Name: アプタマーアフィニティービーズを使用したグラム陰性菌のフロースルー分離のためのマイクロ流体音響泳動 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-10-17T13:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 8 s
Description: 学ぶマイクロ流体音響泳動を用いたグラム陰性菌の高速分離法。アプタマー修飾マイクロビーズにより非接触で高効率な細菌分離を実現し、医療・環境サンプルへの応用が可能です。

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この研究は、韓国政府(科学情報化部)の資金提供を受けた韓国国立研究財団(NRF)の助成金によって支援されました。(いいえ。NRF-2021R1A2C1011380)

1. マイクロ流体音響泳動チップ設計
メモ:図1は、音響泳動によるマイクロチャネルからのターゲットマイクロビーズの分離と収集の概略 図 を示しています。マイクロ流体音響泳動チップは、CADプログラムを使用して設計されています。
<ol><li>細菌の大きさに対応するアプタマー修飾ビーズとストレプトアビジン被覆ポリスチレン(PS)ビーズの混合物を使用して、デバイスの分離性能を検討するマイクロ流体音響泳動チップを設計します。</li>
	<li>ターゲット出口でPSビーズを収集し、PSサンプル混合物をサンプル入口に注入した後、出口を通って残りを廃棄するマイクロ流体音響泳動チップを設計します( 図2 および 表1を参照)。 メモ:この目的のために、音響流体チップは、サンプルとバッファを注入するための2つのインレット、マイクロビーズを中央に整列させるための圧電トランスデューサ(PZT)が取り付けられたメインチャネル、およびサンプルが収集され、廃棄物が排出される2つのアウトレットで構成されるように設計されています(図3A)</li>
	<li>マイクロビーズ、バッファー、バクテリア、アプタマーがメインチャネルを通過し、PZTによって誘導されるチップ内音響泳動を介してマイクロビーズが中央に整列するマイクロ流体音響泳動チップを設計します(図3B、C)</li>
</ol>2. マイクロ流体音響泳動チップ製造
メモ: 図 3A、B に示すように、ホウケイ酸ガラス - シリコン層、シリコン層、ホウケイ酸ガラス層、および PZT 層の 4 つの層を次の順序で組み立てます。
<ol><li>ポリエーテルエーテルケトン(PEEK)チューブを接続するための入口と出口にサンドブラスト17 で直径2mmの穴を開けたホウケイ酸ガラス(最上層)を用意する。ホウケイ酸ガラスは、20 × 80 × 0.5 mm3を測定します。</li>
	<li>フォトレジストを用いて形成した断面積0.2~0.2mm2のマイクロチャネルと、ディープリアクティブイオンエッチング(RIE)18で得られたシリコンパターンと×厚さ200μmのシリコンチャネル層を作製した。反応性イオンエッチング中に、サンプルおよびバッファー入口チャネル、および収集および廃棄物出口チャネル用に直径 1 mm の穴を開けます。 メモ:ここで、イオンエッチングはRIEプロセスを使用してマイクロチャネルを形成します。シリコンチャネル層用のシリコンウェーハ上にフォトレジストをチャネル状に塗布した。PR被覆シリコンウェーハを、フッ素18に13.56Mhzを印加して生成したプラズマでエッチングした。</li>
	<li>工程2.2で作製したシリコン層(20×80×0.5mm3)の上下の層(20×80×0.5mm3)を工程2.1のホウケイ酸ガラスに接合し、19の1,000V、400°Cで陽極酸化処理して第3のホウケイ酸ガラス層を設けたチップを作製した。</li>
	<li>シアノアクリレート接着剤(10μL以下)を使用して、マイクロ流体チャネルに沿ってホウケイ酸ガラス層にPZT(20×40mm2)を取り付けます。 メモ:高さの変化を最小限に抑えるために、綿棒を使用して接着剤をチャネルに非常に薄い層として塗布します。 図3C は、デバイスの画像である。</li>
</ol>3. 細菌株および培養物
注:実験のためにGNおよびグラム陽性(GP)細菌を選択してインキュベートするには、 表2 を参照してください。培養方法については、ステップ3.1~3.4を参照されたい。すべての細菌は、600nmで0.4の吸光度(OD600)が得られるまで好気的条件下でインキュベートされるべきである。
<ol><li>エシェリヒア・コリDH5α、エシェリヒア・コリKCTC2571、スフィンゴモナス・インスラエ、シュードモナス・ピクトルムおよび表皮ブドウ球菌およびスタフィロコッカス・パステウリなどのGP細菌などのGN細菌の場合、ルリア・ベルタニ培地中で37°Cおよび220rpmで16時間インキュベートする。</li>
	<li>エンテロバクター(GN)およびバチルスメガテリウム(GP;KCTC 1021)、栄養ブロス培地中で37°Cおよび220rpmで16時間インキュベートする。</li>
	<li>エンテロコッカス・タイランディカス(GP)の場合、デマン、ロゴサ、シャープ(MRS)培地中で37°C、220rpmで16時間インキュベートします。</li>
	<li>Listeria grayi(GP)の場合、脳心臓注入培地中で37°Cおよび220rpmで16時間インキュベートする。</li>
	<li>培養した細菌を遠心分離機(9056 x g)で室温(RT)で1分間、次いで1xリン酸緩衝生理食塩水(PBS)緩衝液で2回洗浄する。</li>
	<li>選択したGNおよびGP細菌をPBS緩衝液に再懸濁することによって分析のために調製する。</li>
</ol>4. マイクロビーズおよびマイクロビーズへのアプタマーの固定化
<ol><li>使用前にストレプトアビジン被覆マイクロビーズ(10 μm)混合物(材料表)を再懸濁します(ボルテックスを介して20秒間混合)。</li>
	<li>95°Cで3分間変性させた後、0°Cで2分間リフォールディングすることにより、アプタマーを調製する。</li>
	<li>再懸濁ストレプトアビジン被覆マイクロビーズ混合物250 μLを1.5 mLチューブに移し、RTでTris-HCl緩衝液(50 mM Tris, pH 7.4, 1 mM MgCl2, 5 mM KCL, 100 mM NaCl)で洗浄した。次いで、100μLのビオチン化DNAアプタマーをチューブに加える。</li>
	<li>混合物を回転させながらRTで30分間インキュベートする(25rpm)。</li>
	<li>遠心分離(9056 x g)後、RTで200 μLのTris-HClバッファーでチューブを2回洗浄します。</li>
	<li>洗浄したサンプルチューブに10 μLのBSA(100 mg/mL)を加え、回転しながらRT(25 rpm)で30分間インキュベートします。</li>
	<li>最後に、RTでトリス塩酸緩衝液中で遠心分離(9056 x g)によってアプタマー修飾マイクロビーズを2回洗浄する。</li>
</ol>5. 音響フォレーシスのセットアップと操作
<ol><li>PEEKチューブを2つの注入口に接続して2つのサンプルとバッファーを注入し、廃棄物を収集および排出するための2つの排出口に接続します(図4)。</li>
	<li>マイクロ流体音響泳動チャネルに、10 mL シリンジを使用して気泡のない脱塩水を手動で充填します。</li>
	<li>流体の流れを制御するために、2つ以上の出力チャンネルを備えた精密圧力コントローラを準備します。次に、バイアルをサンプルとバッファーで半分充填し、それぞれキャップに2つの穴を開け、チップ入口に接続します。 メモ:2つ以上の出力チャンネルを備えた高精度圧力コントローラは、複数の高精度圧力コントローラと交換できます。バッファー入口では、サンプル注入中にサンプルが中心に移動するのを防ぐ層流を生成できるバッファーがフローコントローラーを介して注入されます。</li>
	<li>装置を調製した後、精密圧力制御装置を用いて、試料入口に2kPa、緩衝液入口に4kPaの圧力を加えて試料及び緩衝液を注入する。 注:現時点では、層流をスムーズにするために、バッファーの注入圧力はサンプルの注入圧力よりも高くする必要があります。流れは、入口チャネルに接続されたアスピレータに固定されたフローコントローラによって制御される。</li>
	<li>ビーズに焦点を合わせ、顕微鏡で確認しながらPZTを使用してマイクロ流体チャネルの中心に移動します。 メモ: ビードが大きいほど、波形への影響が大きくなるため、ノードポイントに合わせやすくなります。アンプ付きファンクションジェネレータは、PZTに電力を供給してマイクロチャネルに正弦波を生成します。マイクロ流路の上下はガラス製であるため、発生した正弦波を反射させてノード点7を作成する。</li>
	<li>シングルチャンネルファンクションジェネレータを使用して3.66MHzの共振周波数を生成し、パワーアンプを使用して標準信号を16dB(約9倍)増幅します(図4)。 メモ:アクチュエータの共振周波数は、チャネルのサイズと一致する必要があります。チャネルは正方形であるため、PZTは正確な周波数で動作し、単一のノードを作成します。</li>
	<li>音響流体チップ上の分離および濃縮プロセスを、蛍光顕微鏡と1,200fpsで動作する高速カメラで観察します。</li>
	<li>サンプルの採取や廃棄物排出口から排出される細菌結合ビーズや細菌の蛍光顕微鏡カメラで撮影した画像を確認することで、GN細菌やGP細菌の有無を定量・分析します。 注:バッファー、バクテリア、アプタマーを含むマイクロビーズはメインチャネルを通過し、マイクロビーズはPZTによって誘導されるインチップ音響泳動を介して中央に整列されます。最後に、GN菌を結合させたマイクロビーズを回収口で回収し、未回収の菌を廃液排出口から排出する。</li>
</ol>

<ol><li>Wu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acoustofluidic+separation+of+cells+and+particles%5BTitle%5D)+AND+%22Microsystem+%26+Nanoengineering%22%5BJournal%5D)">Acoustofluidic separation of cells and particles.</a> Microsystem & Nanoengineering. 5 (1), 1-18 (2019).</li>
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<li>Park, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Continuous+dielectrophoretic+bacterial+separation+and+concentration+from+physiological+media+of+high+conductivity%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+on+a+Chip%22%5BJournal%5D)">Continuous dielectrophoretic bacterial separation and concentration from physiological media of high conductivity.</a> Lab on a Chip. 11 (17), 2893-2900 (2011).</li>
<li>Kim, U., Soh, H. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+sorting+of+multiple+bacterial+targets+using+integrated+Dielectrophoretic-Magnetic+Activated+Cell+Sorter%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+on+a+Chip%22%5BJournal%5D)">Simultaneous sorting of multiple bacterial targets using integrated Dielectrophoretic-Magnetic Activated Cell Sorter.</a> Lab on a Chip. 9 (16), 2313-2318 (2009).</li>
<li>Cai, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+fluidic+device+for+immunomagnetic+separation+of+foodborne+bacteria+using+self-assembled+magnetic+nanoparticle+chains%5BTitle%5D)+AND+%22Micromachines%22%5BJournal%5D)">A fluidic device for immunomagnetic separation of foodborne bacteria using self-assembled magnetic nanoparticle chains.</a> Micromachines. 9 (12), 624(2018).</li>
</ol>

著者らは、開示すべき利益相反はありません。

培養試料中のGN細菌を、その大きさや種類に応じた連続走行法に基づき、高速で捕捉・移送する音波浮上マイクロ流体装置と、アプタマー修飾マイクロビーズを開発しました。長い正方形のマイクロチャネルにより、以前に報告された20、21、22、23、24、25、26よりもシンプルな設計と2D音響泳動のコスト効率が向上します。この装置は、10倍の用量濃度まで>98%の回収率を有する。この研究は、細菌を分離するための既存のラベルフリー方法20、21、22、23、</su...

マイクロ流体プラットフォームは、誘電体移動、磁気泳動、ビーズ抽出、フィルタリング、遠心マイクロ流体学および慣性効果、および弾性表面波1,2に基づく方法に加えて、医療および環境サンプルから細菌を単離するために開発されている。病原菌の検出はポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を用いて継続されますが、通常は手間がかかり、複雑で、時間がかかります3,4。マイクロ流体音響泳動システムは、合理的なスループットと非接触細胞分離5、6、7を通じてこれに対処する代替手段です。アコーストフォレーシスは、音波を介した物質の動きの現象を利用してビーズを分離または濃縮する技術です。マイクロ流路に音波が入ると、ビーズの大きさ、密度等に応じて選別され、浮遊培地7,8の生化学的・電気的性質に応じて細胞を分離することができる。そこで、多くの音響フォレーシス研究が盛んに進められ9、10、11、最近では、立地弾性表面波マイクロ流体における境界駆動音響ストリーミングによって誘導される音響ホア運動の3D数値シミュレーションが導入されている12。
様々な分野の研究が抗体を置き換える方法を検討しています 2,3.アプタマーは高い選択性と特異性を有する標的物質であり、2、9、10、13と多くの研究が行われている。アプタマーは、抗体と比較して小型、優れた生物学的安定性、低コスト、および高い再現性の利点を有し、診断および治療用途で研究されている2、3、14。
ここでは、アプタマー修飾マイクロビーズを使用して、培地からグラム陰性(GN)細菌を迅速かつ効率的に分離するために使用できるマイクロ流体音響泳動技術プロトコルについて説明します。このシステムは、長い長方形のマイクロ流路内で2つの直交共鳴を同時に刺激し、アプタマー結合マイクロビーズをノード点と対ノード点に整列させ、焦点を合わせることによって、単一の圧電作動を介して2次元(2D)音響定在波を生成し、分離効率2,11,15,16.入口と出口の両方に二股のチャネルがあり、同時に分離、精製、濃縮が可能です。
このプロトコルは、細菌感染症の早期診断、ならびにリアルタイムの水モニタリングによる病原性細菌感染に対する迅速、選択的、かつ敏感な応答の分野で役立ちます。

<table><tbody><tr><td>1 &マイクロ;m ポリスチレンマイクロビーズ</td><td>Bang Laboratories</td><td>PS04001</td><td>Cell size beads</td></tr><tr><td>10 & micro;m ストレプトアビジンコーティングマイクロビーズ</td><td>Bang Laboratories</td><td>CP01007</td><td>Aptamer アフィニティビーズ</td></tr><tr><td>4インチ シリコンウェーハ/SU-8 モールド</td><td>4science</td><td>29-03573-01</td><td>チップのコンポーネント</td></tr><tr><td>Aptamer</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>GN3-6'RNA</td> <td>for bacteria conjugation</td></tr><tr><td>ホウケイ酸ガラス</td><td>Schott</td><td>ボロフロート 33</td><td>チップ</td></tr><tr><td>遠心分離機</td>のコンポーネント<td>ダイハン</td><td>CF-10Wasing</td><td>粒子</td></tr><tr><td>シアノアクリレート接着剤</td><td>3M</td><td>AD100</td>マイクロチップ大腸菌DH5&alpha<td>にPZTを取り付け</td></tr><tr><td>ます。</td><td>KCTC</td><td>KCTC2571</td><td>対象菌</td></tr><tr><td>機能発電機</td><td>GW Instek</td><td>AFG-2225</td><td>発生周波数</td></tr><tr><td>高速度カメラ</td><td>フォトロン</td><td>FASTCAM ミニ</td><td>分離観察</td></tr><tr><td>ホットプレート</td><td>1個として</td><td>HI-1000</td><td>液体硬化用加熱プレート PDMS</td></tr><tr><td>KOVAX-SYRINGE 10mL シリンジ</td><td>韓国ワクチン</td><td>22G-10ML</td><td>マイクロ流体音響導入チャネルに、気泡のない脱塩水を満たします。</td></tr><tr><td>液状ポリジメチルシロキサン、PDMS</td><td>Dow Corning Inc.</td><td>Sylgard 184</td><td>チップの成分</td></tr><tr><td>LB Broth Miller</td><td>BD Difco</td><td>244620</td><td>細胞培養(Luria-Bertani培地)</td></tr><tr><td>顕微鏡</td><td>オリンパス株式会社</td><td>IX-81</td><td>分離</td></tr><tr><td>PBSバッファー</td>の観察 <td>山羊座科学</td><td>PBS-1A</td><td>Wasing bacteria</td></tr><tr><td>PEEK Tubes</td><td>Saint-Gobain Ppl Corp.</td><td>AAD04103</td><td>粒子の注入または収集</td></tr><tr><td>圧電変換器</td><td>富士セラミックス</td><td>C-213</td><td>チャネル内に特定の波を発生させる</td></tr><tr><td>パワーアンプ</td><td>アンプ研究</td><td>75A250A</td><td>周波数を増幅する</td></tr><tr><td>圧力コントローラー/&mu;flucon</td><td>AMED</td><td>AMED-&mu;flucon</td><td>空気圧/流量コントローラーの制御</td></tr><tr><td>Tris-HCl buffer</td><td>invitrogen</td><td>15567027</td><td>Wasing particles</td></tr><tr><td>チューブローテーター</td><td>SeouLin Bioscience</td><td>SLRM-3</td><td>アプタマーとビーズの修飾</td></tr></tbody></table>

アプタマーアフィニティービーズを使用したグラム陰性菌のフロースルー分離のためのマイクロ流体音響泳動

Microfluidic Acoustophoresis for Flowthrough Separation of Gram-Negative Bacteria using Aptamer Affinity Beads

この記事では、マイクロ流体音響泳動技術と、培地からのグラム陰性菌の迅速かつ効率的な単離に使用できるアプタマー修飾マイクロビーズを使用したマイクロ流体音響ホレスティックチップの製造と操作について説明します。この方法は、長い正方形のマイクロチャネルのミックスを使用して分離効率を高めます。このシステムでは、サンプルとバッファーはフローコントローラを介して入口ポートに注入されます。ビーズセンタリングとサンプル分離のために、パワーアンプを備えたファンクションジェネレータを介して圧電トランスデューサにAC電力を印加し、マイクロ流路に音響放射力を発生させます。入口と出口の両方に二股のチャネルがあり、同時に分離、精製、濃縮が可能です。この装置は、10倍の用量濃度まで>98%の回収率および97.8%の純度を有する。この研究は、細菌を分離するための既存の方法よりも高い回収率および純度を実証しており、この装置が細菌を効率的に分離できることを示唆している。

図5 は、PZT電圧(オフ、0.1V、0.5V、5V)の関数としてのビードフローの画像を示しています。本研究で紹介した音響フォレティックチップの場合、PZTの電圧が上昇するにつれて、10μmサイズのビーズの中心濃度が上昇することが確認された。10μmサイズのビーズのほとんどは、PZT電圧の5Vで中央に集中していました。この結果により、シングルチャンネルファンクションジェネレータで3.66MHzの共振周波数を生成し、パワーアンプを用いて一般信号を16dB(約9倍)増幅しました。
表3 は、本試験で用いた音響流体チップに1 μm(セルサイズ)と10 μm(アプタマー付着ビーズ)のマイクロビーズ混合物を注入し、出口流量(400、450、475 μL/min)によるチップ分離性能を評価した結果である。回収率は、注入された10μmサイズのビーズの総数に対する出口で回収したビーズ数の割合で、それぞれ98%±2.2%、98%±2.5%、90%±9.8%であった。純度は、収集されたビーズの総数に対する10...

本稿では、マイクロ流体音響泳動技術と、培地からのグラム陰性菌の迅速かつ効率的な単離に使用できるアプタマー修飾マイクロビーズを用いたマイクロ流体音響ホレストリーチップの製造と操作について説明します。

This article describes the fabrication and operation of microfluidic acoustophoretic chips using a microfluidic acoustophoresis technique and ...

このプロトコルでは、アプタマー修飾マイクロビーズを使用して培地からグラム陰性菌を迅速かつ効率的に分離するために使用できる当社のマイクロ流体音響泳動技術について説明します。マイクロ流体音響泳動システムは、合理的なスループットと非接触細胞分離でグラム陰性菌分離を可能にします。マイクロ流体音響泳動は、医療サンプルや環境サンプルから細菌を分離するために最適化することができます。まず、ターゲット出口でPSビーズを収集し、PSサンプル混合物をサンプル入口に注入した後に残りを廃棄するマイクロ流体音響泳動チップを設計します。シリコン層の上下の層をホウケイ酸ガラスに接着したチップを準備します。そして、陽極酸化を使用して、1000ボルトと摂氏400度を追加する3番目のホウケイ酸ガラス層。10マイクロリットル未満のシアノアクリレート接着剤を使用して、マイクロ流体チャネルに沿ってホウケイ酸ガラス層にPZTを取り付けます。GNおよびGP細菌をルリア・ベルターニ培地に接種し、摂氏37度、毎分220回転で16時間インキュベートします。培養細菌を9, 056 RCFで室温で1分間遠心分離します。その後、1X PBSバッファーで2回洗浄します。選択したGNおよびGP細菌を結合バッファーに再懸濁して分析用に準備します。使用前に、10マイクロメートルのストレプトアビジンコーティングされたマイクロビーズ混合物を再懸濁してください。混合物を20秒間ボルテックスします。アプタマーを摂氏95度で3分間変性させ、次に摂氏0度で2分間折り直して準備します。再懸濁したストレプトアビジンコーティングされたマイクロビーズ混合物250マイクロリットルを1.5ミリリットルのチューブに移し、100マイクロリットルのビオチン化DNAアプタマーをチューブに加えます。混合物を室温で30分間インキュベートし、毎分25回転で回転させます。反応混合物を室温で40秒間9, 056 RCFで遠心分離する。次に、200マイクロリットルのTris-HClバッファーでチューブを2回洗浄します。洗浄したサンプルチューブに10マイクロリットルの100ミリグラム/ミリリットルBSAを加え、毎分25回転で回転させながら室温で30分間インキュベートします。最後に、アプタマー修飾マイクロビーズをTris-HClバッファー中で2回洗浄し、室温で40秒間9, 056RCFで遠心分離する。PEEKチューブを2つのサンプルとバッファーを注入するための2つの入口と、廃棄物を収集および排出するための2つの出口に接続します。10ミリリットルのシリンジを使用して、マイクロ流体音響泳動チャネルに気泡のない脱塩水を満たします。流体の流れを制御するために、2つ以上の出力チャネルを備えた精密圧力コントローラーを準備します。装置を準備した後、精密圧力制御装置を使用して、サンプル入口に2キロパスカル、バッファー入口に4キロパスカルの圧力を加えて、サンプルとバッファーを注入します。顕微鏡を使用してビーズに焦点を合わせ、PZTを使用してマイクロ流体チャネルの中心に移動します。シングルチャンネルのファンクション・ジェネレータを使用して3.66メガヘルツの共振周波数を生成し、パワーアンプを使用して標準信号を16デシベル増幅します。音響流体チップ上の分離および濃縮プロセスを、蛍光顕微鏡と毎秒1, 200フレームで動作する高速カメラで観察します。本研究で紹介した音響膜チップは、PZTの電圧が上昇すると、10マイクロメートルサイズのビーズの中心濃度が増加することを確認した。PZT電圧の5ボルトでは、10マイクロメートルサイズのビーズのほとんどが中心に集中していました。注入された10マイクロメートルサイズのビーズの総数に対する出口で採取したビーズの数の割合を回収率とした。採取したビーズの総数に対する10マイクロメートルサイズのビーズの数の割合を純度と称した。その結果、本装置は10マイクロメートルサイズのビーズに対して高い分離効率を有することが示された。各アプタマー修飾マイクロビーズに結合したGNおよびGP細菌の数を、高速度カメラを備えた顕微鏡を用いて測定した。5つのGN細菌すべてがビーズに結合しましたが、テストされた物質に結合したGP細菌は大幅に少なかった。シグナル強度はGN菌とGP菌で有意に異なっていた。PZTの取り付けに使用する接着剤は、波形の精度のためにできるだけ使用せず、PZTとマイクロチャネルを平行にする必要があります。この装置は、細菌感染症の早期診断の期間に生きた細菌または細菌由来のバイオマーカーを検出するために使用することができる。

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