마찬가지로 효과적인 이진 분류 공연으로 여러 바이오 마커 하위 집합 선택

Xin Feng; Shaofei Wang; Quewang Liu; Han Li; Jiamei Liu; Cheng Xu; Weifeng Yang; Yayun Shu; Weiwei Zheng; Bingxin Yu; Mingran Qi; Wenyang Zhou; Fengfeng Zhou

doi:10.3791/57738

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방법 논문

마찬가지로 효과적인 이진 분류 공연으로 여러 바이오 마커 하위 집합 선택

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DOI:

10.3791/57738

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2018년 10월 11일

Xin Feng¹ , Shaofei Wang¹ , Quewang Liu¹ , Han Li² , Jiamei Liu² , Cheng Xu² , Weifeng Yang² , Yayun Shu² , Weiwei Zheng¹ , Bingxin Yu³ , Mingran Qi⁴ , Wenyang Zhou¹ , Fengfeng Zhou¹

¹College of Computer Science and Technology, and Key Laboratory of Symbolic Computation and Knowledge Engineering of Ministry of Education, Jilin University, ²College of Software, Jilin University, ³Ultrasonography Department, China-Japan Union Hospital of Jilin University, ⁴Department of Pathogenobiology, College of Basic Medical Science, Jilin University

이 논문에서

요약

기존 알고리즘 바이오 마커 검출 데이터 집합에 대 한 하나의 솔루션을 생성합니다. 이 프로토콜의 여러 마찬가지로 효과적인 솔루션의 존재 및 고 생물 의학 연구원 제안된 과제에 대 한 데이터 세트를 조사 수 있도록 사용자 친화적인 소프트웨어를 제공. 컴퓨터 과학자 들은 팬 들은이 기능에 그들의 바이오 마커 검출 알고리즘의 정보를 제공할 수도 있습니다.

초록

바이오 마커 검출 높은 처리량 'omics' 연구자에 대 한 생물 더 중요 한 질문 중 하나 이며 특정된 데이터 집합에 대 한 최적화 된 성능 측정 한 biomarker 하위 집합을 생성 하는 거의 모든 기존 바이오 마커 검출 알고리즘 . 그러나, 최근 연구도 동일 또는 유사 하 게 효과적 분류 공연 여러 바이오 마커 하위 집합의 존재 증명. 이 프로토콜은 이진 분류 공연, 사용자 정의 자르기 보다 더 하위 집합 바이오 마커 검출을 위한 간단 하 고 간단한 방법론을 선물 한다. 데이터 준비 및 로드, 초기 정보 요약, 매개 변수 조정, 바이오 마커 검사, 결과 시각화 및 해석, 바이오 마커 유전자 주석, 및에 결과 및 시각화 수출의 프로토콜 구성 출판 품질입니다. 제안 된 바이오 마커 전략 스크리닝 직관적 이며 바이오 마커 검출 알고리즘 개발에 대 한 일반적인 규칙을 보여 줍니다. 사용자 친화적인 그래픽 사용자 인터페이스 (GUI) 프로그래밍 언어 파이썬, 생물 의학 연구원은 그들의 결과에 직접 액세스할 수 있도록 사용 하 여 개발 되었다. 소스 코드와 kSolutionVis의 설명서는 http://www.healthinformaticslab.org/supp/resources.php에서 다운로드할 수 있습니다.

서론

하나는 가장 일반적으로 이진 분류 조사 하 고 도전적인 데이터 마이닝, 생물 의학 영역에서 문제 샘플 가장 정확한 차별 전원¹^, 의 두 그룹에 대 한 훈련 분류 모델을 구축 하는 ² ^, ³ ^, ⁴ ^, ⁵ ^, ⁶ ^, ^{그러나 7}., 생물 의학 분야에서 생성 하는 큰 데이터는 고유의 "큰 p 작은 n" 패러다임, 기능의 일반적으로 샘플⁶^,^,⁸⁹의 수 보다 훨씬 더 큰 숫자와 함께. 따라서, 생물 의학 연구원 overfitting 문제⁸^,⁹를 피하기 위해 분류 알고리즘을 활용 하기 전에 기능 치수를 줄일 필요가 있다. ....