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細胞の発電所として知られる細胞質細胞小器官であるミトコンドリアは、がんの進行中に劇的な構造的および機能的変化を起こします。
ミトコンドリアを分離するには、きれいな癌組織をガラス皿に入れ、細かく刻みます。ピースをミトコンドリア単離バッファーを含むチューブに移します。サンプルを均質化して細胞を破壊し、細胞小器官を含む内容物を放出します。
混合物を低速で遠心分離します。これにより、核、組織破片、無傷の細胞などの密度の高い成分がペレット化され、ミトコンドリア、ミクロソーム、ペルオキシソーム、リソソームなどの密度の低い成分が上清に残ります。上清を回収し、高速で遠心分離します。ミクロソームは比較的軽いため、上清に残りますが、粗ミトコンドリア含有画分は底でペレット化します。
上清を除去し、ペレットを適切な密度勾配培地に再懸濁します。粗ミトコンドリア画分を異なる密度媒体内に層状にし、密度を下から上に降順に配置することにより、不連続な密度勾配を設定します。非常に高速で遠心分離します。細胞小器官は管内で分離し、相対密度に基づいて平衡位置を採用します。ペルオキシソームとリソソームを含む密度培地間の界面に形成されたミトコンドリア画分を収集します。
この手順を開始するには、テキストプロトコルに概説されているように、250ミリリットルのミトコンドリア単離バッファーを準備します。約1.5グラムの卵巣がん組織を清潔なガラス皿に入れます。2ミリリットルの予備冷却ミトコンドリア分離バッファーを加えて、組織表面から血液を軽く洗い流します。この洗浄を3回繰り返します。
次に、清潔な眼科用ハサミを使用して、組織を完全に約1立方ミリメートルの断片に切り刻み、細かく刻んだ組織を50ミリリットルの遠心分離管に移します。ナガルセを含むミトコンドリア単離バッファーを13.5ミリリットル/ミリリットルあたり0.2ミリグラムの濃度で添加します。電気ホモジナイザーを使用して、みじん切りにした組織を摂氏4度で2分間均質化します。
この後、さらに3ミリリットルのミトコンドリア単離バッファーを組織ホモジネートに加え、ピペッティングでよく混合します。調製した組織ホモジネートを1,300 x g および摂氏4度で10分間遠心分離します。ペレットを取り出し、上清を保持します。
次に、上清を10,000 x g、摂氏4度で10分間遠心分離します。ミクロソーム含有上清を取り除き、ペレットを保持します。2ミリリットルのミトコンドリア単離バッファーを加え、軽いピペッティングでペレットを完全に再懸濁します。
このペレット懸濁液を7,000 x g、摂氏4度で10分間遠心分離します。上清を捨て、粗ミトコンドリアを含むペレットを残します。12ミリリットルの25%密度勾配培地を加えて、抽出した粗ミトコンドリアを再懸濁します。テキストプロトコルに概説されているように、再懸濁した粗ミトコンドリアを含む不連続な密度勾配を作成し、52,000 x gおよび摂氏4度で90分間遠心分離します。
長くて鈍いシリンジを使用して、精製されたミトコンドリアを25%と30%のグラジエント培地の間の界面に収集し、これをきれいなチューブに移します。収集したミトコンドリアにミトコンドリア単離バッファーを加えて、3倍の容量に希釈します。15,000 x g で摂氏 4 度で 20 分間遠心分離します。上清を捨て、ペレットを保管します。精製されたミトコンドリアを含む最終的なペレットを収集し、摂氏マイナス20度で保管します。