CyVerseリソースの活用
10.1K 閲覧数
•
被引用数 7
•
10:41 分
•
2017年5月9日
DOI :10.3791/55009-v
2017年5月9日
•10.1K 閲覧数
Blake L. Joyce1,2 , Asher K. Haug-Baltzell3 , Jonathan P. Hulvey4 , Fiona McCarthy5 , Upendra Kumar Devisetty1,6 , Eric Lyons1,2,3
1BIO5 Institute, University of Arizona, 2The School of Plant Sciences, University of Arizona, 3Genetics GIDP, University of Arizona, 4Biology Department, University of Massachusetts Amherst, 5School of Animal and Comparative Biomedical Sciences, University of Arizona, 6CyVerse, University of Arizona
このプロトコルは、初心者のバイオインフォマティシャンのための比較de novoトランスクリプトームアセンブリとアノテーションワークフローの概要を示しています。このワークフローは、CyVerse を通じて完全に無料で利用でき、データストアによって接続されています。コマンドラインとグラフィカルユーザーインターフェイスが使用されますが、必要なすべてのコードをコピーして貼り付けることができます。
Chapters in this video
0:05
Title
1:03
Set Up the Project, Upload Raw Sequencing Reads, and Assess Reads Using FastQC
3:31
Trim and Quality Filter Raw Reads to Yield High Quality Sequence
4:32
De Novo Transcriptome Assembly Using Trinity in Atmosphere
6:42
Pairwise Differential Expression Using DESeq2 in the DE
7:38
Results: FastQC and rnaQUAST Reports
9:24
Conclusion
Related Videos
著作権 © 2026 MyJoVE Corporation. 無断転載を禁じます。