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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Enterohemorrhagic 생물 발광 표시 된 박테리아를 사용 하 여 대장균 (EHEC) 식민지에 대 한 마우스 모델의 자세한 프로토콜 제공 됩니다. 비-침략 적 vivo에서 이미징 시스템 라이브 동물에 의해 이러한 발광 박테리아의 탐지 EHEC 식민의 우리의 현재 이해를 미리 수 있습니다.
Enterohemorrhagic E. 대장균 (EHEC) O157:H7는 foodborne 병원 체는 causesdiarrhea, 출혈 성 대 장 염 (HS), 그리고 hemolytic 신부전 증후군 (HUS), 인간의 창 자 장관에 식민지. EHEC 식민 vivo에서 의 상세한 메커니즘 연구를 모니터링 하 고 계량 EHEC 식민 동물 모델에 필수적 이다. 여기 모니터링 하 고 계량 EHEC 식민지 생활 호스트에서 EHEC에 발광 표현 플라스 미드를 변형 하 여 마우스 EHEC 식민 모델을 설명 합니다. 동물 생물 발광 표시 EHEC로 주사는 비-침략 적 vivo에서 이미징 시스템으로 탐지 하 여 쥐에서 강렬한 발광 신호를 보여줍니다. 후 1, 2 일 게시 감염, 발광 신호 수 여전히 감지할 수 감염 된 동물에서 EHEC 호스트에 적어도 2 일 동안 식민지 건의 하. 우리는 또한 이러한 발광 EHEC ex vivo 이미지에서 맹에 콜론, 특히 마우스 소장을 찾아 보여줍니다. 이 마우스 EHEC 식민 모델 EHEC 식민 메커니즘의 현재 정보를 도구 될 수 있습니다.
EHEC O157:H7 설사1, HS2에서3, 오염 된 물 이나 음식을 통해도 급성 신부전4 원인 병원 체 이다. EHEC 병원 성 enterobacterium 이며 인간1의 위장을 colonizes. EHEC 먼저 호스트 창 자 상피 준수 때 그들은 유형 III 분 비 시스템 (T3SS) 분자 주사기는 연결을 유도 하 고 적용을 이후에 병 변 (A/E) effacing 역할을 통해 호스트 세포에 주입 식민 요인 접착 (식민)5. 이 유전자는 A/E 병 변 형성에 관여 enterocyte 항목 (리) pathogenicity 섬5의 소재 시로 인코딩됩니다.
생물 발광은 빛 생산 화학 반응, 어떤 luciferase catalyzes 보이는 빛6를 생성 하는 기판 소. 이 효소 과정은 종종 산소 또는 아데노신 3 인산 염 (ATP)6의 존재를 필요로 한다. 생물 발광 영상 (BLI) 연구원 시각화 및 호스트 병원 체 상호 작용의 양자화에에서 있습니다 라이브 동물7. 씨 수 있습니다 그들은 이주와 다른 조직7; 침략 발광 박테리아에 따라 살아있는 동물에서 세균 감염 사이클 특성을 이 감염의 동적 진행을 보여준다. 또한, 동물에서 세균 부하는 관련이 발광 신호8; 따라서, 그것은 간단 하 고 직접적인 방법으로 실험 동물의 병 적인 상태를 추정 하는 편리한 표시기입니다.
여기에 사용 되는 플라스 미드 포함 luciferase 오 페론, luxCDABE, 박테리아 자체 luciferase 기판7,9인코딩하는 Photorhabdus luminescens 에서. 이 luciferase 표현 플라스 미드 박테리아로 변형 하 여 살아있는 동물에서 이러한 발광 박테리아를 관찰 하 여 식민과 감염 프로세스를 모니터링할 수 있습니다. 전반적으로, 씨 및 생물 발광 표시 된 박테리아 세균 숫자 및 위치, 항생제/치료 치료와 감염/식민지6, 에 세균성 유전자 발현 세균 생존 능력을 감시 하는 연구자 수 7. 수많은 병원 성 박테리아는 감염에서 감염 주기 및/또는 유전자 표현 검토 하 luxCDABE 오 페론 표현 보고 되었습니다. Uropathogenic 대장균10, EHEC8,11,,1213, enteropathogenic를 포함 하 여 이러한 박테리아 대장균 (EPEC)8, Citrobacter rodentium14,15, 살 모 넬 라 typhimurium16, Listeria monocytogenes17, Yersinia enterocolitica18,19, 비 브리 오 cholerae20, 문서화 되었습니다.
몇 가지 실험 모델 EHEC 식민 생체 외에서 그리고 vivo에서21,,2223의 연구를 촉진 하기 위해 개발 되었습니다. 그러나, 공부 하기는 EHEC 식민 vivo에서, 적당 한 동물 모델의 부족 및 따라서 내용의 결과 소수 있다. EHEC 식민 메커니즘에는 vivo에서의 연구를 촉진 하기 위하여 관찰 하 고 계량 비-침략 적 방법에서 살아있는 동물에서 EHEC 식민 동물 모델을 구축 하는 귀중 한입니다.
이 원고는 EHEC 식민 생활 호스트에 시간이 지남에 따라 모니터 발광 표현 시스템을 사용 하는 마우스-EHEC 식민 모델을 설명 합니다. 마우스는 intragastrically 생물 발광 표시 EHEC로 접종 하 고 발광 신호는 비-침략 적 vivo에서 이미징 시스템13와 쥐에서 발견 되. 마우스 감염 생물 발광 표시 EHEC 2 일 게시 감염 후 2 일 게시 감염 호스트 창에 그 박테리아 식민지는 제안 후 그들의 내장에서 중요 한 발광 신호를 보여주었다. 이미지 데이터 비보 전 이 식민은 맹 쥐의 콜론에서 구체적으로 보여주었다. 이 마우스 EHEC 모델을 사용 하 여 발광 EHEC 식민 검출 될 수 있다 살아있는 호스트에는 vivo에서 이미징 시스템에서 더 이해를 증진 수 있습니다 장의 박테리아 식민지의 상세한 메커니즘을 연구 하 여 EHEC 유도 생리와 병리학 변화입니다.
주의: EHEC O157:H7는 biosafety 수준 2 (BSL-2) 병원 체 질병 통제 및 예방 (CDC) biosafety 지시 (https://www.cdc.gov/)를 위한 센터에 따르면. 따라서, 모든 실험 절차 관련 된 EHEC BSL-2 시설에서 수행 되어야 합니다. 실험을 수행 하는 동안 실험실 코트와 장갑 착용. 인증된 biosafety 내각 (BSC)에서 작동 합니다. 70% 에탄올과 실험 절차 전후 실험 벤치를 소독. 모든 악기 또는 장비 연락처 (또는 잠재적으로 연락처) EHEC 70% 에탄올 이나 표 백제로 소독 되어야 한다. 신중 하 게 오염 된 (또는 잠재적으로 오염 된) 폐기물은 밀봉 하 고 압력가 이어야 한다. 필요한 경우 마스크, 눈 보호, 이중 장갑 또는 죄수 복을 착용. 6 주 된 C57BL/6 여성 마우스 구입 하 고 실험실 동물 센터의 국립 쳉 쿵 대학 (NCKU)에서 유지 했다. 동물 실험 기관 동물 관리 및 사용 위원회 NCKU (승인 번호 104-039)에 의해 승인 되었다.
1. Bioluciferase 표시 된 EHEC 박테리아 생성
2. 발광 EHEC 박테리아 준비 구두 접종에 대 한
참고: EHEC 준비 및 마우스 구강에 대 한 실험 절차의 타임 라인 순서도 그림 1 실험 준비에 도움을 제공.
3. 마우스 EHEC의 구강
4입니다. 시각화
5. 데이터 수집
참고: 데이터 수집에 사용 되는 소프트웨어는 재료의 테이블에에서 나열 됩니다.
우리는 생물 발광 표시 EHEC 관리 (~ 109 세균성 세포) 구강에 의해 6 주 오래 된 여성 C57BL/6 마우스. 1 시간 이내 쥐 EHEC의 구두 접종 후 동물 vivo에서 이미징 시스템 그림 7과 같이 발광 신호 위해 시험 되었다. 결과 생물 발광 표시 EHEC와 gavage 쥐에서 강한 발광 신호를 보여주었다. 우리는 2 일 게시물 감염에 신호를 검사합니다. 그림 8A같이 쥐 2 일 EHEC는 2 일에 의해 호스트에 식민지 제안 감염 게시 후에 강렬한 발광 신호를 보여 야생-타입 EHEC EDL933 생물 발광 표시와 주사. 우리는 또한 intragastrically 생물 발광 표시 된 EDL933ΔrfaD (ΔrfaD) 쥐 (그림 8A) 감염. 이 돌연변이, lipopolysaccharide (LPS)에 망명을 우리의 이전 연구에서 호스트에 식민지를 줄이기 위해 표시 되었습니다. 그림 8A같이 발광 신호 ΔrfaD에서 발견은-없거나 적은 박테리아 나왔다 감염 된 쥐 세포는 쥐에 있는 식민지. 형광 성 신호의 정량화 그림 8B에서 표시 됩니다. 다음으로, 이러한 생물 발광 표시 된 박테리아의 위치 결정 했다. 감염 된 쥐 고통 없이 희생 했다 그리고 그들의 전체 내장 제거. 쥐 2 일 게시물 감염의 창 자 9 cm 배양 접시에 배치 했다 고 비보 전 (그림 9A) 몇 군데. 생물 발광 표시 된 EDL933에 감염 된 쥐의 장 조직을 밝혀 맹과 콜론, 이러한 발광 EHEC 식민지 맹에 감염 된 쥐의 콜론에 2 일에 대 한 제안에 발광 신호에 크게 증가 적어도. 쥐 감염 생물 발광 표시 ΔrfaD (그림 9A), 공개 된 vivo에서 이미지 (그림 8A와 일치 하는 그들의 창 자 조직에 발광 신호를 감소 하는 반면, ). 형광 신호의 정량화는 그림 9B에 표시 됩니다.

그림 1 : 타임 라인 실험 준비 순서도의.
타이밍의 개요 발광 EHEC 박테리아를 준비 하 고 스와 쥐를 pretreat 필요가 있었다. (A) EHEC 준비입니다. (B) 마우스 준비. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 2 : Vivo에서 이미징 시스템 수집 제어판.
이미징 샘플, 전에 IVIS 수집 컨트롤 패널을 엽니다. 선택 "발광" "사진,"와 "오버레이 합니다." "자동"으로 노출 시간 설정 "매체"로 Binning 설정 Ƒ/중지 1로 발광 하 고 8에 대 한 설정 사진. Ƒ/중지 컨트롤 CCD 검출기는 빛의 양을 받았다. 샘플 영상에 대 한 준비가 되 면 "취득" 이미지를 클릭 합니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 3 : 도구 팔레트 패널.
이미지 획득, 후 발광 강도 측정을 위한 도구 팔레트 패널을 사용 합니다. 도구 팔레트 패널을 열고 이미지 데이터. 이미지에 발광 신호 범위를 ROI 도구 중 하나를 선택 합니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 4 : 정량화에 대 한 샘플에서 발광 신호.
이미지 ROI 도구에 의해 둘러 쌓여에 발광 신호 영역입니다. 여기에 표시 된 모든 발광 신호 빨간색 동그라미에서 있습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 5 : ROI 측정.
발광 신호를 돌고, 도구 팔레트 패널에 "측정 ROIs" 클릭 후 값 같이 표시 됩니다. 열 총 속 (p/s)의 값은 발광 강도 정량화에 사용 됩니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 6 : 다른 부 량 정보 추가.
구성 측정 ROI 측정 패널의 왼쪽에, 클릭 하 여 다른 원하는 정량화 값/정보를 선택할 수 있습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 7 : 쥐 발광 EHEC로 주사 후의 대표 이미지.
마우스의 대표 이미지는 1 시간 이내 구강에 의해 발광 EHEC와 주사. 색 눈금 빛남을 (/sr p/s/c m2)를 나타냅니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 8 : 쥐의 이미지는 2 일 후 생물 발광 표시 EHEC로 주사.
(A) 마우스의 대표 이미지 EHEC EDL933 및 EDL933 발광 야생-타입으로 주사: 2 일 게시 감염 후 구강으로ΔrfaD . EHEC 감염 쥐의 생물 발광 강도 (B) 정량화. 오차 막대는 표준 편차를 나타냅니다. 대표 이미지 표시 됩니다. 모든 실험 실시 했다 하지 독립적으로 세 번 2-3 동물 들과 함께 각 시간 및 오차 막대는 표준 편차를 나타냅니다. P-값은 t-검정에 의해 통계 분석의 결과를 나타냅니다. 색 눈금 빛남을 (/sr p/s/c m2)를 나타냅니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 9 : 생물 발광 표시 EHEC 감염 된 쥐의 장 조직의 이미지.
(A) 2 일 후에 접종을 생물 발광 표시 된 EHEC, 쥐 했다 안락사와 전체 장 조직 제거 및 전 비보를 몇 군데. 대표 이미지 표시 됩니다. 장 조직 EHEC 감염 마우스에서의 생물 발광 강도 (B) 정량화. 모든 실험 실시 했다 하지 독립적으로 세 번 2-3 동물 들과 함께 각 시간 및 오차 막대는 표준 편차를 나타냅니다. P-값은 t-검정에 의해 통계 분석의 결과를 나타냅니다. 색 눈금 빛남을 (/sr p/s/c m2)를 나타냅니다. 눈금 막대 나타냅니다 1 cm. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.
| 단계 | 온도 | 시간 | 사이클 수 |
| 초기 변성 | 95 ° C | 10 분 | 1 |
| 변성 | 95 ° C | 30 초 | 35 |
| 어 닐 링 | 58.4 ° C | 30 초 | |
| 확장 | 72 ° C | 1.5 분 | |
| 마지막 확장 | 72 ° C | 10 분 | 1 |
| 보류 | 4 ° C | ∞ | 1 |
표 1: 중 합 효소 연쇄 반응 (PCR) 조건
| 뇌관 이름 | 시퀀스 |
| nptII F | 5' CCTATGCATAATAATTCCGCTAGCTTCACG3' |
| nptII R | 5' GCTCCACCGATAATATTCCTGAGTCATACT3' |
표 2: 증폭 하는 데 사용 하는 뇌관 순서 nptII
저자는 공개 없다.
Enterohemorrhagic 생물 발광 표시 된 박테리아를 사용 하 여 대장균 (EHEC) 식민지에 대 한 마우스 모델의 자세한 프로토콜 제공 됩니다. 비-침략 적 vivo에서 이미징 시스템 라이브 동물에 의해 이러한 발광 박테리아의 탐지 EHEC 식민의 우리의 현재 이해를 미리 수 있습니다.
우리는 인정 하는 치 정 첸에서 학과의 의료 연구, 치 매 의료 센터 (타이난, 대만), 감염 및 국립 쳉 쿵 대학 실험실 동물 센터에서 지원에 마우스에 도움. 이 작품은 과학의 성직자에 의해 지원 하 고 기술 (대부분) CC를 (가장 104-2321-B-006-019, 105-2321-B-006-011, and106-2321-B-006-005)를 부여 합니다.
| 셰이커 인큐베이터 | YIH DER | LM-570R | 박테리아 인큐베이션 |
| 안와 진탕 인큐베이터 | FIRSTEK | S300 | 박테리아 인큐베이션 |
| pBSL180 | nptII 유전자 | ||
| pAKlux2 | luxCDABE 오페론 | ||
| T& 복제 키트 | Yeastern Biotech | FYC001-20P | TA 복제에 사용 |
| Nsi I | NEB | R0127S | 플라스미드 클로닝에 사용 |
| Sca I | NEB | R0122S | 플라스미드 클로닝에 사용 |
| Spe I-HF | NEB | R0133S | 플라스미드 클로닝에 사용 |
| Sma 나는 | 플라 | 스미드 클로닝에 NEB | R0141S | 사용
| 플라스미드 클로닝에 T4 | 리가제 | NEB | M0202S | 사용
| Ex | Taq TaKaRa | RR001A | PCR 증폭 사용 |
| 10X Ex Taq 버퍼 | TaKaRa | RR001A | PCR 증폭 |
| dNTP 혼합물 사용 | TaKaRa | RR001A | 는 PCR 증폭 |
| PCR 기계에 | 사용됩니다. Biosystem을 적용했습니다. | 2720 써멀 사이클러 | PCR 증폭용 |
| 글리세롤 | SIGMA | G5516-1L | 박테리아 스타킹 용액 |
| NaCl | Sigma | 31434-5KG-R | LB 매체 제조용 화학품, 10g/L |
| 트립톤 | CONDA pronadisa | Cat 1612.00 | LB 배지 제조용 화학품, 10g/L |
| 효모 추출물 분말 | Affymetrix | 23547-1 KG | LB 배지 제조용 화학품, 5g/L |
| Agar | CONDA pronadisa | Cat 1802.00 | LB 한천 카나마이신을 만들기 위한 화학물질 |
| Sigma | K4000-5G | 항생제, 셀렉시톤 | |
| 스트렙토마이신에 사용 | Sigma | S6501-100G | 항생제, 쥐의 미생물군 제거 |
| EDL933 유능한 세포 | 집에서 만든 | 방법은 보충 문서에 있습니다 | |
| Electroporator | MicroPulser | for electroporation | |
| Electroporation Cuvettes | Gene Pulser/MicroPulser | 1652086 | for electroporation |
| 고속 원심분리기 | Beckman Coulter | Avanti, J-26S XP | use for centrifuging bacteria |
| 고정 각도 로터 | Beckman Coulter | JA25.5 | 는박테리아를 원심분리하는 데 사용됩니다 |
| 고정 각도 로터 | Beckman Coulter | JLA10.5 | 는박테리아를 원심분리하는 데 사용됩니다 |
| 원심분리기 병 | Beckman Coulter | REF357003 | 박테리아 원심분리에 사용 |
| 원심분리기 병 | Thermo Fisher scientific | 3141-0500 | 세균 원심분리에 사용 |
| Eppendorf BioPhotometer Plus | Eppendorf | AG 22331 함부르크 | 는 박테리아 C57BL/6 마우스의 OD600 값을 측정하기 위한 |
| NCKU | |||
| 실험실 코트의 실험실 동물 센터, | 개인 보호용 장갑 | ||
| 이소플루란 | 파니온 & BF 생명 공학 Inc. | G-8669 | 마우스 마취용, 제약 등급 |
| 1ml 주사기 | 마우스의 구강 간을 위한 사용 | ||
| 재사용 가능한 22 G 볼 팁 먹이 바늘 | & 파이; 0.9 mm X L 50 mm | 마우스 구강 위장에 사용 | |
| 가위 | 생쥐 실험에 사용 | ||
| Xenogen IVIS 200 이미징 시스템 | Perkin Elmer | IVIS 스펙트럼 | 생물 발광 이미지 캡처에 사용 |
| 데이터를 정량화하는 데 | 사용되는Living Image Software | Perkin Elmer | 버전 4.1 |