Name: 極低温電子顕微鏡のためのサンプル調製の最適化 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-11T12:40:00.000+00:00
Duration: 6 min 32 s
Description: 学ぶ極低温電子顕微鏡のサンプル調製最適化法。Methanocaldococcus jannaschiiを用いて不均一粒子分布を解決し、高分子構造解析の分解能向上に貢献する実用的プロトコルを解説します。

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<ol><li>Faruqi, A. R., Mcmullan, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electronic+detectors+for+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Q+Rev+Biophys%22%5BJournal%5D)">Electronic detectors for electron microscopy.</a> Q Rev Biophys. 44 (3), 357-390 (2011).</li>
<li>Hamaguchi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+cryo-EM+system+for+single+particle+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">A new cryo-EM system for single particle analysis.</a> J Struct Biol. 207 (1), 40-48 (2019).</li>
<li>Kimanius, D., Dong, L., Sharov, G., Nakane, T., Scheres, S. H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+tools+for+automated+cryo-Em+single-particle+analysis+in+relion-4.0%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+J%22%5BJournal%5D)">New tools for automated cryo-Em single-particle analysis in relion-4.0.</a> Biochem J. 478 (24), 4169-4185 (2021).</li>
<li>Punjani, A., Fleet, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3Dflex%3A+Determining+structure+and+motion+of+flexible+proteins+from+cryo-Em%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">3Dflex: Determining structure and motion of flexible proteins from cryo-Em.</a> Nat Methods. 20 (6), 860-870 (2023).</li>
<li>Chen, M., Schmid, M. F., Chiu, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+resolution+and+resolvability+of+single-particle+cryo-EM+structures+using+gaussian+mixture+models%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Improving resolution and resolvability of single-particle cryo-EM structures using gaussian mixture models.</a> Nat Methods. 21 (1), 37-40 (2024).</li>
<li>Arnold, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Miniaturizing+em+sample+preparation%3A+Opportunities%2C+challenges%2C+and+%26%2334%3Bvisual+proteomics%26%2334%3B%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Miniaturizing em sample preparation: Opportunities, challenges, and &#34;visual proteomics&#34;.</a> Proteomics. 18 (5-6), e1700176(2018).</li>
<li>Drulyte, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Approaches+to+altering+particle+distributions+in+cryo-electron+microscopy+sample+preparation%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Approaches to altering particle distributions in cryo-electron microscopy sample preparation.</a> Acta Crystallogr D Struct Biol. 74 (Pt 6), 560-571 (2018).</li>
<li>Han, B. G., Avila-Sakar, A., Remis, J., Glaeser, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Challenges+in+making+ideal+cryo-Em+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Challenges in making ideal cryo-Em samples.</a> Curr Opin Struct Biol. 81, 102646(2023).</li>
<li>Lyumkis, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Challenges+and+opportunities+in+cryo-em+single-particle+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Challenges and opportunities in cryo-em single-particle analysis.</a> J Biol Chem. 294 (13), 5181-5197 (2019).</li>
<li>Naydenova, K., Russo, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+the+effects+of+particle+orientation+to+improve+the+efficiency+of+electron+cryomicroscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Measuring the effects of particle orientation to improve the efficiency of electron cryomicroscopy.</a> Nat Commun. 8 (1), 629(2017).</li>
<li>Tan, Y. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Addressing+preferred+specimen+orientation+in+single-particle+cryo-em+through+tilting%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Addressing preferred specimen orientation in single-particle cryo-em through tilting.</a> Nat Methods. 14 (8), 793-796 (2017).</li>
<li>Liu, Y. T., Hu, J., Zhou, Z. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resolving+the+preferred+orientation+problem+in+cryo-EM+reconstruction+with+self-supervised+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Microsc+Microanal%22%5BJournal%5D)">Resolving the preferred orientation problem in cryo-EM reconstruction with self-supervised deep learning.</a> Microsc Microanal. 29 (Supplement_1), 1918-1919 (2023).</li>
<li>Choy, B. C., Cater, R. J., Mancia, F., Pryor, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+10-year+meta-analysis+of+membrane+protein+structural+biology%3A+Detergents%2C+membrane+mimetics%2C+and+structure+determination+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta+Biomembr%22%5BJournal%5D)">A 10-year meta-analysis of membrane protein structural biology: Detergents, membrane mimetics, and structure determination techniques.</a> Biochim Biophys Acta Biomembr. 1863 (3), 183533(2021).</li>
<li>Li, B., Zhu, D., Shi, H., Zhang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+charge+on+protein+preferred+orientation+at+the+air-water+interface+in+cryo-electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Effect of charge on protein preferred orientation at the air-water interface in cryo-electron microscopy.</a> J Struct Biol. 213 (4), 107783(2021).</li>
<li>Chen, J., Noble, A. J., Kang, J. Y., Darst, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eliminating+effects+of+particle+adsorption+to+the+air%2Fwater+interface+in+single-particle+cryo-electron+microscopy%3A+Bacterial+RNA+polymerase+and+CHAPSO%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol+X%22%5BJournal%5D)">Eliminating effects of particle adsorption to the air/water interface in single-particle cryo-electron microscopy: Bacterial RNA polymerase and CHAPSO.</a> J Struct Biol X. 1, 100005(2019).</li>
<li>Da Fonseca, P. C. A., Morris, E. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryo-EM+reveals+the+conformation+of+a+substrate+analogue+in+the+human+20s+proteasome+core%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Commun%22%5BJournal%5D)">Cryo-EM reveals the conformation of a substrate analogue in the human 20s proteasome core.</a> Nature Commun. 6 (1), 7575(2015).</li>
<li>Nguyen, T. H. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryo-EM+structure+of+the+yeast+u4%2Fu6.U5+tri-snrnp+at+3.7+%C3%A5+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Cryo-EM structure of the yeast u4/u6.U5 tri-snrnp at 3.7 å resolution.</a> Nature. 530 (7590), 298-302 (2016).</li>
<li>Pantelic, R. S., Meyer, J. C., Kaiser, U., Baumeister, W., Plitzko, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Graphene+oxide%3A+A+substrate+for+optimizing+preparations+of+frozen-hydrated+samples%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Graphene oxide: A substrate for optimizing preparations of frozen-hydrated samples.</a> J Struct Biol. 170 (1), 152-156 (2010).</li>
<li>Palovcak, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+and+robust+procedure+for+preparing+graphene-oxide+cryo-em+grids%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">A simple and robust procedure for preparing graphene-oxide cryo-em grids.</a> J Struct Biol. 204 (1), 80-84 (2018).</li>
<li>Meyerson, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Self-assembled+monolayers+improve+protein+distribution+on+holey+carbon+cryo-EM+supports%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Self-assembled monolayers improve protein distribution on holey carbon cryo-EM supports.</a> Sci Rep. 4 (1), 7084(2014).</li>
<li>Patel, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+human+tfiid+and+mechanism+of+TBP+loading+onto+promoter+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Structure of human tfiid and mechanism of TBP loading onto promoter DNA.</a> Science. 362 (6421), eaau8872(2018).</li>
<li>Lander, G. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+subunit+architecture+of+the+proteasome+regulatory+particle%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Complete subunit architecture of the proteasome regulatory particle.</a> Nature. 482 (7384), 186-191 (2012).</li>
<li>Tan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Addressing+preferred+specimen+orientation+in+single-particle+cryo-em+through+tilting%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Addressing preferred specimen orientation in single-particle cryo-em through tilting.</a> Nat Methods. 14 (8), 793-796 (2017).</li>
<li>Carragher, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+outcomes+when+optimizing+%27standard%27+sample+preparation+for+single-particle+cryo-em%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Current outcomes when optimizing 'standard' sample preparation for single-particle cryo-em.</a> J Microsc. 276 (1), 39-45 (2019).</li>
<li>Xu, Y., Dang, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+technical+advances+in+sample+preparation+for+single-particle+cryo-em%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Biosci%22%5BJournal%5D)">Recent technical advances in sample preparation for single-particle cryo-em.</a> Front Mol Biosci. 9, 892459(2022).</li>
<li>Lee, J., Ryu, B., Kim, T., Kim, K. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryo-em+structure+of+a+16.5-kda+small+heat-shock+protein+from+Methanocaldococcus+jannaschii%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Macromol%22%5BJournal%5D)">Cryo-em structure of a 16.5-kda small heat-shock protein from Methanocaldococcus jannaschii.</a> Int J Biol Macromol. 258 (Pt 1), 128763(2024).</li>
<li>Kim, K. K., Kim, R., Kim, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crystal+structure+of+a+small+heat-shock+protein%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Crystal structure of a small heat-shock protein.</a> Nature. 394 (6693), 595-599 (1998).</li>
<li>Chakavarti, B., Chakavarti, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electrophoretic+separation+of+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Electrophoretic separation of proteins.</a> J Vis Exp. (16), e758(2008).</li>
<li>Bradford, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+and+sensitive+method+for+the+quantitation+of+microgram+quantities+of+protein+utilizing+the+principle+of+protein-dye+binding%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding.</a> Anal Biochem. 72, 248-254 (1976).</li>
<li>Kim, K. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((crystallization%2C+and+preliminary+x-ray+crystallographic+data+analysis+of+small+heat+shock+protein+homolog+from+Methanococcus+jannaschii%2C+a+hyperthermophile%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">crystallization, and preliminary x-ray crystallographic data analysis of small heat shock protein homolog from Methanococcus jannaschii, a hyperthermophile.</a> J Struct Biol. 121 (1), 76-80 (1998).</li>
<li>Kim, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+mechanism+of+chaperone+activity+of+the+small+heat-shock+protein+of+Methanococcus+jannaschii%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">On the mechanism of chaperone activity of the small heat-shock protein of Methanococcus jannaschii.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 100 (14), 8151-8155 (2003).</li>
<li>Shi, J., Koteiche, H. A., Mchaourab, H. S., Stewart, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryoelectron+microscopy+and+EPR+analysis+of+engineered+symmetric+and+polydisperse+hsp16.5+assemblies+reveals+determinants+of+polydispersity+and+substrate+binding%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Cryoelectron microscopy and EPR analysis of engineered symmetric and polydisperse hsp16.5 assemblies reveals determinants of polydispersity and substrate binding.</a> J Biol Chem. 281 (52), 40420-40428 (2006).</li>
<li>Kim, R., Kim, K. K., Yokota, H., Kim, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+heat+shock+protein+of+Methanococcus+jannaschii%2C+a+hyperthermophile%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Small heat shock protein of Methanococcus jannaschii, a hyperthermophile.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 95 (16), 9129-9133 (1998).</li>
<li>Zbacnik, T. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+buffers+in+protein+formulations%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pharm+Sci%22%5BJournal%5D)">Role of buffers in protein formulations.</a> J Pharm Sci. 106 (3), 713-733 (2017).</li>
<li>Collins, B., Stevens, R. C., Page, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crystallization+optimum+solubility+screening%3A+Using+crystallization+results+to+identify+the+optimal+buffer+for+protein+crystal+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+Sect+F+Struct+Biol+Cryst+Commun%22%5BJournal%5D)">Crystallization optimum solubility screening: Using crystallization results to identify the optimal buffer for protein crystal formation.</a> Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 61 (Pt 12), 1035-1038 (2005).</li>
<li>D'arcy, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crystallizing+proteins+-+A+rational+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D+Biol+Crystallogr%22%5BJournal%5D)">Crystallizing proteins - A rational approach.</a> Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 50 (Pt 4), 469-471 (1994).</li>
<li>Jancarik, J., Pufan, R., Hong, C., Kim, S. H., Kim, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimum+solubility+%28os%29+screening%3A+An+efficient+method+to+optimize+buffer+conditions+for+homogeneity+and+crystallization+of+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D+Biol+Crystallogr%22%5BJournal%5D)">Optimum solubility (os) screening: An efficient method to optimize buffer conditions for homogeneity and crystallization of proteins.</a> Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 60 (Pt 9), 1670-1673 (2004).</li>
<li>Zhang, C. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+strategy+for+selecting+the+ph+of+protein+solutions+to+enhance+crystallization%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+Sect+F+Struct+Biol+Cryst+Commun%22%5BJournal%5D)">A strategy for selecting the ph of protein solutions to enhance crystallization.</a> Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 69 (Pt 7), 821-826 (2013).</li>
<li>Basanta, B., Hirschi, M. M., Grotjahn, D. A., Lander, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+case+for+glycerol+as+an+acceptable+additive+for+single-particle+cryo-EM+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">A case for glycerol as an acceptable additive for single-particle cryo-EM samples.</a> Acta Crystallogr D Struct Biol. 78 (Pt 1), 124-135 (2022).</li>
<li>Michon, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+surfactants+in+electron+cryo-microscopy+film+preparation%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+J%22%5BJournal%5D)">Role of surfactants in electron cryo-microscopy film preparation.</a> Biophys J. 122 (10), 1846-1857 (2023).</li>
<li>Chen, S., Li, J., Vinothkumar, K. R., Henderson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interaction+of+human+erythrocyte+catalase+with+air-water+interface+in+cryo-EM%5BTitle%5D)+AND+%22Microscopy+%28Oxf%29%22%5BJournal%5D)">Interaction of human erythrocyte catalase with air-water interface in cryo-EM.</a> Microscopy (Oxf). 71 (Supplement_1), i51-i59 (2022).</li>
<li>Vinothkumar, K. R., Henderson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single+particle+electron+cryomicroscopy%3A+Trends%2C+issues+and+future+perspective%5BTitle%5D)+AND+%22Q+Rev+Biophys%22%5BJournal%5D)">Single particle electron cryomicroscopy: Trends, issues and future perspective.</a> Q Rev Biophys. 49, e13(2016).</li>
<li>Kim, L. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+cryo-em+single+particle+analysis+workflow%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Biosci%22%5BJournal%5D)">Benchmarking cryo-em single particle analysis workflow.</a> Front Mol Biosci. 5, 50(2018).</li>
<li>Bagby, S., Tong, K. I., Liu, D., Alattia, J. R., Ikura, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+button+test%3A+A+small+scale+method+using+microdialysis+cells+for+assessing+protein+solubility+at+concentrations+suitable+for+NMR%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+NMR%22%5BJournal%5D)">The button test: A small scale method using microdialysis cells for assessing protein solubility at concentrations suitable for NMR.</a> J Biomol NMR. 10 (3), 279-282 (1997).</li>
<li>Gewering, T., Januliene, D., Ries, A. B., Moeller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Know+your+detergents%3A+A+case+study+on+detergent+background+in+negative+stain+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Know your detergents: A case study on detergent background in negative stain electron microscopy.</a> J Struct Biol. 203 (3), 242-246 (2018).</li>
<li>Thompson, R. F., Walker, M., Siebert, C. A., Muench, S. P., Ranson, N. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+introduction+to+sample+preparation+and+imaging+by+cryo-electron+microscopy+for+structural+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">An introduction to sample preparation and imaging by cryo-electron microscopy for structural biology.</a> Methods. 100, 3-15 (2016).</li>
<li>Weissenberger, G., Henderikx, R. J. M., Peters, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Understanding+the+invisible+hands+of+sample+preparation+for+cryo-em%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Understanding the invisible hands of sample preparation for cryo-em.</a> Nat Methods. 18 (5), 463-471 (2021).</li>
<li>Earl, L. A., Falconieri, V., Milne, J. L., Subramaniam, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryo-EM%3A+Beyond+the+microscope%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Cryo-EM: Beyond the microscope.</a> Curr Opin Struct Biol. 46, 71-78 (2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>14 mL丸底チューブ</td><td>SPL Life Sciences</td><td>40114</td><td></td></tr><tr><td>250 &micro;L ガスタイト シリンジ モデル 1725 LTN</td><td>ハミルトン</td><td>81100</td><td>セメント針、22s ゲージ、2 インチ、ポイント スタイル 2</td></tr><tr><td>50 & マイクロ;L透析ボタン</td><td>ハンプトンリサーチ</td><td>HR3-326</td><td></td></tr><tr><td>50 mLガラスビー</td><td>カーDIAMOND</td><td>HA.1010D.50</td><td></td></tr><tr><td>&Auml;KTA pure 25 L</td><td>Cytiva</td><td>29018224</td><td>FPLC</td></tr><tr><td>Amicon Ultra-15 遠心フィルターユニット</td><td>ミリポア</td><td></td><td>UFC905024 50-KDa NMWL</td></tr><tr><td>Bradford 試薬</td><td>Supelco</td><td>B6916</td><td></td></tr><tr><td>Dumoxel Style N5</td><td>Dumont</td><td>0103-N5-PO</td><td></td></tr><tr><td>Glacios 2 Cryo-TEM</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>GLACIOSTEM</td><td></td></tr><tr><td>HiLoad 16/600 Superdex 200 pg</td><td>Cytiva</td><td>28989335</td><td></td></tr><tr><td>マイクロ遠心チューブ 1.5 mL</td><td>HD マイクロ</td><td>H23015</td><td></td></tr><tr><td>PCR チューブ 0.2 mL、フラットキャップ</td><td>Axygen</td><td>PCR-02-C</td><td></td></tr><tr><td>PELCO easiGlow グロー 放電ユニット</td><td>Ted Pella</td><td>91000</td><td></td></tr><tr><td>PELCO TEM グリッドホルダーブロック</td><td>Ted Pella</td><td>16820-25</td><td></td></tr><tr><td>Quantifoil R 1.2/1.3 200 メッシュ、Cu</td><td>電子顕微鏡科学</td><td>Q2100CR1.3</td><td></td></tr><tr><td>Spectra/Por 3 RC 透析メンブレンチューブ&nbsp;</td><td>フィッシャーサイエンティフィック</td><td>086705B</td><td>3500 ダルトン MWCO</td></tr><tr><td>スーパース 6 増加 10/300 GL</td><td>サイティバ</td><td>29091596</td><td></td></tr><tr><td>酢酸ウラニル</td><td>メルク</td><td>8473</td><td></td></tr><tr><td>Vitrobot Mark IV</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>VITROBOT</td><td></td></tr><tr><td>VitroEase バッファー スクリーニング キットと洗剤</td><td>サーモフィッシャー サイエンティフィック</td><td>A49856</td><td></td></tr></tbody></table>

極低温電子顕微鏡のためのサンプル調製の最適化

Optimizing Sample Preparation for Cryogenic Electron Microscopy

MjsHSP16.5の最適なグリッド条件を特定するために、主にさまざまなタンパク質バッファー条件の調査に焦点を当てた最初のクライオEMスクリーニングが実施されました:(1)MjsHSP16.5の安定性と均質性を確保し、その結晶化に重要な最終精製バッファー30;(2)高品質のMjsHSP16.5結晶の成長に必要な条件から適応したバッファー30;(3)以前にMjsHSP16.531,32の電子顕微鏡(EM)研究で使用されたバッファー。
バッファーの最適化(ステップ3で説明したマイクロダイアリシスボタンを使用したバッファー交換)と並行して、ステップ4で概説したように、グリッドの表面電荷を変更するために、さまざまなグロー放電パラメータを調べました。グリッドは、放電されないまま(疎水性)か、グロー放電されて、負または正の電荷を持つ親水性の表面を作り出しました。バッファやグリッドの電...

Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has revolutionized structural biology by enabling the study of macromolecular structures in near-native ...

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Research

JoVE Journal

Biochemistry

生物化学

クライオ電子顕微鏡、走査型（SEM）のいずれか、または送信（TEM）は、広く高含水率1を有する生物学的試料または他の材料の特徴付けのために使用される。 SEM /集束イオンビーム（FIB）は、試料中の関心対象の特徴を識別し、クライオTEMへの転送のために薄い電子透過性のラメラを抽出するために使用される。...

集束イオンビームを用いて低温電子顕微鏡標本の準備

この論文は、高分子のほぼネイティブな状態の高品質な顕微鏡画像を取得するために使用されるクライオ電子顕微鏡法について説明しています。この方法は、高分子の3D再構成を生成するために考案された単一粒子アプローチを使用したさらなるコンピュータ化された処理に適した画像を生成します。...

高分子の3次元再構成のための試料調製のプライマーおよび高品質データ収集：クライオ電子顕微鏡ののいいことといけないことをやる

楽器と透過型電子顕微鏡のためのナノリットル サイズ サンプル ボリュームの準備のためのメソッドが表示されます。これは蛋白質の大幅にサンプルの損失を削減し、単一細胞ライセート visual...

透過電子顕微鏡用小型サンプル準備

2 つのサンプル処理技術、高圧凍結を組み合わせることのためのプロトコルの紹介、マイクロ波試料処理は続いて集束イオンビームのビーム走査型電子顕微鏡 (FIB SEM)...

高圧急速凍結、マイクロ波を用いたコントラスト強調、およびボリューム イメージングのために埋め込む最小限の樹脂による生体試料作製

このプロトコルは、シンクロトロンベースのX線吸収分光法実験のために生物学的クライオサンプルを調製するための詳細な手順を提示する。サンプル調製と凍結保存を最適化するために必要なすべてのステップを、がん細胞と植物プランクトン細胞を用いたプロトコルの例で説明します。この方法は、サンプルクライオ調製の普遍的な標準を提供します。...

高分解能X線吸収分光法を用いた極低温でのスペシエーションのための生体試料調製

極低温集束イオンビーム(FIB)および走査型電子顕微鏡(SEM)技術は、無傷の固液界面の化学的性質および形態に関する重要な洞察を提供することができる。このような界面の高品質のエネルギー分散型X線(EDX)分光マップを調製するための方法は、エネルギー貯蔵デバイスに焦点を当てて詳述されている。...

クライオ集束イオンビームフライス加工と走査型電子顕微鏡・分光法の結合による液体-固体界面のナノスケール特性評価

データの信号対雑音比は、マイクロクリスタルからのX線回折測定を行う上で最も重要な考慮事項の1つです。VMXmビームラインは、このような実験のための低ノイズ環境とマイクロビームを提供します。ここでは、VMXmおよび他のマイクロフォーカス高分子結晶結晶ビームライン用のマイクロ結晶を取り付け、冷却するためのサンプル調製方法について述べる。...

VMXmビームラインにおける微結晶のサンプル調製パイプライン

cryoEMを用いた高分子複合体の構造決定は、ある種のタンパク質や複合体に対して日常的なものとなっている。ここでは、このパイプラインが要約され(サンプルの準備、スクリーニング、データの取得と処理)、読者は、より困難な標本の場合に変更される可能性があり、さらに詳細なリソースと変数に向けられています。...

単粒子クライオ電子顕微鏡:試料から構造まで

この原稿は、単粒子低温電子顕微鏡用の生物学的標本を手動で凍結するブロット・アンド・プランジ法の概要を説明している。...

単粒子低温電子顕微鏡用生体試料の手動ブロットとプランジ凍結

ここでは、クライオ電子線トモグラフィー用の細胞サンプルの調製をガイドするための3D相関集束イオンビームミリングのパイプラインを紹介します。目的の蛍光タグ付きタンパク質の3D位置は、まずクライオ蛍光顕微鏡で決定され、次にミリングの標的となります。このプロトコルは、哺乳類、酵母、および細菌細胞に適しています。...

高分解能クライオ電子線トモグラフィーのための3D相関集束イオンビームミリングによるサンプル調製

哺乳類細胞の in situ クライオトモグラフィーのためのサンプル調製

学ぶ極低温電子顕微鏡のサンプル調製最適化法。Methanocaldococcus jannaschiiを用いて不均一粒子分布を解決し、高分子構造解析の分解能向上に貢献する実用的プロトコルを解説します。

極低温電子顕微鏡のためのサンプル調製の最適化

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