ヒトトランスクリプトミックデータの統合バイオインフォマティクス解析は、肺腺癌における3つの主要な診断および予後バイオマーカーを特定します

Yuhui Lin; Ze Chen; Bin Jia; Zheng Wang; Lihua Zhang; Mingjie Li; Bichen Liu; Lihui Chen; Xiaoting Chen

doi:10.3791/71214

研究記事

ヒトトランスクリプトミックデータの統合バイオインフォマティクス解析は、肺腺癌における3つの主要な診断および予後バイオマーカーを特定します

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DOI：

10.3791/71214

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2026年6月30日

Yuhui Lin^*¹^,² , Ze Chen^*³ , Bin Jia^*⁴ , Zheng Wang^*⁵ , Lihua Zhang⁶ , Mingjie Li⁶ , Bichen Liu⁶ , Lihui Chen⁷ , Xiaoting Chen⁸^,⁹

¹Department of Laboratory Medicine, The Affiliated People's Hospital of Fujian University of Traditional Chinese Medicine, ²School of Medical Technology and Information Engineering, Zhejiang Chinese Medical University, ³Department of Laboratory Medicine, Fujian Nan'an Hospital, ⁴Department of Laboratory Medicine, Pujiang Tianxian Orthopedic Hospital, ⁵Department of Laboratory Medicine, People's Hospital of Dafang, ⁶Department of Laboratory Medicine, Fujian Medical University Union Hospital, ⁷Department of Laboratory Medicine, Fujian Pingtan Comprehensive Experimental Area Hospital, ⁸Medical Laboratory Center, Jinjiang Municipal Hospital, Shanghai Sixth People's Hospital, ⁹Medical Laboratory Center, Jinjiang Municipal Hospital, Teaching Hospital of Huaqiao University

^* These authors contributed equally

この記事について

サマリー

本研究は、TCGA-LUADおよびGEOのトランスクリプトミクスデータを用いて肺腺癌の診断および予後バイオマーカー GSE115002同定しました。 B3GNT3、 FERMT1、 SPP1 は上位調節され、腫瘍と正常組織を区別しました。これらの遺伝子は上皮-間葉系転移および免疫抑制に関連しています。遺伝子発現とTNM期を組み合わせたノモグラムでは、信頼できる予測価値が示されました。

要約

肺腺癌(LUAD)は、世界でがん関連死の主な原因です。手術、標的治療、免疫療法の進歩にもかかわらず、高度なLUADの5年生存率は20%未満であり、早期発見と予後のための信頼できる分子バイオマーカーの緊急性を示しています。本研究では、著者らは、3つの一貫して上型調節されている遺伝子がLUADの効果的な診断および予後バイオマーカーとして機能する可能性があると仮説を立てました。著者らは、TCGA-LUAD(腫瘍535例、正常サンプル59例)およびGSE115002(腫瘍52例、正常サンプル52例)の2つの独立したコホートのトランスクリプトミックデータを解析し、発現遺伝子の差異をスクリーニングしました。3つのコア遺伝子、B3GNT3、FERMT1、SPP1は両データセットのLUAD腫瘍で一貫して過剰発現を示していました。これらの遺伝子は優れた診断性能を示し、TCGA-LUADではAUC値が0.95を超え、GSE115002では高い精度を示しました。生存分析により、各遺伝子の高い発現は全体および無疾患生存期間の短縮に有意に関連しており、多変量Cox回帰分析によりそれらの独立した予後価値が検証されました。機能豊か化解析により、これら3つの遺伝子は上皮-間葉質転移、細胞外マトリックスリモデリング、免疫抑制に関与しており、いずれもLUADの侵襲および転移と密接に関連していることが示されました。著者らはさらに、3つの遺伝子とTNM期を組み合わせた予後ノモグラムを構築し、コンコーダンス指数0.743を達成し、良好な予測性能を示しました。これらの発見は、B3GNT3、FERMT1、SPP1がLUADの診断および予後バイオマーカーとして有望であり、リスク階層化および管理における臨床応用を支持していることを裏付けています。

概要

肺がんは世界のがん死亡率の主な原因であり、2020年には約180万人の死亡を招い^{ています。}肺腺癌(LUAD)は全肺がん症例の約40%を占めています²。手術、標的治療、免疫療法の進歩にもかかわらず、進行したLUADの5年生存率は依然として20%未満のままです^3,4。早期発見と正確な予後のための信頼できる分子バイオマーカーが緊急に求められています。ハイスループットシーケンシングや、がんゲノムアトラス(TCGA)や遺伝子発現オムニバス(GEO)などの公開データベースにより、がんの系統的なトランスクリプトミックプロファイリングが可能^{となります。}統合的クロスコホートバイオインフォマティクスは候補バイオマーカー発見の信頼性を向上させる⁵.

細胞増殖、EGFRシグナル伝達、免疫逃逸7など、多くの遺伝子や経路がLUADに関与^{していることが示}されています。しかし、臨床応用に翻訳されたものはほとんどありません....