High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions

Andr&#233; Nicolau Aquime Gon&#231;alves; Vanessa Escolano Maso; &#205;caro Maia Santos de Castro; Amanda Pereira Vasconcelos; Rodrigo Luiz Tomio Ogava; Helder I Nakaya

doi:10.3791/62324

JoVE Journal
Immunology and Infection
Author Produced

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Immunology and Infection

High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions

宿主と病原体の相互作用を調するためのハイスループットトランスクリプトーム解析

Full Text

4,812 Views

14:58 min

March 5, 2022

DOI: 10.3791/62324-v

André Nicolau Aquime Gonçalves^1,2, Vanessa Escolano Maso³, Ícaro Maia Santos de Castro^2,3, Amanda Pereira Vasconcelos³, Rodrigo Luiz Tomio Ogava^2,3, Helder I Nakaya^2,3,4

¹Laboratory of Pathology of Infectious Diseases, Department of Pathology, Medical School,University of São Paulo, ²Scientific Platform Pasteur USP, ³Department of Clinical and Toxicological Analyses, School of Pharmaceutical Sciences,University of São Paulo, ⁴Hospital Israelita Albert Einstein

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

ここで示すプロトコルは、高度な統計分析アプローチへの品質管理と前処理のステップを含む、生の読み取りから機能分析までのRNAシーケンシングトランスクリプトームデータを分析するための完全なパイプラインを説明しています。

宿主と病原体の相互作用を調査するためのハイスループットトランスクリプトーム分析のプロトコルへようこそ。このプロトコルは、次の手順で分かれています。品質管理は、低品質の読み取りをフィルタリングし、アダプターシーケンスのシーケンスシーケンスを削除し、注釈を削除します。

統計的および共発現解析は、微分発現遺伝子を定義し、共発現モジュールを見つける。潜在的な外れ値サンプルを見つけるために摂動分析の分子程度。そして最後に、機能解析により、遺伝子の発現の生物学的機能を決定する。

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos

Explore More Videos

免疫学と感染症問題181 ハイスループットシーケンシング RNA-seq 宿主病原体相互作用微分発現遺伝子共発現遺伝子機能解析サンプルの分子摂動度