Stereo-seq による 種に依存しないトランスクリプトームの包括的な空間プロファイリング
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10:22 分
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2025年10月31日
DOI :10.3791/68619-v
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Anna K. Casasent*1 , Danielle L. Stolley*1 , Basant T. Gamal*2 , Arnold Dahay2 , Samuel Mok2 , Lidia Rocha3 , Vincent Li3 , Arizona T. Nguyen3 , Boyu Zhang4 , Clay T. Brasuell4 , Erika J. Thompson4 , Thomas Huynh3 , Jared K. Burks1 , Sammy Ferri-Borgogno2
1Department of Hematopoietic Biology and Malignancies, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, 2Department of Gynecologic Oncology and Reproductive Medicine, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, 3Department of Veterinary Medicine & Surgery, University of Texas MD Anderson Cancer Center, 4Department of Genetics, The University of Texas MD Anderson Cancer Center
* These authors contributed equally
この記事では、組織構造を維持しながら多様なトランスクリプトームの高解像度マッピングを可能にするStereo-seqを使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋組織切片から宿主、ウイルス、真菌、およびマイクロバイオームRNAの包括的な空間トランスクリプトームプロファイリングを実行するプロトコルを紹介します。
Chapters in this video
0:00
Introduction
0:58
Stereo-Seq Random Oligonucleotide Capture Chip (N-Chip) Preparation
3:06
Nuclear Imaging and ssDNA Staining of the FFPE Tissue Sections
5:08
Decrosslinking Process of the Stained FFPE Sections
7:43
Collection of the cDNA Release Mix
8:56
Results
9:36
Conclusion
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