우리는 환경 mRNA로부터 cDNA 생성하는 방법을 제시한다. 일반적으로, 총 RNA는 먼저 환경에서 수집, rRNA는 선택, 제거 mRNA가 선택적으로 증폭되고 농축 mRNA 수영장에서 합성된 cDNA가 합성됩니다. 복구된 시퀀스는 표현 유전자를 식별하는 표준 생물 정보학 기술을 사용하여 주석하실 수 있습니다.
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이 논문에서
요약
초록
metagenomics 유사, 환경 transcriptomics (metatranscriptomics) 검색 및 커뮤니티 표현이 될 일을 유전자의 사전 지식없이도 미생물의 조립에서 시퀀스 환경 mRNAs합니다. 그러므로 그것은 사회의 유전자 발현에 가장 불편 관점을 제공합니다
프로토콜
RNA 작업
RNases는 유비 쿼터스하고 mRNAs 미행해야하며 샘플을 처리하거나 가능한 한 빨리 다음과 같은 모음으로 보존되어야 ribonuclease없는 환경에서 작업을 위해 신속하게 표준 예방 조치를 저하 때문입니다.
1 부 : 환경 RNA 컬렉션 (0.2-3.0 μm의 크기 분율에 바이오 매스를 수집하기위한)
소모품이 필요 :
Masterflex 튜빙
연동 펌프
3 μm의 대량 내기 캡슐 필터
0.22 μm의 Supor 또는 폴리 카보 네이트 142mm 필터
142mm 필터 타워 (Geotech 환경 장비)
10-20 L 상자 속에 든 대형 유리병 (졸업)
월 팩
액체 질소
RLT 버퍼 (Qiagen)
베타 - 메르 캅 토 에탄올
설정 :
필터를 취급하거나 필터 라인의 내부 구성 요소를 만지 때마다 청소 장갑을 착용한다. 집게가 선호 에탄올로 가득 깨끗하고, 50 ML 원뿔 튜브에 보관해야합니다. 성적 증명서 수영장의 주요 변경을 방지하기 위해....
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토론
천연 미생물 커뮤니티에 의해 유전자 발현의 조사 미생물의 생태 역할과 기능을 탐구하는 수단으로 최근 몇 년 동안 일반되었다. 해양 미생물의 감지, 부량, 그리고 특성화와 함께 사용, 유전자 발현의 분석은 자연 미생물 지역 사회에 기능 phylogeny를 연결하는 데 사용할 수 있습니다. 기능성 유전자 발현을 대상으로 많은 기술은 특정 프로브 또는 알려진 일련의 유전자위한 프라이머 세트에 의존하고 있습니다. 대조적으로, 환경 transcriptomics 기존 시퀀스 데이터에 의해 적극적으로 표현되고 그 유전자에 대한 설정을 부과하는 제약없이 유전자 발현을 검사하는 데 사용할 수 있습니다. 환경에서 mRNA 수영장 분석 그러므로 핵심 활동과 그들을 중재 생물 사이의 발견 연결의 가장 효과적인 방법 중 하나를 제공할 수 있습니다.
환경 transcriptomics의 초기 응용 프로그램은 자연 생태계의 3 세균성 mRNA 수영장의 조성과 역학의 첫번째 전망 중 하.......
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감사의 글
기금은 고든 무어와 베티 재단 보조금 및 국립 과학 재단 (National Science Foundation) 부여 MCB - 0702125에 의해 제공되었다.
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재료
| 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 댓글 | |
|---|---|---|---|---|
| PowerSoil 비드 튜브 | 키트 | MoBio | 12866-25-PBT | |
| RNeasy Mini 키트 | 키트 | Qiagen | 74104 | |
| TURBO DNA-free | 키트 | Ambion | AM1907 | |
| mRNA-ONLY 원핵생물 mRNA 분리 키트 | 키트 | Epicentre Biotechnologies | MOP51010/MOP51024 | |
| MICROBExpress 박테리아 mRNA 농축 키트 | 키트 | Ambion | AM1905 | |
| MICROBEnrich 키트 | 키트 | Ambion | AM1901 | |
| MessageAmp II-박테리아 RNA 증폭 키트 | 키트 | Ambion | AM1790 | |
| Universal RiboClone cDNA 합성 시스템 | 키트 | Promega Corp. | C4360 | |
| Wizard DNA 정제 시스템 | 키트 | Promega Corp. | A7280 |
참고문헌
- Liang, P., Pardee, A. B. Science. 257 (5072), 967-967 (1992).
- Belasco, J. G. Control of messenger RNA stability. Belasco, J. G., Brawerman, G. , Academic Press. San Diego. 3-11 (1993).
- Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. 71 (7), 4121-4121 (2005).
- Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).
- Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).
- Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).
- Poretsk....
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