低分子RNAの定量のためのAQRNA-seq

AQRNAシーケンシングは、ほぼすべての細胞または組織サンプル中のマイクロRNA、tRNA、tRNAフラグメントなどのsmall RNAを定量的にマッピングします。これは、170の既知のtRNA修飾の一部をマッピングするために使用できますが、マッピングにより特異的な他の方法があります。AQRNA-seqを使用して、RNomeの疾患バイオマーカーを発見し、システムレベルでタンパク質翻訳メカニズムを探索できます。

ほとんどのRNA-seq法では、サンプル中の個々のRNA分子の存在量を正確に定量することはできません。これは、二次構造、転写後修飾などのRNAの構造特性と、RNA上の末端ヌクレオチドによって誘導される1000倍のライゲーションバイアスなどのライブラリ調製の生化学の両方によって引き起こされます。AQRNA-seqは、サンプル中のRNA存在量の正確な定量を制限するといういくつかの技術的および生物学的課題を克服するために開発されました。

他の物質と比較して、RNA分子の再カウントとコピー数の間の直線性を達成し、正確には、参照ライブラリの75%を定量し、963のマイクロRNAを2倍の精度で圧縮します。AQRNA-seqは、small RNAの絶対定量を提供するユニークな製品です。これにより、シーケンシングの再カウントは、サンプル中のRNA分子のコピー数に直接リンクされます。

この精度は、サンプル中の数十から数百のtRNAを比較するために重要であり、条件やサンプル間での相対的な定量のみを可能にする通常のsmall RNA-seqとは異なります。AQRNA-seqは、タンパク質翻訳を理解するという満たされていないニーズのために設計されました。その結果、細胞は、修飾されたtRNAのコピー数に数十のtRNA修飾を再プログラムし、それらのtRNAに一致するコドンが豊富なメッセンジャーRNAの選択的な翻訳を可能にすることを見出しました。

AQRNA-seqは、このメカニズムの一部としてtRNAプールの変化を定量化することができます。私たちは、この新しいタンパク質翻訳モデルを検証するために、このモデルを広範囲に使用してきました。