Name: 沿岸海水試料の少量（1 - 3L）のろ過 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-19T00:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 21 s
Description: 学ぶ沿岸海水の少量ろ過法で微生物バイオマスを収集する手法。海洋環境における微生物多様性の研究に不可欠なこの技術は、生態系の健康評価にも活用されます。

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我々は、沿岸と外洋水の低酸素領域で進行中の研究を支援するためのイノベーション、ブリティッシュコロンビア州の知識開発基金と国立科学およびカナダの工学研究審議会（NSERC）のためのカナダの財団に感謝の意を表します。 DAWはNSERC、キラムとトゥーラ基礎微生物の多様性と進化のための資金を供給センターからの奨学金によって支えられている。

<ol><li> ろ過装置のセットアップ。 <ol><li>フィルタリングの前に、最初のフルボトルから任意の結露を拭うと、それらの重量を量る</li><li>他の上でポンプの一方の側にオートクレーブビン、および廃棄物のフラスコを置きます。 </li><li>その後、オートクレーブビンで完全なサンプルのボトルを置いているが、まだボトルのキャップを外さないでください。 </li><li>チューブのルアー最後はフラスコになるように蠕動ポンプでチューブを渡します。 </li><li>ピンセットを使用して、滅菌25mlのピペットから綿を除去し、チューブのもう一方の端にピペットを取り付ける。 </li></ol></li><li> 海水のろ過 <ol><li>海水のフィルタリングを開始するために、ボトルを開いて、ピペットを挿入する。ポンプの電源を入れ、1にフローの速度を設定します。その水が適切な方向に励起されるように監視します。 </li><li>水の〜100 mlの全体のチューブを通過することができます。 </li><li>ポンプの電源をオフにし、チューブの自由端にオスルアーフィッティングにSterivexフィルタを取り付けます。 </li><li>ない水がボトルに残っていないまでフィルタリングを続けます。 </li></ol></li><li> フィルターの保管 <ol><li>フィルタを保存するには、まず、30〜60ミリリットルの注射器と、残りの水を排出する。 </li><li>パラフィルムでSterivexフィルターの底部をシール。ピペットを用いて、試薬の後に追加するためのフィルタでスペースの〜200μlの維持、フィルターに1.8ミリリットルの溶解バッファーを追加します。 </li><li>その後、パラフィルムの小片でSterivexフィルターの上部をシールし、日付とサンプルの識別とフィルタラベルを付けます。 </li><li> -80あらかじめ標識した50mlファルコンチューブにフィルターを保管° C </li></ol></li><li> クリーンアップ <ol><li>塩酸0.1％含有するフラスコに25mlのピペットを挿入し、ポンプのスイッチをオンにします。 </li><li>塩酸洗浄した後、オートクレーブ水でチューブをリンス。 最後に、測定し、フィルタを通過した水の体積を計算するために、今の空の1Lボトルの質量を記録する。 </li></ol></li></ol> 代表的な結果：各1 Lの水サンプルは、0.22μmのよりも大きいバイオマスを含むものSterivixフィルタを、もたらす。これは、その後のDNA抽出および分析のために溶解バッファーに格納されています。最終結果は、溶解バッファーおよびDNA抽出のための準備に格納されている1リットルの瓶ごとにSterivixフィルタで構成されています。フィルタは、0.22μmを超えるバイオマスが含まれています。フィルタは、° Cの前エドナの抽出に-80℃で保存することができます。

著者らに開示すべき事項はありません。

それ以外の機器を腐食させるという塩水のいずれか残る痕跡を除去するために使用後の湿ったタオルでベンチやポンプを拭うために不可欠です。手順はシンプルですが、時間の要件は、フィルタリングされているサンプルのバイオマスや破片の濃度に応じて豊富なことができます。

<table><tbody><tr><td>ペリスタルティックポンプ</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tygon LFL チュービング</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>ホースクランプ</td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221; パイプアダプター</td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>ポリプロピレン製 プレフィルターハウジング</td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>金属製ルアーフィッティング（ホース端からオスルアーロック）</td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; マグネット</td><td></td><td></td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>3ポート カーボーイキャップ</td><td></td><td></td><td>ろ過装置用</td></tr><tr><td>GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX フィルター</td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>直径 47 mm 2.7 &amp;mu;m GF/D フィルター</td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>溶解バッファー</td><td></td><td></td><td>0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td></td><td></td><td>ろ過後の洗浄用</td></tr><tr><td>オートクレーブ滅菌水</td><td></td><td></td><td>ろ過後の洗浄用</td></tr></tbody></table>

沿岸海水試料の少量（1 - 3l）のろ過

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

ワークフローは、下流の微生物群集のための沿岸海域、栄養素と微量ガス分析の収集から始まります。今日のデモのサンプルについてはサーニッチのインレットでHMSジョンストリックランドの動作のデッキから採取された。このビデオドキュメント少量（〜1L）水柱から微生物バイオマスのろ過。プロトコルは、大量のサンプリングプロトコルつの大きな違いは、前述のの拡張です：ここで、は事前に濾過工程が存在しない、バイオマスのようにすべてのサイズクラスはカットオフフィルター0.22μmの下に収集されます。サンプルは、核酸分析のための理想的なこの方法を集めた。セットアップ、ろ過し、クリーンアップ手順は、それぞれ20〜30分程度かかります。最大8サンプルを同時にフィルタリングすることが、同時に二つの蠕動ポンプを使用している場合。サンプリングの合間にバイオフィルム形成を防止するために、すべてのろ過装置を希HCl及び脱イオン水で洗浄し、使用後すぐにオートクレーブする必要があります。

このビデオドキュメント少量（〜1L）水柱から微生物バイオマスのろ過。

沿岸海水試料の少量（1 - 3L）のろ過

ワークフローは、まず、その後の微生物コミュニティ、栄養塩、および微量ガスの分析に用いるための沿岸海水の採取から始まります。本日の...

こんにちは。ブリティッシュコロンビア大学微生物学・免疫学部、Steven Hallam研究室のDavid Walshです。本日は、微生物バイオマスの回収を目的に、少量の海水をろ過する手順について解説します。当研究室では、海洋環境における微生物の多様性を研究するためにこの手法を用いています。それでは始めましょう。ろ過を行う前に、まずボトルに付着した結露を拭き取り、重量を量ります。ポンプの片側にオートクレーブ用ビンを、もう一方側にオートクレーブ用ビンに入れた廃液フラスコを配置します。次に、サンプルの入ったボトルをオートクレーブ容器に入れます。ただし、ボトルのキャップはまだ外さないでください。チューブをペリスタルティックポンプに通し、チューブのルアー端がビーカーの中に入るようにします。ピンセットを使用して、滅菌済みの25 milliliterピペットから綿を取り除き、ピペットをチューブのもう一方の端に取り付けます。海水のろ過を開始するには、ボトルを開けてピペットを挿入します。ポンプのスイッチを入れ、流量を1に設定し、水が正しい方向にポンプで送られていることを確認してください。約100 millilitersの水をチューブ全体に通します。ポンプの電源を切り、チューブの自由端にあるオスルアーフィッティングにstev Xフィルターを取り付け、フィルターを廃液フラスコに挿入します。ポンプの電源を入れ、流速を1に設定します。ボトルの中に水がなくなるまでろ過を続けます。フィルターを保存するには、まず 30 to 60 milliliter のシリンジを使用して、残っている水をすべて排出してください。ピペットを用いて、フィルターに1.8 mLの溶解バッファーを加えます。この際、フィルター内に約200 µLの空きスペースを残してください。後で試薬を追加できるよう、フィルターの上下を小さなパラフィルムで密閉し、日付とサンプル識別情報を記入します。ラベルを貼った50 mL Falconチューブに入れ、-80 °Cでフィルターを保存します。25 mLピペットを0.1%塩酸の入ったフラスコに挿入し、ポンプのスイッチを入れます。塩酸での洗浄後、チューブをオートクレーブ済み滅菌水ですすぎます。最後に、フィルターを通過した水の量を算出するため、空になった1 Lボトルの質量を測定し、記録します。1 Lの水サンプルから、0.2 µm以上のバイオマスを含むXフィルターが1枚得られます。これは、後のDNA抽出のために溶出バッファーに保存されます。抽出および分析用のフィルターは、eDNA抽出まで-80 °Cで保存することが可能です。海水バイオマスの回収のための小容量ろ過プロトコルについて実演しました。この手順を行う際は、使用後に湿ったタオルでベンチやポンプを拭き取り、残留した塩水を完全に取り除くことが重

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