2024年7月26日
蛍光標識され、完全に再構成されたCdc45/Mcm2-7/GINS(CMG)ヘリカーゼの動きを光学トラップに保持された直鎖状DNA分子上で直接画像化および定量化するためのハイブリッドアンサンブルおよび単一分子アッセイを報告します。
私たちは、真核生物のレプリソームのさまざまな構成要素の運動ダイナミクスを単一分子レベルで研究しています。細胞がすべての細胞サイクルで全ゲノムを複製する方法を深く定量的に理解するために。2015年のブレークスルーでは、真核生物のDNA複製が精製されたタンパク質成分からin vitroで完全に再構成されました。
これにより、システムを大幅に制御できるようになりました。それ以来、DNA複製のさまざまな段階に関する疑問に答えるために広く使用され、時間的および空間的な解像度が向上しています。そして、これはクライオ電子顕微鏡や単一分子生物物理学などの補完的なアプローチを使用して行われました。
単一分子分野では、このシステムの最大の課題の1つは、関与するタンパク質の数と、単一分子イメージングを複雑にする可能性があるため、反応全体の効率を最大化するためにこれらの成分が必要な濃度です。ここで説明するプロトコルでは、タンパク質複合体を最初にアンサンブル生化学を使用して効率的な方法で組み立ててから、単一分子の設定で導入および研究するハイブリッドアプローチを導入します。これにより、単一分子レベルで2つの高濃度のタンパク質が導入されるのを回避できます。
このアプローチは、DNA上の複製ヘリカーゼCMGの挙動を、起源ベースの経路を介したアセンブリ後の単一分子レベルで研究する方法を示しています。しかし、このアプローチは、他の多くの種類のDNA結合タンパク質複合体のダイナミクスを研究するためにも使用できます。
本研究では、線状DNA上のCMGヘリカーゼの運動ダイナミクスを調査するための、ハイブリッドアンサンブル解析および単分子アッセイを提示します。アンサンブル生化学と単分子イメージングを組み合わせることで、DNA複製プロセスの理解を深めることを目的としています。
完全に再構成したCMGヘリカーゼダイナミクスの定量的イメージングにより、DNA複製ターゲットの検証における極めて初期段階でのメカニズム的なリスク低減が可能になります。このハイブリッドアンサンブルおよび単一分子アッセイは、複雑なタンパク質複合体の形成および活性化ステップを解析するための前例のない解像度を提供し、創薬段階におけるDNA複製ターゲットの予測精度を向上させます。このアプローチは、複製装置のターゲットを優先順位付けし、リード化合物同定戦略を最適化しようとするバイオ医薬品開発チームにとって直接的に有用です。
このハイブリッドアッセイは、アンサンブル生化学と単一分子イメージングを橋渡しするものであり、DNA複製の標的に対する初期探索とリード化合物特定の間を繋ぐインターフェースとして機能します。