Name: トマトアナライザ：2次元オブジェクトからの正確で詳細な形態学的および測色データを収集するために有用なソフトウェアアプリケーション (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-03-16T16:30:00.000+00:00
Duration: 15 min 25 s
Description: 学ぶトマトアナライザを用いた果実形態と測色データの収集法。スキャン画像から37の形状属性とRGB・L*a*b*色空間の色パラメータを半自動で定量化し、遺伝研究や育種プログラムを支援する。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

この研究は、国立科学財団（DBI 0227541）によってサポートされていました。

<ol><li>Brewer, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+a+controlled+vocabulary+and+software+application+to+analyze+fruit+shape+variation+in+tomato+and+other+plant+species%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Development of a controlled vocabulary and software application to analyze fruit shape variation in tomato and other plant species.</a> Plant Physiol. 141 (1), 15-25 (2006).</li>
<li>Gonzalo, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tomato+Fruit+Shape+Analysis+Using+Morphometric+and+Morphology+Attributes+Implemented+in+Tomato+Analyzer+Software+Program%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+for+Horticultural+Science%22%5BJournal%5D)">Tomato Fruit Shape Analysis Using Morphometric and Morphology Attributes Implemented in Tomato Analyzer Software Program.</a> Journal of the American Society for Horticultural Science. 134 (1), 77-87 (2009).</li>
<li>Darrigues, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tomato+analyzer-color+test%3A+A+new+tool+for+efficient+digital+phenotyping%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+for+Horticultural+Science%22%5BJournal%5D)">Tomato analyzer-color test: A new tool for efficient digital phenotyping.</a> Journal of the American Society for Horticultural Science. 133 (4), 579-586 (2008).</li>
<li>Brewer, M. T., Moyseenko, J. B., Monforte, A. J., van der Knaap, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Morphological+variation+in+tomato%3A+a+comprehensive+study+of+quantitative+trait+loci+controlling+fruit+shape+and+development%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Morphological variation in tomato: a comprehensive study of quantitative trait loci controlling fruit shape and development.</a> J Exp Bot. 58 (6), 1339-1349 (2007).</li>
<li>Gonzalo, M. J., Knaap, E. vander <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comparative+analysis+into+the+genetic+bases+of+morphology+in+tomato+varieties+exhibiting+elongated+fruit+shape%5BTitle%5D)+AND+%22Theor+Appl+Genet%22%5BJournal%5D)">A comparative analysis into the genetic bases of morphology in tomato varieties exhibiting elongated fruit shape.</a> Theor Appl Genet. 116 (5), 647-656 (2008).</li>
<li>Rodríguez, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity+of+SUN%2C+OVATE+and+FAS+in+the+tomato+germplasm+and+their+effect+on+fruit+morphology+%28in+preparation%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Diversity of SUN, OVATE and FAS in the tomato germplasm and their effect on fruit morphology (in preparation.</a> , Forth Coming Forthcoming.</li>
<li>Wu, S. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Masters%22">Masters Thesis</a>. , The Ohio State University. (2009).</li>
<li>Orsi, C. H., Tanksley, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+variation+in+an+ABC+transporter+gene+associated+with+seed+size+evolution+in+tomato+species%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Natural variation in an ABC transporter gene associated with seed size evolution in tomato species.</a> PLoS Genet. 5 (1), e1000347-e1000347 (2009).</li>
<li>Yue, B., Cai, X., Yuan, W., Vick, B., Hu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+quantitative+trait+loci+%28QTL%29+controlling+seed+morphology+and+disk+diameter+in+sunflower+%28Helianthus+annuus+L%29%5BTitle%5D)+AND+%22Helia%22%5BJournal%5D)">Mapping quantitative trait loci (QTL) controlling seed morphology and disk diameter in sunflower (Helianthus annuus L).</a> Helia. 32, 17-35 (2009).</li>
<li>Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Theoretical+Basis+for+Separation+of+Multiple+Linked+Gene+Effects+in+Mapping+Quantitative+Trait+Loci%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Theoretical Basis for Separation of Multiple Linked Gene Effects in Mapping Quantitative Trait Loci.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 90 (23), 10972-10976 (1993).</li>
<li>Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Precision+Mapping+of+Quantitative+Trait+Loci%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Precision Mapping of Quantitative Trait Loci.</a> Genetics. 136 (4), 1457-1468 (1994).</li>
<li>Jiang, C. J., Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiple-Trait+Analysis+of+Genetic-Mapping+for+Quantitative+Trait+Loci%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Multiple-Trait Analysis of Genetic-Mapping for Quantitative Trait Loci.</a> Genetics. 140 (3), 1111-1127 (1995).</li>
<li>International Plant Genetic Resources Institute. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22IPGRI+Descriptors+for+Tomato+%28Lycopersicon+spp.%29%22">IPGRI Descriptors for Tomato (Lycopersicon spp.)</a>. , Roma, Italy. 47-47 (1996).</li>
<li>International Union for the Protection of New Varieties of Plants. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22UPOV+Guidelines+for+the+Conduct+of+Tests+for+Distinctness%2C+Uniformity%2C+and+Stability.+TOMATO+%28Lycopersicon+Lycopersicum+%28L.%29+Karsten+Ex+Farw.%29%22">UPOV Guidelines for the Conduct of Tests for Distinctness, Uniformity, and Stability. TOMATO (Lycopersicon Lycopersicum (L.) Karsten Ex Farw.)</a>. , Geneva. 51-51 (2001).</li>
<li>Depypere, L., Chaerle, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stony+endocarp+dimension+and+shape+variation+in+Prunus+section+Prunus%5BTitle%5D)+AND+%22Annals+of+Botany%22%5BJournal%5D)">Stony endocarp dimension and shape variation in Prunus section Prunus.</a> Annals of Botany. 100 (7), 1585-1597 (2007).</li>
<li>Depypere, L., Chaerle, P., Breyne, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P., P, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+combined+morphometric+and+AFLP+based+diversity+study+challenges+the+taxonomy+of+the+European+members+of+the+complex+Prunus+L.+section+Prunus.+%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+systematics+and+evolution%22%5BJournal%5D)">A combined morphometric and AFLP based diversity study challenges the taxonomy of the European members of the complex Prunus L. section Prunus. </a> Plant systematics and evolution. 279 (1-4), 219-231 (2009).</li>
<li>Xiao, H., Jiang, N., Schaffner, E., Stockinger, E. J., van der Knaap, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+retrotransposon-mediated+gene+duplication+underlies+morphological+variation+of+tomato+fruit%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A retrotransposon-mediated gene duplication underlies morphological variation of tomato fruit.</a> Science. 319 (5869), 1527-1530 (2008).</li>
</ol>

植物器官の形態と色の高スループットと正確な評価は、その定量的な性質と、しばしば主観的な定量化が困難です。 TAは、高スループットと半自動の方法でいくつかの果実形態と比色特性の客観的かつ正確な測定を提供します。 TAの有用性は、2,4,5 QTLトマト果実の形状の同定につながった研究で実証されている。さらに、cultivars6の分類と種の群の分類は、TA 15,16の出力を用いて評価されています。細長い果実17のトマト果実の形状の遺伝子のSUNの結果の高発現。 TAを使用して、葉と子葉の形状は、アプリケーションが同様に他の植物器官の形態を測定するために効果的に使用できることを実証する、ハイレベル7に日を表す線で決定されたものです。また、TAは、トマトやヒマワリ8,9における種子の大きさの遺伝的基礎を識別するのに決定的に重要であった。最後に、TAに実装されたカラーテストモジュールは、トマトの果実の色を分析する他の方法よりも精密かつ正確に、そして安価です。要約すると、TAは、植物の器官の形態と色変化の客観性と信頼性評価のための重要なツールとなっています。

トマトアナライザ：2次元オブジェクトからの正確で詳細な形態学的および測色データを収集するために有用なソフトウェアアプリケーション

Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects

客観的かつ再現可能な方法で野菜や果物の収穫の果実形態と色特性を測定することはこれらの特性の詳細な表現型の解析に重要です。トマトアナライザー（TA）は、半自動と再現可能な方法の1,2に二次元形状に関連する37の属性を測定するソフトウェアプログラムです。 、そのようなインデントの果物と地域の遠位および近位端部の角のような、これらの属性の多くは、手動で定量化が困難です。基本的な測定、果形指数、ブロックノイズ、均一性、近位フルーツ先端形状、遠位フルーツ先端形状、非対称、内部離心率、緯度セクションおよび形態計測学：属性は、ソフトウェア内の10のカテゴリーに整理されています。最後のカテゴリは、事前の知識も図形の属性の所定の概念のどちらを必要とするので、形態学的分析では、属性の分析よりも優れたハイスループット分析に適応することが公正なオプションを提供しています。 TAはまた、スキャンした画像から色の測定値を収集し、色の基準3を使用して校正するデバイスをスキャンできるように設計されたカラーのテストアプリケーションを提供しています。 TAは、shape属性、形態学的、および色のデータをエクスポートして分析するためにいくつかのオプションが用意されています。データは、バッチモードでExcelファイルにエクスポート（100以上の画像を一度に）または個々の画像としてエクスポートすることができます。ユーザーは、各画像内のオブジェクトの各属性（標準偏差を含む）、または画像上の各オブジェクトの属性値を表示する出力の平均値を表示する出力を選択することができます。 TAは、トマト果実の形状量的形質遺伝子座（QTL）のほか、詳細な植物形態学上の重要なフルーツの形の遺伝子の効果の分析を行うことをindentifyingと確認のために貴重かつ効果的なツールとなっている。また、TAは、客観的に様々な形状のカテゴリーに果物を分類するために使用することができます。最後に、他の植物種だけでなく、葉や種子などの他の植物器官における果実の形状と色の特徴は、TAで評価することができます。

トマトアナライザー（TA）は、再現性と正確な方法で二次元の形状と色の属性を定量化する。トマト果実の高品質デジタル化画像を、このソフトウェアを介して生成されたデータを使用して、これらの画像やいくつかのアプリケーションの形態と色の分析を得るためのステップバイステップの手順が説明されています。

野菜および果樹作物の果実の形態および色特性を、客観的かつ再現可能な方法で測定することは、詳細な表現型解析において重要である。

tomato-analyzer-useful-software-application-to-collect-accurate

Research

JoVE Journal

Biology

生物学

ネイティブに近い状態の細菌細胞の超微細構造を研究するために電子cryotomography（ECT）を使用する方法を私たちは、"高分子"（〜4...

細菌細胞の電子Cryotomography

我々は、単一細胞の三次元共焦点蛍光から取ら未定義形状の形態の変化を測定するためにImaris神経科学、ImarisXTとMATLABを利用したソフトウェアプラットフォームを開発しました。この新しいアプローチは、受容体活性化に続く細胞形状の変化を定量化するため、創薬のための可能な追加ツールを表すために使用することができます。...

三次元蛍光画像から細胞形態の変化を定量分析ツール

高分解能X線CT（HRCT）が3Dで植物の血管系の構造と機能を研究するために使用することができる非破壊画像診断法である。我々は、HRCTは植物組織や種の広い範囲にわたって木部ネットワークの探索を容易にする方法を示しています。...

プラントの脈管構造の三次元構造と機能を可視化するために、高分解能CTを用いた

我々は高速3D生細胞の蛍光顕微鏡および高分解能低温電子断層撮影法を組み合わせた相関顕微鏡法を記載している。我々はダイナミックイメージング、宿主HeLa細胞との相互作用小HIV-1粒子による相関法の能力を実証する。...

ダイナミックな相互作用の3次元構造解析のための相関顕微鏡

我々は、分子機械のその場構造で高解像度を決定するために、ハイスループット低温電子断層撮影法を利用する方法のプロトコルを提示します。プロトコルは、処理すべき大量のデータを可能にし、一般的なボトルネックを回避し、ユーザは、重要な生物学的問題に集中することができ、リソースのダウンタイムを減少させます。...

Tomoautoの使用：ハイスループット自動クライオ電子断層撮影のためのプロトコル

マイクロコンピュータ断層撮影を用いた開発のあらゆる段階で、無傷の ショウジョウジョウバエメラノガスター...

微小断層撮影による ショウジョウバエメラノガスター の動物全体イメージング

配列断層撮影サンプルとして使用するための大きな転写サポートに関するシリアルセクションのリボンの作成と、走査型電子顕微鏡での自動イメージング手順について説明します。このプロトコルにより、局所的なまれな事象のスクリーニング、検索、および標的画像処理、および大量のデータ量の取得が可能になります。...

走査型電子顕微鏡を用いたボリューム情報の標的取得のためのアレイ断層化ワークフロー

ここでは、クライオ軟X線断層撮影法(SXT)で凍結保存細胞全体の超構造を25nmハーフピッチの分解能で画像化するために必要なサンプル調製およびデータ収集ステップを説明するプロトコルを提示する。...

クライオ軟X線断層撮影による細胞の3D地図作成記述

本プロトコルは、Tomo5を用いた高分解能クライオ電子線トモグラフィー遠隔データ収集と、その後のデータ処理およびemClarityを用いたサブトモグラム平均化について記述する。アポフェリチンは、2.86...

クライオ電子線トモグラフィー遠隔データ収集とサブトモグラム平均化

低コヒーレンスホロトモグラフィーを使用したオルガノイドの高解像度、ラベルフリー、3次元イメージングのための段階的なプロトコルを提示します。このプロトコルは、オルガノイド培養の調製、画像取得、および計算画像解析を詳細に説明し、生きたオルガノイドの構造ダイナミクスと薬物応答のリアルタイムの視覚化を可能にします。...

低コヒーレンスホロトモグラフィーによる腸管オルガノイドのラベルフリー、高解像度3Dイメージングおよび機械学習解析

学ぶトマトアナライザを用いた果実形態と測色データの収集法。スキャン画像から37の形状属性とRGB・L*a*b*色空間の色パラメータを半自動で定量化し、遺伝研究や育種プログラムを支援する。

トマトアナライザ：2次元オブジェクトからの正確で詳細な形態学的および測色データを収集するために有用なソフトウェアアプリケーション

さらに動画を探す