인간 혈청에서 작은 비 암호화 RNA를의 분리

요약

이 프로토콜은 인간 혈청에서 작은 RNA를 추출하는 방법을 설명합니다. 우리는 DNA 배열에 사용하기 위해 암 혈청에서 마이크로 RNA를 분리하고 또한 singleplex 정량 PCR이 방법​​을 사용했습니다. 프로토콜은 고품질의 RNA를 수득 수정하여 페놀 및 아니 디늄 티오 시아 네이트 시약을 이용한다.

초록

RNA와 그 표현의 분석은 많은 실험실에서 일반적인 기능입니다. 중요한 것은 포유 동물 세포에서 발견되는 마이크로 RNA와 같은 작은 RNA를의 등장입니다. 이 작은 RNA를은 성장, 발달 및 죽음과 많은 관심과 같은 중요한 경로를 제어하는​​ 강력한 유전자 규제 체액에서의 표현에 지시 된입니다. 이것은 암 혈청 바이오 마커로서의 가능성 응용 프로그램으로 인간의 질병에서의 조절 장애에 의한 것입니다. 그러나, 혈청에서의 miRNA 발현의 분석은 문제가 될 수있다. 대부분의 경우 혈청의 양을 제한하고, 혈청 작은 RNA를은 0.4 ~ 0.5 % ^1을 구성하는 총 RNA의 낮은 금액을 포함합니다. 따라서 혈청에서 품질의 RNA의 충분한 양의 분리는 연구자들에게 중요한 도전 오늘입니다. 이 기술 문서에서는, 우리는 DNA 배열 또는 qPCR의 분석도 충분한 RNA를 얻기 위해 인간의 혈청 400 μl를 사용하는 방법을 보여줍니다.이 방법의 dvantages은 단순하고 고품질의 RNA를 생성 할 수있는 능력이다. 그것은 작은 RNA를 정제에 대한 전문적인 열을 필요로하지 않습니다 및 일반 실험실에있는 일반 시약 및 하드웨어를 사용합니다. 우리의 방법은 동시에 고품질의 RNA를 수득하면서 페놀 오염을 제거하기 위해 위상 잠금 젤을 이용한다. 또한, 상기 분리 단계에서 모든 오염 물질을 제거하는 추가 단계를 소개한다. 이 프로토콜은 혈청에서 최대 100 NG / μL의 총 RNA의 수율을 분리하는데 매우 효과적이지만 다른 생물 조직에 적용 할 수 있습니다.

서론

최근, 인간의 질병의 조기 진단을위한 새로운 바이오 마커 발견 성장 밀기가 있었다. 많은 관심 잠재적 마커와 같은 마이크로 RNA ² (의 miRNA 또는 미르)의 작은 RNA를 사용에 초점을 맞추고있다. 이러한 작은 RNA를가 혈청 및 연구 등의 체액에서 발견되는 그들이 분해에 탄력과 다양한 환경 조건 ^(3)의 범위에서 안정적 보여 주었다. 이러한 기능, 혈청 또는 순환의 miRNA가 이상적인 바이오 마커 ^{4, 5} 감안할. 현재 생체 액에서 작은 RNA의 분리에 대한 두 가지 접근 방법이있다. 두 번째 방법은 페놀 및 아니 디늄 티오 시아 네이트 시약 ^7과의 오랜 프로토콜을 사용하면서 첫 번째 방법은, 작은 RNA를 ^{6 바인딩} 및 용출 컬럼 기반 기술을 사용한다. 우리는 인간의 혈청에서 작은 RNA를 격리하는 간단한 효과, 열이없는 프로토콜을 개발했습니다. 분리 된 RNA는 즉시 주입니다DNA 올리고 뉴클레오티드의 배열과 RNA의 염기 서열을 포함하여 다운 스트림 애플리케이션에서 ately 사용할.

혈청에서 RNA를 분리하는 페놀 계 방법을 사용할 때 우리는 몇 가지 문제에 직면했기 때문에이 프로토콜이 개발되었다. 전통적인 Chomczyns....

프로토콜

참고 : 건강한 환자 또는 암을 가진 환자에서 인간의 혈청 샘플, 로얄 프린스 알프레드 병원 시드니 (프로토콜 번호 X10-0016 및 HREC/10/RPAH/24) 기술 대학에서 승인 된 인간의 윤리 프로토콜에서 동의 얻어졌다 시드니. 혈청 샘플은 다양한 시드니 병원에서 수술 전 환자로부터 수집 및 -80 ° C.에 저장에 넣었다

혈청에서 1. 작은 RNA 격리

전체 RNA는 트라이 RT 시약의 LS 프로토콜의 변형 된 버전을 사용하여 인간 혈청으로부터 제조 하였다.

1. 얼음에 냉동 혈청 샘플을 해동 한 다음 레이블 microcentrifuge 관에 갓 해동 혈청 400 μl를 전송합니다.
2. 자유롭게 된 RNase H ₂ O 100 μL로 혈청을 희석하고 1 ㎎ / ㎖의 농도에서 단백질 분해 K을 추가한다.
3. 프로 테 K.에 의해 단백질의 소화를 할 수 있도록 20 분 동안 37 ° C에서 알을 품다
4. 티오, 완전한 용해를 보장 트라이 시약 RT LS의 1.5 배의 양 및 4 - 브로 모 아니 솔의 100 μl를 추가합니다.
5. 간단히, 균질 반전 5 초 동안 반복 피펫 팅을 수행하고 표시....

결과

그림 1은 혈청에서 분리 된 RNA의 일반적인 UV / 비스 스펙트럼을 나타냅니다. 이 프로필에서 우리는 각각 모두 270 ㎚, 230 ㎚에서의 페놀 및 유기 오염 물질을 280 nm에서 단백질의 오염을 지적했다. 잔류 구 아니 디늄 티오 시아 네이트는 260 nm에서 관찰되었다. 오염물을 줄이기 위해 최적화 일련의 단계는 표준 트라이 시약 RT-LS 절차로 만들어졌다. 우리는 총 RNA의 수율을 모두 증가하고 오염 (검은 선, 그림 1A)를 줄이기 위해 글리코겐의 5 ㎎ / ㎖를 추가했습니다.

더욱이 우리는 이소프로판올을 제거한 후 RNA 펠렛을 둘러싼 세척 완충액 대략 100-300 μL이 있다는 것을 관찰했다. 추가적인 원심 스핀 프로토콜에 첨가하고, 잔류 물을 세척 용액을 조심스럽게 제거 하였다. 이 280 nm의 (적색 추적, 그림 1B) 270 nm의에서 프로파일의 변화의 결.......

토론

마이크로 RNA의 인구는 혈청에서 발견 된 총 RNA의 약 0.4 ~ 0.5 %를 구성한다. 또한 인간 혈청에서 발견 높은 단백질 함량이있다. RNA를 개선하고 단백질과 페놀 양을 줄이기 위해 우리가 여러 단계의 추가와 함께 기존의 Chomczynski 방식 ^9을 수정 한 오염.

우리 연구실에서 수행 할 때 전체 RNA는 표준 트라이 시약 RT-LS (분자 연구 센터)를 사용하여 혈청에서 분리 하였다 그러나이 방법은 여러 가지 오염 물질과 낮은 수량 RNA를 얻었다.

그림 1은 280 nm의, 270 nm에서의 페놀 오염, 및 230 nm에서 다른 유기 오염 물질의 단백질 오염의 증거 UV 분광 RNA 프로파일을 보여줍니다. 시약, 구 아니 디늄 티오 시아 네이트는 또한 260 nm에서 검출되었다.

낮은 혈청 RNA 수율의 .......

재료

이 논문에 사용된 재료 목록

이름	회사	카탈로그 번호	댓글
Tri-Reagent RT LS	Molecular Research Center, 미국	TR 118
RNase free H2O	GIBCO Invitrogen	10977-023
Proteinase K	Finnzymes, Finland	EO0491
Heavy Phase Lock tube	5PRIME	2302830	2 ml 용량
DNA Lobind tube	Eppendorf	0030 108.078	1.5 ml 용량
Glycogen	Invitrogen, USA	10814-010	5 mg/ml
RNA 등급 이소프로판올	Sigma Aldrich, USA	I9516	100%
냉장 원심분리기	John Morris
Nanodrop UV-Vis 분광 광도계	Thermo Fisher Scientific, USA
RNA 등급 에탄올	Sigma Aldrich, USA	E7023	70%
Agilent 2100 Bioanalyzer	애질런트, 미국