2018年8月24日
このプロトコルは固体媒体で線虫の大規模栽培の方法をについて説明します。液体培養する代わりに、このプロトコルは、栽培プレート ベースの異なるスケールのパラメーターを取得できます。これは、液体と固体のメディア文化の形態と代謝の違いを省略することで結果の比較可能性を向上します。
C.elegansの分野では、この方法は、プレート培養を使用して大規模な線虫の集団とサンプルを作製する必要がある主要な質問に答えるのに役立ちます。このプロトコルの主な利点は、確立が容易であることと、落とし穴やアプリケーションを含む説明のしやすさです。線虫の同期集団を得た後、約1ミリリットルのM nine緩衝液をプレートに加え、プレートを振ることにより緩衝液を慎重に分配する。
この後、線虫を15ミリリットルのチューブに集めます。次に、チューブを反転させ、顕微鏡を使用して線虫の密度を評価します。必要に応じて懸濁液の密度を調整し、顕微鏡下で評価を続けます。
150マイクロリットルの懸濁液を、ピペットチップを変更したプレートに直接塗布します。プレート間で線虫が均等に分布するように、懸濁液のチューブを一定の間隔で反転させます。まず、改良したピペットチップを使用して、約500マイクロリットルのM nineバッファーで線虫を洗浄します。
同じ緩衝液を使用して、ほとんどの動物が懸濁液で収集されるまで線虫の剥離を続けます。次に、ピペットチップを修正した線虫を取り込み、OP50でプレートに移します。改良されたピペットチップは、直径が大きいため、せん断応力と線虫への損傷を軽減します。
次に、プレートを乾かします。サンプルを収集する前に、収集した線虫をスナップフリーズするための液体窒素を準備します。次に、M nine buffer を氷の上に置きます。
各プレートに1ミリリットルのMナインバッファーを塗布し、各プレートを静かに渦巻いて洗浄します。次に、M nineバッファーの容量を取り、新しい15ミリリットルチューブに移します。チューブを800 gで短時間遠心分離してから、M nineバッファーの大部分を取り出します。
次に、サンプルを10ミリリットルのMナインバッファーで3回洗浄して、細菌を取り除きます。ガラスピペットを使用して、各ペレットを空の1.5ミリリットルチューブに移します。ガラスピペットを使用して、ピペットの壁から線虫をすすぐために、2番目の1.5ミリリットルチューブから1ミリリットルのMナインバッファーを取り出します。
次に、15ミリリットルのチューブから残りの線虫を洗い流し、サンプルチューブに移します。次に、サンプルチューブを19, 000倍gで1分間遠心分離し、できるだけ多くの上清を除去します。次に、各チューブをパラフィンフィルムで密封し、すぐに液体窒素でスナップフリーズします。
ライセートが調製されるまで、チューブをマイナス80°Cで保管します。各凍結サンプルに、同量の0.5 mm酸化ジルコニウムビーズと、2 倍の容量のライセートバッファーとプロテイナーゼ阻害剤カクテルを添加します。次に、チューブを速度9で1分間ホモジナイザーに入れます。
サンプルを摂氏4度で30分間、19, 000倍g遠心分離します。最後に、上清を氷上の新しいチューブに移し、将来の実験のために摂氏マイナス80度で保存します。このプロトコールでは、糖尿病研究への応用のために大量のC.elegansを培養しました。
収集された線虫の数は、ライセートのタンパク質収量と相関しており、このプロトコルを使用して再現性のある定量的タンパク質単離を達成できることを実証しています。ここでは、反応性代謝物であるメチルグリオキサールと、メチルグリオキサール曝露によって形成される終末糖化産物の質量分析を示します。グルコース処理された線虫と対照を比較しました。
ピペットを介して線虫を移すと、せん断応力が発生し、線虫に害を及ぼす可能性があります。ピペットで移動させた線虫および金属線で転写した線虫の酸化ストレスレベルは、このプロトコルを使用しても差がなかった。この手順に続いて、プロテオミクスにおける追加の質問に答えるために、ウェスタンブロットなどの他の方法を実行することができます。
また、このプロトコルは、複数のパラメータを同じ母集団に関連付ける実験を容易にします。
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このプロトコルでは、固体培地を用いたCaenorhabditis elegansの大規模培養法について説明します。この手法により、大量の線虫集団およびサンプルの調製が可能となり、結果の比較可能性が向上します。
C. elegansの大規模培養により、糖尿病関連バイオマーカー探索のための再現性のある定量的なタンパク質単離が可能となり、神経変性合併症における標的バリデーションを支援します。本手法は、AGEsおよびROSのプロテオーム解析に向けた、スケールアップ可能でせん断ストレスを最小限に抑えたワークフローを提供し、初期段階の創薬におけるメカニズム的なリスク低減に直接的に適用できます。制御された条件下で同期化した個体群の調製を容易にすることで、糖尿病病理の前臨床モデルにおける予測の信頼性を高めます。
本手法は、仮説検証からリード化合物の同定、そして前臨床的に検証に至るまでのディスカバリー・コンティニュアム(創薬の連続的プロセス)に位置付けられており、特に糖尿病に関連する神経変性研究を支援します。