Bidirectional Retroviral Integration Site PCR Methodology and Quantitative Data Analysis Workflow

Gajendra W. Suryawanshi; Song Xu; Yiming Xie; Tom Chou; Namshin Kim; Irvin S. Y. Chen; Sanggu Kim

doi:10.3791/55812

ジャーナル

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遺伝学

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双方向レトロウイルスの統合サイトPCRの方法論と定量的データ解析ワークフロー

Bidirectional Retroviral Integration Site PCR Methodology and Quantitative Data Analysis Workflow

JoVE Journal
遺伝学

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JoVE Journal 遺伝学

Bidirectional Retroviral Integration Site PCR Methodology and Quantitative Data Analysis Workflow

双方向レトロウイルスの統合サイトPCRの方法論と定量的データ解析ワークフロー

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12:53 min

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June 14, 2017

DOI:

10.3791/55812-v

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10.3791/55812-v

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12:53 min

June 14, 2017

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Gajendra W. Suryawanshi*^1,2, Song Xu*³, Yiming Xie¹, Tom Chou³, Namshin Kim⁴, Irvin S. Y. Chen^1,5, Sanggu Kim⁶

¹UCLA AIDS Institute,University of California at Los Angeles (UCLA)²Department of Microbiology, Immunology, & Molecular Genetics,University of California at Los Angeles (UCLA)³Departments of Biomathematics and Mathematics,University of California at Los Angeles (UCLA)⁴Personalized Genomic Medicine Research Center, Division of Strategic Research Groups,Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology ⁵医学部,University of California at Los Angeles (UCLA)⁶Department of Veterinary Biosciences, College of Veterinary Medicine,The Ohio State University (OSU)

概要

この原稿では、上流および下流のベクター - 宿主接合DNAを同時に解析できる双方向インテグレーションサイトアッセイの実験手順とソフトウェア解析について説明します。双方向PCR産物は、任意の下流の配列決定プラットフォームに使用することができる。得られたデータは、統合されたDNA標的の高スループット、定量的比較に有用である。