Name: 海水のサンプリングとコレクション (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-17T19:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 23 s
Description: 学ぶ海水サンプリング手法。go flowとkinデバイスを用いて海洋微生物学・環境科学の研究に必要な正確な海水採取と下流分析のためのサンプル処理手順を解説します。

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我々は、沿岸と外洋水の低酸素領域で進行中の研究を支援するためのイノベーション、ブリティッシュコロンビア州の知識開発基金と国立科学およびカナダの工学研究審議会（NSERC）のためのカナダの財団に感謝の意を表します。さらに、DAWはNSERC、キラムとトゥーラ基礎微生物の多様性と進化のための資金を供給センターからの奨学金によって支えられている。

パート1：水コレクション<ol><li>深さは、各キャストに割り当てられます。 </li><li>サンプリングすると、総容積は現在のキャストのために収集される深さが決定されます。 </li><li>それは、Go - FloとLニスキンボトルが開いていること、およびそれらのバルブと水栓が閉じていることを保証されます。 </li><li> CTDは、水へのラインと下側の底部上にロードされます。 </li><li>最初のキャストでサンプリングした最も深い深度のボトルは、CTDの後の行にロードされます、それはラインが正しくブラケットに装着されており、ネジが締められていることを保証されます。 </li><li>メッセンジャーが低下する前に（最深のものを除く）の各ボトルに添付されます。 </li><li>ラインは、まず深さと横の間の距離を下げて、別の瓶がロードされます。それは、20Lのろ過のために収集される深さのために、2 12Lボトルの合計が離れて0.75メートル程度連続してロードされていることに留意すべきである。 </li><li>一度、すべてのボトルがライン上にある、ラインは所望の深さまで低下し、2分、通過が許可されています。 </li><li>メッセンジャーはダウン送信され、数分は、近くにすべてのボトルを確実に渡すことが許可されています。 </li><li>ラインが​​で目前されており、彼らはラックの上に出てくるようにボトルがアンロードされます。 </li><li> DNAとRNAの20Lのサンプルを必要とする深さには、2つのニスキンボトルが収集されます。他のカーボイに排水されている間一瓶は、（下記参照）の化学パラメータをサンプリングするために使用されます。 RNAは、第二ニスキンから即座に収集されます。最初の残りの部分は、また〜20L、最終的なボリュームを与えるためにカーボイに排出される。水ののみ1L低解像度のサンプルについては滅菌Nalgeneのボトルにろ過のために確保されています。 </li></ol>第2部：ガスサンプルの収集<ol><li>酸素のサンプルが必要な場合は、それらが最初に収集されます。 </li><li>細いチューブの部分は、Lニスキンに添付されます/移動- floの栓とチューブのもう一方の端はガラス血清ボトルに場所に置かれます。 </li><li>血清ボトルは、試料を水で3回リンスし、そしてに気泡が存在しないことなどがオーバーフローに満ちている。 </li><li> 50μlの塩化水銀（HgCl 2）サンプル中に気泡を導入していない方法で、血清ボトルに追加されます。 </li><li>瓶は、ゴム栓とアルミキャップを使用して圧着してシールされる、としてクーラーに氷の上に格納されています。 </li></ol>パート3：栄養のサンプルコレクション<ol><li> 60 ccシリンジは、試料水でリンスされ、（0.2μm）と、いくつかの水ラインに接続されているアクロディスクによってプッシュされます。 </li><li>ポリエチレン瓶は、（すすぎ時にボトルを振る）〜10ミリリットルろ過された水で3回リンスする。 </li><li>ろ過した試料水は、約、ボトルに追加されます¾いっぱい。 </li><li>サンプルは、クーラーに氷の上に格納されています。 </li></ol>パート4：アンモニアのサンプルコレクション<ol><li>サンプルチューブは、サンプル水で洗浄されています。 </li><li>サンプルチューブは、サンプル水で完全に充填されています。 </li><li>サンプル水を5mlのは、10mlのピペットを使用して取り出され、チューブ内の水の残りは破棄され、ピペットチップで5ミリリットルのサンプルチューブに置き換えられます。 </li><li>全ての深さからサンプルが収集された後アンモニウム作業試薬の7.5ミリリットルを各チューブに添加される。 </li></ol>パート5：セルの列挙のサンプルコレクション<ol><li> 5.4ミリリットルの37％ホルムアルデヒドを含む事前に標識した50mlファルコンチューブは4％の最終濃度のために先頭に入力されます。ケアは、こぼさないように取られます。 </li></ol>パート6：硫化水素測定用のサンプルコレクション<ol><li> 20％の酢酸亜鉛（亜鉛（O 2 CCH 3）2）を含む事前に標識した50mlファルコンチューブは、上部に充填されている。ケアは、こぼさないように取られます。 </li></ol>パート7：バイオマス濃度のため少量コレクション<ol><li> 1リットルのボトルは、上部に満ちている。 </li></ol>パート8：バイオマス濃度のための大ボリュームのコレクション<ol><li> 20リットルその他これらに満ちている。 </li></ol>パート9：代表的な結果約12溶存酸素のサンプルを、32から48までガス試料、16栄養素のサンプル、32アンモニウムのサンプル、16硫化水素のサンプル、細胞数の16試料、6 20リットルその他これら、16 1リットルボトルで結果をサンプリング海水の最終結果以降RNAで保存微生物バイオマスを含む4 Sterivex0.22μmフィルター。

<ol><li>Cline, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spectrophotometric+determination+of+hydrogen+sulfide+in+natural+waters%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+%26+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Spectrophotometric determination of hydrogen sulfide in natural waters.</a> Limnology & Oceanography. 14, 454-458 (1969).</li>
<li>Holmes, R. M., Aminot, A., Kerouel, R., Hooker, B. A., Peterson, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+and+precise+method+for+measuring+ammonium+in+marine+and+freshwater+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Canadian+Journal+of+fisheries+and+Aquatic+Science%22%5BJournal%5D)">A simple and precise method for measuring ammonium in marine and freshwater ecosystems.</a> Canadian Journal of fisheries and Aquatic Science. 56, 1801-1808 (1999).</li>
</ol>

著者に開示すべき事項はありません。

全体的に、サンプリングのこのタイプに必要な準備と計画には大量の順番とすべてをクリーンアップするため、その後、一日で事を得るために2日間の旅行の前に予算がそう、そこです。一般的には、海水が蠕動ポンプとか、フィールド機器を輸送するために使用されるアルミニウムZargesボックスに接触させてはいけない。尊敬して機器を扱い、それが来るのに長い時間のためにも実行されます。

<table><tbody><tr><td>20L カーボイ</td><td></td><td>Fisher Scientific</td><td>02-960-15</td><td></td></tr><tr><td>3/8&quot; Tygonチューブ</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>06429-36</td><td></td></tr><tr><td>Sterivexフィルター</td><td></td><td>Fisher Scientific</td><td>SVG010RS</td><td></td></tr><tr><td>プリフィルターハウジングユニット</td><td></td><td>AMD</td><td>501200</td><td></td></tr><tr><td>ルアーフィッティング</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td></td></tr><tr><td>1/4&quot; Tygonチューブ</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>06429-24</td><td></td></tr><tr><td>1/4&quot; Tygonチューブ</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>06429-24</td><td></td></tr><tr><td>1/4&quot; Tygonチューブ</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>06429-24</td><td></td></tr><tr><td>50ml プラスチックチューブ</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ガラス製セラムボトル</td><td></td><td></td><td></td><td>ガラス試料採取用</td></tr><tr><td>ガラス製セラムボトル用セプタおよびアルミキャップ</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ハンドクリンプツール</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>20-200ul ピペットおよびチップ</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ガラスチューブ</td><td></td><td></td><td></td><td>アンモニウム試料採取用</td></tr><tr><td>30ml プラスチックボトル</td><td></td><td></td><td></td><td>栄養塩採取用</td></tr><tr><td>Acrodiscフィルター</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>5 ml チューブ</td><td></td><td></td><td></td><td>亜硝酸塩試料採取用</td></tr><tr><td>37% ホルムアルデヒド</td><td>試薬</td><td></td><td></td><td>細胞数測定試料用</td></tr><tr><td>20% 酢酸亜鉛</td><td>試薬</td><td></td><td></td><td>硫化物試料用</td></tr><tr><td>塩化水銀(II)</td><td>試薬</td><td></td><td></td><td>ガス試料用</td></tr><tr><td>milliQ水</td><td>試薬</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>アンモニウム作動試薬</td><td>試薬</td><td></td><td></td><td>ホウ酸緩衝液、亜硫酸ナトリウム、オルトフタロジアルデヒド</td></tr><tr><td>スルファニルアミド</td><td>試薬</td><td></td><td></td><td>5gを水 450ml および HCl 50ml に溶解</td></tr><tr><td>N-(1-ナフチル)-エチレンジアミン二塩酸塩溶液</td><td>試薬</td><td></td><td></td><td>0.5gを水 500ml に溶解</td></tr></tbody></table>

海水のサンプリングとコレクション

Seawater Sampling and Collection

このビデオでは、文書の沿岸海洋水のサンプルを収集し、バイオマス濃度、核酸精製、細胞の豊富さ、栄養および微量ガス分析を含む様々なダウンストリームアプリケーションのためにそれらを処理するための方法を。今日のデモのサンプルについてはサーニッチのインレットでHMSジョンストリックランドの動作のデッキから採取された。多目的ウインチとケーブルシステムとフレームデリッ​​クは、、ニスキンまたは移動 - FLO採水ボトルと組み合わせて使用​​されています。導電率、温度、および奥行き（CTD）のセンサーはまた、基礎となる水塊をサンプリングするために使用されます。アウトガス最小限に抑えるために、微量のガス試料が最初に収集されます。次に、栄養素、水の化学、および細胞数が決定されます。最後に、水がバイオマスのろ過のために収集されます。シングルキャストのセットアップおよび収集時間は、215メートルの最大深さで〜1.5時間です。したがって、6時間の合計は、一般的にここで説明するコレクションのシリーズを完了するために必要です。

このビデオでは、文書の沿岸海洋水のサンプルを収集し、バイオマス濃度、核酸精製、細胞の豊富さ、栄養および微量ガス分析を含む様々なダウンストリームアプリケーションのためにそれらを処理するための方法を。

このビデオでは、沿岸海域からの海水サンプルの採取方法と、バイオマスを含むさまざまなダウンストリームアプリケーションに向けたサンプルの処理方法について解説します。

こんにちは。ブリティッシュコロンビア大学微生物学・免疫学部、Stephen Hallam研究室のElena Kovaです。本日は、物理的、化学的、および生物学的分析のために海水を採取する手順をご紹介します。当研究室では、海水の海洋学的パラメータを研究するためにこの手順を用いています。それでは始めていきましょう。まず、キャスト回数と各キャストの深度を割り当て、次にサンプリングを行う深度と、今回のキャストで採取する総量を決定します。Go-flowおよびKinn水採取装置が開いた状態にあること、およびすべてのバルブとコックが閉じていることを確認してください。CTDをラインの底部に取り付け、プロファイルの最大深度まで水中へ降ろします。CTDの直後にサンプリングデバイスをラインに取り付けます。ラインがデバイスのブラケットに適切に固定され、ネジが締め付けられていることを確認してください。最も深いサンプリング深度以外の各デバイスに、重りの付いたメッセンジャーを取り付け、水中に投入します。ラインを降ろし、最初に指定した深度と次の深度との間の距離を確保した後、別のサンプリングデバイスを装着してください。大量の水サンプルを採取する深度間隔では、計2本の12 literボトルを約0.75 metersの間隔で連続して装着することに注意してください。すべての装置をラインに設置した後、ラインを最大深度まで下げ、2分間待機します。メッセンジャーを降ろし、各装置を閉じる位置にトリガーします。ラインを回収する前に、数分間待機してください。すべての装置が閉じていることを確認するため、ラインを巻き上げ、水面から現れた装置を順次デッキ上に回収します。タンパク質、DNA、またはRNAの精製に大量のサンプル量が必要な水深の場合、2つのサンプリング装置をタンデムに使用してください。1つのボトルから直ちにRNAを回収し、船上でろ過を行います。もう一方のボトルで化学物質と栄養塩のサンプリングを行った後、残りの水を車内に排出して、最終的に 20 liter の量にします。低容量サンプルの場合は、滅菌済み Nalgene ボトルを用いて、ろ過用の水を 1 liter 取り分けておきます。通常、16 個の深度区間から採取される低容量サンプルは 16 x 1 liter のサンプルとして収集され、高容量サンプルとして 6 x 20 liter のサンプルが収集されます。ガスサンプルを採取する際は、常に酸素および微量ガスのサンプルを採取してください。まず、水サンプリング装置のスパウトに細いチューブを取り付けます。チューブのもう一方の端をガラス血清瓶に入れます。セラムボトルを3回すすぎますが、サンプリング水を用いて、気泡が入らないように溢れるまで満たしてください。50 µLの塩化水銀をセラムボトルに加えます。サンプルに気泡が混入しないように注意してください。ゴムストッパーCでセラムボトルを密閉し、アルミキャップで圧着した後、氷上で保存して、硝酸塩、リン酸塩、ケイ酸塩を含む栄養塩測定用のサンプルを採取します。まず、60 cc シリンジをサンプル水で洗浄します。次に、0.2 micrometer のアクロディスクフィルターをインラインで取り付けます。シリンジを用いて約2 mlの水を押し出し、フィルターを洗浄します。ポリエチレンボトルを約10 mlのろ過水で3回すすぎます。ボトルをすすぐ際に振り、その後、ろ過した試料水をボトルの約4分の3まで満たします。試料は氷上で保存してください。アンモニア測定用の試料を採取するため、遠位水の採取チューブを空にします。まず回収チューブをすすぎますが、サンプル水で完全に満たしてください。10 mlのメスシリンダーにサンプル水を満たし、そこから5 mlのサンプル水を別の容器に取り出した後、シリンダーに残っている残液を捨てます。その後、取り出しておいた5 mlを空になったシリンダーに戻します。すべての深度からサンプルの採取が完了したら、各チューブにアンモニウム作業試薬を7.5 ml加えます。細胞数計測用のサンプルを採取する場合は、5.4 mlの37%ホルムアルデヒドを含むラベル付きの50 ML Falconチューブに、最終濃度が4%になるよう50 mlの印までサンプルを満たします。チューブから溢れないように注意してください。サンプルを採取する際は、サンプルを氷上で保存してください。硫化水素の測定用です。3 mlの20%酢酸亜鉛を含む、ラベル貼付済みの50 ML Falconチューブを上まで満たします。チューブから溢れないように注意してください。少量サンプルを回収する場合は、サンプルを氷上に置いて保存します。バイオマス濃縮を行う場合、大量のサンプルを回収するには、1リットルのNalgeneボトルを満杯まで満たしてください。20リットルのカーボイを満杯まで満たします。海水サンプリングの最終的な結果として、約32から48のガス試料、および32のアンモニウム試料が得られます。硫化水素サンプル16検体。細胞数測定用サンプル16検体。20Lカーボイ6個、1Lボトル16本、およびSterex 4個。微生物バイオマスを含む2.2 µmフィルターは、後で使用するために保存します。RNA抽出。以上で、生化学分析のためにさまざまな種類の水試料を採取する方法について説明しました。これには多大な準備と計画が必要です。そのため、出発前の2日間を準備に、出発後の1日間を片付けに充ててください。ペラルトポンプや、フィールド機器の運搬に使用するアルミニウム製Zagoボックスに海水が触れないように注意してください。機器を丁寧に扱えば、今後長期間にわたって十分に活用できるでしょう。以上です。ご視聴ありがとうございました。皆様の実験の成功をお祈りいたします。

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