Name: 成人型びまん性浸潤神経膠腫における微小環境のキャラクタリゼーションのためのディジタル空間プロファイリング (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-09-13T12:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 17 s
Description: 学ぶディジタル空間プロファイリングによる成人型びまん性浸潤神経膠腫の微小環境解析。タンパク質発現の空間的定量と高スループット処理で浸潤メカニズムを解明し、新たな治療標的の同定に貢献します。

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著者らは、ダートマスヒッチコックヘルスシステムの病理学および検査医学部門の臨床ゲノミクスおよび先端技術研究所の支援を認めています。著者らはまた、ダートマスがんセンターの病理学共有リソースとNCIがんセンターサポート助成金5P30 CA023108-37を認めています。

以下に概説するプロトコルは、ダートマス-ヒッチコック人間研究倫理委員会のガイドラインに従います。インフォームドコンセントは、組織サンプルがこの研究に含まれた患者から得られました。このプロトコルで使用されるすべての材料、試薬、機器、およびソフトウェアに関連する詳細については、「 材料の表 」セクションを参照してください。
1. スライド準備17
<ol><li>ヒト成人型びまん性浸潤性神経膠腫からホルマリン固定パラフィン包埋組織を採取または調製します。 注:この実験では、膠芽腫の3人の患者からの生検のパラフィン包埋ブロックが使用されました。</li>
	<li>組織マイクロアレイ(TMA)ブロックを作成します。各生検からいくつかの2 mmコアを取り出し、それらを単一のTMAブロックに入れます(図1、上)。TMAブロックから切片を4 μmで切り取り、スライドガラスに取り付けます。各スライドをスライドホルダーガスケットの内側に配置します。スライドを60°Cで30分間インキュベートします。</li>
</ol>2. 半自動IHCシステムの準備とソフトウェア構成(スライドのロードと実行用)17
<ol><li>試薬をセットアップします。試薬のセットアップボタンをクリックします。[セットアップ] タブの [追加] をクリックします。<ol><li>洗浄バッファーを登録するには、[名前] フィールドに名前を入力します。[タイプ] フィールドで [補助] を選択します。[保存]をクリックします。</li>
		<li>上記と同じ手順を繰り返してブロッキング溶液を登録します(必要に応じて、名前フィールドなどを変更します)が、[タイプ]フィールドで[一次抗体]を選択します。デフォルト染色プロトコルとデフォルトHIERプロトコルのドロップダウンボックスで目的のプロトコルを選択します。必要に応じて、デフォルトの酵素プロトコルオプションを選択します(現在のプロトコルでは、このボックスは空白のままでした)。[保存]をクリックします。</li>
	</ol></li>
	<li>バーコード化された試薬容器トレイで構成される検出システムを登録します。バーコードをスキャンします。<ol><li>「研究用試薬システムの追加」ウィンドウで試薬システムの詳細の入力を開始します。検出システムの名前を入力します。</li>
		<li>有効期限を入力します。試薬チャートの最初の行を強調表示し、新しい30 mL試薬容器のバーコードをスキャンすると、バーコードが行1に入力されます。</li>
		<li>検出システムのポジション1にコンテナを置きます。試薬列のドロップダウンボックスで洗浄バッファーの名前を選択し、追加をクリックします。これらの手順を繰り返して、ブロッキング溶液を含む後続の行に試薬を追加します。</li>
	</ol></li>
	<li>IHCのタンパク質プロトコルを設定します。[プロトコルのセットアップ]をクリックします。目的のプロトコルに対応する行を強調表示し、[コピー]をクリックします。名前を入力し、[プロトコルのプロパティの編集]ウィンドウで他の関連フィールドに入力します。<ol><li>[洗浄ステップを表示]のボックスを選択します。各試薬のInc(分)フィールドとディスペンスタイプフィールドが正しいことを確認します(ブロッキング溶液の場合は10分、洗浄バッファーの場合は0分、各ディスペンスタイプの場合は150 μL)。 [保存]をクリックします。</li>
	</ol></li>
	<li>研究を準備します。位置1の容器に 洗浄バッファーを入れます。スライドあたり150 μL、デッドボリューム5 mLを満たします。蓋を開けたままにします。 ブロックソリューションで満たされている位置2のコンテナに対して、これらの手順を繰り返します。この容器には、スライドあたり150μL、デッドボリューム350μLが必要です。<ol><li>試薬容器トレイを機械にロードします。システムがコンテナ認識とボリューム確認の手段を実行できるようにします。スライド設定|をクリックしますスタディを追加します。試験IDと試験名を入力し、分注容量|で150 μLを選択します。[準備プロトコル]ドロップダウンの目的のプロトコル(ベイクとデワックスが推奨されます)。調査を強調表示し、[スライドの追加]をクリックします。</li>
		<li>組織タイプでテスト組織を選択します | 分注容量|の下で150 μL 単一およびルーチンを染色モードドロップダウンボックスから選択します。工程(現在の試験のIHC)を選択します|[マーカー] フィールドのドロップダウン ボックスの [ブロック ソリューション名] |[プロトコル]タブの[染色]フィールドにあるIHC DSPプロトコル| *準備のためのベイクとデワックス| *HIERのER1で20分。[酵素] フィールドは空白のままにします。</li>
		<li>スライドごとにこのプロセスを繰り返します。完了したら[ 閉じる ]をクリックし、[ ラベルの印刷]をクリックします。 現在のスタディでまだ印刷されていないすべてのスライドラベル をチェックし、 印刷をクリックします。スライドの上部にラベルを貼り付けます。</li>
	</ol></li>
	<li>スライドを読み込んで実行します。スライドをスライドトレイにセットし、サンプルとラベルが上向きであることを確認します。 カバータイル をスライドの上に置き、スライドの下部にタブがあることを確認します。スライドトレイを機器にセットします。<ol><li>LEDボタンを押してトレイを下げ、機器がスライドのスキャンと認識を開始できるようにします。[開始] ボタンをクリックして、実験を開始します。</li>
	</ol></li>
	<li>実験を終了します。 LED ボタンが緑色に点滅したら押して、実行が完了したことを示します。トレイを機器から取り外し、各スライドからカバータイルを慎重に持ち上げます。スライドを1xリン酸緩衝生理食塩水(PBS)に入れ、余分な緩衝液を取り除き、疎水性ペンで各組織切片の輪郭を描き、疎水性バリアを作成します。</li>
</ol>3. 抗体インキュベーションと核染色17
<ol><li>目的の抗原を局在化するための抗体のパネルを選択します(この実験で使用した抗体については 表1 を参照してください)。 注:各抗体は、それを一意に識別するUV光切断性セグメント(PCオリゴ)を持つDNAオリゴヌクレオチドにすでに結合されています(インデックスオリゴ、 図2)。</li>
	<li>パネルに各スライドに8 μLの各抗体(1:40希釈)を加えて、有効な抗体-PC-オリゴ溶液を作ります。ブロッキング試薬を希釈剤として使用して、各スライドの最終容量200 μLに到達します。4°Cで一晩インキュベートします(図3、ステップ1)。 注:このステップでは、形態マーカー、生物学的色素、または蛍光標識抗体も溶液に添加できます。</li>
	<li>翌日、スライドをコプリンジャーに入れ、1x TBS-Tで3 x 10分洗浄します。室温で4%パラホルムアルデヒドに30分間ポストフィックスした後、1x TBS-Tで2 x 5分間ポストフィックスします。</li>
	<li>SYTO13核染色剤(1x TBSで1:10に希釈)を室温で15分間加えます。1x TBS-Tで2回洗浄してから、スライドを1x TBS-Tに保管します。</li>
</ol>4. DSP装置での蛍光可視化、ROI同定、UVフォトカット17
<ol><li>コントロールセンターの データ収集 の上にマウスを置いた後、[ 新規/実行の続行]を選択します。</li>
	<li>スライドをスライドホルダーに置き、ラベルをユーザーの方に向けて配置します。スライドトレイクランプを下げ、細長いウィンドウに組織が見えるようにします。 6 mLのバッファーSを追加します。 </li>
	<li>コントロールセンターのプロンプトに従います。XスライダーとYスライダーで異なる軸間をズームし、スキャンする領域を描きます。[スキャン] を選択します。定義されたターゲット領域全体が画像化されるまで、スキャンを続行します。</li>
	<li>20 倍の画像を生成します。ROIを自動または手動で定義します(図3、ステップ2)。このプロトコルに従うには、各組織コアに3つの等しいサイズの円形ROI(直径250 μm)を選択します(図4、下)。 注:ROIはサイズと形状をカスタマイズできます。各セクション内で複数のROIを選択できます。この実験では、循環 ROI を手動で定義します。</li>
	<li>ROI を承認するには、[ スキャン ワークスペースの終了 ] ボタンをクリックします。UV光が抗体からオリゴを切断するのを待ちます。</li>
	<li>クリーニング機器のプロセスが完了したら、[新しいデータ収集]を選択して、現在のスライドまたはプレートを続行します。それ以外の場合は、[スライドとマイクロプレートの削除] を選択します。</li>
	<li>コントロールセンターの右下にあるプレートアイコン領域をダブルクリックして、[プレートのファイナライズ]ウィンドウを開きます。ハイブリダイゼーション(Hyb)コードパックのロット番号(#)がわかっている場合は、番号を入力して[更新]をクリックします(この手順ではオプション)。[確定]をクリックします。</li>
	<li>プロンプトに従って、スライドホルダーと収集プレートを取り外します。スライドをTBS-Tに保存します。スライドを長期間使用しない場合は、水性媒体とカバーガラスで覆います。</li>
</ol>5. タンパク質読み出し17
<ol><li>透過性シールを使用し、上部を開いた状態でサーマルサイクラーで65°Cで吸引液を乾燥させます。7μLのジエチルピロカーボネート処理水を加えて混合する。RTで10分間インキュベートした後、すばやくスピンダウンします。</li>
	<li>表2から適切なプローブRおよびプローブUの式を選択して、プローブ/バッファーミックスの作成をガイドします。本実験におけるハイブリダイゼーションに必要なHybコードの数に基づいて、式(1)を以下のように適用する。すばやく混ぜてスピンダウンします。 # Hyb コード プローブ R ワーキングプール プローブ U ワーキングプール ハイブリダイゼーションバッファー n = _______ (n × 8 μL) = ______ μL + (n × 8 μL) = ______ μL + (n × 80 μL) = _____ μL (1)</li>
	<li>使用する各Hybコードパックに84 μLのプローブ/バッファーミックスを追加します。フリックしてミックスし、スピンダウンします。新鮮な96ウェルハイブリダイゼーションプレートで、各Hyb Codeマスターミックス8 μLを、示された行の12ウェルすべてに追加します。</li>
	<li>DSP収集プレートからハイブリダイゼーションプレート内の対応するウェルに7 μLを移します。穏やかに混ぜる。ヒートシールしてすばやく回転させます。その後、67°Cで一晩インキュベートします。 プレートを氷上で冷却し、すばやく回転させます。</li>
	<li>各ウェルのhyb製品をストリップチューブにプールし、各ウェルを5倍に穏やかにパイプして混合します。ストリップチューブにキャップをしてスピンダウンします。プールされていない残りのhyb製品を-80°Cで凍結します。 ストリップチューブを分析システムにロードします。</li>
	<li>CDFファイルをUSBドライブに保存し、DSP計測器からデジタルアナライザにデータを転送します。次の手順を実行して、セットアップを完了します。<ol><li>消耗品とプールされたサンプルを準備ステーションにロードします。画面で、[ 処理の開始]を押します。[ 高感度]、[ 次へ] の順に選択します。[ すべて選択] を押して、サンプルを含むウェルの数を表示します ||を終えるメール通知|の次 スタート。</li>
		<li>準備ステーションが完了したら、カートリッジを密封してデジタルアナライザに移します。カウント 開始を押し、 ステージ位置を選択し、既存のCDFファイルを ロード を押して、以前にアップロードしたファイルを選択します。 [完了]を押し、ステージ位置をもう一度選択し、[ 完了]を押します| プログラムの実行を開始します。</li>
	</ol></li>
	<li>解析システムからのレポーターカウント変換ファイルのzipファイルをUSBドライブに保存し、DSPマシンに挿入します。 DSPコントロールセンターで、[ データ収集]にカーソルを合わせ、[ アップロード数]をクリックします。関連する zip ファイルを選択します。</li>
</ol>6.データ分析17
<ol><li>DSPコントロールセンターの[レコード]をクリックします。キュー内のスキャンを表示するには、「選択したスキャンをキューに追加」を選択します|自分の分析キュー。コントロールセンターのデータ分析オプションにカーソルを合わせた後、キューから新しいスタディを選択します。</li>
	<li>タスクバーのオプションからQCを選択します。デフォルト値で続行するか、必要に応じて調整します。[QC の実行] を選択し、結果グリッドを確認します。[QCの実行]をクリックして続行し、新しいデータセットを作成し、値をポジティブハイブリダイゼーションコントロールに正規化します。</li>
	<li>新しいタグを XLSX ファイルにインポートします。「スキャン」ペインで「アノテーションの管理」を選択し、テンプレートをダウンロードしてタグを挿入し、ファイルをインポートします。</li>
	<li>オプション: QC を実行した後、他のツールバー オプションを使用してデータをさらに調整します。 [視覚化 ] ウィンドウのツールを使用して、変換されたデータをプロットします。</li>
	<li>パラメータの灰色のドロップダウンボックスに移動して、 視覚化 ペインの各プロットを作成します。プロット内の特定の領域を選択して、対応するハイライトされたセグメントを スキャン ペインで視覚化し、右クリックしてタグまたはグループを生成します。 データセットサマリー内で、 正規化、 スケーリング、およびその他の分析と表示のオプションからプロットを確認します。</li>
	<li>ビジュアライゼーションを保存するには、 保存するアイコンを選択します。 [概要] に既に保存されているビジュアライゼーションを確認します。[ エクスポート] (.svg) ボタンを選択して、ビジュアリゼーションを.svg形式でエクスポートします。ビジュアリゼーションの基になるデータをエクスポートするには 、[エクスポート] (.xlsx) ボタンをクリックします。特定のデータセットに含まれるすべてのデータをエクスポートするには、2 番目のペインのデータセット名の上にカーソルを置き、 エクスポート アイコンをクリックします。</li>
</ol>

<ol><li>Pedersen, P. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Migratory+patterns+of+lac-z+transfected+human+glioma+cells+in+the+rat+brain%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Cancer%22%5BJournal%5D)">Migratory patterns of lac-z transfected human glioma cells in the rat brain.</a> International Journal of Cancer. 62 (6), 767-771 (1995).</li>
<li>Wang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Invasion+of+white+matter+tracts+by+glioma+stem+cells+is+regulated+by+a+NOTCH1-SOX2+positive-feedback+loop%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Invasion of white matter tracts by glioma stem cells is regulated by a NOTCH1-SOX2 positive-feedback loop.</a> Nature Neuroscience. 22 (1), 91-105 (2019).</li>
<li>Iwadate, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epithelial-mesenchymal+transition+in+glioblastoma+progression%5BTitle%5D)+AND+%22Oncology+Letters%22%5BJournal%5D)">Epithelial-mesenchymal transition in glioblastoma progression.</a> Oncology Letters. 11 (3), 1615-1620 (2016).</li>
<li>Tao, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomics+and+prognosis+analysis+of+epithelial-mesenchymal+transition+in+glioma%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Oncology%22%5BJournal%5D)">Genomics and prognosis analysis of epithelial-mesenchymal transition in glioma.</a> Frontiers in Oncology. 10, 183(2020).</li>
<li>Cuddapah, V. A., Robel, S., Watkins, S., Sontheimer, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+neurocentric+perspective+on+glioma+invasion%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">A neurocentric perspective on glioma invasion.</a> Nature Reviews Neuroscience. 15 (7), 455-465 (2014).</li>
<li>Barthel, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glioma%3A+molecular+signature+and+crossroads+with+tumor+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+and+Metastasis+Reviews%22%5BJournal%5D)">Glioma: molecular signature and crossroads with tumor microenvironment.</a> Cancer and Metastasis Reviews. 1 (1), 53-75 (2021).</li>
<li>Ziegler, D. S., Kung, A. L., Kieran, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anti-apoptosis+mechanisms+in+malignant+gliomas%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Oncology%22%5BJournal%5D)">Anti-apoptosis mechanisms in malignant gliomas.</a> Journal of Clinical Oncology. 26 (3), 493-500 (2008).</li>
<li>Berghoff, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Programmed+death+ligand+1+expression+and+tumor-infiltrating+lymphocytes+in+glioblastoma%5BTitle%5D)+AND+%22Neuro-Oncology%22%5BJournal%5D)">Programmed death ligand 1 expression and tumor-infiltrating lymphocytes in glioblastoma.</a> Neuro-Oncology. 17 (8), 1064-1075 (2015).</li>
<li>Merritt, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+digital+spatial+profiling+of+proteins+and+RNA+in+fixed+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Multiplex digital spatial profiling of proteins and RNA in fixed tissue.</a> Nature Biotechnology. 38 (5), 586-599 (2020).</li>
<li>Van, T. M., Blank, C. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+user%27s+perspective+on+GeoMxTM+digital+spatial+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Immuno-Oncology+Technology%22%5BJournal%5D)">A user's perspective on GeoMxTM digital spatial profiling.</a> Immuno-Oncology Technology. 1, 11-18 (2019).</li>
<li>Garcia-Pardo, M., Calles, A. ROS-1 NSCLC therapy resistance mechanism. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGarcia-Pardo%2C+M+%22Precision+Cancer+Medicine%22">Precision Cancer Medicine</a>. , Online (2021).</li>
<li>Ye, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Digital+spatial+profiling+of+individual+glomeruli+from+patients+with+anti-neutrophil+cytoplasmic+autoantibody-associated+glomerulonephritis%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Immunology%22%5BJournal%5D)">Digital spatial profiling of individual glomeruli from patients with anti-neutrophil cytoplasmic autoantibody-associated glomerulonephritis.</a> Frontiers in Immunology. 13, 831253(2022).</li>
<li>Bergholtz, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Best+practices+for+spatial+profiling+for+breast+cancer+research+with+the+GeoMx+digital+spatial+profiler%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">Best practices for spatial profiling for breast cancer research with the GeoMx digital spatial profiler.</a> Cancers. 13 (17), 4456(2021).</li>
<li>Brady, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inter-+and+intra-tumor+heterogeneity+of+metastatic+prostate+cancer+determined+by+digital+spatial+gene+expression+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Inter- and intra-tumor heterogeneity of metastatic prostate cancer determined by digital spatial gene expression profiling.</a> Nature Communications. 12 (1), 1426(2021).</li>
<li>Kulasinghe, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+multiplexed+digital+spatial+profiling+of+the+tumor+microenvironment+of+head+and+neck+squamous+cell+carcinoma+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Oncology%22%5BJournal%5D)">Highly multiplexed digital spatial profiling of the tumor microenvironment of head and neck squamous cell carcinoma patients.</a> Frontiers in Oncology. 10, 607349(2021).</li>
<li>Wang, D. Y. -T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Case+study%3A+Digital+spatial+profiling+of+metastatic+clear+cell+carcinoma+reveals+intra-tumor+heterogeneity+in+epithelial-mesenchymal+gradient%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Case study: Digital spatial profiling of metastatic clear cell carcinoma reveals intra-tumor heterogeneity in epithelial-mesenchymal gradient.</a> bioRxiv. , (2021).</li>
<li>GeoMx DSP. Automated slide preparation user manual. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22GeoMx+DSP%22">GeoMx DSP</a>. , nanoString Technologies. Seattle, Washington. (2022).</li>
<li>Allam, M., Cai, S., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+bioimaging+of+single-cell+spatial+profiles+for+precision+cancer+diagnostics+and+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Precision+Oncology%22%5BJournal%5D)">Multiplex bioimaging of single-cell spatial profiles for precision cancer diagnostics and therapeutics.</a> NPJ Precision Oncology. 4, 11(2020).</li>
<li>Wolchok, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overall+survival+with+combined+nivolumab+and+ipilimumab+in+advanced+melanoma%5BTitle%5D)+AND+%22New+England+Journal+of+Medicine%22%5BJournal%5D)">Overall survival with combined nivolumab and ipilimumab in advanced melanoma.</a> New England Journal of Medicine. 377 (14), 1345-1356 (2017).</li>
<li>Blank, C. U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neoadjuvant+versus+adjuvant+ipilimumab+plus+nivolumab+in+macroscopic+stage+III+melanoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Medicine%22%5BJournal%5D)">Neoadjuvant versus adjuvant ipilimumab plus nivolumab in macroscopic stage III melanoma.</a> Nature Medicine. 24 (11), 1655-1661 (2018).</li>
<li>Matthews, R. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brain-enriched+hyaluronan+binding+%28BEHAB%29%2Fbrevican+cleavage+in+a+glioma+cell+line+is+mediated+by+a+disintegrin+and+metalloproteinase+with+thrombospondin+motifs+%28ADAMTS%29+family+member%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Brain-enriched hyaluronan binding (BEHAB)/brevican cleavage in a glioma cell line is mediated by a disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs (ADAMTS) family member.</a> Journal of Biological Chemistry. 275 (30), 22695-22703 (2000).</li>
<li>Paganetti, P. A., Caroni, P., Schwab, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glioblastoma+infiltration+into+central+nervous+system+tissue+in+vitro%3A+involvement+of+a+metalloprotease%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Glioblastoma infiltration into central nervous system tissue in vitro: involvement of a metalloprotease.</a> Journal of Cell Biology. 107, 2281-2291 (1988).</li>
<li>Beliën, A. T., Paganetti, P. A., Schwab, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Membrane-type+1+matrix+metalloprotease+%28MT1-MMP%29+enables+invasive+migration+of+glioma+cells+in+central+nervous+system+white+matter%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Membrane-type 1 matrix metalloprotease (MT1-MMP) enables invasive migration of glioma cells in central nervous system white matter.</a> Journal of Cell Biology. 144 (2), 373-384 (1999).</li>
<li>Coulie, P. G., Vanden Eynde, B. J., vander Bruggen, P., Boon, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumour+antigens+recognized+by+T+lymphocytes%3A+At+the+core+of+cancer+immunotherapy%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Cancer%22%5BJournal%5D)">Tumour antigens recognized by T lymphocytes: At the core of cancer immunotherapy.</a> Nature Reviews Cancer. 14 (2), 135-146 (2014).</li>
<li>Finn, O. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Vaccines+for+cancer+prevention%3A+a+practical+and+feasible+approach+to+the+cancer+epidemic%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Immunology+Research%22%5BJournal%5D)">Vaccines for cancer prevention: a practical and feasible approach to the cancer epidemic.</a> Cancer Immunology Research. 2 (8), 708-713 (2014).</li>
<li>Sharma, P., Allison, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+future+of+immune+checkpoint+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">The future of immune checkpoint therapy.</a> Science. 348 (6230), 56-61 (2015).</li>
<li>Chen, L., Han, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anti-PD-1%2FPD-L1+therapy+of+human+cancer%3A+past%2C+present%2C+and+future%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Investigation%22%5BJournal%5D)">Anti-PD-1/PD-L1 therapy of human cancer: past, present, and future.</a> Journal of Clinical Investigation. 125 (9), 3384-3391 (2015).</li>
<li>Cai, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glioma-Associated+stromal+cells+stimulate+glioma+malignancy+by+regulating+the+tumor+immune+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Oncology%22%5BJournal%5D)">Glioma-Associated stromal cells stimulate glioma malignancy by regulating the tumor immune microenvironment.</a> Frontiers in Oncology. 11, 672928(2021).</li>
<li>Ishii,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histological+characterization+of+the+tumorigenic+%26%2334%3Bperi-necrotic+niche%26%2334%3B+harboring+quiescent+stem-like+tumor+cells+in+glioblastoma%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Histological characterization of the tumorigenic &#34;peri-necrotic niche&#34; harboring quiescent stem-like tumor cells in glioblastoma.</a> PLoS One. 11 (1), 0147366(2016).</li>
<li>Lewis, C. E., Pollard, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinct+role+of+macrophages+in+different+tumor+microenvironments%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Research%22%5BJournal%5D)">Distinct role of macrophages in different tumor microenvironments.</a> Cancer Research. 66 (2), 605-612 (2006).</li>
<li>NanoString. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CosMx+Spatial+Molecular+Imager%3A+True+Single-Cell+In+Situ+Solution%5BTitle%5D)+AND+%22NanoString%22%5BJournal%5D)">CosMx Spatial Molecular Imager: True Single-Cell In Situ Solution.</a> NanoString. , (2022).</li>
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著者は開示する利益相反を持っていません。

神経膠腫の攻撃性に影響を与える可能性のあるタンパク質の多様性と、これらのタンパク質のいくつかが未発見のままであるという考えを考えると、ハイスループットタンパク質定量法は理想的な技術的アプローチです。さらに、腫瘍学的サンプル中の空間データは示差的発現18と相関することが多いため、空間プロファイリングをタンパク質定量アプローチに組み込むことで、より効果的な分析が可能になります。
DSPのハイスループットアプローチにより、ショットガンのようなアプローチでの使用も可能になり、疾患や治療への反応の潜在的な新しいバイオマーカーを発見するのに理想的です。黒色腫に関する2件の研究では、DSPを使用して、イピリムマブとニボルマブの併用療法とニボルマブ単剤療法の比較19 、およびイピリムマブとニボルマブのネオアジュバント併用療法と標準的なアジュバント療法に対する反応を評価しました20。どちらの研究でも、治療後のさまざまなタンパク質標的のDSPプロファイリングは...

びまん性浸潤性神経膠腫は、成人の悪性脳腫瘍の最も一般的なタイプであり、常に致命的です。神経膠腫細胞が脳内で広範囲に移動する傾向は、主要な治療上の課題です。それらが広がるメカニズムには、指示された移動とチェックされていない侵入が含まれます。浸潤性グリオーマ細胞は、白質路に沿った向性と遊走を示すことが示されており1、最近の研究では、これらの管の脱髄が活性で腫瘍形成性の特徴として関与しています2。浸潤は上皮から間葉への移行によって媒介され、グリオーマ細胞は、細胞外マトリックスタンパク質および細胞接着分子をコードする遺伝子の発現を低下させ、遊走を増幅し、腫瘍微小環境を介した増殖を促進することによって間葉系特性を獲得する3,4,5。
分子レベルでは、細胞の安定性と免疫原性成分との界面を付与するいくつかのタンパク質の破壊が実証されています6。浸潤性神経膠腫は、抗アポトーシス性(PTENなど)特性を有するタンパク質の抑制を受けることが知られている7。また、宿主の免疫応答の回避を促進するタンパク質(PD1/PDL1など)を過剰発現しています8。これらの複雑な経路の調節不全は、腫瘍形成性を高め、悪性の可能性を高めます。
浸潤性神経膠腫のサンプル内で、目的は、細胞の成長、生存、増殖、および侵襲性成分と非侵襲性成分の間の微小環境構造的完全性に鍵となるタンパク質の発現差を評価することでした。さらに、能動的免疫原性の役割を持つタンパク質の異なる制御を研究し、宿主の免疫防御の損なわれが神経膠腫の増殖性および侵襲性の可能性を高めるメカニズムへの洞察を提供しようとしました。これは、悪性腫瘍の免疫マーカーと調節不全のドライバーが免疫療法の標的としてどのように役立つかを示す最近の幅広い研究を考えると、特に重要です。免疫監視と反応性に関与する多くのタンパク質の中から実行可能な治療標的を特定するには、高感度で包括的なアプローチが必要です。
研究可能な候補タンパク質が多岐にわたることから、免疫組織化学に類似し、データ処理効率を高めた方法を探しました。がん生物学の分野では、DSPはプロテオミクス解析と定量のための代替ツールよりも重要な利点を持つ強力な技術として浮上しています。DSPの特徴は、サンプル内の複数の異なるタンパク質を同時に研究できるハイスループットマルチプレックス機能であり、免疫組織化学(IHC)9,10などの標準的ではあるが低プレックス技術との重要な違いを示しています。DSPのマルチプレックス機能は、DSPとIHCを比較した研究で示されているように、定量的および分析ツールとしての忠実度を損なうことはありません。非小細胞肺癌標本のプロテオミクス定量に用いた場合、例えば、DSPはIHC11と同様の結果を有することが示されている。さらに、DSPはカスタマイズ可能な地域仕様を提供し、ユーザーはプロテオーム解析を実行する領域を手動で定義できます。これは、全セクション多重化方式10、12よりも有利である。したがって、DSPは、1回の処理で、複数の関心領域にわたる複数のタンパク質ターゲットを調査することにより、複数の分析層を提供します。
DSPは、いくつかの異なる病理学的設定でアプリケーションを持っています。DSPは、空間的変動が細胞形質転換および異なるタンパク質発現と相関する可能性があるため、腫瘍学的分析において特に有利です。例えば、DSPは、乳癌のプロテオミクスプロファイルを隣接する腫瘍微小環境と比較するために使用されている。これは、この腫瘍とその進行の自然史、および治療に対する潜在的な反応を理解する上で重要な意味を持ちます13。DSPの多様性を示す追加のコンテキストには、前立腺癌におけるタンパク質多様性の空間的定量化14、頭頸部扁平上皮癌における免疫細胞マーカー発現と疾患進行との関連15、および原発性明細胞卵巣癌から転移性を区別するタンパク質発現の上皮間葉系勾配の実証が含まれます16.DSPを実装することにより、腫瘍形成と神経膠腫の浸潤に影響を与える可能性のあるタンパク質の空間的トポグラフィーを特徴付けます。

<table><tbody><tr><td>BOND Research Detection System</td><td>Leica Biosystems, Wetzlar, Germany</td><td>DS9455</td><td>試薬トレイに開いた容器を含むオープン検出システム</td></tr><tr><td>BOND Wash</td><td>Leica Biosystems, Wetzlar, Germany</td><td>AR950</td><td>10X 濃縮緩衝液 固定組織洗浄用</td></tr><tr><td>Buffer W</td><td>NanoString, Seattle, WA</td><td>contact company</td><td>ブロッキング試薬</td></tr><tr><td>Cy3 標識キット</td><td>Abcam, Cambridge, UK</td><td>AB188287</td><td>Cy3蛍光抗体標識キット</td></tr><tr><td>GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP)</td><td>NanoString, Seattle, WA</td><td>contact company</td> タンパク質<td>およびRNAターゲットのイメージングと特性評価のためのシステム</td></tr><tr><td>GeoMx DSP Instrument BufferKit</td><td>NanoString, Seattle, WA</td><td>100471</td><td>GeoMX DSP用バッファーキット(サンプル処理および調製用のバッファーを含む)</td></tr><tr><td>GeoMx Hyb Code Pack_Protein</td><td>NanoString, Seattle, WA</td><td>121300401</td><td>Controls for running GeoMX DSP experiemtns</td></tr><tr><td>GeoMx Immune Cell Panel (Imm Cell Pro_Hs)</td><td>NanoString, Seattle, WA</td><td>121300101</td><td>Protein module with targets for humans immune cells and immuno-oncologic targets</td></tr><tr><td>GeoMx Pan-Tumor Panel (Pan-Tumor_Hs)</td><td>NanoString, Seattle, WA</td><td>121300105</td><td>複数のヒト腫瘍タイプおよび上皮間葉系遷移のマーカーを標的とするタンパク質モジュール</td></tr><tr><td>GeoMx Protein Slide Prep FFPE</td><td>NanoString, Seattle, WA</td><td>121300308</td><td>GeoMX DSPタンパク質解析用サンプル調製試薬</td></tr><tr><td>LEICA Bond RX</td><td>Leica Biosystems, Wetzlar, Germany</td><td>, Contact company</td><td>Fully automated IHC stainer</td></tr><tr><td>Master Kit--12 reactions</td><td>NanoString, Seattle, WA</td><td>100052</td><td>nCounter 解析システムで使用する材料と試薬</td></tr><tr><td>nCounter 解析システム</td><td>NanoString, Seattle, WA</td><td>contact company</td> マルチ<td>プレックスターゲット発現定量自動システム (GeoMx DSP で使用)</td></tr> <tr><td>TMA Master II</td><td>3DHistech Ltd., Budapest, Hungary</td><td></td> 組織<td>マイクロアレイブロックの作成</td></tr></tbody></table>

成人型びまん性浸潤神経膠腫における微小環境のキャラクタリゼーションのためのディジタル空間プロファイリング

Digital Spatial Profiling for Characterization of the Microenvironment in Adult-Type Diffusely Infiltrating Glioma

びまん性浸潤性神経膠腫は、腫瘍転移の浸潤性の性質のために、高い罹患率および死亡率と関連している。それらは形態学的に複雑な腫瘍であり、腫瘍自体とその不均一な微小環境の両方にわたって高度なプロテオミクス変動性を有する。これらの腫瘍の悪性化の可能性は、細胞の安定性を維持し、微小環境の構造的完全性を維持するプロセスを含む、いくつかの重要な経路に関与するタンパク質の調節不全によって増強されます。バルクおよび単一細胞神経膠腫の解析は数多く行われていますが、これらのプロテオミクスデータの空間層別化は比較的不足しています。内因性腫瘍、浸潤端、微小環境の間の腫瘍形成因子と免疫細胞集団の空間分布の違いを理解することは、腫瘍の増殖と伝播の根底にあるメカニズムへの貴重な洞察を提供します。デジタル空間プロファイリング(DSP)は、これらの重要な多層解析の基盤を形成できる強力なテクノロジーです。
DSPは、組織標本中のユーザー指定の空間領域内のタンパク質発現を効率的に定量化する方法です。DSPは、区別領域内および領域間での複数のタンパク質の発現差を研究するのに理想的であり、複数のレベルの定量的および定性的分析を可能にします。DSPプロトコルは体系的でユーザーフレンドリーであり、プロテオミクスデータのカスタマイズされた空間分析を可能にします。この実験では、組織マイクロアレイは、アーカイブされた膠芽腫コア生検から構築されます。次に、サンプル内の目的のタンパク質を標的とする抗体のパネルが選択されます。次に、UV光切断可能なDNAオリゴヌクレオチドにプレコンジュゲートされた抗体を組織サンプルとともに一晩インキュベートします。抗体の蛍光顕微鏡による可視化下で、タンパク質発現を定量するための関心領域(ROI)がサンプルとともに定義されます。次に、UV光が各ROIに向けられ、DNAオリゴヌクレオチドが切断されます。オリゴヌクレオチドはマイクロ吸引され、各ROI内でカウントされ、対応するタンパク質を空間ベースで定量します。

図4 は、膠芽腫のサンプルに対して実施されたDSP実験の代表的な結果を示す。ヒートマップが表示され、DSPソフトウェアを使用してデータを視覚的にキャプチャする方法の1つが示されています。行はタンパク質ターゲットを表し、各列は関心領域に対応します。青から赤の色の範囲は、それぞれ低表現から高表現を示します。列内の色のばらつきは、地域のタンパク質の不均一性を反映しており、タンパク質発現の違いとの空間的関連の可能性を示唆しています。例えば、本実験では、S100とCD56は神経マーカーであるため普遍的に高い。
最も変動性の高いマーカーには、B7-H3、Ki-67、CD44、およびフィブロネクチンが含まれていました。これらのマーカーは、それぞれ腫瘍の増殖、遊走、および転移と重要な関連があります。したがって、悪性コア、悪性浸潤、および非悪性組織のサンプル間で地域変動を示すことは合理的です。数値データ表現も可能です。ROI内の各タンパク質マーカーの発現値を表形式で含むファイルは、数学的および統計的分析のためにエクスポートできます。この発現...

プロテオミクス調節不全は、びまん性浸潤性神経膠腫の蔓延に重要な役割を果たしますが、いくつかの関連タンパク質は未同定のままです。デジタル空間処理(DSP)は、浸潤性神経膠腫の浸潤および遊走に寄与する可能性のある候補タンパク質の発現差を特徴付けるための効率的でハイスループットなアプローチを提供します。

Diffusely infiltrating gliomas are associated with high morbidity and mortality due to the infiltrative nature of tumor spread. They are morphologically ...

デジタル空間プロファイリング(DSP)は、空間的に層別化されたタンパク質定量のための効率的な方法を提供します。その実装により、腫瘍と微小環境の異なる領域にわたるタンパク質発現を特徴付けることができます。DSPの重要な機能は、高スループットのデータ処理を可能にする多重化機能です。カスタマイズされた対象領域を定義する機能により、データ分析に空間的次元がさらに提供されます。DSPは、空間的に定量するタンパク質またはRNA発現が病理学的または生理学的プロセスの解明に役立つ可能性のあるあらゆるサンプルに適用できます。これは、地域の標的変動が悪性の成長または浸潤と相関する可能性がある腫瘍学に特に関連しています。手順を実演するのは、組織技術者のスコット・パリソウルとゲノム技術者のレイチェル・バーニーです。スライドを準備するには、まず、各生検からいくつかの2ミリメートルコアを取り出し、それらを単一の組織マイクロアレイブロックに入れます。ブロックから4ミクロンの切片を切り取り、スライドガラスに取り付けます。各スライドをスライドホルダーガスケットの内側に置き、摂氏60度で30分間インキュベートします。半自動IHCシステムでは、スライドあたり150マイクロリットルの洗浄バッファーと5ミリリットルのデッドボリュームを位置1の容器に充填し、蓋を開けたままにします。同量のブロッキング溶液を容器の位置2に充填する。試薬容器トレイを機械にロードします。[IHC の処理] を選択し、[マーカー] フィールドのドロップダウン ボックスでソリューション名をブロックする を選択します。すべてのスライドが終了したら、[閉じる]をクリックします。次に、[ラベルの印刷]をクリックし、[まだ印刷されていないすべてのスライドラベル]をオンにして、[印刷]をクリックします。スライドの上部にラベルを貼り付けます。スライドをスライドトレイにセットし、サンプルとラベルが上向きであることを確認します。LEDボタンを押してトレイを下げ、機器がスライドのスキャンと認識を開始できるようにします。[開始] ボタンをクリックして、実験を開始します。実行が完了したら、LEDボタンが緑色に点滅したらを押します。トレイを機器から取り外し、各スライドからカバータイルを慎重に持ち上げます。スライドを1Xリン酸緩衝生理食塩水に入れます。余分なバッファーを取り除き、疎水性ペンで各組織切片の輪郭を描き、疎水性バリアを作成します。スライドごとに8マイクロリットルの各抗体を添加し、バッファーWを使用して最終容量200マイクロリットルに到達することにより、抗体PCオリゴ溶液を作成します。次に、抗体PCオリゴ溶液をスライドに塗布し、スライドを摂氏4度で一晩インキュベートします。インキュベーション後、スライドを加湿トレイに入れ、1X TBSTで10分間3回洗浄します。室温で4%パラホルムアルデヒドで30分間ポストフィックスした後、1X TBSTで5分間2回洗浄します。SYTO 13核染色剤を室温で15分間加えた後、1X TBSTで2回洗浄します。コントロールセンターのデータ収集の上にマウスを置き、[新規]または[実行の続行]を選択します。ラベルをユーザーの方に向けてスライドホルダーにスライドを置きます。スライドトレイクランプを下げ、細長い窓に組織が見えるようにします。6ミリリットルのバッファSを追加します。コントロールセンターの画面の指示に従います。xスライダーとyスライダーを使用して異なる軸間をズームし、スキャンする領域を描画します。[スキャン]を選択し、定義されたターゲット領域全体が画像化されるまでスキャンを続行します。20倍の画像を生成します。各組織コアに対して直径250マイクロメートルの3つの等しいサイズの円形ROIを選択して、ROIを定義します。ROI を承認するには、[スキャン ワークスペースの終了] ボタンをクリックします。次に、UV光が抗体からオリゴを切断するのを待ちます。クリーニング機器のプロセスが完了したら、[新しいデータ収集]を選択して、現在のスライドまたはプレートを続行します。プレートアイコン領域をダブルクリックして、完成したプレートウィンドウを開きます。ハイブリダイゼーションコードパックのロット番号を入力し、[更新]をクリックします。次に、[確定]をクリックします。プロンプトに従って、スライドホルダーと収集プレートを取り外します。スライドをTBSTで保管するか、水性媒体で覆い、長期保存のためにスリップを覆います。透水性シールを使用してプレートをシールし、上部を開いた状態でサーマルサイクラーで摂氏65度で吸引液を乾燥させます。7マイクロリットルのジエチル炭酸塩処理水を加えて混合する。室温で10分間インキュベートした後、すばやくスピンダウンします。テキストプロトコルで説明されている式を適用して、適切なプローブRおよびプローブU方程式を選択して、プローブバッファーミックスを準備します。84マイクロリットルのプローブバッファーミックスを各ハイブリダイゼーションコードパックに追加します。新鮮な96ウェルハイブリダイゼーションプレートに、8マイクロリットルの各ハイブリダイゼーションコードマスターミックスを、示された行の12ウェルすべてに加える。7マイクロリットルをDSP収集プレートからハイブリダイゼーションプレート内の対応するウェルに移す。ヒートシールし、プレートを回転させ、摂氏67度で一晩インキュベートします。インキュベーション後、プレートを氷上で冷却し、素早く回転させます。各ウェルからのハイブリダイゼーション産物をストリップチューブにプールし、各ウェルを5回穏やかにピペッティングします。スピンダウンし、ストリップチューブを分析システムにロードします。DSP計測器でCDFファイルをUSBドライブに保存し、データをデジタルアナライザに転送します。画面で、[処理の開始]を押します。[高感度]、[次へ]の順に選択します。サンプルを含むウェルの数に対して [すべて選択] を押し、電子メール通知で [完了]、[次へ] の順に押します。次に、[開始]をクリックします。準備ステーションが完了したら、カートリッジを密封してデジタルアナライザに移します。カウント開始を押します。[ステージ位置] を選択します。[既存のCDFファイルをロード]を押し、以前にアップロードしたファイルを選択します。[完了]を押します。もう一度[ステージ位置]を選択し、[完了]、[開始]の順に押してプログラムを実行します。解析システムからのレポーター数変換ファイルのZIPファイルをUSBドライブに保存します。ドライブをDSPマシンに挿入します。DSPコントロールセンターで、[データ収集]にカーソルを合わせ、[アカウントのアップロード]をクリックします。関連する ZIP ファイルを選択します。DSPコントロールセンターの[レコード]をクリックします。キュー内のスキャンを表示するには、[選択したスキャンをキューに追加]、[マイ分析キュー] の順に選択します。コントロールセンターのデータ分析オプションにカーソルを合わせて、キューから新しいスタディを選択します。DSP実験は膠芽腫のサンプルに対して行われ、その結果はヒートマップとして視覚化されました。行はタンパク質ターゲットを表し、各列は関心領域に対応します。発現レベルは、低い発現を示す青から、高い発現を示す赤まで変化する色の範囲で表される。列内の色のばらつきは、地域のタンパク質の不均一性を反映しており、タンパク質発現の違いとの空間的関連の可能性を示唆しています。この実験では、S100とCD-56は神経マーカーであるため、普遍的に高かった。最も変動性の高いマーカーには、腫瘍の増殖、遊走、転移に関連することが知られているB7-H3、KI-67、CD-44、およびフィブロネクチンが含まれます。DSPは、膨大な数の候補ターゲットから、大きな地域差を示すターゲットを特定できます。これは、変動性に関連する要因と病気との関連性を調査するための基礎を築きます。

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Research

JoVE Journal

Cancer Research

がん研究

このプロトコールは、発色免疫組織化学およびImageJを用いたグリア芽腫患者切除における腫瘍微小環境成分を定量的に同定するために開発された。...

患者の膠芽細胞腫切除における細胞微小環境の定量的免疫組織化学

3 D 文化として成長した神経幹細胞は神経膠腫の生物学を勉強するための強力なツールを構成します。パラフィン包埋による神経膠腫細胞の 3次元構造を維持しながら免疫を実行するプロトコルをご紹介します。このメソッドは、幹細胞性など神経分化神経膠腫 neurosphere...

パラフィン埋め込まれた 3 D 神経膠腫 Neurosphere 文化に免疫組織化学による神経膠腫におけるバイオ マーカーの評価

ヒストンデアセチラーゼ(HDAC)阻害剤を用いた三次元(3D)侵入アッセイにおけるグリオーマ癌細胞移動に対する移行抑制剤の効果は、高分解能共焦点顕微鏡によって特徴付けられる。...

高分解能共焦点顕微鏡による3D腫瘍スフェロイド侵入に対する移動性阻害剤の効果の特徴

レーザーマイクロディション(LMD)は、グリオーマの不均一性と侵入を媒介する経路を明らかにするために使用できる、敏感で再現性の高い技術です。ここでは、レーザーLMDを用いて、トランスクリプトーム解析を用いて、グリオーマ組織から離散領域を分離するための最適化されたプロトコルについて述べている。...

腫瘍性異種性、オンコストリーム、および浸潤の空間・分子特性解析のための神経膠腫部分領域のレーザー捕捉微小切除

ここでは、パターン化されたニューロン上で神経膠芽腫(GBM)の移行を分析するための使いやすい共培養アッセイを提示する。我々は、ニューロン上のGBM細胞移動を容易に定量化するためのFiJiソフトウェアでマクロを開発し、ニューロンがGBM細胞侵襲能力を変更することを観察した。...

パターン化ニューロン上の神経膠芽腫幹細胞の共培養による移動と細胞相互作用の研究

この研究は、小児びまん性正中線グリオーマ細胞株に適用される生3D細胞免疫細胞化学のプロトコルを提示し、3D細胞の浸潤や遊走などの動的プロセス中の原形質膜上のタンパク質の発現をリアルタイムで研究するのに役立ちます。...

小児びまん性正中線神経膠腫の生3D細胞免疫細胞化学アッセイ

この研究では、3D脳腫瘍モデル、すなわち in vitro 培養、in ovo モデル、 およびin vivo...

膠芽腫のパルス電界治療のための柔軟な有機電子デバイス

私たちは、間質液の流れを組み込んだ浸潤前部の神経膠腫腫瘍微小環境を再現する方法を提示します。このモデルは、ヒアルロン酸-コラーゲンI型ハイドロゲルを組織培養インサートに含ませたもので、液圧ヘッドを適用することができる。浸潤を定量化し、細胞を単離または溶解することができます。...

間質流を有する浸潤性神経膠腫微小環境の光重合性ヒアルロン酸コラーゲンモデル

IDH1変異体びまん性低悪性度神経膠腫は、培養が困難な希少腫瘍です。私たちは、IDH1変異タンパク質の発現を保持し、数ヶ月間培養を維持するシンプルな非酵素的外植片法を紹介します。重要なことに、この技術は凍結保存された腫瘍に作用し、神経膠腫の研究に貴重なリソースを提供します。...

IDH1変異体びまん性低悪性度神経膠腫の外植片培養のためのプロトコール

ここでは、3次元(3D)神経膠腫スフェロイドと細胞外フラックス分析によるイメージングベースの正規化を統合した代謝プロファイリングプラットフォームを確立します。このアプローチにより、薬物治療に対する腫瘍代謝反応をより正確に評価できるようになり、耐性の潜在的なメカニズムについての洞察が得られます。...

薬物スクリーニングのための三次元脳腫瘍スフェロイドの代謝プロファイリングの進歩

学ぶディジタル空間プロファイリングによる成人型びまん性浸潤神経膠腫の微小環境解析。タンパク質発現の空間的定量と高スループット処理で浸潤メカニズムを解明し、新たな治療標的の同定に貢献します。

成人型びまん性浸潤神経膠腫における微小環境のキャラクタリゼーションのためのディジタル空間プロファイリング

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