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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
이 기사에서는 이온 채널에서 구조적 재배치를 조사하기 위해 말레이 미드 염료 대신 형광 비정상적인 아미노산 (fUAA)이 사용되는 기존의 VCF (Voltage-Clamp Fluorometry)의 향상에 대해 설명합니다. 이 절차에는 Xenopus oocyte DNA 주입, RNA / fUAA 동시 주입, 동시 전류 및 형광 측정이 포함됩니다.
Voltage-Clamp Fluorometry (VCF)는 형광 및 전류의 실시간 측정이 국소 재배치 및 전지구 기능에 대해 동시에보고하는 전자 제 멤브레인 단백질의 구조 및 기능을 조사하기위한 기술이었습니다 1 . 저온 전자 현미경 또는 X 선 결정학과 같은 고해상도 구조 기술은 관심있는 단백질의 정적 이미지를 제공하지만 VCF는 구조적 재배치 (형광)를 동적 기능 데이터 (전기 생리학)에 연결할 수있는 동적 구조 데이터를 제공합니다. 최근까지 내재적 인 시스테인을 포함하여 접근 가능한 모든 시스테인이 분류 될 것이기 때문에 단백질의 부위 지시 형광 표지에 사용 된 티올 반응 화학은 접근법의 범위를 제한했다. 따라서 내인성 시스테인이없는 단백질을 만들어야했습니다. 표지는 또한 세포 외로부터 접근 가능한 사이트로 제한되었다측면. 이것은 직각 tRNA 및 tRNA 합성 효소 쌍을 사용하여 정지 코돈 억제에 대한 반응으로 작은 형광성 프로브를 구체적으로 통합하기 위해 형광 비 자연 아미노산 ( Fluorescent Unnatural Amino Acids , fUAA)을 사용하여 변경되었습니다. VCF 개선은 DNA 주입 (tRNA / synthetase 쌍)의 2 단계 주입 절차와 RNA / fUAA 동시 주입을 필요로합니다. 이제 세포 내 및 묻힌 부위 모두에 라벨을 붙일 수 있으며 VCF의 사용이 크게 늘어났습니다. VCF 기술은 광범위한 단백질 연구에 매력적이며, 더 중요한 것은 많은 세포질 조절 메커니즘을 연구 할 수 있다는 것입니다.
다양한 화학적 및 물리적 특성을 지닌 200 개가 넘는 비 천연 아미노산이 대장균 , 효모 및 포유 동물 세포에서 단백질로 유 전적으로 도입되었습니다 3 . 비 천연 아미노산은 직교 조작 된 tRNA / 신테 타제 쌍을 통해 특정 종결 코돈에 반응하여 도입된다. 단백질을 수정하는 유전자 접근법은 단백질 구조와 기능에 대한 중요한 통찰력을 제공합니다. 여기서는 형광 UAA와 함께 전압 - 클램프 형광 측정 (VCF)을 사용하기위한 프로토콜을 제시합니다.
VCF에서 형광 프로브 주위에 위치하는 기능적 데이터와 구조적 재구성을 동시에 관찰하면 밀리 초 분해능 1의 동적 정보를 얻을 수 있습니다. 형광 프로브는 단백질의 국부적 인 움직임에 따라 급냉 상태를 변경합니다. 단지 1-2Å의 움직임만으로도 형광의 현저한 변화를 유도 할 수 있습니다강도 4 . 표적 단백질에서 관심 부위의 동정 후, 부위는 점 돌연변이에 의해 돌연변이된다. 고전적으로, 잔기는 시스테인으로 돌연변이되었지만, 지금은 황색 정지 코돈 (TAG)이 유전 fUAA 도입을 위해 도입되었다. 그 단백질은 시험 관내에서 전사된다.
다른 발현 시스템 ( 예 : 포유 동물 세포) 5 , 6 , 7 , Xenopus의 난 모세포는 구조 기능 연구에 더 큰 크기 때문에 더 쉽게 조작하고 높은 형광 강도 (더 fluorophores)로 이어질 수 있으므로, 노이즈 비율. 또한, Xenopus 난 모세포는 내인성 단백질 2 , 8 의 배경이 낮고 동물의 극 보호막에 어두운 색소가있어 t그는 세포질이다. Xenopus 난 모세포를 외과 적으로 제거하고 fUAA에 특이적인 직교 tRNA / tRNA 합성 효소 쌍을 암호화하는 DNA를 난 모세포의 핵으로 주입한다. 6-24 시간의 배양 시간 후, 단백질 RNA를 fUAA와 함께 난 모세포의 세포질에 주입하고 2-3 일간 배양한다. fUAA (photobleaching)의 손상을 방지하기 위해 적색광 하에서 형광체 여기를 피하기 위해 Anap을 포함한 절차를 수행해야합니다.
난 모세포는 직립 형광 현미경에 장착 된 컷 오픈 oocyte 전압 클램프 설정에서 연구하고, 전류와 형광 변화는 동시에 9 , 10 기록됩니다. 대안으로, 2- 전극 전압 클램프 ( 1) 또는 패치 - 클램프 구성 (11) 이 사용될 수있다. 형광은 낮은 RMS 잡음을 갖는 적절한 파장에 의해 여기되고 높은 증폭을 갖는 증폭기에 연결된 포토 다이오드를 사용하여 기록 된 방사.
전압 클램프 형광 측정법에 형광 비 천연 아미노산 (fUAAs)을 사용하면 몇 가지 장점이 있습니다. 하나는 막 단백질의 세포질 측에 대한 접근이다. 많은 조절 과정이 여기에 있습니다 ( 예 : Ca 2+ 또는 뉴클레오타이드 결합 부위, 전압 게이 티드 이온 채널의 빠른 및 폐쇄 상태 불 활성화, 기공 개방, 모듈 커플 링). 이 모든 공정에 형광 물질 표시가 가능합니다.
또 다른 이점은 작은 크기의 탐침으로 단백질의 방해가 적다는 것입니다. 지금까지, fUAA를위한 두 개의 직교 tRNA / tRNA 합성 효소 쌍이 조작 된 12 , 13 , 3- (6- 아세틸 나프탈렌 -2- 일 아미노) -2- 아미노 프로판 산 (Anap)은 Xenopus 난 모세포에서 사용 된 유일한 fUAA이다 도 2에 도시 된 바와 같이 ,"xref"> 8. Anap은 272.3 g / mol의 분자량을 지닌 환경 적으로 민감한 형광 단이며 트립토판 12 보다 약간 크다 ( 그림 1A, 1B ). 크기가 작기 때문에 링커 (일반적으로 500 g / mol 이상)를 통해 부착 된 기존 형광체와 비교하여 형광체가 입체 효과를 거의 일으키지 않습니다. 또한, Anap의 경우, 형광체는 시스테인에 연결된 것보다 단백질 백본에 더 가까이 위치하므로 결과적으로 Anap은 더 국부적 인 재배치를 탐색합니다. 마지막으로, UAA-VCF에서 부위 특이 적 표지를 보장하기 위해 기존의 VCF에서 내인성 시스테인을 제거함으로써 (i) 단백질을 (거의) 본래의 상태로두고 (ii) VCF를 적용 할 수있게한다 기능이 시스테인 치환에 의해 변경 될 수있는 더 넓은 범위의 단백질을 연구한다.
그림 1 : Anap and Fluorescence Spectra. ( A ) Anap의 화학 구조. ( B ) 1nM 아나프에 대한 표준화 된 흡수 스펙트럼 및 방출 스펙트럼, 아나 프 형광의 용매 소수성에 대한 민감성을 입증 함. 방출 스펙트럼은 350 nm에서 여기하여 얻은 것이다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
형광 UAA의 단점은 aminoacylated tRNA의 양이 부족하면 stop codon readthrough, translational reinitiation, C-terminal truncated proteins 또는 내인성 aminoacylation과의 crosstalk로 인해 단백질의 이종 집단이 생길 수 있다는 것입니다. 이러한 누출 발현은 fUAA와 tRNA / tRNA 합성 효소 쌍이없는 경우 항상 검사해야합니다. 우리는 트랜스의 문제를 다루었습니다.이전에 N 말단 삽입 부위에 대해 이성적 재발 및 그것을 막는 방법 14 . 그러나, fUAA, tRNA 및 tRNA 합성 효소가 포화 된 양으로 존재할 때, 누출 발현 가능성은 낮다.
fUAA-VCF와 재래식 VCF의 주요 절차상의 차이점은 난 모세포의 주입과 취급이다. tRNA 및 tRNA 합성 효소 (pAnap)를 코딩하는 DNA의 주입 후에 단백질 mRNA와 함께 주입되거나 양자 택일로 아세 톡시 메틸 (AM) 에스테르로서 배양 용액에 첨가되는 아나 (Anap)의 도입이 뒤 따른다.
개구리 조작은 캐나다 지침에 따라 수행되었으며 몬트리올 대학의 윤리위원회 (CDEA, 프로토콜 # 15-042)의 승인을 받았습니다.
1. fUAA 설립을위한 mRNA 준비
2. 난 모세포 준비 및 주입

그림 2 : Anap Incorporation을 위한 Xenopus 난 모세포에 DNA와 RNA 주입의 예.
첫째, pAnap은 Xenopus 난 모세포의 핵에 주입됩니다 ( 1 ). 6 ~ 24 시간 후, Anap과 채널 RNA는 식물성 극으로 주입됩니다 ( 2 ). Anap은 pAnap에 의해 코딩되는 aminoacyl-tRNA synthetase에 의해 amber stop anti-codon을 가진 tRNA로 직각으로 아미노산 화 될 것이다. 이 방법으로 aminoacylated Anap-tRNA는 채널에 삽입 된 앰버 정지 코돈에서 리보솜에 의해 인식됩니다l RNA는 정지 코돈의 억제와 Anap의 삽입을 초래한다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
3. VCF 설정

도 3 < / strong> : VCF 설정. ( A ) 현미경 내부의 빛 경로를 보여주는 VCF 설정의 측면도. 필터 큐브는 여기 필터, 다이크로 익 미러 및 방출 필터를 포함합니다. ( B ) 선택된 난 모세포 챔버의 치수는 상부 챔버 반경 (1), 하부 챔버 길이 (2)는 5.5cm, 하부 챔버 폭 (3)은 1.4cm, 중간 챔버 폭 (4)은 1.7cm입니다. ( C ) VCF 설정의 앞면. 왼쪽의 첫번째 안구는 cut-open 전압 클램프 챔버에 난 모세포를 장착하고 투과성을 높이기위한 것입니다. 그런 다음, 챔버는 오른쪽 두 번째 안구에서 현미경으로 미끄러졌습니다. 여기에서, V1 전극은 4X 대물 렌즈를 사용하여 난 모세포에 삽입되고 형광은 수중 40X 대물 렌즈를 사용하여 기록됩니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
5. 2 색 VCF
그림 4 는 pAnap과 Anap 존재 하에서 빠른 불활 화 제거 (IR), L382stop-W434F가있는 쉐이커 채널을 표현하는 난 모세포에서 얻은 VCF 기록의 예를 보여줍니다. W434F 돌연변이는 일시적인 게이팅 전하 이동 (게이팅 전류)을 측정 할 수있는 이온 칼륨 전류를 차단합니다. 감극시 게이팅 전류 (상부 트레이스)와 Anap 형광 강도 변화 (하부 트레이스)의 동시 기록은 Anap을 L382 위치에 성공적으로 결합시킨 것을 보여줍니다. 여기서 Anap은 활성화 (L382) 중에 움직이는 4 개의 S4 막 횡단 나선 각각의 바닥에 위치하여 세포 내 국소 재 배열을보고합니다. 형광 변화는 용매 이완 (환경 극성 변화) 및 / 또는 다른 아미노산에 의한 급냉으로 야기 될 수 있습니다 4 . 두 메커니즘 모두 상대 단백질 재 배열의 결과이다.
그림 5 는 동일한 oocyte에서 얻은 단계 프로토콜을 사용하여 Anap 및 TMR 형광 신호를 표시합니다. L352stop-W434F 배경에 A359C 돌연변이를 추가하고 TMR- 말레이 미드로 라벨을 붙임으로써 설명 된 기술로 동일한 단백질의 다른 영역에서 실시간 움직임을 탐색 할 수 있습니다. 이 경우, TMR은 상부 S4 헬릭스 (A359C)의 움직임을 탐색하고, Anap은 S4 하단 (L382)의 움직임을 프로브합니다. 형광 변화의 시간 경과로부터, 동역학을 분석함으로써 형광에 의해 모니터 된 전이의 동적 정보를 검색 할 수있다 ( 도 5A, 5B ). 또한, 형광 - 전압 관계 (FV)는 전압에 대해 정상 상태 형광 강도를 플로팅하여 얻어진다 ( 그림 5C ). FV는 모니터 된 상태의 점유 사이의 평형을 반영하며, 이온 채널의 경우에는 v압력 센서 움직임, 또는 중앙 기공의 열림. fUAA를 사용하여 이제 채널 내부에서 FV를 얻을 수 있습니다. 도 5C는 S4 (TMR)의 상부가 S4 (Anap)의 하부와 동일한 전압 의존성을 갖는다는 것을 보여준다.신호 대 잡음비는 주로 상대적인 형광 변화 (dF / F)와 총 형광에 따라 달라집니다. dF / F는 신호 크기를 정의하는 반면, 잡음은 빛의 양자 성질 (포아송 잡음) 때문에 전체 형광에 의해 결정됩니다. dF / F는 단백질의 다른 상태에서의 담금질 상태와 상태 점유 ( 예 : 공개 확률)에 따라 달라집니다. 총 형광은 특이 적 표지로부터의 형광 및 비특이적 배경 표지로부터의 형광을 포함한다. 총 고유 형광은 발현 된 단백질의 수와 형광 단의 양자 수율에 의해 정의됩니다. Xe 의 넓은 표면nopus 난 모세포가 기여하는 단백질의 수를 증가시키기 때문에 유리하다.
Anap의 양자 수율, 즉 여기 사이클 당 방출되는 광자 수 또는 형광체의 "밝기"가 낮아 전체 형광 강도가 낮아져 신호 대 잡음비가 낮아집니다. 동시에 Anap 라벨링은 신호 대 배경 비 (dF / F)가 Anap ( 그림 5A, 5B )에 대해 더 높도록 낮은 배경 형광을 유도합니다.
중요한 통제 실험은 누설 표현의 효과를 평가하기 위해 Anap이없는 상태에서 표정을 확인하는 것입니다. 이전에 S4-S5 링커와 기공이없는 격리 된 전압 센서 도메인 (iVSD, 1-382)이 기능적으로 발현 되었음이 밝혀졌습니다 19 . 따라서 Anap이없는 경우 L382stop-W434F 채널은 iVS로 표현됩니다Ds로 표시됩니다. Anap이있는 전체 길이 채널의 표현에는 거의 없거나 전혀없는 iVSD 전류가 있지만 잘린 채널은 Anap이없는 경우 강력한 iVSD 전류를 나타냅니다. 그러한 C- 말단 절단 단백질의 존재는 삽입 된 정지 코돈의 위치에 의존하며, 비 천연 아미노산으로 작업 할 때 항상 고려되어야한다. Anap을 사용하지 않은 대조 실험은 Anap과의 실험에서 이종 집단이 존재하는지 확인합니다.

그림 4 : VCF로 얻은 Cytosolic 단백질 표면으로부터의 동시 게이팅 전류 및 형광 변화. 게이팅 전류는 P / 4 빼기 프로토콜로 얻었고 동시에 탈분극시 형광을 기록합니다. Anap은 L382 위치의 Shaker에 통합되어 voS4 헬릭스의 세포 내 말단으로부터의 말단 의존 형광 강도. 최대 형광 강도는 "F"로 표시되고 형광 변화는 "dF"로 표시됩니다. 형광 변화의 끝에있는 별은 전기 셔터의 닫힘을 표시합니다 (펄스가 표시되기 전에 셔터가 열림). 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 5 : Anap 및 TMR이있는 2 색 VCF ( A ) Anap 및 ( B ) TMR- 말레이 미드로 표지 된 쉐이커 A359C-L382Anap-W434F 발현 난청으로부터 얻어진 TMR 형광 변화. ( C ) A와 B의 형광 변화는 막 전위 (FV)에 대해 플롯됩니다. 데이터는 평균값7, n = 5의 난 모세포가있는 SD. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 6 : C-terminal Truncated Shaker Channels은 Anap이 없을 때 표현됩니다. 절연 전압 센서 도메인 (iVSD, 1-382)은 Anap이 없을 때 zH4IR-L382stop-W434F로 표현되어 과분극 된 전위에서 iVSD 전류를 발생시킵니다. 그러나 Anap이있는 경우 전체 길이의 Shaker 표현이 iVSD 표현과 경쟁하기 때문에 결과적으로 iVSD의 양은 적습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
저자는 공개 할 것이 없습니다.
이 기사에서는 이온 채널에서 구조적 재배치를 조사하기 위해 말레이 미드 염료 대신 형광 비정상적인 아미노산 (fUAA)이 사용되는 기존의 VCF (Voltage-Clamp Fluorometry)의 향상에 대해 설명합니다. 이 절차에는 Xenopus oocyte DNA 주입, RNA / fUAA 동시 주입, 동시 전류 및 형광 측정이 포함됩니다.
pAnap은 Peter Schultz 박사 (Scripps Research Institute)의 친절한 선물이었습니다. 이 연구는 보건 연구 보조금 MOP-102689 및 MOP-136894 (RB에 대한) 및 캐나다 재단 혁신 기금 950-225005에 의해 자금 지원되었습니다.
| Solutions | |||
| 바르트의 솔루션 | |||
| NaCl | Sigma-Aldrich | S7653 | 90 mM |
| KCl | Fisher Scientific | BP366-500 | 3 mM |
| MgSO4 | Sigma-Aldrich | M-9397 | 0.82 mM |
| CaCl2 | Sigma-Aldrich | C-7902 | 0.41 mM |
| Ca(NO3)2 | Sigma-Aldrich | C-1396 | 0.33 mM |
| HEPES | 시그마-알드리치 | H4034 | 5 mM |
| NaOH 수화물 | BDH | BDH7225-4 | pH 7.6 |
| 페니실린 | 인비트로겐 | 15140122 | 100 U/mL |
| 스트렙토마이신 | 인비트로겐 | 15140122 | 100 &마이크로; g/mL |
| Kanamycin | Invitrogen | 15160054 | 10 mg/100mL |
| 말 세럼 (HS) | Invitrogen | 16050122 | 5% |
| SOS 표준 난자 세포 솔루션 | |||
| NaCl | Sigma-Aldrich | 746398 | 102 mM |
| KCl | Sigma-Aldrich | 746436 | 3 mM |
| MgCl2 | Sigma-Aldrich | M9272 | 1 mM |
| HEPES | Sigma-Aldrich | H4034 | 5 mM |
| External recording solution | |||
| N-methyl-D-glucamine (NMDG) | Alfa Aesar | L14282 | 115 mM |
| HEPES | 시그마-알드리치 | H4034 | 10 mM |
| 수산화칼슘 | 시그마-알드리치 | 239232 | 2 mM |
| MES 수화물 | 시그마-알드리치 | 258105 | pH 7.2 |
| <강>내부 기록 용액강> | |||
| N-메틸-D-글루카민 (NMDG) | 알파 에자르 | L14282 | 115 mM |
| HEPES | Sigma-Aldrich | H4034 | 10mM |
| 에틸렌디아민 테트라아세트산(EDTA) | Fisher Scientific | E478-500 | 2mM |
| MES 수화물 | Sigma-Aldrich | 258105 | pH 7.2 |
| Labeling solution | |||
| KOH | Fisher Scientific | P250-1 | 115mM |
| HEPES | Sigma-Aldrich | H4034 | 10mM |
| 수산화칼슘 | Sigma-Aldrich | 239232 | 2mM |
| MES 수화물 | Sigma-Aldrich | 258105 | pH 7.2 |
| TMR 원액 | |||
| Tetramethylrhodamine-5-maleimide (TMR) | Molcular Probes by Life Technologies | T6027 | 5 mM in DMSO |
| Anap stock solution | |||
| Anap | ABZENA (TCRS) | 뉴클레아제가 없는 물에 있는맞춤형 합성 TCRS-170 | 1 mM 및 1% NaOH 1 N |
| Name< | strong>Company | 카탈로그 번호< | strong>Comments |
| Material/Equipment | |||
| pAnap | Addgene | 48696 | |
| 고성능 난모 세포 클램프 | Dagan Corporation | CA-1B | |
| Gpatch 획득 소프트웨어 | 캘리포니아 대학교 로스 앤젤레스 | 마취 | |
| 분석 소프트웨어 | 캘리포니아 대학교 로스 앤젤레스 | ||
| 마취과레코딩 챔버 | 맞춤형 가공 | ||
| 포토 다이오드 감지 시스템 | Dagan Corporation | PhotoMax-200/PIN | |
| 전기 셔터 드라이버 | UNIBLITZ | VCM-D1 |