본 프로토콜은 안정하고 선형적인 열 구배를 생성하기 위해 상업적으로 이용가능한 성분의 사용을 예시한다. 이러한 구배는 플랑크톤 유기체, 특히 무척추 동물 유충의 열 상한을 결정하는 데 사용될 수 있습니다.
본 프로토콜은 안정하고 선형적인 열 구배를 생성하기 위해 상업적으로 이용가능한 성분의 사용을 예시한다. 이러한 구배는 플랑크톤 유기체, 특히 무척추 동물 유충의 열 상한을 결정하는 데 사용될 수 있습니다.
열 한계와 폭은 종 분포를 예측하는 데 널리 사용되었습니다. 지구 온도가 계속 상승함에 따라 순응에 따라 열 한계가 어떻게 변하고 생활 단계와 개체군간에 어떻게 변하는 지 이해하는 것이 미래의 온난화에 대한 종의 취약성을 결정하는 데 중요합니다. 대부분의 해양 생물은 초기 플랑크톤 단계를 포함하는 복잡한 수명주기를 가지고 있습니다. 이러한 작은 초기 발달 단계(수십 미크론에서 수백 미크론)의 열 한계를 정량화하면 발달 병목 현상을 식별하는 데 도움이 되지만 이 프로세스는 표적 유기체의 작은 크기, 큰 벤치 공간 요구 사항 및 높은 초기 제조 비용으로 인해 어려울 수 있습니다. 여기에서는 소량(mL에서 수십 mL)에 맞춰진 설정이 제시됩니다. 이 설정은 상업적으로 이용 가능한 구성 요소를 결합하여 안정적이고 선형적인 열 구배를 생성합니다. 설정의 생산 사양과 살아있는 개체와 죽은 개체를 소개 및 열거하고 치사 온도를 계산하는 절차도 제공됩니다.
열 내성은 유기체의 생존과 기능의 핵심입니다 1,2. 인위적인 탄소 배출로 인해 지구가 계속 따뜻해짐에 따라 열 한계의 결정 및 적용에 대한 관심이 높아지고 있습니다3. 사망률, 발달 실패 및 이동성 상실과 같은 다양한 종말점이열 상한 및 하한을 결정하는 데 사용되었습니다4. 이러한 열 한계는 종종 유기체의 열 틈새에 대한 대리인으로 간주됩니다. 이 정보는 지구 온난화에 더 취약한 종을 식별하고 미래의 종 분포와 그에 따른 종 상호 작용을 예측하는 데 사용됩니다 3,5,6,7. 그러나 특히 작은 플랑크톤 유기체의 경우 열 한계를 결정하는 것은 어려울 수 있습니다.
플랑크톤 유기체, 특히 해양 무척추 동물의 애벌레 단계의 경우 열 한계는 만성 노출을 통해 결정될 수 있습니다. 만성 노출은 며칠에서 몇 주에 걸쳐 여러 온도에서 유충을 사육하고 유충 생존율 및/또는 발달률이 감소하는 온도를 결정함으로써 달성됩니다 8,9,10. 그러나 이 접근법은 시간이 많이 걸리고 대규모 인큐베이터와 유충 사육 경험이 필요합니다(해양 무척추 동물 유충 배양에 대한 좋은 소개는 참조11 참조).
또는 열 응력에 대한 급성 노출을 사용하여 열 한계를 결정할 수 있습니다. 종종, 이러한 결정 접근법은 온도 제어 건조 수조(12,13,14)에 유충이 있는 작은 바이알을 배치하거나, PCR 열 순환기(15,16)에서 열 구배 기능을 활용하거나, 바이알이 꼭 맞는 구멍(17)을 갖는 큰 알루미늄 블록의 단부에 가열 및 냉각을 적용하여 생성된 열 구배를 따라 유리 바이알/미세 원심분리 튜브를 배치하는 것을 포함하고, 18,19. 일반적인 건식 수조는 단일 온도를 생성합니다. 따라서 온도 범위에서 성능을 평가하기 위해 여러 장치를 동시에 작동해야 합니다. 열 순환기는 그래디언트를 생성하지만 작은 시료량(120μL)만 수용하므로 신중한 조작이 필요합니다. 열 순환기와 유사하게 대형 알루미늄 블록은 선형적이고 안정적인 온도 구배를 생성합니다. 두 접근법 모두 로지스틱 또는 프로빗 회귀와 결합하여 인구의 50%(LT50)12,20,21에 대한 치사 온도를 계산할 수 있습니다. 그러나 사용 된 알루미늄 블록의 길이는 ~ 100cm였습니다. 이 크기에는 넓은 실험실 공간과 구멍을 뚫기 위한 특수 컴퓨터 수치 제어 밀링 머신에 대한 액세스가 필요합니다. 목표 온도를 유지하기 위해 두 개의 연구 등급 수조를 사용하는 것과 함께 설정 조립에 드는 재정적 비용이 높습니다.
따라서이 작업은 상업적으로 이용 가능한 부품으로 안정적이고 선형적인 온도 구배를 생성하는 대체 수단을 개발하는 것을 목표로합니다. 이러한 제품은 설치 공간이 작아야하며 플랑크톤 유기체에 대한 급성 열 응력 노출 실험에 쉽게 사용할 수 있어야합니다. 이 프로토콜은 크기가 <1mm인 동물성 플랑크톤을 표적 유기체로 사용하여 개발되었으므로 1.5mL 또는 2mL 미세 원심분리 튜브의 사용에 최적화되었습니다. 더 큰 연구 유기체에는 사용되는 1.5mL 미세 원심분리 튜브보다 큰 용기와 알루미늄 블록의 확장된 구멍이 필요합니다.
실험 장치를보다 쉽게 이용할 수있게하는 것 외에도이 작업은 데이터 처리 파이프 라인을 단순화하는 것을 목표로합니다. 상용 통계 소프트웨어는 로지스틱 또는 프로빗 회귀를 사용하여 LT50 을 계산하는 루틴을 제공하지만 라이선스 비용은 적지 않습니다. 따라서 오픈 소스 통계 프로그램 R22 에 의존하는 사용하기 쉬운 스크립트는 데이터 분석을보다 쉽게 이용할 수있게합니다.
이 프로토콜은 시판되는 부품으로 소형 열 블록을 제조하고 동물성 플랑크톤(모래 달러 Dendraster excentricus의 유충)을 급성 열 스트레스에 노출시켜 열 상한을 결정하는 방법을 보여줍니다.
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1. 히트 블록의 제작
2. 열 구배 설정 결정
3. 열 노출 및 라이브:데드 열거
알림: 온도 구배에 대해 원하는 설정이 결정되면 2단계를 생략할 수 있습니다.
4. LT50의 계산
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이 프로토콜의 목표는 동물성 플랑크톤의 열 상한을 결정하는 것입니다. 이를 위해서는 안정적이고 선형적인 열 구배가 필요합니다. 제안된 설정은 수조 온도를 8°C로 설정하고 히터를 39°C로 설정하여 14°C에서 40°C 범위의 열 구배를 생성할 수 있었습니다(그림 2A). 온도 구배는 끝점 값을 변경하여 좁히고 이동할 수 있습니다. 더 좁은 범위 (19 °C 내지 37 °C)를 갖는 열 구배는 또한 히터를 37 °C로 설정하고 수조를 15 °C로 설정함으로써 생성되었다. 블록의 온도는 설정 후 45분에서 1시간 이내에 안정화됩니다(그림 2B).
이 프로토콜을 동물성 플랑크톤에 적용하는 것을 설명하기 위해, 모래 달러 (Dendraster excentricus)의 유충에서 개체 발생을 통해 LT50으로 표시된 열 상한의 변화를 조사했습니다...
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이 프로토콜은 급성 열 노출을 통해 작은 플랑크톤 유기체의 열 한계를 결정하는 접근 가능하고 사용자 정의 가능한 접근 방식을 제공합니다. 하단의 수조와 상단의 히터에 의해 제어되는 10홀 설계와 유연한 온도 엔드포인트를 통해 LT50을 정밀하게 결정할 수 있습니다. 이 접근 방식을 사용하면 <1°C의 열 한계 차이를 감지할 수 있습니다(그림 3). 이 접근법은 다양한 종에 대한 열 한계 (시간 단위)의 신속한 결정을 제공하며, 결과 값은 여러 종 분포 모델(2,21)에 적용되었습니다. 그러나 급성 노출은 만성 노출 8,26과 비교할 때 다른 열 내성 추정치를 제공 할 가능성이 있다는 점에 유의하는 것이 중요합니다.
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저자는 선언 할 이해 상충이 없습니다.
이 연구는 Swarthmore College [KC]의 교수 연구 기금과 BJ를위한 Robert Reynolds and Lucinda Lewis '70 Summer Research Fellowship의 지원을 받고 있습니다.
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| 자동 피펫 | 라닌 | ||
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