切片は、濃度ごとに5分間、エタノール濃度を上昇するエタノール系列(95%から絶対エタノールまで)で行われます。キレンで5分間、合計2回ずつセクションをクリアします。完全に自然乾燥させてから、ニュートラルレジンでマウントします。
    4. 顕微鏡で観察し、画像を撮影してください。

6. 大動脈組織サンプルからの総タンパク質製剤

注:タンパク質は3つの実験群(対照群、モデル群、SJTMF-H群)それぞれの大動脈組織から単離されました。

  1. 大動脈組織を溶解バッファー(1.5% SDS/100 mM Tris-HCl、pH 8.5)で均質化し、その後95°Cで15分間インキュベーションしてタンパク質変性を実現します。
  2. サンプルを冷却し、12,000 × g 、4°Cで5分間遠心分離し、上清液を採取します。アセトン沈殿法を用いて上清液中のタンパク質を沈殿させます。
  3. タンパク質沈殿物(8 M 尿素/100 mM トリスHCl、pH 8.5)を再溶解し、その後製造者の指示に従ってBCAアッセイキットを準備し、総タンパク質濃度を測定します( 材料表参照)。
    注:異なるサンプル間で同じ量のタンパク質を使用した場合、再溶解した溶液を使ってすべてのサンプルを同じ体積に充填しました。
  4. 37°CでTCEPおよびCAAを用いたタンパク質還元およびアルキル化を1時間行います。
  5. タンパク質サンプルにトリプシン(1:50)を加え、37°Cで24時間インキュベートします(材料表参照)。
  6. TFAを使ってpHを6.0に調整して消化を終えさせてください。サンプルを12,000 × g で15分間遠心分離し、その後自製のSDB-RPS脱塩カラム(材料 表参照)を使って上清液からペプチドを精製します。
    注:ペプチドのエルセットは真空乾燥され、後で使用するために-20°Cで保存されました。

7. 液体クロマトグラフィー - タンデム質量分析法(LC - MS/MS)

  1. 1 μLの注入容量でペプチド消化200 ngをC18トラップカラム(75 μm × 2 cm、3 μm、100 Å)に注入します。その後、ペプチドは逆相C18分析カラム(75μm×、15cm、1.7μm、100Å)上で0.3μL/minの流量で分離されました。
  2. 移動相Aとして0.1%の蟻酸(FA)を、移動相Bとして0.1%のアセトニトリル(ACN)を用います(材料 表参照)。0〜12分で12%から30%Bまでの線形勾配を適用し、12〜15分で30%から80%Bに増やし、15〜18分で80%Bを維持してカラム洗浄を行います。流量を0-15分で0.300 μL/minに設定し、16-18分から0.400 μL/minに増やします。キャピラリー電圧を1500Vに設定してください。
  3. 100〜1700 m/zの範囲のMSおよびMS/MSスペクトルを取得します。
  4. 0.6から1.6 Vs/cm²の範囲でイオン移動度をスキャンします。蓄積時間とランプ時間を50msに設定します。

8. タンパク質機能解析

注:プロテオミクスからの差異発現タンパク質(DEP)がネットワーク薬理学の主要標的と交差し、重複する標的タンパク質は遺伝子オントロジー(GO)機能注釈および京都遺伝子・ゲノム百科事典(KEGG)経路濃縮解析のために選択されました。 P <0.05の機能カテゴリーおよび経路は有意とみなされました。

  1. DIAの生データをライブラリフリーモードで解析してください。
  2. スペクトルファイルをマウスのタンパク質配列データベースと照合して検索してください。
  3. メインの検索パラメータを設定します。
    1. インサイリコ予測スペクトルライブラリ生成のための前駆体イオン生成オプションを有効にします。
    2. 最大2回の切り離しを許容する酵素を指定します(材料表参照)。
    3. システイン(C)のカルバミドメチル化を固定修飾として設定します。
    4. メチオニン(M)の酸化とタンパク質のN末端アセチル化を可変修飾として設定します。
    5. 前駆体質量精度とMS1質量精度を15 ppmに設定してください。
    6. Match Between Runsとヒューリスティックタンパク質推論を有効にします。
    7. 信頼できる識別のために前駆体偽発見率(FDR)閾値を1%に設定します。
  4. DIA-NN(1.8.2 ベータ11)解析を実行してください。
    注:DIA-NNを用いてタンパク質レベルの定量化を行い、Rを用いてバイオインフォマティクス解析および可視化を行う。有意にDEPはStudentのt検定およびフォールド変化閾値の P 値によって決定された。

9. 分子ドッキング

  1. RCSB PDBデータベースから標的タンパク質の三次元結晶構造をダウンロードし、PDB形式で保存します。その間に、PubChemデータベースからSJTMFのコア活性成分の分子構造をダウンロードし、SDF形式で保存してください。
  2. PyMOL 2.6.0を用いて、標的タンパク質構造の水分除去と水素添加を行い、無関係な内因性配位子を除去し、処理済みタンパク質構造をPDB形式で保存します。PyMOLのGetboxプラグインを通じてドッキングポケットパラメータを取得し、グリッドボックスパラメータは以下の通りに設定されます:center_x = -7.2、center_y = 53.4、center_z = 30.6、size_x = 73.7、size_y = 85.9、size_z = 67.2、ドッキング構造数num_modes=10。
  3. 処理済みのターゲットタンパク質ファイルとSJTMFのコア化合物ファイルファイルを別々にAutoDock Tools 1.5.6にインポートし、両ファイルをPDBQT形式に変換し、上記のグリッドボックスパラメータに基づいてAutoDock Vina 1.1.2で分子ドッキングを行います。
  4. 分子ドッキング結果をPyMOLで可視化します。

10. 統計

  1. 統計分析を行いましょう。
  2. 結果は平均標準偏差(SD)±表します。
  3. データが分散の正規性と均質性を満たした際、一方向ANOVA後の事後分析にTukey氏の誠実有差(HSD)検定の使用を指定します。異方位変換データに対してゲームズ・ハウエル検定を適用します。p < 0.05を統計的に有意なものと考えます。
  4. GraphPad Prism8.0.2を使ってデータを可視化します。

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結果

SJTMFはApoE-/-マウスにおける動脈硬化性プラーク形成を抑制します
ASに対するSJTMFの抑制効果を調査するため、ApoE-- マウスモデルを用いて体重変化のモニタリングと大動脈の組織病理学的変化を観察しました。モデル群と比較して、SJTMF介入はHFD給餌のApoE-/- マウスにおける体重増加を緩和しました(図1A)。具体的には、異なる用量のSJTMFでは、投与2週目には体重減少の傾向が見られました。4週目までに、SJTMF-H群およびアトルバスタチン群のマウスの体重はモデル群よりも有意に低くなっていました(P < 0.05)。

ヘマトキシリン・エオシン(HE)染色(図1B)では、制御大動脈は滑...

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ディスカッション

過去の研究では、SJTMFがApoE⁻/⁻マウスモデル6,7において抗炎症作用やマクロファージ分極を誘導することが示されていますが、その抗動脈硬化活性の具体的な分子メカニズムは依然として不明です。伝統中国医学における「異なる疾患に同じ治療」の原則は、多成分・多標的・多経路の調節の相乗効果に由来します。ネットワーク薬理学は、その全体的で体系的かつ包括的な特性を持ち、この治療原理と高い整合性を示し、伝統中国医学のメカニズムを解明する新しい戦略を提供します(15,16)。これに対処するため、統合ネットワーク薬理学およびプロテオム解析を用いてSJTMFの抗ASメカニズムを明らかにしました。

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開示事項

著者には利益相反を主張するものはありません。

謝辞

本研究は吉林省自然科学財団(第YDZJ202401644ZYTS号)の支援を受けました。

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材料

この記事で使用された材料の一覧
名前会社カタログ番号コメント
2-クロロアセタミド(CAA)シグマ・オルドリッチC0627-100G
4%パラホルムアルデヒド固定溶液シノファーム化学試薬株式会社80096618
0.5–10 & micro;Lマイクロピペットエッペンドルフ4924000029
10 & ndash;100 & マイクロ;Lマイクロピペットエッペンドルフ4924000053
20 & ndash;200 & マイクロ;Lマイクロピペットエッペンドルフ4924000061
100 & ndash;1,000 & マイクロ;Lマイクロピペットエッペンドルフ4924000088
1000 & micro;LピペットチップNESTライフサイエンス株式会社303216
10 & micro;LピペットチップNESTライフサイエンス株式会社301016
20 & マイクロ;LピペットチップNESTライフサイエンス株式会社302106
15 mL遠心分離機チューブNESTライフサイエンス株式会社601052
1.5 mL遠心分離機チューブNESTライフサイエンス株式会社615601
高スループット実験および参考ガイド付き伝統中国医学(HERB)データベース/http://herb.ac.cn/v2
アセトニトリル(LC-MS)サーモフィッシャー・サイエンティフィックA955-4
アセトニルアセトンシノファーム化学試薬株式会社10000418
アンモニア水シノファーム化学試薬株式会社10011028
オートクレーブ上海三神医療機器有限公司YM75
Acclaim PepMap(75µm*2cm、C18、3µm, 100Å)熱力学164535
オーロラ・アルティメット(75µm*25cm、1.6µm, 100Å)オーロラAUR3-25075C18-CSI
BCAタンパク質アッセイキットサンゴンバイオテック(上海)有限公司C503021-0500
ベンチトップハイ - 高速冷蔵遠心分離機湖南克城計装有限公司H1 - 16KR
ブロモフェノールブルーシノファーム化学試薬株式会社71008060
ブロックヒーター杭州ミウ・インストゥルメンツDKT-100
クロロホルムシノファーム化学試薬株式会社10006818
化学発光イメージングシステム杭州申華科技有限公司SH - 523
クリーンベンチ蘇州景華設備有限公司SW-CJ-2D
カバーガラス江蘇石台実験設備有限公司10212450C
Cytoscape v3.9.1//
DIA-NN(バージョン1.8.1)フランシス・クリック研究所github.com/vdemichev/DiaNN
デジタル表示定温水浴常州神南機器製造有限公司HH - W600
デステイニング・シェイカー武漢凌思バイオテクノロジー有限公司TSY-B
脱水機武漢軍傑電子有限公司JT-12J
イオシン武漢凌思バイオテクノロジー有限公司E8090
パラフィン埋め込みシノファーム化学試薬株式会社69019361
エタノール・アブソリュートシノファーム化学試薬株式会社10009218
埋め込み機械武漢軍傑電子有限公司JB-P5
GraphPad プリズム/8.0.2
氷河性酢酸シノファーム化学試薬株式会社10000218
GeneCards(遺伝子カード)/https://www.genecards.org/
グリセロールシノファーム化学試薬株式会社10010618
グリシンバイオフロックス1275GR500
遺伝子オントロジー(GO)/geneontology.org
ヘマトキシリン武漢凌思バイオテクノロジー有限公司G1140
水平シェーカー海門奇林別機器製造有限公司、江蘇省TS - 1
疎水性バリアペンサービスバイオWG1066-1
HCI新陽化学試薬工場GB622-89
高性能液体クロマトグラフィーアジレント1200
イソプロパノシノファーム化学試薬株式会社80109218
イメージプロプラスメディア・サイバネティクスバージョン6.0
イメージングシステムニコンDS-Fi3
IRIS-微細解剖ハサミRWDライフサイエンス株式会社S12004-09
京都遺伝子・ゲノム百科事典(KEGG)/www.genome.jp/kegg/
顕微鏡スライド南通メヴィッド生命科学株式会社PC2-301
電子レンジガランツ電子レンジ電気機器株式会社P70D20TL-P4
ミニ遠心分離機ドラゴンラボD1008E
ニュートラルレジン武漢凌思バイオテクノロジー有限公司G8590
NaClシノファーム化学試薬株式会社10019318
NCBI/www.ncbi.nlm.nih.gov
非接触型超音波セル粉砕機シエンツ08-III
n-ブタノールシノファーム化学試薬株式会社100052190
オーブン上海匯台計器製造有限公司DHG-9140A
パブケム/https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
PBSリン酸塩バッファーパウダー武漢凌思バイオテクノロジー有限公司P1010
病理学的ミクトームライカ・インスツルメンツ株式会社(上海)RM2016
携帯型遠心分離機武漢凌思バイオテクノロジー有限公司D1008
R 4.5.1//
RIPA溶解バッファー(1.5ML)メイルンビオMA0151
ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)シグマ・オルドリッチL3771-500G
スピードバックジェミーCV200
SPSSソフトウェアIBM SPSS統計バージョン22
縫合鉗子RWDライフサイエンス株式会社FC11001R-11
ステレオ解剖顕微鏡RWDライフサイエンス株式会社77001S
スピンカラム RMCWBIOCW0597S
timsTOF Pro質量分析計ブルーカー・ダルトニックスtimsTOF Pro
伝統中医学システム薬理学データベースおよび分析プラットフォーム(TCMSP)/https://tcmspw.com/tcmsp.php
サーモミキサー杭州ミウ・インストゥルメンツMTC-100
トリフルオロアセチン酸(TFA)シグマ・オルドリッチ299537-500G
トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン塩酸塩(TCEP)シグマ・オルドリッチC4706-10G
トリプシンシグマ・オルドリッチT575-31N-10
組織ホモジナイザー杭州ミウ・インストゥルメンツMT-30K
トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタン(トリス塩基)シグマ・オルドリッチT1503-1KG
UltiMate 3000 RSLCnanoシステムサーモ・サイエンティフィックUltiMate 3000 RSLCnano
UniProt(2023年1月3日)フランシス・クリック研究所github.com/vdemichev/DiaNN
尿素シグマ・オルドリッチ51456-500G
ヴェニー2.1/https://www.bioinformatics.com.cn/static/others/jvenn/example.html
ボルテックスミキサーカイリン・ベルボルテックス-5
ヴァンナス バネ式ハサミRWDライフサイエンス株式会社S11001-08
水(LC-MS)サーモフィッシャー・サイエンティフィックW6-4
キシレンシノファーム化学試薬株式会社10023418

参考文献

  1. Mensah, G. A., Roth, G. A., Fuster, V. The global burden of cardiovascular diseases and risk factors: 2020 and beyond. J Am Coll Cardiol. 74 (20), 2529-2532 (2019).
  2. Sampson, U. K., Fazio, S., Linton, M. F. Residual cardiovascular risk despite optimal LDL cholesterol reduction with statins: The evidence, etiology, and therapeutic challenges. Curr Atheroscler Rep. 14 (1), 1-10 (2012).
  3. Katzmann, J. L., Packard, C. J., Chapman, M. J., Katzmann, I., Laufs, U. Targeting rna with antisense oligonucleotides and small interfering RNA: JACC state-of-the-art review. J Am Coll Cardiol. 76 (5), 563-579 (2020).
  4. Ward, N. C., Watts, G. F., Eckel, R. H. Statin toxicity. Circ Res. 124 (2), 328-350 (2019).
  5. Xie, T., Guo, J. The effect of the San Jie Tong Mai formula on elderly patients with carotid arteriosclerosis. Chinese Journal of Gerontology. 38 (22), in Chinese 5395-5397 (2018).
  6. Li, P., et al. San Jie Tong Mai Fang protects against atherosclerosis progression by regulating macroautophagy through the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway. J Cardiovasc Pharmacol. 82 (4), 333-343 (2023).
  7. Han, H., et al. Mechanism of san jie tong mai fang in atherosclerosis attenuation by JAK/STAT-mediated inhibition of macrophage M1 polarization. J Vis Exp. (221), e68546(2025).
  8. Hopkins, A. L. Network pharmacology. Nat Biotechnol. 25 (10), 1110-1111 (2007).
  9. Hopkins, A. L. Network pharmacology: The next paradigm in drug discovery. Nat Chem Biol. 4 (11), 682-690 (2008).
  10. Vogel, C., Marcotte, E. M. Insights into the regulation of protein abundance from proteomic and transcriptomic analyses. Nat Rev Genet. 13 (4), 227-232 (2012).
  11. Pinzi, L., Rastelli, G. Molecular docking: Shifting paradigms in drug discovery. Int J Mol Sci. 20 (18), (2019).
  12. Huang, T., et al. Approaches in studying the pharmacology of Chinese medicine formulas: Bottom-up, top-down-and meeting in the middle. Chin Med. 13, 15(2018).
  13. Zhao, P., et al. Integration of transcriptomics, proteomics, metabolomics, and systems pharmacology data to reveal the therapeutic mechanism underlying the Chinese herbal BuFei Yishen formula for the treatment of chronic obstructive pulmonary disease. Mol Med Rep. 17 (4), 5247-5257 (2018).
  14. Geng, X., et al. Determining the mechanism of action of the qishan formula against lung adenocarcinoma by integration of network pharmacology, molecular docking, and proteomics. Medicine (Baltimore). 102 (13), e33384(2023).
  15. Ru, J., et al. TCMSP: A database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines. J Cheminform. 6, 13(2014).
  16. Li, H., et al. A network pharmacology approach to determine active compounds and action mechanisms of ge-gen-qin-lian decoction for treatment of type 2 diabetes. Evid Based Complement Alternat Med. 2014, 495840(2014).
  17. El Omari, N., et al. Unveiling the molecular mechanisms: Dietary phytosterols as guardians against cardiovascular diseases. Nat Prod Bioprospect. 14 (1), 27(2024).
  18. Feng, S., et al. Intake of stigmasterol and β-sitosterol alters lipid metabolism and alleviates NAFLD in mice fed a high-fat western-style diet. Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids. 1863 (10), 1274-1284 (2018).
  19. Bodet, C., La, V. D., Epifano, F., Grenier, D. Naringenin has anti-inflammatory properties in macrophage and ex vivo human whole-blood models. J Periodontal Res. 43 (4), 400-407 (2008).
  20. Chtourou, Y., Slima, A. B., Makni, M., Gdoura, R., Fetoui, H. Naringenin protects cardiac hypercholesterolemia-induced oxidative stress and subsequent necroptosis in rats. Pharmacol Rep. 67 (6), 1090-1097 (2015).
  21. Luo, Y., Shang, P., Li, D. Luteolin: A flavonoid that has multiple cardio-protective effects and its molecular mechanisms. Front Pharmacol. 8, 692(2017).
  22. Luo, Y., et al. Isorhamnetin attenuates atherosclerosis by inhibiting macrophage apoptosis via PI3K/Akt activation and HO-1 induction. PLoS One. 10 (3), e0120259(2015).
  23. Xu, S., et al. Exploring the mechanisms of guizhifuling pills in the treatment of coronary spastic angina based on network pharmacology combined with molecular docking. Medicine (Baltimore). 103 (29), e39014(2024).
  24. Khalaf, K., et al. Cellular aspects of immunity involved in the development of atherosclerosis. Front Immunol. 16, 1461535(2025).
  25. Kadowaki, T. Insights into insulin resistance and type 2 diabetes from knockout mouse models. J Clin Invest. 106 (4), 459-465 (2000).
  26. Ginsberg, H. N. Insulin resistance and cardiovascular disease. J Clin Invest. 106 (4), 453-458 (2000).
  27. Taskinen, M. R. Diabetic dyslipidaemia: From basic research to clinical practice. Diabetologia. 46 (6), 733-749 (2003).
  28. Kamagate, A., et al. Foxo1 mediates insulin-dependent regulation of hepatic VLDL production in mice. J Clin Invest. 118 (6), 2347-2364 (2008).
  29. Mulvihill, E. E., et al. Nobiletin attenuates VLDL overproduction, dyslipidemia, and atherosclerosis in mice with diet-induced insulin resistance. Diabetes. 60 (5), 1446-1457 (2011).
  30. Rask-Madsen, C., King, G. L. Mechanisms of disease: Endothelial dysfunction in insulin resistance and diabetes. Nat Clin Pract Endocrinol Metab. 3 (1), 46-56 (2007).
  31. Han, S., et al. Macrophage insulin receptor deficiency increases ER stress-induced apoptosis and necrotic core formation in advanced atherosclerotic lesions. Cell Metab. 3 (4), 257-266 (2006).
  32. Rask-Madsen, C., et al. Loss of insulin signaling in vascular endothelial cells accelerates atherosclerosis in apolipoprotein E null mice. Cell Metab. 11 (5), 379-389 (2010).
  33. Braverman, J., Stanley, S. A. Nitric oxide modulates macrophage responses to mycobacterium tuberculosis infection through activation of hif-1α and repression of nf-κb. J Immunol. 199 (5), 1805-1816 (2017).
  34. Cao, C., et al. Ikkε knockout prevents high-fat diet-induced arterial atherosclerosis and NF-κB signaling in mice. PLoS One. 8 (5), e64930(2013).
  35. Gliozzi, M., et al. Modulation of nitric oxide synthases by oxidized LDLs: Role in vascular inflammation and atherosclerosis development. Int J Mol Sci. 20 (13), (2019).
  36. Chantong, B., Kratschmar, D. V., Nashev, L. G., Balazs, Z., Odermatt, A. Mineralocorticoid and glucocorticoid receptors differentially regulate NF-κB activity and pro-inflammatory cytokine production in murine BV-2 microglial cells. J Neuroinflammation. 9, 260(2012).
  37. Rask, E., et al. Tissue-specific dysregulation of cortisol metabolism in human obesity. J Clin Endocrinol Metab. 86 (3), 1418-1421 (2001).
  38. Livingstone, D. E., et al. Understanding the role of glucocorticoids in obesity: Tissue-specific alterations of corticosterone metabolism in obese Zucker rats. Endocrinology. 141 (2), 560-563 (2000).
  39. Kipari, T., et al. 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 deficiency in bone marrow-derived cells reduces atherosclerosis. Faseb J. 27 (4), 1519-1531 (2013).
  40. Charo, I. F., Taubman, M. B. Chemokines in the pathogenesis of vascular disease. Circ Res. 95 (9), 858-866 (2004).
  41. Hadoke, P. W., Kipari, T., Seckl, J. R., Chapman, K. E. Modulation of 11β-hydroxysteroid dehydrogenase as a strategy to reduce vascular inflammation. Curr Atheroscler Rep. 15 (5), 320(2013).
  42. Allerheiligen, S. R. Next-generation model-based drug discovery and development: Quantitative and systems pharmacology. Clin Pharmacol Ther. 88 (1), 135-137 (2010).
  43. Fleisher, B., Brown, A. N., Ait-Oudhia, S. Application of pharmacometrics and quantitative systems pharmacology to cancer therapy: The example of luminal a breast cancer. Pharmacol Res. 124, 20-33 (2017).
  44. Leil, T. A., Ermakov, S. Editorial: The emerging discipline of quantitative systems pharmacology. Front Pharmacol. 6, 129(2015).
  45. Zha, X., Ji, R., Li, Y., Cao, R., Zhou, S. Network pharmacology, molecular docking, and molecular dynamics simulation analysis reveal the molecular mechanism of halociline against gastric cancer. Mol Divers. 29 (5), 4693-4703 (2025).

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