이 프로토콜은 처리량이 많은 스캐폴드 기반 배양 플랫폼인 SPOT의 제작 및 조립을 96웰 및 384웰 형식으로 문서화합니다. 또한 수동 및 상업적으로 이용 가능한 액체 처리기를 사용하여 SPOT의 파종 프로세스에 대해 자세히 설명합니다.
방법 논문
* These authors contributed equally
이 프로토콜은 처리량이 많은 스캐폴드 기반 배양 플랫폼인 SPOT의 제작 및 조립을 96웰 및 384웰 형식으로 문서화합니다. 또한 수동 및 상업적으로 이용 가능한 액체 처리기를 사용하여 SPOT의 파종 프로세스에 대해 자세히 설명합니다.
환자 유래 오가노이드(PDO)는 종양을 모델링하기 위해 암 연구 분야에서 점점 더 많이 사용되고 있습니다. 그들은 생체 내 모델과 전통적인 시험관 내 모델의 이점을 결합하여 여전히 인간 세포로 구성되면서 조직의 복잡성과 이질성을 요약합니다. 생리학적으로 대표적인 PDO 모델의 등장으로 오가노이드 거동을 간단하게 분석할 수 있는 장치의 필요성이 높아졌습니다. 이 프로토콜은 처리량이 높은 3차원(3D) 오가노이드 배양 장치인 오가노이드 기반 조직용 스캐폴드 지원 플랫폼(SPOT)을 조립하고 사용하는 방법을 설명합니다. 이 플랫폼은 일반적으로 시드 하이드로겔에 의해 형성되는 메니스커스를 제거하여 2차원(2D) 배양의 이미징 프로세스와 유사하게 정확하고 빠른 이미징을 가능하게 합니다. 결과적으로, SPOT에 파종된 오가노이드 및 공동 배양은 고처리량 현미경을 사용하여 쉽게 이미지화할 수 있습니다. 기성품으로 설계된 SPOT은 기본적인 조직 배양 경험이 있는 연구자가 액세스할 수 있으며 수동 및 자동 파종 워크플로우와 모두 호환됩니다. 이 프로토콜은 조립, 시딩, 품질 관리 및 문제 해결에 대한 단계별 지침을 포함하여 96 및 384 웰 형식의 SPOT 제작에 대해 자세히 설명합니다. 유휴 시간을 제외하고 제작에는 3-4시간이 소요되지만 여러 개의 플레이트를 동시에 생산할 수 있어 확장성이 향상됩니다. PDO 배양 및 분석을 간소화함으로써 SPOT은 처리량이 많은 약물 스크리닝 및 중개 암 연구를 위한 강력한 도구를 제공합니다.
생물의학 연구의 발전에도 불구하고 생리학적으로 관련된 체외 분석을 개발하는 것은 여전히 어려운 과제입니다. 이상적인 분석은 다양한 분야의 연구자의 요구를 충족하기 위해 다양한 세포 유형, 치료 제형, 시간 척도, 상용 기기 및 분석 판독값을 수용해야 합니다. 그러나 적절한 도구가 부족하기 때문에 연구자들은 특히 암 연구에서 복잡성과 임상적 관련성을 요약하지 못하는 불멸화된 세포주의 2D 단층과 같은 단순한 모델에 의존하는 경우가 많습니다 1,2. 이 문제를 해결하기 위해 대규모 종양 바이오뱅킹과 임상의 협력을 통해 세포주에 비해 더 많은 환자별 유전 및 치료 프로필을 유지하는 환자 유래 종양 오가노이드(PDO)와 같은 충실도가 높은 시험관 내 모델의 개발이 촉진되었습니다 3,4,5. 한편, 실험실 자동화 및 신약 개발의 발전으로 인해 처리량이 많은 워크플로에 원활하게 통합되는 플랫폼이 필요합니다. 기존 플랫폼은 생물학적 충실도 또는 확장성을 다루지만 두 가지 문제를 동시에 해결할 수 있는 플랫폼은 거의 없습니다 6,7,8. 주요 질병 특징을 복제하는 자동화된 고처리량 모델을 개발하는 것은 생물의학 연구를 발전시키고 중개 애플리케이션을 위한 데이터 생성을 가속화하는 데 매우 중요합니다.
수많은 새로운 모델은 PDO와 같은 특수 세포 유형을 높은 처리량으로 배양하는 것과 관련된 문제를 해결하는 것을 목표로 합니다(그림 1). 오가노이드가 96웰 또는 384웰 플레이트에서 하이드로겔과 혼합되는 표준 플랫폼에는 몇 가지 제한 사항이 있습니다: (i) 높은 세포-겔 부피는 일관되지 않은 영양소 접근으로 이어지며, (ii) 웰 메니스커스 곡률은 이미징 아티팩트 및 세포 구배를 생성하며, (iii) 하이드로겔 파종은 배치 및 인력 전반에 걸쳐 균일성이 부족합니다., (iv) 자동화된 제조 및 자동화된 현미경과의 비호환성, (v) 일반적으로 부드럽고 깨지기 쉬운 위험 샘플인 세포외 기질(ECM)의 사용 생리학적 조직 밀도에서의 파괴 또는 수축 세포 유형의 혼입 1,9. 현재 플레이트 기반 PDO 연구의 대부분은 세포-겔을 플레이트(10,11)에 수동으로 시딩하거나, 하이드로겔을 덜 점성이 있는 배지로 희석하고 세포를 웰 바닥으로 원심분리하여 적절한 광학 평면(12,13)에 배치하는 겔 오버레이 방법을 사용하여 수행됩니다. 두 접근 방식 모두 장기적인 배양을 위한 기계적 지원을 제공하지 못합니다. 이전 관찰(미공개 데이터)에 따르면, 표준 웰 플레이트의 세포와 혼합된 상업용 하이드로겔은 12일 동안 12개의 웰 중 9개 동안 웰 표면에서 수축하는 반면, 겔 오버레이 방법에는 생리학적 세포-기질 상호 작용이 부족합니다. 또한, 생성된 배양물은 웰 내의 공간 제한으로 인해 장기간 유지될 수 없으며 높은 시약 대 세포-배지 비율을 요구하는 분석과 양립할 수 없습니다 14,15,16. 이러한 실질적인 장벽은 3D 모델의 채택을 방해하고 현장 전반에 걸쳐 실험 재현성을 제한합니다.

그림 1: 확장성 및 생물학적 관련성을 기반으로 한 배양 모델 평가. 플레이트 처리량과 생물학적 관련성(x축)으로 정의되는 확장성(y축)을 따라 다양한 시험관 내 및 생체 내 배양 시스템의 상대적 위치를 지정하여 처리량 잠재력과 생리학적 충실도 간의 절충안을 강조합니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
이러한 과제에 동기를 부여하여 얇은 셀룰로오스 스캐폴드의 높은 다공성과 기계적 강화를 활용하여 96웰 및 384웰 형식으로 제공되는 오가노이드 기반 조직용 스캐폴드 지원 플랫폼(SPOT)을 개발했습니다. SPOT은 플레이트 레이아웃과 일치하는 이전에 개발된 침투 방법(17)을 사용하여 폴리머 사전 패턴화된 스캐폴드를 통합하여 정밀한 세포-겔 액적 배치를 가능하게 하고 하이드로겔 상에 대한 구조적 지지를 제공합니다(그림 2A). 스캐폴드로의 모세관 위킹은 세포-겔 용액을 안내하여 기계적으로 강제된 생체 복합재 네트워크를 형성합니다(그림 2B). 스캐폴드의 다공성 구조로 인해 세포-겔이 침투하여 얇은 층(두께 약 70μm)을 형성하여 웰(14)의 바닥을 덮는 데 10배 적은 양의 세포-겔이 필요합니다. SPOT과 파종 췌관 선암종(PDAC) PDO의 호환성은 대사 분석 및 이미지 기반 측정을 사용하여 성장을 평가함으로써 입증되었습니다. 개발 이후 SPOT은 오가노이드 배양에 종사하는 연구자들에게 상당한 다양성과 유용성을 입증했습니다. 또한 SPOT의 설계는 평평하고 반월상연이 없는 마이크로겔 형상을 통해 시약 부피를 줄이고 이미징 기능을 개선하여 사용자 친화적인 확장성을 수용하여 균일한 빛 투과와 정확한 고함량 이미징을 보장합니다14(그림 2C,D). SPOT은 또한 종양 미세 환경을 더 잘 요약하기 위해 섬유아세포와 같은 다른 관련 세포 유형과의 공동 배양을 지원합니다18.

그림 2: 96-SPOT 장치 및 이미지 분석 워크플로우 개요. (A) SPOT 플레이트 제조의 개략도: 장치는 양면 폴리아크릴 접착제 층(노란색으로 표시됨)을 사용하여 상업용 바닥이 없는 웰 플레이트(상단), PMMA 패턴 스캐폴드(파란색으로 표시) 및 폴리카보네이트 필름(하단)을 대조하여 조립됩니다. (B) 스캐폴드 웰에 세포 파종: 세포를 중합되지 않은 하이드로겔(분홍색으로 표시됨)에 현탁시키고 스캐폴드에 침투하는 각 웰에 피펫팅합니다. 그런 다음 하이드로겔을 겔화하여 스캐폴드 지지 하이드로겔 내에서 세포를 캡슐화합니다. (C) 현미경: 생성된 미세조직은 자동화된 광시야 현미경을 사용하여 이미지화할 수 있습니다. (D) 이미지 기반 분석: 겔에 부유하는 형광 세포(녹색)의 획득 이미지는 표준 이미지 분석 파이프라인을 사용하여 분석할 수 있습니다. 하나의 96-SPOT 웰에서 GFP 발현 KP4 세포의 대표적인 낙산화 현미경 이미지. 스케일 바는 500μm입니다. 이 수치는14에서 수정되었습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
SPOT의 또 다른 장점은 시스템을 오픈 소스 액체 처리기와 통합하여 PDO 배양의 자동화되고 재현 가능한 제조를 용이하게 할 수 있다는 것입니다. 이러한 발전은 사용자 변동성을 줄이고 고처리량 약물 스크리닝 및 맞춤형 의학 접근법을 포함한 복잡한 실험 설계를 지원합니다18. SPOT은 또한 이전에 이질적인 종양 환경에서 세포 표현형의 단일 세포 기반 다중화 특성화 및 분해에 의한 SPOT으로부터 필요에 따라 세포를 회수하는 것으로 나타났습니다18. 이러한 기능은 SPOT을 생리학적으로 관련된 조건에서 약물 효능 및 세포 거동을 평가하는 데 종단적 고해상도 데이터가 필수적인 스크리닝 응용 분야를 위한 다목적 도구로 자리매김합니다14,18. 이러한 기술 혁신을 결합함으로써 SPOT은 기존 3D 배양 시스템의 중요한 한계를 해결합니다.
이 프로토콜은 견고하고 재현 가능한 3D 오가노이드 배양을 위한 SPOT 구성 요소 제작, 플레이트 조립 및 파종 방법에 대한 포괄적인 가이드를 제공합니다. 여기에는 마이크로피펫을 사용한 수동 플레이트 시딩과 96웰 및 384웰 형식을 모두 지원하는 액체 핸들러를 사용한 자동 시딩 워크플로우에 대한 자세한 지침이 포함되어 있습니다. 또한 이 프로토콜은 높은 실험 표준을 유지하기 위해 균일한 겔 분포 및 스캐폴드 무결성 확인과 같은 필수 품질 관리 조치를 간략하게 설명합니다. 불완전한 젤 침투, 파종 중 증발, 스캐폴드 분리와 같은 일반적인 문제를 해결하기 위한 문제 해결 전략도 제공되어 연구자에게 작업 흐름을 최적화하고 신뢰할 수 있는 결과를 얻을 수 있는 실용적인 솔루션을 제공합니다.
SPOT은 겔 무결성을 유지하면서 분석 및 배지 변경 수행과 관련된 문제를 포함하여 전통적인 오가노이드 분석이 직면하는 격차를 메우도록 설계되었습니다 10,11,12,13. 이 방법의 전반적인 목표는 12일 동안 오가노이드 배양을 지원하는 스캐폴드 지원 플랫폼을 제조하는 것입니다. 또한 이 방법은 수동 또는 액체 처리기 지원 시딩을 통해 SPOT에서 조직 어레이를 생성하는 것을 포함하여 사용자가 약물 IC50 분석 및 소분자 스크리닝을 포함한 모든 다운스트림 섭동을 수행할 수 있도록 합니다.
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이 프로토콜에서는 췌관 선암종(PDAC) 오가노이드를 예로 사용했습니다. 이러한 오가노이드는 토론토 대학 연구 윤리 위원회 지침(프로토콜 #36107)을 준수하는 프로토콜에 따라 프린세스 마가렛 암 센터의 UHN 바이오뱅크(캐나다 대학 보건 네트워크의 PMLB 식별자 PPTO.46)에서 구입한 PDAC 환자로부터 확립되었습니다. 필요한 모든 재료, 시약 및 장비는 재료 표에서 참조하십시오.
1. PMMA-아세톤 용액 만들기 (타이밍: 20분 + ~8-16시간 유휴)
참고: 폴리메틸메타크릴레이트(PMMA)-아세톤 용액은 SPOT에서 웰을 묘사하고 웰 간 누출을 방지하는 데 사용됩니다. 일반적인 절차는 고체 PMMA를 아세톤에 녹이는 것입니다. 이전에는 PMMA-아세톤 용액을 사용하여 유사한 종이 스캐폴드를 패턴화하여 배지 및 가스 교환을 차단하여 다른 3D 배양 모델에서 저산소증을 달성했습니다17. 여기서, PMMA-아세톤 공식은 SPOT 제조를 위한 PMMA 침투 스캐폴드를 생성하도록 조정됩니다.
2. PMMA 침투 비계 만들기
(타이밍: 96-SPOT 패터닝의 경우: 15분 설정 + 스캐폴드당 6분, 384-SPOT 패터닝의 경우: 15분 설정 + 스캐폴드당 10분)
참고: 96-/384-SPOT용 PMMA 침투 스캐폴드의 제작은 작업대(비멸균 환경)에서만 수행됩니다. 96/384-SPOT 스캐폴드를 만들려면 해당 그래픽 편집 플로터 소프트웨어 또는 벡터 플로터 제어 라이브러리가 설치되어 있는지 확인하십시오.절차의 일부 하위 섹션은 96-SPOT과 384-SPOT 모두에 적용되는 반면 다른 하위 섹션은 하나의 플레이트 크기에만 적용됩니다. 후자의 경우 옵션 A(96-SPOT의 경우) 및 B(384-SPOT의 경우)가 표시됩니다. (A) 96-SPOT 패턴의 경우 세 개의 레이어가 있습니다. 첫째, 프라이밍 라인은 PMMA-아세톤 용액의 일관된 흐름을 설정합니다. 둘째, 96개의 원 배열; 마지막으로 TSP(Traveling Salesperson) 패턴은 웰 간 공간을 표시합니다. (B) 384-SPOT 패턴의 경우, 제1 모듈은 프라이밍 라인을 포함한다; 둘째, 웰 플레이트를 둘러싼 경계; 마지막으로 384개의 영역이 남아 있도록 그리드가 표시됩니다. 두 패턴 모두에 대해 Li et al.14에서 입증한 것처럼 소스 코드를 변경하여 웰의 크기를 제어할 수 있습니다.
3. 96/384웰 테이프 절단
(타이밍: 96-SPOT 패터닝의 경우: 테이프 5개당 15분, 384-SPOT 패터닝의 경우: 테이프 5개당 30분)
참고: 이것은 특히 384웰 테이프 패턴의 경우 테이프를 정확하고 효율적으로 절단하는 가장 효율적인 방법 중 하나입니다. 이 방법은 또한 조립 과정에서 유용성을 향상시키기 위해 테이프(상단 덮개 플라스틱)의 한 층을 레이저로 조각할 수 있는 가능성을 제공합니다. 또는 조각 공정 없이 종이 절단기를 사용하여 더 느린 속도로 테이프를 절단할 수도 있습니다.
4. 96/384-SPOT 어셈블리(타이밍: 1시간)
알림: 이 섹션에서는 생물 안전 캐비닛(BSC)과 같은 멸균 환경에서 96-/384-SPOT 장치를 조립하는 절차를 자세히 설명합니다. 또는 96-/384-SPOT 장치를 비멸균 환경에서 사전 조립한 다음 에틸렌 가스 멸균 공정을 통해 멸균할 수 있습니다.
5. 96/384-SPOT 시딩 (타이밍: 2시간 45분)
참고: 이 섹션에서는 균일한 3D 미세 조직을 생성하기 위해 96-/384-SPOT 장치를 시드하는 절차를 자세히 설명합니다. 시딩 공정에는 사전 조립된 SPOT 스캐폴드에 정의된 세포-겔 부피(예: 96-SPOT의 경우 5μL 또는 384-SPOT의 경우 2μL)를 조심스럽게 분배하는 과정이 포함됩니다. 균일한 침윤 및 겔 분포를 보장하기 위해 세포-겔 방울은 모세관 위킹을 통해 스캐폴드의 다공성 구조를 따라 안내됩니다. 이 단계는 마이크로피펫을 사용하여 수동으로 수행하거나 액체 처리로 자동화할 수 있습니다. 시딩 후, 플레이트는 겔 중합 및 세포 캡슐화를 가능하게 하기 위해 37°C에서 배양됩니다.
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종이 비계의 PMMA 패턴화는 웰 간 내용물 교환을 방지하는 물리적 장벽 역할을 합니다. 이 설계는 인접한 웰이 화학적, 생물학적으로 분리된 상태로 유지되도록 하여 배지, 약물, 분비 인자 또는 세포의 의도하지 않은 확산을 방지하는 데 중요합니다14. PMMA의 통합은 정확한 구획화를 가능하게 하여 SPOT을 교차 오염을 최소화해야 하는 고처리량 스크리닝 및 공동 배양 연구를 위한 신뢰할 수 있는 플랫폼으로 만듭니다14,18. 권장되는 품질 보증 및 품질 관리 실험은 표 3 및 표 4에 설명되어 있습니다. 세포-겔 혼합물 파종 관행 및 장기 오가노이드 배양을 진행하기 전에 수행해야 하는 가장 중요한 품질 보증 실험 중 하나는 조립된 플레이트의 구조적 무결성과 PMMA 장벽의 효능을 보장하기 위한 누출 테스트입니다. 성공적으...
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이 프로토콜에서는 조립, 수동 및 액체 핸들러 보조 세포-겔 시딩을 다루는 96웰 및 384웰 SPOT의 제작 및 사용에 대한 자세한 가이드가 제공됩니다. 기존의 하이드로겔 플러그 시스템과 달리 SPOT은 메니스커스 관련 인공물을 제거하여 이전에 설명한 바와 같이 오가노이드의 비파괴 현장 이미징을 용이하게 합니다 14,16,22. 또한 스캐폴드는 구조적 지지를 제공하여 장기적인 배양 안정성을 보장합니다. SPOT을 통해 연구자들은 종단 이미징을 통해 인구 역학을 추적하고 종양 오가노이드 및 기타 3D 세포 배양에서 대사 분석을 수행할 수 있으므로 종점 전용 평가에 비해 상당한 이점을 제공합니다14,18
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저자는 이해 상충이 없음을 선언합니다.
저자는 이미지 획득에 있어 Jennifer Lam의 도움을 인정합니다. 그림 1, 그림 2 및 그림 7A는 BioRender.com 로 작성되었습니다. 이 작업은 캐나다 자연과학 및 공학 연구 위원회(NSERC) APM에 대한 발견 보조금(보조금 #RGPIN-2021-03488)의 지원을 받았습니다. 캐나다 최초 연구 우수성(CFREF) Medicine by Design Grand Questions 프로그램 APM; NSERC 캐나다 대학원 장학금 - RC에 대한 박사 과정; R.C.에 대한 Peterborough KM Hunter Charitable Foundation Award; NTL에 수여된 NRC(National Research Council) CRAFT Fellowship; NSERC CREATE TOeP에서 NTL로; ZK에 대한 NSERC 학부생 연구상; 그리고 토론토 대학교 우수상을 CMT에 수여했습니다.
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