인간 골육종 세포에서 긴 비코딩 RNA 국소화를 위한 RNA Fluorescence In Situ Hybridization

Junli Chang; Xiaoping Ma; Xingyuan Sun; Chujie Zhou; Peng Zhao; Yongjun Wang; Yanping Yang

doi:10.3791/65545

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방법 논문

인간 골육종 세포에서 긴 비코딩 RNA 국소화를 위한 RNA Fluorescence In Situ Hybridization

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DOI:

10.3791/65545

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2023년 6월 16일

Junli Chang^*¹^,² , Xiaoping Ma^*¹^,² , Xingyuan Sun¹^,² , Chujie Zhou¹^,² , Peng Zhao¹^,² , Yongjun Wang¹^,² , Yanping Yang¹^,²

¹Longhua Hospital, Shanghai University of Traditional Chinese Medicine, ²Key Laboratory of Theory and Therapy of Muscles and Bones, Ministry of Education

^* These authors contributed equally

이 논문에서

요약

본 프로토콜은 인간 골육종 세포에서 lncRNA를 국소화하기 위한 RNA 형광 in situ 교잡의 방법을 기술한다.

초록

암세포의 증식, 상피-중간엽 전이(EMT), 이동, 침투 및 자가포식을 조절하는 것과 같은 암에서 긴 비암호화 RNA(lncRNA)의 중요한 역할이 연구되었습니다. 세포에서 lncRNA의 국소화 검출은 세포의 기능에 대한 통찰력을 제공할 수 있습니다. 형광 염료로 표지한 후 lncRNA 특이적 안티센스 사슬 서열을 설계함으로써 RNA 형광 in situ hybridization(FISH)을 적용하여 lncRNA의 세포 국소화를 검출할 수 있습니다. 현미경 검사법의 발달과 함께, RNA 물고기 기술은 지금 잘 표현되지 않는 lncRNAs의 구상 조차 허용합니다. 이 방법은 lncRNA의 국소화를 단독으로 검출할 수 있을 뿐만 아니라 이중색 또는 다색 면역형광을 사용하여 다른 RNA, DNA 또는 단백질의 공동 국소화도 검출할 수 있습니다. 여기에서는 인간 골육종 세포(143B)에서 lncRNA small nucleolar RNA host gene 6 (SNHG6)을 예로 들어 RNA FISH의 상세한 실험 조작 절차 및 주의사항을 포함하여, RNA FISH 실험, 특히 lncRNA FISH를 수행하고자 하는 연구자들에게 참고자료를 제공하였다.

서론

인간 게놈에 대한 우리의 이해는 최근 전체 게놈 기술의 발전으로 크게 확장되었습니다. 인간 게놈의 약 93%는 RNA로 전사될 수 있지만 RNA의 2%만 단백질로 번역될 수 있습니다. 단백질 번역 기능이 없는 나머지 98%의 RNA를 non-coding RNA(ncRNA^)라고 합니다1. 200개 이상의 뉴클레오^티드를 포함하는 긴 ncRNA(noncoding RNA(ncRNA)의 한 종류인 긴 ncRNA(lncRNA)는 분화, 주기 조절, 세포자멸사, 이동 및 침습과 같은 세포의 많은 생리학적 및 병리학적 과정에 관여하기 때문에 점점 더 주목을 받고 있습니다 ^3,4,5. LncRNA는 염색질 구조 및 핵 유전자 발현 조절, mRNA 접합 과정 제어, 전사 후 변형 등 다양한 메커니즘을 통해 역할을 수행합니다⁶. LncRNA는 전사 및 전사 후 수준 모두에서 악성 종양의 발생, 발달 및 전이를 조절합니다. 전사 조절은 염색체 구조에 대한 결합을 통해 RNA 전사에 영향을 미침으로써 핵에서 실현되는 반면,....