カンジダ・アルビカンスにおける転写因子-DNA結合相互作用のゲノムワイドプロファイリング:包括的なCUT&RUN法とデータ解析ワークフロー
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2022年4月1日
DOI :10.3791/63655-v
2022年4月1日
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Mohammad N. Qasim*1,2 , Ashley Valle Arevalo*1,2 , Akshay D. Paropkari*1,2 , Craig L. Ennis1,2,4 , Suzanne S. Sindi3 , Clarissa J. Nobile1,4 , Aaron D. Hernday1,4
1Department of Molecular and Cell Biology, University of California, Merced, 2Quantitative and Systems Biology Graduate Program, University of California, Merced, 3Department of Applied Mathematics, University of California, Merced, 4Health Sciences Research Institute, University of California, Merced
* These authors contributed equally
このプロトコルは、ヒト真菌病原体カン ジダ・アルビカンスにおけるヌクレアーゼ(CUT&RUN)を用いた標的下での切断および放出のための実験方法およびデータ分析ワークフローを記述する。
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Chapters in this video
0:04
Introduction
0:49
Isolation of Nuclei and Primary Antibody Binding
2:40
Binding of pAG-MNase to Antibody
3:36
Library Preparation for Sequencing
5:22
CUT&RUN Sequence Analysis
5:54
Results: Quality Control Steps and Evaluation of Ndt80 and Efg1 Enriched Peaks Using CUT&RUN Protocol
7:22
Conclusion
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