메티실린 내성 황색포도상구균에 대한 포도상구균 카세트 염색체 mec(SCCmec) I-V 유형의 빠른 스크리닝 및 타이핑을 위한 간단한 멀티플렉스 PCR 분석을 시연하고, 이 분석을 개별 실험실에 성공적으로 적용할 수 있도록 하는 몇 가지 중요한 단계와 절차적 뉘앙스를 제공합니다.
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방법 논문
Methicillin - ??? V? ??? ?? ??? ??? ? ?? I? ?????? ?? ??? PCR ?? ??
이 논문에서
정오 공지
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요약
초록
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서론
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프로토콜
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결과
업데이트된 이 M-PCR은 SCCmec 유형 I-V뿐만 아니라 SCCmec IV의 주요 아형을 결정(분류)할 수 있습니다. 이 분석법은 mecA 유전자 검출과 동시에 SCCmec I, II, III, IVa, IVb, IVc, IVd, IVE 및 V의 고유하고 특이적인 유전자 좌위(loci)를 표적으로 합니다. SCCmec VI 및 VIII의 잠정적 식별 또한 가능하지만, 확진을 위해서는 추가 테스트가 필요합니다. 그림 3은 대표적인 SCCmec I-VI 및 VIII과 해당 요소 내 각 표적의 위치를 보여줍니다.
제1형 특이 프라이머(빨간색)는 SCCmec I의 J1 영역에 있는 orf E008(균주 NCTC10442; AB033763)을 타겟으로 하며, 제2형 프라이머(진한 녹색)는 지금까지 기술된 모든 SCCmec II.......
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토론
여기에 설명된 다중 PCR 분석은 포도상구균에서 SCCmec I-V 의 유형 및 주요 하위 유형을 분류하는 간단하고 신뢰할 수 있는 방법을 제공하며 MRSA와 MSSA를 동시에 구별합니다. 이 분석은 견고하고 단일 PCR 반응으로 편리하게 수행되며 결과를 해석하기 쉽습니다. 이 분석은 각 SCCmec 유형 내의 개별 유전자좌를 표적으로 한다는 점에서 한계가 있지만 포괄적인 ccr 및 mec 복합 타이핑을 제공하지 않으므로 황금 표준으로 간주될 수 없습니다. 그럼에도 불구하고 프로토콜에 대한 광범위한 검증은 MRSA에 대한 과학 및 역학 연구를 위한 귀중한 분자 도구로 남아 있음을 입증했습니다.
분석의 정교한 특성과 반응에 존재하는 많은 수의 프라이머로 인해 이 분석을 개별 실험실에 적용하는 데 어려움이 있을 가능성이 있습니다. 각 실험실에는 프라이머 농도 또는 순도와 같은 고유한 조건과 요인은 물론 분석 결과에 영향.......
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공개 사항
이해 상충이 선언되지 않았습니다.
감사의 글
이 연구에 사용된 몇 가지 참조 균주를 선물해 준 T. Ito, K. Hiramatsu, R. Daum, H. de Lencastre 및 D. Coleman에게 감사드립니다. 이 작업은 항생제 내성 센터(CAR), 앨버타 보건 서비스-캘거리/캘거리 연구소 서비스/캘거리 대학교의 재정 지원을 부분적으로 받았습니다.
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재료
| 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 댓글 |
|---|---|---|---|
| Tryptic Soy Agar | Fisher (BD) | CA90002-700 (236920) | |
| 멸균 증류수 | Life Technologies | 10977-015 | |
| Platinum Taq: 10x PCR 완충액 및 50mM MgCl2 | 포함 Life Technologies | 10966-034 | |
| 100 mM dNTP | Life Technologies | 10297-018 | |
| Tris base | Sigma-Aldrich | T6066 | |
| 붕산 | 시그마-알드리치 | B7901 | |
| EDTA | 라이프 테크놀로지 | 15576-028 | |
| 아가로스 | 라이프 테크놀 | 16500-500 | |
| 글리세롤 | 라이프 테크놀 | 15514-011 | |
| 브로모페놀 블루 | 시그마-알드리치 | B8026 | |
| 1Kb+ DNA 사다리 | 라이프 Technologies | 10787-026 | |
| 에티듐 브로마이드 | Sigma-Aldrich | E7637 | |
| 1.5ml 마이크로 원심분리기 튜브 | VWR (Axygen Scientific) | 10011-700 | |
| 배양 스틱 | VWR | CA10805-018 | |
| PCR 튜브 | Diamed | AD0210-FCN (new #: DIATEC420-1250) | |
| 원심분리기 | Eppendorf | 5417c | |
| 열 블록 | VWR | 13259-030 / 13259-286 | |
| Thermalcycler | Applied Biosystems (2720) | 4359659 | |
| 젤 몰드가 있는 수평 수중 젤 전기 영동 챔버 | BioRad | 170-4469 | |
| 전원 공급 장치 | BioRad | 164-5050 | |
| 로커 쉐이커 | VWR | 40000-300 | |
| 분자 이미저 젤 독 시스템 | BioRad | 1708170 |
참고문헌
- IWG-SCC. Classification of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec): guidelines for reporting novel SCCmec elements. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 53 (12), 4961-4967 (2009).
- Ito, T., Hiramatsu, K., Tomasz, A., de Lencastre, H., Perreten, V., Holden, M., et al.
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재인쇄 및 허가
정오
Formal Correction: Erratum: Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus
Posted by JoVE Editors on 3/19/2019. Citeable Link.
An erratum was issued for: Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus. There was a typo in Table 1.
In Table 1, the Oligonucleotide sequence for Type III-F5 was updated from:
TTCTCATTGATGCTGAAGCC
To:
GAAACTAGTTATTTCCAACGG
