Name: 沿岸海水サンプルの大容量（20L +）ろ過 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 58 s
Description: 学ぼう、沿岸海水サンプル20L以上の大容量ろ過法を用いた海洋微生物バイオマス収集手法。この方法は0.22μmから2.7μmの粒子を対象とし、海洋微生物多様性研究に活用できます。

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我々は、沿岸と外洋水の低酸素領域で進行中の研究を支援するためのイノベーション、ブリティッシュコロンビア州の知識開発基金と国立科学およびカナダの工学研究審議会（NSERC）のためのカナダの財団に感謝の意を表します。 DAWはNSERC、キラムとトゥーラ基礎微生物の多様性と進化のための資金を供給センターからの奨学金によって支えられている。

<ol><li> ろ過装置のセットアップ。 <ol><li>ろ過装置を設定するには、プレフィルターハウジングユニットにグレードGF / Dフィルタを配置するピンセットを使用してください。緩く手で住宅を締めます。経験則として、締めすぎないでくださいまたはユニットには、ポンピング開始されるとリークが発生します。 </li><li>慎重にそれに触れることなくカーボイ​​に内部チューブを挿入することにより、オートクレーブキャップと付属のチューブでカーボイキャップを交換してください。必要に応じて、カーボイにチューブを導くためにピンセットを使用してください。 </li><li>蠕動ポンプを介して外部配管を渡す。 </li><li>外部チューブ（カーボイあたりすなわち2台）の両方の端にプレフィルターハウジングユニットを取り付けます。プライヤーとの接続を締めます。 </li></ol></li><li> 海水のろ過 <ol><li>海水のフィルタリングを開始するために、ポンプをオンにし、1にフローの速度を設定します。その水が適切な方向に励起されるように監視します。 </li><li>水500mlは、プレフィルターユニットを介して、1 Lビーカーに自由に流れるようになります。 </li><li>ポンプの電源をオフにし、プレフィルターの設定の自由端にオスルアーフィッティングにSterivexフィルタを取り付けます。手でしっかりプレフィルターハウジングを締めます。 </li><li>プレフィルターハウジングでとプレフィルターハウジングとカーボイにつながるチューブの間の接続で待ってください。リークが発生した場合は、ポンプの電源をオフにし、それに応じてプレフィルターハウジングを緩め、締め。背面にポンプの電源を入れます。 </li><li> 4 Lのフラスコにろ液を集める。いったんはきれいカーボイにフラスコは、空いっぱいです。各フィルターを通過量をメモしておいてください。収集された濾液は、ウイルスのためのろ過など、さらに処理することができます。 </li><li>ない水がその他これらに残っていないまでフィルタリングを続けます。 4〜5時間/ 20 Lのカーボイの間に通常の濾過時間の範囲は、しかし、これは水の中のバイオマス量を飛躍的に依存する。 </li><li>ろ過が完了したら、ポンプの電源を切り、Sterivexフィルターを外してください。 </li></ol></li><li> フィルターの保管 <ol><li>フィルタを保存するには、まず、30〜60ミリリットルの注射器と、残りの水を排出する。 </li><li>ピペットを用いて、試薬の後に追加するためのフィルタでスペースの〜200μlの維持、フィルターに1.8ミリリットルの溶解バッファーを追加します。 </li><li>パラフィルムの小片でSterivexフィルターの底部と上部をシールし、日付とサンプルの識別とフィルタラベルを付けます。 </li><li> -80あらかじめ標識した50mlファルコンチューブにフィルターを保管° C </li><li>住宅ユニットからフィルターを外し、溶解用緩衝液2 mlを含むラベルが付いた50mlファルコンチューブに入れます。 -80これら℃にて保存してくださいを</li></ol></li><li> クリーン <ol><li>最終的なクリーンアップのために、0.1 M HClを含むフラスコにカーボイの中にあったチュ​​ーブを配置</li><li>オリジナルカーボイに4Lフラスコにつながるチューブを指示。 </li><li>ポンプのスイッチを入れると、元カーボイで実行フロースルーを収集し、3で実行する。 </li><li>最後に、オートクレーブ水でチューブをリンス。 </li></ol></li></ol> 代表的な結果：最終的な結果が2 Sterivixフィルター0.22μmと2.7μmの大きさの範囲で約10リットルの海水から微生物バイオマスを含む各で構成されています。これは、溶解バッファーに格納され、DNAの抽出のための準備ができています。さらに、この手順では、収集し、GF / Dプレフィルタで、2.7μmを超えるバイオマスを集中する。これはまた、溶解バッファーに格納され、DNAの抽出のための準備ができています。追加の処理ステップがとられるならば、フロースルー0.22μmのは、同様にウイルスの割合を収集するためにダウン濃縮することができる。

著者に開示すべき事項はありません。

それ以外の機器を腐食させるという塩水のいずれか残る痕跡を除去するために使用後の湿ったタオルでベンチやポンプを拭うために不可欠です。手順はシンプルですが、時間の要件は、フィルタリングされているサンプルのバイオマスや破片の濃度に応じて豊富なことができます。

<table><tbody><tr><td>ペリスタルティックポンプ</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tygon LFLチューブ</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>ホースクランプ</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221; パイプアダプター</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>ポリプロピレン製プレフィルターハウジング</td><td></td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>金属製ルアーフィッティング（ホース端からオスルアーロック）</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; 磁石</td><td></td><td></td><td>ろ過装置用</td><td></td></tr><tr><td>3ポートカーボーイキャップ</td><td></td><td></td><td></td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIXフィルター</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>直径47 mm 2.7 &amp;mu;m GF/Dフィルター</td><td></td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>溶解バッファー</td><td>試薬</td><td></td><td></td><td>0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td>試薬</td><td></td><td></td><td>ろ過後の洗浄用</td></tr><tr><td>オートクレーブ滅菌水</td><td>試薬</td><td></td><td></td><td>ろ過後の洗浄用</td></tr></tbody></table>

沿岸海水サンプルの大容量（20l +）ろ過

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

ワークフローは、下流の微生物群集のための沿岸海域、栄養素と微量ガス分析の収集から始まります。この方法の場合、サンプルはサーニッチのインレットでHMSジョンストリックランドの動作のデッキから採取された。このビデオ、ドキュメント、大容量（≥20リットル）の水のカラムから、直径0.22μmと2.7μmの範囲の微生物バイオマスのろ過、、。二つの20Lのサンプルは、4つの回転ヘッドを搭載した単一のポンプユニットを使用して同時にフィルタリングすることができます。ろ過は、拡張出張、または直後の日帰り旅行の戻り時にフィールドで行われます。各sterivexフィルタユニットを通過する水の量を記録することが重要です。サンプリングの合間にバイオフィルム形成を防止するために、すべてのろ過装置を希HCl及び脱イオン水で洗浄し、使用後すぐにオートクレーブする必要があります。この手順では、約5時間に加えて、クリーンアップのための追加時間がかかります。

このビデオ、ドキュメント、大容量（≥20リットル）の水のカラムから、直径0.22μmと2.7μmの範囲の微生物バイオマスのろ過、、。

沿岸海水サンプルの大容量（20L +）ろ過

ワークフローは、下流工程での微生物コミュニティ、栄養塩および微量ガスの分析に向けた沿岸海水の採取から始まります。本手法では、...

こんにちは。ブリッジコロンビア大学微生物免疫学部のSteven Hallam研究室のDavid Walshです。本日は、微生物バイオマス採取のために大量の海水ろ過を行う手順について解説します。当研究室では、海洋環境における微生物の多様性を研究するためにこの手順を用いています。それでは始めましょう。ろ過装置をセットアップするために、ピンセットを使用してグレードGFDフィルターをプレフィルターハウジングユニットに設置します。ハウジングを手で軽く締めてください。経験則として、締めすぎるとユニットから漏れが生じるため注意してください。ポンプ動作が開始されたら、カーボイキャップをオートクレーブ用キャップに交換し、内部チューブが壁面に触れないように慎重に挿入してチューブを接続します。必要に応じて、ピンセットを使用してチューブをカーボイ内に誘導してください。その後、キャップを締め、外部チューブをペリスタルティックポンプに通します。両方の外部チューブの端にプレフィルターハウジングユニットを取り付けます。プライヤーで接続部を締め、海水のろ過を開始します。ポンプのスイッチを入れ、流速を1に設定して、水が正しい方向にポンプ輸送されていることを確認します。500 millilitersの水をプリフィルターユニットから1 literのビーカーへ自由に流します。ポンプのスイッチを切り、プリフィルター装置の末端にあるオス側ルアーフィッティングにStaxフィルターを取り付けます。プリフィルターハウジングを手でしっかりと締めます。プリフィルターハウジング、およびプリフィルターハウジングと車へ続くチューブの接続部に漏れがないか確認してください。もし漏れが発生した場合は、ポンプの電源を切り、プリフィルターハウジングを緩めてから適切に締め直して、再びポンプの電源を入れてください。ろ過液を4Lフラスコに回収します。フラスコがいっぱいになったら、きれいなカーボイに移します。各フィルターを通過して回収された液量を必ず記録してください。ろ液は、ウイルス除去のためのろ過など、さらに処理することが可能です。カーボーイの中に水がなくなるまでろ過を続けてください。通常のろ過時間は、20 Lのカーボーイ1本あたり4時間から5時間です。ただし、これは水中のバイオマス量に大きく依存します。ろ過が完了したら、ポンプのスイッチを切り、Staxフィルターを取り外します。フィルターを保管するには。まず、30から60 mLのシリンジを用いて、残っている水をすべて排出します。次に、ピペットを使用してライシスバッファー1.8 mLをフィルターに加え、フィルター内に約200 µLの空隙を残します。後で試薬を添加するため、stexフィルターの上下端を小さなパラフィルムで封印し、フィルターに日付と試料識別番号を記載します。フィルターをあら

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