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방법 논문

Network Pharmacology Prediction and Metabolomics Validation of the Mechanism of Fructus Phyllanthi against Hyperlipidemia

3.2K 조회수

DOI:

10.3791/65071

2023년 4월 7일

* These authors contributed equally

이 논문에서

요약

현재 프로토콜은 네트워크 약리학 예측 및 대사체학 검증을 기반으로 고지혈증에 대한 Fructus Phyllanthi의 주요 표적 및 메커니즘을 탐색하기 위한 통합 전략을 설명합니다.

초록

고지혈증은 전 세계적으로 심혈관 질환 및 간 손상의 주요 위험 요소가 되었습니다. Fructus Phyllanthi(FP)는 중국 전통 의학(TCM) 및 인도 의학 이론에서 고지혈증에 효과적인 약물이지만 잠재적인 메커니즘은 추가 탐색이 필요합니다. 본 연구는 네트워크 약리학 예측과 대사체학 검증을 결합한 통합 전략을 기반으로 고지혈증에 대한 FP의 메커니즘을 밝히는 것을 목표로 합니다. 총 콜레스테롤(TC), 중성지방(TG), 저밀도 지단백 콜레스테롤(LDL-C) 및 고밀도 지단백 콜레스테롤(HDL-C)을 포함한 혈장 지질 수준을 평가하여 고지방 식이(HFD) 유도 마우스 모델을 확립했습니다. FP의 유효성분과 고지혈증에 대한 잠재적 표적을 찾기 위해 네트워크 약리학을 적용했습니다. 혈장과 간의 대사체학을 수행하여 정상군, 모델군, 중재군 간의 차등 대사산물과 해당 경로를 확인하였다. 네트워크 약리학과 대사체학 사이의 관계는 고지혈증에 대한 FP의 과정에 대한 포괄적인 관점을 얻기 위해 추가로 구성되었습니다. 얻어진 핵심 표적 단백질은 분자 도킹에 의해 검증되었다. 이러한 결과는 FP가 HFD에 의해 유발된 고지혈증의 혈장 지질 수준 및 간 손상을 개선시킨다는 것을 반영하였다. FP의 갈산, 케르세틴 및 베타-시토스테롤이 주요 활성 화합물로 입증되었습니다. 혈장과 간에서 각각 총 16개 및 6개의 잠재적 차등 대사산물이 대사체학에 의한 고지혈증에 대한 FP의 치료 효과에 관여하는 것으로 밝혀졌습니다. 또한, 통합 분석에 따르면 중재 효과는 CYP1A1, AChE 및 MGAM뿐만 아니라 주로 트립토판 대사 경로를 포함하는 L-키누레닌, 코르티코스테론, 아세틸콜린 및 라피노스의 조정과 관련이 있는 것으로 나타났습니다. 분자 도킹은 고지혈증 관련 단백질 표적에 작용하는 위의 성분이 지질을 낮추는 데 중요한 역할을 하도록 했습니다. 요약하면, 이 연구는 고지혈증을 예방하고 치료할 수 있는 새로운 가능성을 제시했습니다.

서론

고지혈증은 인체 건강에 심각한 영향을 미치는 흔한 대사 질환이며 심혈관 질환의 주요 위험 인자이기도합니다 1. 최근 이 질환은 연령과 관련하여 감소하는 추세를 보이고 있으며, 장기간의 불규칙한 생활 습관과 건강에 해로운 식습관으로 인해 젊은 층이 더 취약해지고 있다2. 클리닉에서는 고지혈증 치료에 다양한 약물이 사용되고 있습니다. 예를 들어, 고지혈증 및 관련 죽상동맥경화성 질환 환자에게 가장 일반적으로 사용되는 약물 중 하나는 스타틴입니다. 그러나 스타틴을 장기간 사용하면 무시할 수 없는 부작용이 있어 불내성, 치료 저항성, 부작용 등 예후가 좋지 않다 3,4. 이러한 단점은 고지혈증 환자에게 추가적인 통증이 되었습니다. 따라서 안정적인 지질 저하 효능과 부작용 감소를 위한 새로운 치료법이 제안되어야 합니다.

중국 전통 의학(Traditional Chinese Medicine, TCM)은 효능이 좋고 부작용이 거의 없어 질병 치료에 널리 사용되어 왔다5. Fructus Phyllanthi (FP), Ph....

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프로토콜

동물 취급과 관련된 모든 절차는 실험실 동물의 관리 및 사용을 위한 청두 중국 전통 의학 대학 가이드에 따라 수행되었으며 청두 한의학 대학 기관 윤리 위원회(프로토콜 번호 2020-36)의 승인을 받았습니다. 수컷 C57BL/6 마우스(20 ± 2 g)를 본 연구에 사용하였다. 마우스는 상업적 공급원으로부터 입수하였다 ( 재료 표 참조).

1. 네트워크 약리학 기반 예측

참고: 네트워크 약리학은 고지혈증에 대한 FP의 활성 성분과 주요 표적을 예측하는 데 사용됩니다.

  1. 활성 성분 및 주요 목표 선택
    1. 중국 전통 의학 시스템의 약리학 데이터베이스(TCMSP; http://tcmspw.com/tcmsp.php)에서 키워드 "Phyllanthi Fructus"를 검색하여 FP의 후보 활성 성분 및 표적 목록을 얻습니다.
      참고: 일반적으로 경구 생체이용률(OB)이 ≥30%이고 약물 유사(DL) 값이 ≥0.18인 성분만 활성 성분으로 포함됩니다.
    2. GeneCards 데이터베이스(https://www.genecards.org/), Online Mendelian Inheritance in Man ....

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결과

네트워크 약리학
FP의 총 18가지 잠재적 성분을 데이터베이스 및 LC-MS 분석에서 약동학 및 약력학적 특성에 따라 스크리닝했습니다(총 이온 크로마토그램은 보충 그림 1에 표시됨). 관련 문헌을 통해 갈산의 함량은 다른 성분보다 훨씬 높으며 지질을 낮추는 데 효과적입니다 9,11. 따라서 이 성분도 잠재적인 성분으로 간주되었습니다. FP의 총 19개 성분과 134개 성분 관련 타겟이 설립되었습니다. 19가지 성분 모두 표 1에 나타내었다. 추가 분석을 위한 가장 대표적인 성분을 선택하기 위해, 이들 성분을 Bioinformatics Analysis Tool for Molecular mechANism of Traditional Chinese Medicine 데이터베이스(BATMAN-TCM; http://bionet.ncpsb.or.......

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토론

최근 몇 년 동안 고지혈증의 발병률이 증가하고 있는데, 이는 주로 장기간의 건강에 해로운 식습관으로 인한 것입니다. TCM과 그 화학 성분은 다양한 약리학 적 활성을 가지고 있으며, 최근 몇 년 동안 널리 연구되어왔다37,38. FP는 약과 식품으로 사용되는 과일 자원의 일종으로 고지혈증 치료에 중요한 잠재력을 가지고 있습니다. 그러나 고지혈증에 대한 FP의 잠재적인 치료 기전은 추가 연구가 필요합니다.

네트워크 약리학은 분자 수준에서 약물 다약리학적 효과를 평가하고 천연물과 단백질의 상호작용을 예측하여 주요 메커니즘을 결정합니다39. 첫 번째 단계는 약물의 활성 성분과 주요 표적을 선택하는 것입니다. 이 연구에서는 9 개의 활성 성분과 62 개의 허브 유전자가 발견되었습니다. 고지혈증에 대한 FP의 분자 메커니즘을 더 깊이 이해하기.......

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공개 사항

모든 저자는 이해 상충이 없음을 선언합니다.

감사의 글

이 연구는 TCM Health Preservation and Rehabilitation(2022C005)의 제품 개발 및 혁신 팀과 "Health Preservation and Rehabilitation+"의 새로운 비즈니스 국경 간 통합에 관한 연구의 지원을 받았습니다.

....

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재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
101-3B 오븐Luyue 악기 및 장비 공장\
80312 / 80302 유리 슬라이드Jiangsu Sitai Experimental Equipment Co., LTD\
80340-1630 커버 슬립Jiangsu Sitai Experimental Equipment Co., LTD\
AccucoreTM C18 (3 mm × 100 mm, 2. 6 μ m)Thermo Fisher Scientific\
AcetonitrileFisher ChemicalA998버전 1.5.6
ACQUITY UPLC HSS T3 컬럼 (2.1 mm × 100 mm, 1.8 μ m)Thermo Fisher Scientific\
AethanolFisher ChemicalA995버전 3.0
암모니아 솔루션Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD1336-21-6버전 3.9.1
AutoDockToolsScripps Institution of Oceanography\
BS-240VT 전자동 동물 생화학 검출 시스템심천 Mindray Bio-Medical 공급자:Electronics Co., Ltd.\
Compound DiscovererThermo Fisher Scientific\
CytoscapeCytoscape Consortium\
DM500 광학 현미경Leica\
DV215CD 전자 저울Ohaus Corporation ., LtdT15A63
에틸 알코올Chengdu Cologne Chemicals Co., Ltd64-17-5
포름산피셔 케미컬A118
HDL-C 분석 키트난징 Jiancheng 생명 공학 연구소A112-1-1
헤마톡실린 염색 용액BiosharpBL700B
고지방 다이어트ENSIWEIER202211091031
Hitachi CT15E/CT15RE 원심분리기Hitachi., Ltd.\
균질화기Oulaibo Technology Co., Ltd\
염산Chengdu Cologne Chemicals Co., LTD7647-01-0
이미지 형성 시스템LIOO\
JB-L5 냉동고Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd\
JB-L5 조직 EmbedderWuhan Junjie Electronics Co., Ltd\
JK-5/6 마이크로톰Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd\
JT-12S 하이드로추출기Wuhan Junjie Electronics Co., Ltd\
KQ3200E 초음파 세척기Kun Shan Ultrasonic Instruments Co., Ltd\
LDL-C 분석 키트Nanjing Jiancheng Bioengineering InstituteA113-1-1
Male C57BL/6 Mice  SBF 생명공학 주식회사\버전 2.3.2
중립 BalsamShanghai Yiyang Instrument Co., Ltd10021190865934
순수한 물광저우 왓슨의 음식 & Beverage Co., LtdGB19298
PyMOLDeLano Scientific LLC\Version 14.1
RE-3000 Rotary EvaporatorYarong Biochemical Instrument Factory ., Ltd\
RM2016 Pathological MicrotomeShanghai Leica Instruments Co., Ltd\Version 26.0
SIMCA-PUmetrics AB\
SimvastatinMerck 샤프 & Dohme., Ltd14202220051
SPSSInternational Business Machines Corporation\
TC 분석 키트Nanjing Jiancheng Bioengineering InstituteA111-1-1
TG 분석 키트Nanjing Jiancheng Bioengineering InstituteA110-1-1
UPLC-Q-Exactive Quadrupole Electrostatic Field Orbital Hydrazine 고해상도 질량 분석기Thermo Fisher Scientific\
Vortex 진동기Beijing PowerStar Technology Co., Ltd.LC-Vortex-P1
크실렌청두 쾰른 화학 유한 회사1330-20-7

참고문헌

  1. Nelson, R. H. Hyperlipidemia as a risk factor for cardiovascular disease. Primary Care: Clinics in Office Practice. 40 (1), 195-211 (2013).
  2. Mach, F., et al.

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