PCR産物のフラグメントサイジングのためのマイクロ流体キャピラリー電気泳動:サイズに基づいてDNAフラグメントを分離するためのマイクロチップベースの電気泳動分離技術

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マイクロ流体電気泳動は、微小毛細血管内の異なるサイズのDNA断片を分離する技術です。

まず、ゲルベースのポリマーと蛍光色素、DNAサンプル、および既知の分子量DNAラダーの混合物用に指定されたウェルを備えたマルチウェルマイクロ流体チップを取ります。これらの井戸は、マイクロチャネルのネットワークを介して相互接続されています。

ゲル染料混合物を割り当てられたウェルに分配します。空のシリンジがあらかじめ取り付けられたプライミングステーションにチップを組み立てます。シリンジプランジャーを押し下げ、圧力を加えてゲル色素混合物を分離マイクロチャネルに押し込みます。

チップを取り除き、他の成分をそれぞれのウェルにピペットで入れます。マーカー(サンプルサイズを校正する内部標準物質)をラダーとサンプルを含むウェルに追加します。

マイクロチップをフラグメント分析装置に挿入して、チップを実行します。内部に入ると、印加された電圧が電気泳動力を発生させ、サンプルをウェルからサンプルローディングマイクロチャネルに駆動し、そこからこのチャネルと分離チャネルの間の交点に到達します。電流は、サンプルが分離マイクロチャネルに入るのに役立ちます。

蛍光色素分子は、分子サイズに対して異なる電気泳動速度で陽極に向かって移動する負に帯電したDNAフラグメントをインターカレートします-小さなフラグメントは大きなフラグメントよりも速く移動します。その結果、フラグメントは蛍光を発する異なるサイズのバンドに分離します。

レーザーベースの検出器は、各バンドの蛍光を測定し、異なるサイズのDNAを明確なピークとして表示する電気フェログラムとして記録します。

開始する前に、DNA色素濃縮物、DNAゲルマトリックス、DNAマーカー、DNAラダー、および精製されたDNAサンプルを室温に戻します。シリンジを交換し、ベースプレートを調整してプライミングステーションをセットアップします。次に、シリンジクリップのレバーを放し、上部の位置までスライドさせます。

サイジングソフトウェアを起動し、ゲル染料混合物を準備します。染料濃縮液を10秒間渦巻きさせ、回転させます。次に、25マイクロリットルの染料をゲルマトリックスバイアルに加え、溶液をボルテックスして混合します。

ゲル染料混合物をスピンフィルターに移します。遠心分離機に入れ、1,500倍gで10分間回転させます。ゲル色素混合物をロードする準備ができたら、新しいDNAチップをプライミングステーションに挿入し、「G」のマークが付いたウェルに9マイクロリットルのゲル色素混合物を加えます。

プライミングステーションを閉じ、プランジャーが1ミリリットルのマークに配置されていることを確認します。シリンジプランジャーがクリップで保持されるまで押し下げます。ちょうど 30 秒待ってから、クリップを放します。さらに5秒待ってから、プランジャーをゆっくりと1ミリリットルの位置に戻します。

プライミングステーションを開き、「G」のマークが付いたウェルに9マイクロリットルのゲル染料混合物を加えます。ラダー記号でマークされたウェルと、12個のサンプルウェルのそれぞれに5マイクロリットルのマーカーを追加します。

はしご記号の付いたウェルに1マイクロリットルのラダーを加え、サンプルウェルに1マイクロリットルのPCR産物または水を加えます。チップを 1 分間 2,400 RPM まで渦巻きます。バイオアナライザーに挿入し、5分以内にチップを実行します。