방법 논문

바이오뱅킹, 맞춤형 의학 및 연구 응용을 위한 유방 생검 및 유방 절제술 샘플 수집 절차의 최적화

DOI:

10.3791/67193

⸱

2025년 9월 2일

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1Department of Biology, University of the Philippines Baguio, 2Philippine Genome Center, University of the Philippines, 3Department of Surgery, Philippine General Hospital, University of the Philippines, 4Institute of Biology, College of Science, University of the Philippines Diliman, 5Department of Pathology, College of Medicine, University of the Philippines Manila, 6Institute of Human Genetics, National Institutes of Health, University of the Philippines Manila

* These authors contributed equally

이 논문에서

요약

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이 기사에서는 바이오뱅킹, 맞춤형 의학 및 기타 연구 응용 분야에 대한 유용성을 최적화하도록 설계된 유방암 샘플 수집을 위한 자세한 프로토콜을 제시합니다. 유방 생검 및 유방 절제술 절차를 포함한 샘플 수집 작업 흐름은 조직 손상을 최소화하고 샘플 품질을 극대화하는 데 중점을 두고 자세히 설명합니다.

초록

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유방암은 특히 아시아에서 여성에게 가장 흔한 암으로, 필리핀에서 발병률이 가장 높습니다. 지속적인 노력에도 불구하고 유방암 생물학에 대한 이해는 여전히 미충분하며, 효과적인 선별 프로그램과 시기적절한 치료의 부족으로 인해 더욱 악화되고 있습니다. 이러한 문제를 해결하기 위해 바이오뱅크 및 기타 생물학적 표본 저장소가 전 세계적으로 추진력을 얻었습니다. 필리핀 대학교-필리핀 종합병원(UP-PGH)은 암 바이오뱅크를 설립하여 필리핀 암 연구를 위한 정부 지원 이니셔티브의 실행 가능성을 입증했습니다. 이 연구에는 UP-PGH, 필리핀 게놈 센터(PGC) 및 필리핀 대학교 딜리만 생물학 연구소(UPD-IB)의 전문 지식을 활용하여 다양한 질병 단계의 필리핀 유방암 환자 100명에 대한 전향적 관찰이 포함됩니다. 포괄적인 환자 데이터와 함께 생체 표본의 수집, 처리 및 저장을 통합합니다. 절차에는 RNA 추출, 라이브러리 준비 및 시퀀싱이 포함됩니다. 또한 일부 환자는 화학 요법 사전 스크리닝을 위한 시험관 내 3차원(3D) 세포 배양 실험에 참여합니다. 집계된 데이터는 표준 임상 접근 방식이 부적절한 맞춤형 치료로 이어질 수 있는 치료 전략을 발견하는 것을 목표로 합니다. 주요 기술에는 고품질 RNA 추출, 시퀀싱 및 3D 세포 배양을 보장하기 위한 초음파 유도 코어 바늘 생검, 세심한 정상 유방 조직 수집, 정밀한 종양 백분율 결정이 포함됩니다. 이 연구는 또한 이전 바이오뱅킹 노력에서 직면한 문제를 다룹니다. 궁극적으로 이 연구는 유방암 연구에 크게 기여하여 필리핀과 같은 개발도상국의 공동 연구, 바이오뱅크 설립 및 정밀 의학 발전의 모델로 자리매김하는 것을 목표로 합니다.

서론

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유방암은 필리핀 여성들 사이에서 가장 흔한 암 형태입니다. 아시아에서 필리핀은 유방암 사망률이 가장 높고 발병률 대비 사망률이 가장 낮은 국가 중 하나입니다1. 비율은 유방암에 대한 선별 프로그램과 시기적절하고 효과적인 치료의 부재로 인해 큰 영향을 받았을 수 있습니다. 국내에서는 대부분의 암 환자가 진행성 암 단계에서만 상담을 받기 때문에 유방암은 일반적으로 후기 단계에서 진단됩니다. 유방암 발병률이 높은 필리핀에서는 유방암 사례의 53%가 III기와 IV기로 진단되었고, I기에서는 2-3%만이 진단되었습니다. 1,2,3. 유방암에 대한 검진 접종 및 환자 교육을 촉진하는 것 외에도 국내 유방암 발병률을 줄이기 위해 유방암 관련 연구 개발을 더욱 모색해야 합니다.

전 세계에 바이오뱅크가 설립되면서 의학 발전이 가속화되었습니다. 바이오뱅크는 향후 연구 개발을 위해 과학적으로 가치 있는 생물학적 표본을 보관하고 보존하는 데 사용됩니다4. 그 이후로 바이오뱅크는 중개 연구5 및 맞춤형 의료 접근법개선6에 사용되었습니다. 아시아에서 바이오뱅크는 대부분 동아시아, 특히 중국, 일본, 한국에 집중되어 있습니다4. 필리핀과 같은 아시아의 저소득 및 중간 소득 국가에서는 바이오뱅킹의 개념이 여전히 등장하고 있습니다. 필리핀의 바이오뱅크는 대부분 민간 의료 기관이 소유하고 있으며, 더 넓은 필리핀 인구 통계의 건강 및 노출 상태가 잘 표현되지 않을 수 있습니다.

필리핀 마닐라 대학교(UPM) 필리핀 종합병원(PGH)에 암 바이오뱅크를 설립함으로써 필리핀에서 암 관련 연구를 발전시킬 수 있는 정부 지원 암 바이오뱅크 설립의 타당성이 입증되었습니다7. 의료 전문 지식, 연구 혁신 및 의료 정책을 연결하는 공동 노력을 통해 이러한 기반을 바탕으로 우리는 필리핀의 유방암 치료 및 연구 환경에 긍정적인 변화를 일으키기 위해 노력하고 있습니다. 이를 통해 암 페놈 바이오뱅킹 워크플로우와 국가 규모로 광범위하고 계층화된 환자별 데이터 수집을 간소화하는 확장된 접근 방식이 절실히 필요합니다. 이 연구는 유방 생검 및 유방 절제술 샘플 수집 절차에 대한 프로토콜을 설명하고 바이오뱅킹 프레임워크로의 통합에 중점을 둡니다. 필리핀 인구의 맥락에서 유방암 발병기에 대한 이해를 발전시킬 뿐만 아니라 영향을 받은 개인의 고유한 유전적, 환경적, 임상적 특성에 부합하는 정밀 치료법의 개발을 촉진할 것으로 기대합니다.

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프로토콜

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이것은 다양한 단계의 필리핀 유방암 환자 100명으로부터 비식별화된 생체 표본(종양 및 정상 유방 조직)과 임상병리학적, 치료 및 결과 데이터를 수집한 전향적 관찰 연구입니다. 이것은 필리핀 종합병원(PGH), 필리핀 게놈 센터(PGC), 필리핀 딜리만 대학교 생물학 연구소(IB) 간의 공동 작업으로, 각각 지정된 임무가 있습니다. 이 프로토콜은 연구 보조금 관리 사무소(RGAO-2020-0933)에 등록되었으며 윤리 허가 번호 UPMREB 2020-822-01에 따라 구현하기 위해 필리핀 대학교 마닐라 연구 윤리 위원회(UPMREB)에서 검토 및 승인했습니다. 사용되는 모든 실험실은 각 기관의 생물안전 지침을 준수합니다. PGH에서 환자를 모집하면 임상병리학적 요인, 인종 및 환경 노출 측면에서 분산과 대표성이 보장되었습니다. 이전 프로젝트에서 개발 및 검증된 표준 운영 절차(SOP)는 샘플과 관련된 수집, 수집, 운송 및 기타 물류 준비를 위한 프레임워크로 활용되었습니다.

참고: 프로토콜 워크플로우의 요약 및 연구에 관련된 각 기관의 역할은 그림 1 - 프로토콜의 다이어그램 워크플로 우를 참조하십시오.

1. 유방 전 샘플 채취 절차

  1. 클리닉 상담 또는 수술 전 회의 중에 연구 포함에 적합한 환자를 식별하고 선별합니다.
    1. 암 환자의 포함 기준
      1. 1기, 2기 및 3기 유방암 진단을 받은 19-75세의 필리핀인 여성과 3B기 및 4기 유방암 진단을 받은 19-70세의 필리핀 여성을 포함합니다.
      2. 임상적으로 의심되거나 병리학적으로 진단된 모든 단계의 침윤성 유방암 사례를 포함합니다.
      3. 선행(임상 I기 또는 II기) 또는 선행 화학 요법 후(IIIB기, IIIC기)에서 외과적 치료(수정된 근치 유방 절제술 또는 근치 유방 절제술)를 받을 환자를 포함합니다. IIIA기 환자는 의사의 권고에 따라 선행 수술 또는 선행 요법을 받을 수 있습니다. IV기 환자의 경우, 유방 종양 및 인접한 정상 조직의 코어 바늘 생검을 받을 의향이 있는 환자. IV기 유방암 환자는 외과적 치료를 받지 않습니다.
      4. 모집 전에 신보강 요법을 받은 3기 유방암 환자를 포함하고 완전한 의학적 및 임상 치료 반응 기록이 있습니다.
      5. 정보에 입각한 동의서를 이해하고 서명할 수 있는 환자를 포함합니다.
    2. 암 환자에 대한 제외 기준
      1. 이전 유방암 진단을 포함하여 이전 또는 동시 악성 종양이 있는 환자는 제외합니다.
      2. 양측성 유방암 환자는 제외합니다.
      3. 이전에 신보강 방사선 요법 또는 호르몬 요법을 받은 환자는 제외합니다.
      4. 신보강 화학요법을 받을 환자에 대해 생검 반복 절차에 대한 동의가 없는 경우 이전에 코어 또는 절개 생검을 받은 환자는 제외합니다(화학 요법 전 신선한 종양 표본을 얻을 수 없기 때문에).
      5. 잔여 종양이 없는 이전에 절제 생검을 받은 환자는 제외합니다.
      6. 외과적 관리 또는 신보강 화학요법을 방해하는 동반 질환이 있는 환자는 제외합니다.
    3. 출회 기준
      1. 참가자에게 의료 서비스에 영향을 주지 않고 안전 또는 기타 우려 사항을 위해 언제든지 철회할 수 있음을 알립니다. 이 비개입 연구는 참가자의 치료 선택에 영향을 미치지 않습니다.
  2. 환자의 동의를 얻고 데이터 수집 양식을 작성하십시오.
    참고: 지정된 담당 펠로우(FIC) 또는 컨설턴트는 대학 연구원(URA)과 함께 동의를 확보합니다.
  3. 연구 참여를 확인한 후 코어 바늘 생검 절차에 대한 환자의 일정을 확보하고 확인합니다.
  4. 기관의 윤리위원회 및 생물안전위원회가 설정하고 승인한 지침에 따라 절차를 수행합니다.

2. 유방 생검 샘플 수집 절차

참고: III기 및 IV기 환자에 대한 코어 바늘 유방 생검 절차의 자세한 워크플로는 그림 2 를 참조하여 각 절차에 대한 샘플 분포를 보여줍니다.

  1. 검체 수집 전 튜브를 GB로 사전 라벨링하여 유전체학 - 유방(검체가 있는 연구), 참가자 번호이고 001에서 100 또는 그 이상까지 범위일 수 있는 xxx, 문자 A, C 및 D를 의미합니다. 다음은 튜브에 라벨을 붙이는 데 사용되는 문자 코드입니다.
    A - PGC로 보내기 위한 코어 바늘 생검, 종양 조직을 의미합니다.
    C - 바이오뱅킹을 위한 코어 바늘 생검, 종양 조직을 의미합니다.
    D - 코어 바늘 생검, 정상 조직을 의미합니다.
    1. 시퀀싱을 위해 제출된 샘플에 실험실의 라벨인 "BC"와 두 개의 두 자리 샘플 번호(예: BC01, BC21)를 할당합니다. 각 샘플에는 표본 수집 중에 할당된 코드와 상관 관계가 있는 해당 "GB" 코드가 있습니다.
  2. 외래 진료소, 수술실 또는 기타 무균 환경에서 초음파 유도 하에 14G 코어 바늘 생검 건을 사용하여 최대 9개의 조직 코어를 얻습니다.
    1. 각 코어에 대해 종양 중심에서 길이가 약 2cm이고 인접한 정상 조직의 경우 종양에서 1cm 떨어진 유방 샘플을 채취합니다. 각 참가자로부터 종양 조직과 정상 조직의 두 가지 유형의 표본을 수집합니다.
    2. 인산염 완충 식염수(PBS) 용액이 들어 있는 페트리 접시에 넣기 위해 각 샘플을 URA에 전달합니다.
      참고: 이 연구에서 코어 바늘 생검은 III기 및 IV기 유방암 환자에 대해서만 수행되었습니다. 3기 환자의 경우 코어 바늘 생검을 통해 화학 요법 경험이 없는 종양 샘플을 제공했습니다. IV기 환자의 경우 유방 절제술이 시행되지 않았기 때문에 코어 바늘 생검이 원발성 종양 샘플로 사용되었습니다. I기 및 II기 유방암 환자의 경우 코어 바늘 생검을 수행하지 않았습니다. 대신, 종양과 인접한 정상 조직은 유방 절제술 표본에서 얻었습니다.
  3. 생검 표본을 반으로 잘라 연구와 조직병리학적 분석 사이에 고르게 분포합니다.
    1. 종양 조직의 경우 14-G 바늘을 사용하여 연구 환자당 최대 9개의 코어를 얻습니다.
    2. 페트리 접시에서 얻은 종양 코어를 RNA 분석용 샘플(6코어)과 바이오뱅킹용 샘플(3코어)의 2개 그룹으로 분리합니다.
    3. 각 코어를 세로로 2개로 자르되, 이것이 어려운 경우에는 코어를 십자형으로 2개로 자릅니다. 멸균 칼날을 사용하여 코어를 자릅니다. RNA 분석을 위해 조직 코어의 절반을 보내거나 바이오뱅킹을 위해 보관합니다. 일상적인 조직병리학적 분석을 위해 조직 코어의 나머지 절반을 병리학으로 보냅니다.
    4. 정상 조직의 경우 14G 바늘을 사용하여 연구 환자당 최대 3개의 코어를 얻습니다. 오염을 피하기 위해 종양 조직을 얻는 데 사용되는 바늘과 다른 바늘을 사용하십시오. 이것이 불가능한 경우에는 종양 조직을 얻기 전에 먼저 정상적인 유방 조직을 얻으십시오.
    5. 종양 조직으로 수행한 것과 유사한 페트리 접시에 얻은 각 정상 조직을 놓고 코어를 반으로 자릅니다. 연구를 위한 샘플과 조직병리학적 분석을 위해 병리학과에 샘플을 배포합니다.
  4. 샘플 수집 후 샘플을 튜브 사이에 분배합니다.
    1. 1.25mL의 RNA 안정화 용액으로 미리 채워진 지정된 2mL 냉동 용액에 코어의 절반을 넣습니다(RNA 분석을 위한 모든 코어는 1개의 바이알에 함께 배치되고 바이오뱅킹을 위한 모든 코어는 별도의 바이알에 함께 배치됨, 샘플을 항상 저온으로 유지) 이러한 코어의 해당 절반을 일반 표본 바이알/튜브에 넣고 10% 중성 완충 포르말린(10% NBF)으로 고정합니다. 조직병리학적 분석을 위해. 두 개의 해당 반쪽 그룹, 지정된 센터로 가는 그룹(예: RNA 분석을 위해 보내진 샘플) 및 해당 병리학 표본의 검체 코드가 동일한지 확인합니다.
  5. 수술 병리학 양식을 작성하십시오. 양식과 함께 포르말린으로 고정된 병리학 표본을 일상적인 조직병리학을 위해 병리학에 제출하십시오.
  6. RNA 안정화 용액이 들어 있는 튜브에 담근 코어 바늘 생검 샘플을 파라필름으로 밀봉합니다(이상적으로는 용액 대 조직의 비율이 5:1이므로 조직이 0.25cm인 경우 RNA 안정화 용액 1.25mL).
  7. 샘플을 4°C에서 24시간 동안 보관한 다음 결국 -80°C의 온도로 초저온 냉동고에 옮깁니다.
    참고: 보관에 대한 지침은 섹션 4(표본의 보관, 포장 및 운송)에서 설명합니다.

3. 유방 절제술 샘플 수집 절차

  1. 섹션 1의 유방 전 샘플 수집 절차를 따르십시오.
    참고: 연구에 등록된 I기, II기 및 III기 환자는 수술실(OR)에서 유방 절제술을 받게 됩니다. I기 및 II기 환자의 경우 유방 절제술을 선불로 시행하는 반면, 3기 환자의 경우 유방 절제술은 8주기의 신보강 요법을 완료한 후에만 시행됩니다. 4단계의 경우 유방 절제술 샘플을 수집하지 않습니다. 절차당 샘플 분포를 보여주는 자세한 유방 절제술 샘플 수집 프로토콜은 그림 3 을 참조하십시오.
  2. 협력자 및 병리학과와 일정을 조정하십시오. 시술 목표 날짜로부터 최소 2일 전에 이 작업을 수행하십시오. 정해진 일정이 변경되는 경우 일정에 충돌이 발생하지 않도록 즉시 담당자에게 알립니다.
  3. 검체 수집 전에 튜브에 Genomics Breast(검체가 있는 연구)를 의미하는 GB, 참가자 번호인 xxx(001에서 100 또는 그 이상, 문자 E 및 F)로 미리 라벨을 붙입니다. 다음은 튜브에 라벨을 붙이는 데 사용되는 문자 코드입니다.
    E - PGC, IB로 보내기 위한 유방 절제술, 종양 조직 및 바이오뱅킹을 의미합니다.
    F - 유방 절제술, 정상 조직을 의미합니다.
    1. 시퀀싱을 위해 제출된 샘플에 실험실의 레이블인 "BC" 및 두 자리 샘플 번호(예: BC01, BC21)를 할당합니다. 각 샘플에는 표본 수집 중에 할당된 코드와 상관 관계가 있는 해당 "GB" 코드가 있습니다.
  4. 검체를 기다리는 동안 수술 중 수술 병리학 양식을 작성하십시오. 검체 수집에 필요한 준비를 할 수 있도록 담당 병리학자에게 업데이트를 보내십시오.
  5. 유방 검체를 제거하고 문서화한 직후 검체를 깨끗한 비닐/검체 백에 넣으십시오. 냉방 허혈 시간을 최소화하기 위해 유방 절제술 표본을 즉시 병리과로 가져와 조사하십시오. 제출 시 표본을 포르말린에 넣지 마십시오.
    참고: 유방 절제술 중 샘플 동작 사진은 그림 4 (유방 절제술 중 샘플 수집의 대표 이미지)에 나와 있습니다.
  6. 조사 시 각 표본에서 종양 조직과 정상 조직의 두 가지 유형의 샘플을 얻습니다.
    1. 종양 조직
      1. 표본당 1cm × 1cm × 1cm의 종양 조직을 측정하는 최소 하나의 블록(바람직하건 더 많은 블록을 얻습니다.
      2. 얻은 조직 블록을 두 부분으로 더 자르고 각 절반 블록의 크기는 1cm× 0.5cm× 0.5cm입니다. 바이오뱅킹 및 분석을 위해 조직 블록의 절반을 URA에 넘긴 다음 일상적인 조직병리학을 위해 나머지 절반을 포르말린에 고정합니다.
      3. 신선한 조직의 절반 블록을 고르게 삼등분합니다. 이것은 RNA 시퀀싱, 바이오뱅킹 및 오가노이드 배양을 위한 것입니다.
      4. RNA 시퀀싱의 경우: 2.5mL RNA 안정화 용액으로 미리 채워진 사전 냉각되고 사전 표지된 5mL 냉동 상태에 즉시 넣습니다(30분을 초과하지 않으며 항상 차갑게 유지해야 함).
      5. 바이오뱅킹의 경우: 2.5mL RNA 안정화 용액과 함께 미리 냉각되고 사전 라벨링되고 미리 채워진 5mL 냉동 바이알에 즉시 넣습니다(30분을 초과하지 않으며 항상 차갑게 유지해야 함).
      6. 오가노이드 배양의 경우: 5mL의 조직 저장 용액과 0.01mL의 Primocin과 함께 미리 냉각되고 미리 표지되고 미리 채워진 15mL 원뿔형 바이알에 즉시 넣습니다(30분을 초과하지 않음, 항상 차갑게 유지해야 함). 표본의 다른 부분에서 얻은 모든 종양 블록의 1/3을 하나의 원추형 튜브에 함께 모습니다.
    2. 정상 조직
      1. 검체당 정상 유방 조직의 1cm × 1cm × 1cm를 측정하는 최소 하나의 블록(바람직하게는 더 많은)을 얻습니다.
      2. 얻은 조직 블록을 두 부분으로 더 자르고 각 절반 블록의 크기는 1cm× 1cm × 0.5cm입니다. 바이오뱅킹 및 분석을 위해 조직 블록의 절반을 URA에 넘긴 다음 일상적인 조직병리학을 위해 나머지 절반을 포르말린에 고정합니다.
      3. 연구를 위해 조직 블록을 균등하게 두 개로 자릅니다. 이는 RNA 시퀀싱 및 바이오뱅킹을 위한 것입니다.
      4. RNA 시퀀싱의 경우: RNA 안정화 용액이 포함된 2.5mL 냉동 바이알로 미리 채워진 사전 냉각되고 사전 표지된 5mL 냉동 조종에 즉시 배치합니다(30분을 초과하지 않음, 항상 저온 유지).
      5. 바이오뱅킹의 경우, RNA 안정화 용액과 함께 미리 냉각되고 미리 표지되고 미리 채워진 2.5mL 냉동 바이알에 즉시 넣습니다(30분을 초과하지 않고 항상 저온 유지).
        참고: "E"로 표시된 종양 샘플은 일반적으로 표본의 3개 이상의 서로 다른 섹션에서 얻습니다. 혼동을 피하기 위해 RNA 분석 및 바이오뱅킹을 위한 종양 샘플은 E1, E2, E3 등으로 표시된 별도의 튜브에 넣어야 하며, 세포 배양을 위한 풀링된 종양 샘플은 단순히 E로 표시된 튜브에 넣어야 합니다. E1, E2 및 E3으로 표시된 샘플의 경우 종양에 대한 각 조직 샘플의 상대적 위치/위치(예: 중앙, 10시 위치)를 기록해야 합니다.
  7. 유방 절제술에서 얻은 샘플이 들어 있는 냉동 바이알을 파라필름으로 밀봉합니다.
  8. 냉동 바이알을 4°C에서 24시간 동안 보관한 다음 장기 보관을 위해 -80°C의 온도로 초저온 냉동고로 옮깁니다.
  9. 풀린 종양 블록이 들어 있는 원추형 튜브를 포장하고 운송을 준비합니다. 이 종양 블록은 오가노이드로의 세포 배양에 사용됩니다.

4. 시편의 보관, 포장 및 운송

  1. 종양과 정상 조직을 포함하는 모든 냉동 바이알을 즉시 파라필름으로 밀봉하고 4°C에서 24시간 동안 보관합니다. 24시간 후 튜브를 약 2-4시간 동안 -20°C로 옮긴 다음 결국 -80°C로 무기한 옮겨 운송까지 장기간 보관합니다.
  2. 일상적인 조직병리학 및 종양 비율의 결과를 포함하여 RNA 분석을 위해 샘플을 운송하기 전에 검체 추적기 및 데이터베이스를 업데이트하여 샘플의 신원을 확인합니다.
  3. 운송 전에 각 샘플에 대한 운송 적하목록을 작성합니다. 포장 과정이 빠르고 샘플이 들어 있는 튜브가 장기간 실온(RT)에 방치되지 않도록 하십시오.
    1. 누출을 방지하기 위해 모든 극저온 캡을 파라필름으로 밀봉하십시오.
    2. 모든 튜브를 시험관 랙에 놓습니다.
    3. 온도 로거를 설정하고 운반을 위해 튜브 옆 랙 위에 놓습니다.
    4. 튜브를 흡수성 재료로 감싼 다음 버블 랩으로 감싸고 재밀봉 가능한 백 안에 품목을 넣습니다. 백 내부의 품목을 밀봉하기 전에 온도 로거가 온도를 기록하고 있는지, 튜브가 손상되지 않고 똑바로 세워져 있는지 확인하십시오.
    5. 젤 팩을 폴리스티렌 배송 상자 바닥에 놓은 다음 튜브가 들어 있는 재밀봉 가능한 백을 젤 팩 위에 놓습니다. 가방 위에 젤 팩을 한 겹 더 올려 놓습니다. 운송 중에 표본이 차갑게 유지되도록 튜브가 젤 팩 사이에 끼워져 있는지 확인하십시오.
    6. 폴리스티렌 상자를 닫고 판지 배송 상자에 넣습니다. 큰 판지 상자가 없으면 더 큰 폴리스티렌 상자를 사용하십시오. 완성된 운송 적하목록을 지퍼백에 넣고 상자 안에 넣습니다. 상자 안의 품목 배치는 그림 5에 나와 있습니다.
    7. 판지 상자를 밀봉하고 상자 외부에 적절한 배송 라벨을 붙입니다.
  4. 검체 수집 일정과 샘플 발송 목표 시기를 수신자에게 알립니다.
    1. 오가노이드 배양의 경우 유방 절제술에서 유래한 종양 조직만 보내 활용합니다. 이것들이 신선하고 젖은 얼음 위에 그리고 검체 채취 후 24시간 이내에 전달되었는지 확인하십시오. 샘플이 포장되고 상자가 밀봉되면 신속하게 택배사를 예약하여 운송하십시오. 심한 온도 강하 또는 상승으로 인해 샘플의 생존 가능성이 손상될 수 있으므로 상자를 고온 지역에 장기간 방치하지 않도록 하십시오.
    2. 택배사에게 전달하기 전에 배송된 바이알/튜브의 수와 택배사가 바이오뱅크를 떠난 시간을 기록해 두십시오. 패키지가 도착하면 수취인이 지정된 센터에 도착 및 수령 시간, 도착 시 온도, 수령한 바이알/튜브 수, 손상된 검체 등을 기록해 두어야 합니다
    3. RNA 분석의 경우, RNA 분석을 위해 샘플을 보내기 전에 전달할 샘플에 해당 조직병리학 결과와 외과 병리학 부서의 종양 비율이 있는지 확인하십시오. RNA 추출을 위해 제출할 각 환자에 대해 종양 함량이 가장 높은 조직 블록을 식별하고 선택합니다. 종양 비율이 있는 샘플만 수송하십시오.
    4. 일괄 처리를 용이하게 하기 위해 샘플을 40개 이하의 그룹으로 보냅니다. 코어 바늘 생검 또는 유방 절제술의 종양 조직과 유방 절제술의 정상 조직의 조합을 선택하십시오. 코어 바늘 생검의 정상 조직을 운반해야 하는 경우 다음 조건을 검토하십시오.
      - 3단계로 등록되었으나 조직병리학 결과 4단계로 나타났다
      -3기로 등록되었으나 조직병리학 결과 질병의 국소 진행이 나타났다.
    5. 모든 샘플이 젖은 얼음 위에서 운송되는지 확인하십시오. 3D 세포 배양을 위해 샘플을 보낼 때 따르는 프로토콜과 유사하게 표본이 포장되고 상자가 밀봉되면 즉시 택배를 예약하여 운송하십시오. 상당한 온도 변동으로 인해 샘플의 생존 가능성이 저하될 수 있으므로 상자를 고온 장소에 장기간 두지 마십시오.
    6. 택배사에게 전달하기 전에 배송된 바이알/튜브의 수와 택배사가 바이오뱅크를 떠난 시간을 기록해 두십시오. 패키지가 도착하면 지정된 센터에 도착 및 수령 시간, 도착 시 온도, 수령한 바이알/튜브 수, 손상된 검체(있는 경우)에 유의하십시오.
  5. 전송된 샘플의 데이터베이스를 업데이트하고 샘플을 추가로 처리하기 전에 필요한 모든 정보를 입력합니다. 일주일에 한 번 데이터베이스를 모니터링하고 평가합니다.

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결과

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코어 바늘 생검 중 샘플 수집의 경우 초음파 유도 하에 절차를 수행하는 것은 환자의 편의성과 작업 흐름의 효율성은 물론 샘플의 RNA 무결성에 큰 영향을 미쳤습니다. 그렇지 않으면 기대한 결과를 얻지 못할 수 있으며, 환자는 클리닉으로 돌아가 절차를 반복해야 하므로 샘플 수집 및 처리가 길어집니다.

그 외에도 담당 병리학자가 수행한 샘플당 종양 비율 식별도 추출을 위한 샘플의 품질을 보장하고 데이터 분석의 지연을 최소화하는 중요한 단계입니다. 종양 비율은 유방 조직 샘플의 종양 구성을 추정한 것입니다. 이를 통해 종양 비율이 높은 종양 블록과 종양 조직이 없는 정상 조직 블록만 추출을 위해 보내지므로 RNA 추출 및 시퀀싱을 위한 조직 블록 선택이 더 쉬워집니다. 종양 조직이 없는 대표적인 정상 조직 블록이 없는 경우 종양 비율이 최소인 블록이 대신 보내집니다.

병리학자...

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토론

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이 프로토콜의 성공적인 구현은 기술적 정확성뿐만 아니라 일관된 샘플 품질과 데이터 무결성을 보장하기 위한 임상 및 연구 팀의 조정에도 달려 있습니다. 이 프로토콜에는 진단 정확도를 극대화하고 다운스트림 분자 분석에 적합한 고품질 생체 표본을 생성하도록 설계된 몇 가지 주요 절차가 포함되어 있습니다. 주요 단계에는 정상 및 종양 유방 조직을 모두 얻기 위한 초음파 유도 코어 바늘 생검, 치료 반응에 대한 데이터 수집 및 종양 백분율 정량화가 포함됩니다.

코어 바늘 생검(CNB)은 암이 의심되는 만져지는 유방 종괴의 진단에 권장됩니다. 필리핀 외과 대학(PCS)에서 발표한 초기 유방암에 대한 임상 진료 지침9에 따르면, 코어 바늘 생검은 다음을 포함하되 이에 국한되지 않는 장점으로 인해 유방 종괴 진단에 일반적으로 사용됩니다. 비침습성 암과 침윤성 암을 구별할 수 있습니다. 또한 ...

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공개 사항

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저자는 재정적, 개인적, 제도적 이해 상충을 공개할 필요가 없습니다.

감사의 글

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이 연구는 필리핀 보건 연구 개발 위원회(DOST-PCHRD) 과학 기술부의 자금 지원을 받고 필리핀 게놈 센터(PGC) 및 필리핀 딜리만 대학교 생물학 연구소(UPD-IB)와 협력하여 수행됩니다. 저자는 또한 이 프로토콜을 최적화하는 데 도움을 준 Mr. Lech Havel Tizon, Mr. Conrad Chong 및 Ms. Susan Valibia와 이 프로토콜 촬영에 기여한 병리학 레지던트인 Dr. Clarisse Veronica Mirhan 및 Dr. Patricia Franco에게 감사의 말씀을 전하고 싶습니다.

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재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
37% 포르말린 용액필루사 코퍼레이션해당 없음조직병리학적 분석을 위한 조직 보존제로 사용됨
70% 이소프로필 알코올그린 크로스 주식회사해당 없음소독제로 사용
바코드 프린터얼룩말GC420t샘플이 담긴 튜브 라벨링에 사용되는 바코드 라벨 인쇄를 위한
표백제그린 크로스 주식회사해당 없음소독제로 사용; 수술 도구의 오염 제거를 위해
블루 아이스 팩러버메이드1002운송 중 샘플을 저온에서 보관하기 위해
코어 바늘 생검 14-G 바늘음유시인MN1410해부학적 구조에서 작은 조직 샘플을 자동으로 추출하기 위해 생검 건 핸드피스(생검)에 연결되도록 설계된 침습적 관형 수술 기구로, 주변 조직 손상을 최소화하며 조직 병리학적 검사/검사를 위해 설계되었습니다.
코어 바늘 유방 생검 건음유시인MG1522코어 바늘 생검 중 조직 샘플 채취에 사용되는 재사용 가능한 코어 생검 기기
일회용 페트리 접시 90mm x 15mm피닉스 바이오메디컬 프로덕츠롯: 20220206PBS에 조직을 담글 때 코어 바늘 생검 샘플 채취에 사용됩니다
둘벡코 인산염 완충 식염수 (PBS)써모피셔 사이언티브21600010해리 전 세포 세척, 세포 또는 조직 운반, 세기를 위한 희석 세포, 시약 준비 등 다양한 세포 배양 분야에 사용되는 균형 잡힌 소금 용액입니다.
겸자현지 공급업체해당 없음
Kimtech Science KimWipes 섬세한 작업 와이퍼킴벌리 클라크 프로페셔널KC341204.3 x 8.4인치. (11.0 cm x 21.3 cm); 1겹 280 카운트; 표면, 부품, 기기, 의료 사무실 청소를 위해 이 물솜들은 액체, 먼지, 작은 입자를 쉽게 청소합니다.
MACS 조직 저장 용액밀텐이 바이오텍130-100-008신선한 장기 및 조직 샘플의 최적화된 저장을 가능하게 하는 저장 솔루션
마이크로피펫상하이 지의류기기기술유한회사.STEM-GC-3197-Y소량 액체 피펫팅/이송을 위해
마이크로피펫 팁타손 가족521100소량 액체 피펫팅/이송을 위해
파라필름파라필름 M5259-04LC PM996누출을 방지하기 위한 튜브의 기밀 및 방습 밀봉을 위한
프리모신 250mg (5 x 1 mL)인비보젠ANT-PM-05미생물 오염으로부터 조직을 보호하기 위해 사용됩니다
냉장고 (4 & deg; C)LG모델: GR-Y331SLZB조직 샘플 및 시약 저장을 위해
RNAlater 해법써모피셔 사이언티브AM7021조직의 저장 및 바이오뱅킹에 사용되는 RNA 안정화 솔루션
멸균 15 mL 원뿔관 및 nbsp;써모 사이언티픽339650조직 저장에 사용되는 시약/배지를 알리코트(aliquot) 만드는 데 사용됩니다
멸균 5mL 크라이오바이알써모 사이언티픽5000-1020조직 저장에 사용되는 시약/배지를 알리코트(aliquot) 만드는 데 사용됩니다
멸균 메스 칼날 (#11)서지테크해당 없음종양과 정상 유방 조직 절단을 위해
수술용 가위(18.5 cm 7 & frac14; "스트런트"올텐 인스트루먼츠BO-0125종양과 정상 유방 조직 절단을 위해
온도 측정기엑스테크 인스트루먼트42280샘플 운송 중 온도와 습도를 기록하기 위해
티슈 잉크에프레디아3120123조직병리학적 분석을 위해 절제된 외과 표본의 경계를 염색하기 위해
초저동 냉동고하이얼 바이오메디컬DW-86L579종양과 정상 유방 조직의 무기한 보관을 위해
소변 검체 용기 60mL슈어 가드0016UCS06PC조직병리학적 분석을 위한 조직 저장을 위해
지퍼백레이놀즈 컨슈머 프로덕츠 LLC운송을 위한 샘플 포장에 사용됩니다

참고문헌

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