CyVerseリソースの活用

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2017年5月9日

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2017年5月9日

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このプロトコルは、初心者のバイオインフォマティシャンのための比較de novoトランスクリプトームアセンブリとアノテーションワークフローの概要を示しています。このワークフローは、CyVerse を通じて完全に無料で利用でき、データストアによって接続されています。コマンドラインとグラフィカルユーザーインターフェイスが使用されますが、必要なすべてのコードをコピーして貼り付けることができます。

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デノボトランスクリプトーム解析

Chapters in this video

0:05

タイトル

1:03

プロジェクトの設定、生シーケンシングリードのアップロード、およびFastQCを用いたリードの評価

3:31

生リードのトリミングおよびクオリティフィルタリングによる高品質シーケンスの取得

4:32

AtmosphereにおけるTrinityを用いたde novoトランスクリプトームアセンブリ

6:42

DEにおけるDESeq2を用いたペアワイズ差分的発現解析

7:38

結果:FastQCおよびrnaQUASTレポート

9:24

結論

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