Name: ストレプトアビジンベースの生体層干渉法によるDNA-タンパク質相互作用の解析 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-17T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: 学ぶストレプトアビジンベースの生体層干渉法によるDNA-タンパク質相互作用解析。Replication Protein Aと一本鎖DNAの結合親和性を測定し、翻訳後修飾がタンパク質機能に与える影響を評価する。

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<meta charset="utf8"></head><body>ラベルフリー法によるRPA-ssDNA結合速度の定量解析

<table><tbody><tr><td>0.5 mL マイクロ遠心チューブ</td><td>Globe Scientific</td><td>111554A</td><td></td></tr><tr><td>96 ウェル スタンダード ブラック マイクロプレート</td><td>Dot Scientific</td><td>4ti-0223</td><td></td></tr><tr><td>ビオチン化ポリ dT オリゴヌクレオチド</td><td>IDT</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ウシ血清アルブミン (BSA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A2153-10G</td><td></td></tr><tr><td>ジチオスレイトール (DTT)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSD11000-10</td><td></td></tr><tr><td>エチレンジアミン四酢酸(EDTA)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSE57020-500</td><td></td></tr>塩<tr><td>酸&nbsp;</td><td>フィッシャーサイエンティフィック&nbsp;</td><td>A144-500</td><td></td></tr><tr><td>キムテックサイエンスキムワイプ&nbsp;</td><td>Kimtech</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>Octet N1ソフトウェア</td><td>ザルトリウス&nbsp;</td><td>1.4.0.13</td><td></td></tr><tr><td>オクテットSAバイオセンサー&nbsp;</td><td>ザルトリウス&nbsp;</td><td>18-5019</td><td></td></tr><tr><td>PBS pH 7.2 (10x)</td><td>Gibco</td><td>1666711</td><td></td></tr><tr><td>Personal Assay Octet N1 System</td><td>ザルトリウス&nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>リン酸&nbsp;</td><td>Ward's Science</td><td>470302-024</td><td></td></tr><tr><td>塩化ナトリウム(NaCl)</td><td>ドットサイエンティフィック</td><td>DSS23020-5000</td><td></td></tr><tr><td>トリスベース</td><td>ドットサイエンティフィック</td><td>DST60040-5000</td><td></td></tr><tr><td>Tween20&nbsp;</td><td>バイオ・ラッド</td><td>170-6531</td><td></td></tr></tbody></table>

ストレプトアビジンベースの生体層干渉法によるdna-タンパク質相互作用の解析

Analyzing DNA-Protein Interactions with Streptavidin-Based Biolayer Interferometry

BLIでは、白色光はバイオレイヤー/バッファーの界面と内部基準界面から分光器に反射されます。結果として生じる干渉パターンが記録され、スペクトルシフトが一定期間にわたって測定され、結合曲線の応答としてnmで表されます。 図1に、分析物が結合する場合とない場合のバイオセンサーチップと、それに対応するスペクトル波長シフト(nm)を示す代表的な図を示します。結合曲線は、 図 2 に示すように、ベースライン、ベイト負荷量、分析種の会合とそれに続く分析種の解離に対応しています。
このアッセイでは、プロトコルに記載されているようにBLIキネティクスバッファーを調製し、3'Bio-ss-poly(dT)32ストックおよびRPAタンパク質ストックの作製に使用しました。アッセイ全体のすべての希釈液に同じバッファーを使用することが推奨されます。ストレプトアビジンバイオセンサーをBLIキネティクスバッファーで室温で水和した後、3'Bio-ss-poly(dT)<su...

ストレプトアビジンベースの生体層干渉法によるDNA-タンパク質相互作用の解析

Protein-DNA interactions underpin essential cellular processes. Understanding these interactions is critical for elucidating the molecular mechanisms of ...

analyzing-dna-protein-interactions-with-streptavidin-based-biolayer

Research

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Biochemistry

生物化学

このビデオでは、リガンドと標的分析物との間の分子間相互作用をリアルタイムで検出するバイオレイヤー干渉法(BLI)技術を実演します。BLIは、バイオセンサー表面の固定化されたリガンドの層から反射された白色光が溶液中の分析対象物と相互作用する際の干渉パターンの変化を測定します。...

リガンドと分析物間の相互作用を検出するためのバイオレイヤー干渉法技術

ここプロトコルは、バイオレイヤー干渉法によるタンパク質 - タンパク質相互作用のカイネティックアッセイを記載する。細胞のエネルギー代謝に関与するF型ATP合成酵素、細菌中のεサブユニットによって阻害することができる。私たちは、εの阻害C末端ドメインと触媒の複合体の相互作用を研究するバイオレイヤー干渉法を適応している。...

タンパク質 - タンパク質相互作用およびアロステリックリガンド効果の反応速度を測定するためのバイオレイヤー干渉法

ここでは、二枚の光学トラップされたマイクロスフェアの間に懸架単一のDNA分子と相互作用する単一の蛍光標識タンパク質分子を検出するための機器および方法が記載されている。...

タンパク質-DNA相互作用の研究のための単一分子マニピュレーションとイメージングを組み合わせる

ここでアセンブリと biolayer 干渉計 (結合) による炭疽菌毒素の分解を監視するためのプロトコルを提案する.次のアセンブリ/分解バイオ...

動的タンパク質複合体の分析の組み立てし、質量分析法と電子顕微鏡を用いた Biolayer 干渉法によるバイオ センサーから解放

RNAポリメラーゼとの転写因子(TF)の相互作用は、通常、プルダウンアッセイを用いて研究される。我々は、クラミジアRNAポリメラーゼとのGrgAの相互作用を特徴付けるためにバイオレイヤー干渉計(BLI)技術を適用する。プルダウンアッセイと比較して、BLIはリアルタイムの関連付けと解離を検出し、より高い感度を提供し、高い定量性を提供します。...

転写におけるタンパク質とタンパク質の相互作用を研究するための生体層干渉計(BLI)の応用

コンフォメーションの柔軟性は、タンパク質の機能に重要な役割を果たしています。本明細書において、我々は、規則及び不規則タンパク質に機能を駆動急速な構造変化をプロービングするための水素 - 重水素交換に結合された時間分解エレクトロスプレーイオン化質量分析法の使用を記載しています。...

時間分解エレクトロスプレーイオン化水素 - 重水素交換質量分析タンパク質の構造とダイナミクスを学ぶために

このプロトコールは、機能的ミトコンドリア電子輸送鎖複合体（Cx）IVおよびそれらのスーパーコンプレックスの、それらのアセンブリおよび構造に関する情報を明らかにするための天然の電気泳動の分離を記載する。天然ゲルは、イムノブロッティング、ゲル内アッセイ、および電気溶出による精製を受けて、個々の複合体をさらに特徴付けることができる。...

ネイティブ電気泳動、インゲルアッセイおよび電気溶出を用いたミトコンドリア電子輸送鎖のスーパーコンプレックスの解析

折りたたみと結合差動スキャン熱量測定による不耐熱配位子との相互作用は生体分子の迅速な評価のためのプロトコルを提案します。...

急速に折りたたみと結合の相互作用を特徴付ける不耐熱配位子を持つ生体分子 DSC プロファイルを測定

ここのプロトコルでは、小分子脂質リガンド ホスファチジルイノシトール 4, 5-ビスリン酸 (PIP2) と精製 hEAG1 イオン チャネル蛋白質の相互作用について説明します。測定は、バリでした小分子イオン チャネル...

バイオ層干渉法による小分子とイオン チャネル蛋白質の相互作用の動力学をキャプチャ

サイト指示された突然変異誘発は、デオキシリボ核酸 (DNA) の特定の突然変異を導入する技術です。このプロトコルは、2 ステップでサイト指示された突然変異誘発を行う方法をについて説明し、3 ステップのポリメラーゼの連鎖反応 (PCR) ベースのアプローチは、興味の DNA...

サイト指示された突然変異誘発のため生体外でそしてエシェリヒア属大腸菌の RNA 相互作用に代表される生体実験

学ぶストレプトアビジンベースの生体層干渉法によるDNA-タンパク質相互作用解析。Replication Protein Aと一本鎖DNAの結合親和性を測定し、翻訳後修飾がタンパク質機能に与える影響を評価する。

ストレプトアビジンベースの生体層干渉法によるDNA-タンパク質相互作用の解析

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